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chr19	34955378	34962052	6675	*	Promoter (<=1kb)	126375	ENST00000605484.1	0	ZNF792	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0042802,GO:0046872	hsa05168
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chr7	6672536	6685295	12760	*	Exon (ENST00000430844.5/ENST00000430844.5, exon 3 of 3)	7559	ENST00000404360.5	15619	ZNF12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005813,GO:0006357,GO:0045892,GO:0046872,GO:1990837	hsa05168
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chr2	95140277	95155351	15075	*	Promoter (<=1kb)	84874	ENST00000496060.1	340	ZNF514	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr4	49640503	49641259	757	*	Distal Intergenic	80157	ENST00000507372.1	611811	CWH43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0006506,GO:0016021	NA
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chr12	132945618	132954319	8702	*	Promoter (<=1kb)	100289635	ENST00000539809.1	0	ZNF605	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr15	62260926	62264852	3927	*	Exon (ENST00000562660.1/255180, exon 3 of 18)	255180	ENST00000562660.1	5828	GOLGA2P11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	44437093	44447547	10455	*	Promoter (<=1kb)	7772	ENST00000620012.4	899	ZNF229	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	58102697	58106394	3698	*	Intron (ENST00000600404.1/65982, intron 1 of 6)	65982	ENST00000594191.5	-4466	ZSCAN18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr5	1426630	1430211	3582	*	Intron (ENST00000270349.12/6531, intron 4 of 14)	6531	ENST00000511750.1	-10052	SLC6A3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0005102,GO:0005326,GO:0005330,GO:0005330,GO:0005334,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006836,GO:0007568,GO:0007595,GO:0007608,GO:0007626,GO:0008144,GO:0008504,GO:0008504,GO:0008504,GO:0009986,GO:0010039,GO:0015844,GO:0015872,GO:0015874,GO:0016021,GO:0016600,GO:0021984,GO:0030424,GO:0032809,GO:0035094,GO:0035240,GO:0035725,GO:0040018,GO:0042053,GO:0042136,GO:0042220,GO:0042416,GO:0042420,GO:0042493,GO:0042734,GO:0043005,GO:0043005,GO:0043025,GO:0044877,GO:0045121,GO:0045471,GO:0046872,GO:0047485,GO:0051583,GO:0051591,GO:0051620,GO:0051721,GO:0060134,GO:0090494,GO:0090494,GO:0098691,GO:0099055,GO:0099056,GO:1990384	hsa04721,hsa04728,hsa05012,hsa05022,hsa05030,hsa05031,hsa05034
chr6	112327867	112329584	1718	*	Intron (ENST00000585504.5/101927640, intron 1 of 2)	442247	ENST00000441065.3	-17746	RFPL4B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0046872	NA
chr6	82930686	82932712	2027	*	Exon (ENST00000451856.1/ENST00000451856.1, exon 1 of 2)	90025	ENST00000503942.1	-36653	UBE3D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000151,GO:0000151,GO:0000209,GO:0000209,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006513,GO:0006513,GO:0030332,GO:0030332,GO:0031624,GO:0043161,GO:0044390,GO:0051865,GO:0051865,GO:0061630,GO:0061630	NA
chr7	154724926	154727192	2267	*	Intron (ENST00000404039.5/1804, intron 7 of 25)	1804	ENST00000471100.5	-66402	DPP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379	NA
chr7	57176862	57183581	6720	*	Promoter (<=1kb)	642006	ENST00000417412.1	0	GUSBP10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	108816816	108819187	2372	*	Distal Intergenic	8471	ENST00000372129.4	-80253	IRS4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005158,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007165,GO:0008286,GO:0043548	hsa04022,hsa04068,hsa04140,hsa04152,hsa04211,hsa04213,hsa04910,hsa04920,hsa04923,hsa04930,hsa04935,hsa05010
chrX	74089239	74091194	1956	*	Intron (ENST00000603672.5/100302692, intron 5 of 5)	100302692	ENST00000652609.1	21140	FTX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0010628	NA
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chr19	2831511	2835323	3813	*	Promoter (<=1kb)	115196	ENST00000588534.1	953	ZNF554	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005730,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr19	12269466	12275074	5609	*	3' UTR	51710	ENST00000393337.7	19720	ZNF44	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000977,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chrX	63978586	63980305	1720	*	Distal Intergenic	23229	ENST00000623417.3	-169312	ARHGEF9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007186,GO:0014069,GO:0043065,GO:0050790,GO:0051056	NA
chr20	29885507	29886177	671	*	Distal Intergenic	105379478	ENST00000659588.1	336846	FAM242B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr21	7930307	7933095	2789	*	Distal Intergenic	102723475	ENST00000618699.3	-100675	KCNE1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005251,GO:0008076,GO:0015459,GO:0044325,GO:0060307,GO:0086005,GO:0086011,GO:0086091,GO:0097623,GO:0098915,GO:1902260,GO:1902282	hsa04261
chr7	111793730	111800068	6339	*	Intron (ENST00000423057.6/9732, intron 14 of 35)	9732	ENST00000492436.5	-4470	DOCK4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005730,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007264,GO:0016020,GO:0017124,GO:0030165,GO:0030971,GO:0031267,GO:0032420,GO:0032421,GO:0043547,GO:0060326,GO:1904694,GO:1904754	hsa04015
chr13	40870572	40877322	6751	*	Exon (ENST00000660894.1/ENST00000660894.1, exon 2 of 2)	100616668	ENST00000458118.5	-6220	TPTE2P5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	25018790	25023894	5105	*	Promoter (<=1kb)	104472715	ENST00000552781.2	0	SNHG14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005730,GO:0006396	NA
chr21	10627264	10627883	620	*	Distal Intergenic	7179	ENST00000618007.5	105681	TPTE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004725,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006470,GO:0007165,GO:0008138,GO:0008285,GO:0014065,GO:0016021,GO:0016311,GO:0016314,GO:0035335,GO:0042995,GO:0046856,GO:0048870,GO:0051896	NA
chr7	64705366	64710602	5237	*	3' UTR	51427	ENST00000683971.1	14221	ZNF107	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008150,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
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chr20	29298896	29302349	3454	*	Distal Intergenic	647476	ENST00000634243.1	114562	FRG2EP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	24125464	24133324	7861	*	5' UTR	100101266	ENST00000598671.1	30101	HAVCR1P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	111303575	111306610	3036	*	Promoter (<=1kb)	102465455	ENST00000617342.1	0	MIR6760	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	225005774	225007427	1654	*	Exon (ENST00000445597.6/127602, exon 8 of 61)	127602	ENST00000474127.1	38228	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr1	225176527	225179531	3005	*	Intron (ENST00000445597.6/127602, intron 23 of 60)	127602	ENST00000495456.1	58556	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr15	101164915	101167319	2405	*	Distal Intergenic	22856	ENST00000561414.1	20551	CHSY1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0002063,GO:0005576,GO:0008376,GO:0009954,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030206,GO:0030206,GO:0030206,GO:0030279,GO:0031667,GO:0032580,GO:0045880,GO:0046872,GO:0047238,GO:0047238,GO:0050510,GO:0051923,GO:0060349	hsa00532,hsa01100
chr15	43357683	43363427	5745	*	3' UTR	27229	ENST00000570081.1	-5794	TUBGCP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000922,GO:0000923,GO:0000930,GO:0005200,GO:0005515,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005874,GO:0007020,GO:0007020,GO:0008274,GO:0015630,GO:0016020,GO:0031122,GO:0043015,GO:0051011,GO:0051225,GO:0051321,GO:0055037,GO:0065003	NA
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chrX	75663435	75667892	4458	*	Distal Intergenic	286495	ENST00000399586.2	79019	TTC3P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	36438838	36456136	17299	*	5' UTR	644189	ENST00000589470.1	17302	LOC644189	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	50656701	50671129	14429	*	Distal Intergenic	646813	ENST00000532521.2	247659	LOC646813	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr8	30147009	30147804	796	*	Promoter (2-3kb)	619373	ENST00000320542.4	-2344	MBOAT4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005789,GO:0008374,GO:0016020,GO:0016412,GO:0016412,GO:0016746,GO:0018191,GO:0018191,GO:0030176,GO:0030176,GO:0030258	NA
chr9	16995817	16997992	2176	*	Intron (ENST00000649137.1/105375983, intron 7 of 7)	105375983	ENST00000430545.4	-20528	LOC105375983	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	114585538	114589483	3946	*	Intron (ENST00000424261.6/54827, intron 2 of 5)	54827	ENST00000424261.6	6267	NXPE4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0008150,GO:0070062	NA
chr19	22434818	22453054	18237	*	Exon (ENST00000599879.1/105376917, exon 2 of 2)	148198	ENST00000593657.5	-12461	ZNF98	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	27657188	27660573	3386	*	Distal Intergenic	105372345	ENST00000662444.1	24682	LOC105372345	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	28272710	28274291	1582	*	Intron (ENST00000477739.1/152100, intron 2 of 2)	152100	ENST00000396610.6	9598	CMC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005739,GO:0005739,GO:0046872	NA
chr4	257568	265444	7877	*	Distal Intergenic	654254	ENST00000619749.1	30711	ZNF732	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr6	107447269	107448776	1508	*	Intron (ENST00000369037.9/57107, intron 1 of 7)	57107	ENST00000369037.9	10788	PDSS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000010,GO:0004659,GO:0005515,GO:0005759,GO:0005829,GO:0006744,GO:0006744,GO:0006744,GO:0006744,GO:0008299,GO:0008299,GO:0021549,GO:0046982,GO:0050347,GO:0050878,GO:0097269,GO:1990234,GO:1990234	hsa00900
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chrX	85579952	85581816	1865	*	Distal Intergenic	79983	ENST00000373145.3	-200235	POF1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003382,GO:0005884,GO:0005912,GO:0005923,GO:0007015,GO:0030036,GO:0030057,GO:0051015,GO:0070830	NA
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chr19	20111145	20115389	4245	*	Intron (ENST00000469078.5/7643, intron 3 of 5)	7643	ENST00000484032.1	-5435	ZNF90	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0003700,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0008270	hsa05168
chr19	27601309	27612986	11678	*	Distal Intergenic	105372345	ENST00000662444.1	72269	LOC105372345	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	28613560	28616032	2473	*	Exon (ENST00000587961.1/102724908, exon 4 of 4)	102724908	ENST00000656648.1	6433	LOC102724908	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	167319885	167324523	4639	*	Intron (ENST00000559038.5/5451, intron 3 of 4)	5451	ENST00000367862.9	-4521	POU2F1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000979,GO:0000981,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005783,GO:0006357,GO:0019221,GO:0042795,GO:0043231,GO:0043565,GO:0045892,GO:0045944,GO:0045944,GO:0045944,GO:0090575	hsa05168,hsa05417
chr8	43589375	43598570	9196	*	Distal Intergenic	340441	ENST00000519951.2	296892	POTEA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr17	73484898	73485941	1044	*	Intron (ENST00000392650.8/54549, intron 2 of 44)	54549	ENST00000585283.1	21653	SDK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0007156,GO:0007156,GO:0007416,GO:0007416,GO:0010842,GO:0010842,GO:0016021,GO:0045202,GO:0045202,GO:0045216,GO:0060219	NA
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chr18	8529206	8531889	2684	*	Distal Intergenic	201475	ENST00000649141.2	-77548	RAB12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005768,GO:0005776,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006904,GO:0006914,GO:0008021,GO:0008333,GO:0009306,GO:0017157,GO:0019003,GO:0032482,GO:0032593,GO:0032869,GO:0044257,GO:0055037,GO:0055038,GO:0055038,GO:0072659	NA
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chr2	86437037	86440721	3685	*	Promoter (<=1kb)	55818	ENST00000452034.5	0	KDM3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000118,GO:0000785,GO:0003712,GO:0005506,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0007290,GO:0009755,GO:0016020,GO:0030521,GO:0031490,GO:0032454,GO:0032454,GO:0033169,GO:0033169,GO:0033169,GO:0036123,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046293,GO:0050681,GO:0051213,GO:0051573,GO:0120162,GO:1990830,GO:2000036,GO:2000736	hsa04714
chr3	134118707	134120582	1876	*	Intron (ENST00000484106.3/105374117, intron 4 of 6)	100507210	ENST00000483245.1	-61059	LINC02000	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	44658426	44660327	1902	*	3' UTR	7584	ENST00000453164.1	9681	ZNF35	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000977,GO:0000981,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0007283,GO:0043565,GO:0046872,GO:0048471,GO:0071300	NA
chrX	4919102	4920556	1455	*	Distal Intergenic	101928201	ENST00000420725.1	-285530	LOC101928201	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chrX	57720904	57723277	2374	*	Distal Intergenic	286430	ENST00000434992.1	-40644	NLRP2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0005737,GO:0010804,GO:0032088,GO:0032691,GO:0033137,GO:0034122,GO:0043065,GO:0045087,GO:0045786,GO:1900226	NA
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chr19	53170213	53171425	1213	*	Intron (ENST00000396424.5/79788, intron 3 of 3)	84671	ENST00000595710.1	-11138	ZNF347	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	57326702	57329534	2833	*	3' UTR	125919	ENST00000321545.5	6230	ZNF543	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	8801072	8803066	1995	*	Distal Intergenic	148156	ENST00000301475.1	19823	ZNF558	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008150,GO:0046872	hsa05168
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chr2	101926593	101928117	1525	*	Distal Intergenic	100506328	ENST00000627273.3	-33935	LINC01127	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr2	109199297	109199676	380	*	Intron (ENST00000309415.8/344558, intron 1 of 9)	100422863	ENST00000582152.1	-57709	MIR4265	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr21	10336690	10337063	374	*	Exon (ENST00000667012.1/ENST00000667012.1, exon 3 of 3)	85319	ENST00000474011.5	-76414	BAGE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr21	38222192	38226194	4003	*	Intron (ENST00000549158.5/3772, intron 2 of 5)	3772	ENST00000701791.1	-3732	KCNJ15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005242,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006813,GO:0034765,GO:1990573	hsa04971
chr21	43948374	43950075	1702	*	Promoter (<=1kb)	56894	ENST00000422850.5	-612	AGPAT3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0003841,GO:0003841,GO:0003841,GO:0003841,GO:0005515,GO:0005635,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005886,GO:0006654,GO:0008654,GO:0012505,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016024,GO:0016746	hsa00561,hsa00564,hsa01100,hsa04072
chr2	196685650	196687307	1658	*	Exon (ENST00000517114.1/ENST00000517114.1, exon 1 of 1)	284992	ENST00000494389.5	-7736	CCDC150	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr2	19927021	19928320	1300	*	Intron (ENST00000281405.9/57539, intron 25 of 26)	57539	ENST00000494964.1	23601	WDR35	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005813,GO:0005929,GO:0005930,GO:0005930,GO:0009636,GO:0010629,GO:0030991,GO:0030991,GO:0032496,GO:0035721,GO:0035721,GO:0035735,GO:0036064,GO:0042073,GO:0043065,GO:0043280,GO:0045019,GO:0060271,GO:0060271,GO:0061512,GO:0071333,GO:0071356,GO:0090200,GO:0097421,GO:0097542,GO:1905705,GO:1990830	NA
chr3	125442982	125444112	1131	*	Distal Intergenic	8723	ENST00000482965.1	16689	SNX4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005154,GO:0005158,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005868,GO:0005886,GO:0015031,GO:0016020,GO:0031201,GO:0031901,GO:0032456,GO:0032991,GO:0035091,GO:1903595,GO:1990459,GO:1990460	hsa04144
chr3	149697795	149699267	1473	*	Intron (ENST00000465804.5/25937, intron 1 of 7)	25937	ENST00000465804.5	4006	WWTR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0001649,GO:0001894,GO:0001933,GO:0003015,GO:0003713,GO:0003713,GO:0003713,GO:0003714,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006355,GO:0006367,GO:0006469,GO:0008284,GO:0010718,GO:0016567,GO:0016604,GO:0017145,GO:0031146,GO:0032835,GO:0035264,GO:0035329,GO:0035329,GO:0035329,GO:0042803,GO:0045599,GO:0045669,GO:0045944,GO:0045944,GO:0048762,GO:0060271,GO:0060390,GO:0060993,GO:0072307,GO:0090090,GO:1900182	hsa04390,hsa04392
chr3	155051461	155053344	1884	*	Intron (ENST00000492661.5/4311, intron 1 of 22)	4311	ENST00000491597.5	-26303	MME	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001786,GO:0001822,GO:0001890,GO:0002003,GO:0004175,GO:0004175,GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005769,GO:0005802,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005903,GO:0005925,GO:0006508,GO:0006508,GO:0006508,GO:0006518,GO:0007568,GO:0007611,GO:0008021,GO:0008237,GO:0008238,GO:0008270,GO:0009986,GO:0016021,GO:0016485,GO:0019233,GO:0030324,GO:0030424,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030667,GO:0031410,GO:0042277,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043025,GO:0043312,GO:0044306,GO:0045121,GO:0045202,GO:0046449,GO:0050435,GO:0050769,GO:0061837,GO:0070012,GO:0070062,GO:0071345,GO:0071492,GO:0071493,GO:0090399,GO:0097242,GO:0097242,GO:0097242,GO:0097242,GO:0098793,GO:0150094,GO:0150094,GO:0150094,GO:1900273,GO:1901612	hsa04614,hsa04640,hsa04974,hsa05010
chr3	35027119	35028551	1433	*	Distal Intergenic	102724048	ENST00000658638.1	483138	LOC102724048	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	93759955	93765398	5444	*	Distal Intergenic	5627	ENST00000649585.1	121015	PROS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0002576,GO:0004866,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005789,GO:0005796,GO:0005886,GO:0006888,GO:0007596,GO:0010951,GO:0030449,GO:0031093,GO:0042730,GO:0050900,GO:0070062,GO:0072562	hsa04610
chr3	98109912	98115038	5127	*	Intron (ENST00000508964.1/ENST00000508964.1, intron 1 of 1)	26341	ENST00000641874.1	-15683	OR5H1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005515,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr4	144806314	144809670	3357	*	Intron (ENST00000650526.1/2993, intron 1 of 14)	2993	ENST00000650526.1	61283	GYPA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001618,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0016020,GO:0042802,GO:0046718,GO:0050900	hsa04640,hsa05144
chr4	401105	405135	4031	*	Intron (ENST00000631198.1/ENST00000631198.1, intron 1 of 1)	693156	ENST00000384910.1	50948	MIR571	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	53244707	53246984	2278	*	Intron (ENST00000401642.8/152579, intron 4 of 8)	152579	ENST00000401642.8	119077	SCFD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0005886,GO:0006886,GO:0006904,GO:0008150,GO:0016192,GO:0019905,GO:0030141	NA
chr4	97340189	97343126	2938	*	Intron (ENST00000522676.5/285555, intron 4 of 4)	101410545	ENST00000651895.1	-23555	STPG2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	116111449	116114452	3004	*	Intron (ENST00000507356.5/51397, intron 4 of 6)	51397	ENST00000506589.1	20370	COMMD10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737	NA
chr5	1235222	1236981	1760	*	Exon (ENST00000324642.4/348932, exon 4 of 12)	348932	ENST00000513607.2	9813	SLC6A18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006836,GO:0006865,GO:0006865,GO:0015171,GO:0015171,GO:0015293,GO:0016324,GO:0031526,GO:0035725	NA
chr5	140779044	140782178	3135	*	Distal Intergenic	56147	ENST00000378133.4	-3958	PCDHA1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005576,GO:0005783,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0007399	NA
chr5	146863	148744	1882	*	Intron (ENST00000637938.2/153478, intron 6 of 19)	153478	ENST00000502646.1	6297	PLEKHG4B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0050790	NA
chr5	75161397	75162288	892	*	Intron (ENST00000504022.1/256006, intron 1 of 13)	256006	ENST00000504022.1	6877	ANKRD31	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0005634,GO:0007129,GO:0010780,GO:1903343	NA
chr5	80462737	80463950	1214	*	Intron (ENST00000338008.9/9765, intron 14 of 17)	9765	ENST00000513789.1	3298	ZFYVE16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005545,GO:0005547,GO:0005769,GO:0005829,GO:0006622,GO:0006622,GO:0007165,GO:0016050,GO:0016197,GO:0016197,GO:0030100,GO:0030509,GO:0031901,GO:0031901,GO:0043231,GO:0046872	hsa04144,hsa04350
chr5	87990324	87991358	1035	*	Intron (ENST00000668454.1/ENST00000668454.1, intron 2 of 3)	153396	ENST00000515293.1	207093	TMEM161B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr6	45240084	45243008	2925	*	Intron (ENST00000475057.5/8464, intron 2 of 11)	693171	ENST00000385035.1	-42314	MIR586	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035195	NA
chr6	49161439	49162912	1474	*	Distal Intergenic	4594	ENST00000274813.4	300341	MMUT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0004494,GO:0004494,GO:0004494,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005759,GO:0009235,GO:0009791,GO:0019626,GO:0031419,GO:0042802,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043547,GO:0046872,GO:0050667,GO:0072341	hsa00280,hsa00630,hsa00640,hsa01100,hsa01200
chr6	95989245	95991029	1785	*	Intron (ENST00000668456.1/107986626, intron 1 of 2)	107986626	ENST00000658251.1	23972	LOC107986626	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr6	99024544	99027188	2645	*	Distal Intergenic	26235	ENST00000229971.2	-76538	FBXL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000151,GO:0000209,GO:0005515,GO:0005758,GO:0005829,GO:0006511,GO:0016607,GO:0019005,GO:0031146,GO:0043687	NA
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chr1	119198642	119199731	1090	*	Intron (ENST00000667138.1/101929147, intron 3 of 3)	101929147	ENST00000445565.2	52233	WARS2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	52983947	52987298	3352	*	Distal Intergenic	285877	ENST00000408890.6	-48335	POM121L12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005643,GO:0006405,GO:0006606,GO:0008139,GO:0017056	NA
chr8	43604749	43610025	5277	*	Distal Intergenic	340441	ENST00000519951.2	312266	POTEA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr9	123576462	123578654	2193	*	Intron (ENST00000473039.5/57706, intron 10 of 17)	57706	ENST00000497135.5	4563	DENND1A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006897,GO:0006897,GO:0015031,GO:0017124,GO:0030136,GO:0030136,GO:0030425,GO:0030665,GO:0031267,GO:0032266,GO:0032456,GO:0032456,GO:0032483,GO:0042734,GO:0043025,GO:0043231,GO:0043231,GO:0043547,GO:0048488,GO:1901981,GO:1901981	NA
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chr4	91326380	91328560	2181	*	Intron (ENST00000509176.6/401145, intron 10 of 10)	401145	ENST00000649522.1	240430	CCSER1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	101300201	101302261	2061	*	Promoter (<=1kb)	101927721	ENST00000429254.3	643	LNCPRESS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chrX	39302251	39303883	1633	*	Promoter (2-3kb)	105373175	ENST00000691920.1	-2464	LOC105373175	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	41865712	41866914	1203	*	Distal Intergenic	101929373	ENST00000622823.4	-375807	LOC101929373	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	79143718	79144886	1169	*	Exon (ENST00000671603.1/729911, exon 4 of 4)	5923	ENST00000558480.7	-52938	RASGRF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0005085,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007165,GO:0007264,GO:0007616,GO:0008283,GO:0030426,GO:0031175,GO:0034976,GO:0035020,GO:0035023,GO:0035254,GO:0043005,GO:0043547,GO:0046578,GO:0046579,GO:0046579,GO:0048167,GO:0048168,GO:0090630,GO:2000310	hsa04010,hsa04014,hsa04510
chr4	47589996	47590900	905	*	Intron (ENST00000273859.8/57205, intron 22 of 22)	57205	ENST00000505277.1	7965	ATP10D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006812,GO:0016021,GO:0034220,GO:0045332,GO:0045332,GO:0140326,GO:0140326,GO:0140351,GO:1990531	NA
chrX	56543135	56547411	4277	*	Distal Intergenic	29978	ENST00000338222.7	-16216	UBQLN2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000045,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005776,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006511,GO:0016241,GO:0016241,GO:0030433,GO:0030433,GO:0031410,GO:0031593,GO:0042802,GO:1900186,GO:1903071,GO:1904021,GO:2000785	hsa04141,hsa05014
chr14	65713905	65714671	767	*	Intron (ENST00000360689.9/2530, intron 7 of 10)	2530	ENST00000554765.1	77388	FUT8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0001701,GO:0005515,GO:0005794,GO:0006487,GO:0006491,GO:0007179,GO:0007229,GO:0007585,GO:0008424,GO:0008424,GO:0009312,GO:0010468,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016477,GO:0017124,GO:0018279,GO:0032580,GO:0033578,GO:0036071,GO:0042355,GO:0043112,GO:0046368,GO:0046921,GO:0070062,GO:1900407	hsa00510,hsa00513,hsa00533,hsa01100,hsa05202
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chr5	46014614	46018412	3799	*	Distal Intergenic	348980	ENST00000634658.1	-318116	HCN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005222,GO:0005248,GO:0005249,GO:0005249,GO:0005267,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0022843,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030552,GO:0030552,GO:0034765,GO:0035725,GO:0042391,GO:0042802,GO:0045176,GO:0046549,GO:0051289,GO:0071320,GO:0071320,GO:0071320,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098855	hsa04929
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chr1	106306494	106308553	2060	*	Distal Intergenic	107985116	ENST00000634868.1	267947	LOC107985116	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr17	79672789	79674658	1870	*	Distal Intergenic	100616170	ENST00000577633.1	32591	MIR4739	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	56453640	56454618	979	*	Distal Intergenic	650226	ENST00000687582.1	-5229	LOC650226	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	64356869	64360569	3701	*	Downstream (<=300bp)	105375321	ENST00000653713.1	-8672	LOC105375321	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	62779255	62784786	5532	*	Distal Intergenic	643955	ENST00000444809.1	519202	ZNF733P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chrX	13628938	13631418	2481	*	Intron (ENST00000361306.6/25975, intron 11 of 11)	25975	ENST00000473826.1	5119	EGFL6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005178,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005604,GO:0005615,GO:0007155,GO:0007275,GO:0010811,GO:0016020,GO:0030154,GO:0030198	NA
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chr2	110182311	110184550	2240	*	Exon (ENST00000418944.1/ENST00000418944.1, exon 1 of 1)	4867	ENST00000676091.1	-13857	NPHP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005198,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005911,GO:0005912,GO:0005923,GO:0005929,GO:0007165,GO:0007588,GO:0007632,GO:0016020,GO:0030030,GO:0030036,GO:0031514,GO:0032391,GO:0048515,GO:0060041,GO:0090251,GO:0097711,GO:0098609,GO:1903348	NA
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chr5	6887726	6890235	2510	*	Exon (ENST00000655466.1/105374642, exon 4 of 4)	105374642	ENST00000510622.1	19167	LOC105374642	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr20	40530969	40532985	2017	*	Distal Intergenic	9935	ENST00000373313.3	156251	MAFB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005667,GO:0006355,GO:0006357,GO:0007379,GO:0007423,GO:0007585,GO:0008134,GO:0021571,GO:0021572,GO:0021599,GO:0033077,GO:0035284,GO:0042472,GO:0042802,GO:0043565,GO:0044877,GO:0045444,GO:0045637,GO:0045647,GO:0045671,GO:0045893,GO:0045944,GO:0048538	hsa04928
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chr4	116426945	116429112	2168	*	Exon (ENST00000514750.2/ENST00000514750.2, exon 3 of 4)	100302290	ENST00000635840.1	127220	MIR1973	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:1903561	NA
chr21	7325780	7326544	765	*	Distal Intergenic	102724951	ENST00000617062.4	-104115	LOC102724951	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	141174675	141176316	1642	*	Promoter (1-2kb)	56128	ENST00000239444.4	-1474	PCDHB8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0042802	NA
chr10	14916031	14918806	2776	*	3' UTR	64421	ENST00000378242.1	4869	DCLRE1C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000014,GO:0002250,GO:0003684,GO:0004519,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005794,GO:0006303,GO:0006303,GO:0008409,GO:0010212,GO:0030183,GO:0031848,GO:0033151,GO:0035312,GO:0036297,GO:0070419,GO:0090305	hsa03450,hsa05340
chr10	67683504	67685078	1575	*	Intron (ENST00000684154.1/29119, intron 1 of 17)	29119	ENST00000433211.7	11117	CTNNA3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005912,GO:0005912,GO:0005916,GO:0005916,GO:0007015,GO:0008013,GO:0008013,GO:0016477,GO:0030027,GO:0045296,GO:0051015,GO:0051015,GO:0086073,GO:0086091,GO:0090136,GO:0098609,GO:0098609,GO:0098911	hsa04390,hsa04520,hsa04670,hsa05100,hsa05200,hsa05213,hsa05226,hsa05412
chr1	111098737	111099892	1156	*	Distal Intergenic	128338	ENST00000477588.5	20704	DRAM2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001917,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005794,GO:0006914,GO:0006915,GO:0007601,GO:0010506,GO:0010506,GO:0016021,GO:0016324,GO:0043231,GO:0045494	NA
chr11	23201889	23203541	1653	*	Exon (ENST00000533591.1/105376592, exon 7 of 7)	105376592	ENST00000533591.1	36702	LINC02718	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	54896157	54899437	3281	*	Distal Intergenic	81318	ENST00000319760.8	189325	OR4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr2	222937391	222939033	1643	*	Intron (ENST00000392066.7/2181, intron 15 of 15)	2181	ENST00000495541.1	4373	ACSL3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001676,GO:0001676,GO:0001676,GO:0004467,GO:0004467,GO:0004467,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005741,GO:0005778,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005811,GO:0005811,GO:0005886,GO:0006633,GO:0007420,GO:0007584,GO:0014070,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019901,GO:0019904,GO:0030182,GO:0034379,GO:0035336,GO:0035338,GO:0042998,GO:0044539,GO:0047676,GO:0048471,GO:0051047,GO:2001247	hsa00061,hsa00071,hsa01100,hsa01212,hsa03320,hsa04146,hsa04216,hsa04714,hsa04920
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chr8	69514766	69515697	932	*	Intron (ENST00000525061.5/23213, intron 3 of 4)	23213	ENST00000402687.9	21919	SULF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001822,GO:0001937,GO:0002063,GO:0003094,GO:0004065,GO:0004065,GO:0005509,GO:0005539,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005794,GO:0005795,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006915,GO:0008449,GO:0008449,GO:0008449,GO:0009986,GO:0009986,GO:0010575,GO:0010575,GO:0014846,GO:0016525,GO:0030177,GO:0030177,GO:0030201,GO:0030201,GO:0030201,GO:0030336,GO:0030513,GO:0032836,GO:0032836,GO:0035860,GO:0040036,GO:0040037,GO:0040037,GO:0040037,GO:0045121,GO:0048010,GO:0048706,GO:0051216,GO:0060348,GO:0060384,GO:0060686,GO:0062023	NA
chr19	9465054	9470736	5683	*	Promoter (<=1kb)	147741	ENST00000585974.1	0	ZNF560	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chrX	112564795	112566802	2008	*	Distal Intergenic	340596	ENST00000371968.8	113136	LHFPL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016020,GO:0016021	NA
chrX	73720901	73723246	2346	*	Distal Intergenic	9383	ENST00000604411.1	-68959	TSIX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	147114488	147115347	860	*	Intron (ENST00000361727.8/26047, intron 5 of 23)	101928700	ENST00000434887.1	-16879	CNTNAP2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	21058502	21059758	1257	*	Intron (ENST00000675700.1/10529, intron 2 of 6)	10529	ENST00000675114.1	41372	NEBL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001725,GO:0005515,GO:0005523,GO:0008092,GO:0008092,GO:0008307,GO:0030018,GO:0030018,GO:0031005,GO:0031674,GO:0048747,GO:0051015,GO:0051015,GO:0070062,GO:0071691,GO:0071691	NA
chr11	87231809	87233271	1463	*	Intron (ENST00000340353.11/65084, intron 4 of 13)	65084	ENST00000531643.1	-84864	TMEM135	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005778,GO:0005811,GO:0007031,GO:0009409,GO:0016021,GO:0031966,GO:0032094,GO:0090140	NA
chr1	52215902	52218216	2315	*	5' UTR	9372	ENST00000357206.6	73528	ZFYVE9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005545,GO:0005769,GO:0005829,GO:0006897,GO:0007179,GO:0007179,GO:0007179,GO:0007179,GO:0016197,GO:0019904,GO:0031901,GO:0031901,GO:0031901,GO:0032991,GO:0043231,GO:0046872	hsa04144,hsa04350
chr7	141940510	141941925	1416	*	Intron (ENST00000465654.5/8972, intron 1 of 5)	23601	ENST00000481301.1	-4179	CLEC5A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001618,GO:0001618,GO:0002076,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006968,GO:0007165,GO:0009986,GO:0030246,GO:0035579,GO:0043066,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045087,GO:0046718,GO:0070821	NA
chr9	133766988	133768333	1346	*	Intron (ENST00000406606.7/7410, intron 26 of 26)	1757	ENST00000298628.6	-27033	SARDH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005759,GO:0008480,GO:0016491,GO:0042426,GO:1901053	hsa00260,hsa01100
chrX	73416554	73417988	1435	*	Distal Intergenic	1046	ENST00000373514.3	-29065	CDX4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001228,GO:0001568,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0009790,GO:0009887,GO:0009948,GO:0030154,GO:0045944,GO:0045944,GO:0060711,GO:1990837	NA
chr11	112639118	112640095	978	*	Exon (ENST00000691666.1/ENST00000691666.1, exon 2 of 5)	105369496	ENST00000662440.1	81056	LOC105369496	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	62676943	62684967	8025	*	Distal Intergenic	643955	ENST00000444809.1	619021	ZNF733P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	3366105	3370531	4427	*	Promoter (<=1kb)	79903	ENST00000575785.2	993	NAA60	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000139,GO:0004402,GO:0004596,GO:0004596,GO:0005515,GO:0006334,GO:0006474,GO:0007059,GO:0008283,GO:0010485,GO:0017196,GO:0017196,GO:0042803,GO:0043966,GO:0043967,GO:0043967	NA
chr6	98166678	98169790	3113	*	Intron (ENST00000669069.1/101927314, intron 10 of 11)	100302164	ENST00000459007.1	142147	MIR2113	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:1903561	NA
chrX	84463901	84464780	880	*	Intron (ENST00000297977.9/139324, intron 3 of 9)	139324	ENST00000472135.2	4796	HDX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357	NA
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chr21	10792007	10792386	380	*	Distal Intergenic	7179	ENST00000618007.5	270424	TPTE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004725,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006470,GO:0007165,GO:0008138,GO:0008285,GO:0014065,GO:0016021,GO:0016311,GO:0016314,GO:0035335,GO:0042995,GO:0046856,GO:0048870,GO:0051896	NA
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chr11	50480427	50484858	4432	*	Distal Intergenic	646813	ENST00000532521.2	71385	LOC646813	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	145551162	145552749	1588	*	Distal Intergenic	105375553	ENST00000662872.3	128641	LOC105375553	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	5113613	5115240	1628	*	Distal Intergenic	727982	ENST00000412134.6	-457115	LINC01249	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	33276324	33279860	3537	*	Exon (ENST00000427493.1/ENST00000427493.1, exon 1 of 1)	27241	ENST00000434373.3	-64747	BBS9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000242,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005929,GO:0007601,GO:0015031,GO:0016020,GO:0034451,GO:0034464,GO:0034464,GO:0035869,GO:0045444,GO:0050896,GO:0060170,GO:0060271,GO:0061512	NA
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chr16	46380614	46381079	466	*	Distal Intergenic	124149	ENST00000571606.1	97360	ANKRD26P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr7	130859319	130861793	2475	*	Intron (ENST00000447430.1/100506860, intron 1 of 4)	100506860	ENST00000653887.1	5587	LINC00513	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	9910350	9911999	1650	*	Intron (ENST00000339766.8/387836, intron 4 of 4)	387836	ENST00000339766.8	20348	CLEC2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0009897,GO:0016021,GO:0030246,GO:0042267,GO:0042803	NA
chr19	37192526	37194134	1609	*	Promoter (2-3kb)	92285	ENST00000531805.5	-2050	ZNF585B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr20	29510199	29511083	885	*	Distal Intergenic	102723390	ENST00000634469.1	-13020	FRG1EP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	76899538	76902106	2569	*	Intron (ENST00000317593.9/170591, intron 4 of 4)	170591	ENST00000613039.1	24237	S100Z	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005509,GO:0005515,GO:0008150,GO:0042803,GO:0048306	NA
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chrX	74685358	74686984	1627	*	Distal Intergenic	51132	ENST00000332687.11	-70734	RLIM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000209,GO:0003714,GO:0004842,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006511,GO:0006511,GO:0016567,GO:0016567,GO:0017053,GO:0043433,GO:0045892,GO:0046872,GO:0060816,GO:0060816,GO:0061630,GO:1900095	NA
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chr19	37402173	37406022	3850	*	Exon (ENST00000624962.1/ENST00000624962.1, exon 1 of 1)	84503	ENST00000587349.1	30979	ZNF527	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr19	7816881	7818358	1478	*	Intron (ENST00000702925.1/ENST00000702925.1, intron 1 of 1)	115704	ENST00000538904.7	-11860	EVI5L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005096,GO:0005096,GO:0005515,GO:0006886,GO:0031267,GO:0043547,GO:0090630,GO:1902018	NA
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chr19	9686132	9686949	818	*	Distal Intergenic	729648	ENST00000457674.7	7943	ZNF812P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr20	31270902	31274988	4087	*	Exon (ENST00000400550.2/ENST00000400550.2, exon 1 of 1)	245929	ENST00000400552.1	13238	DEFB115	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0042742,GO:0045087	NA
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chr2	106235217	106235851	635	*	Distal Intergenic	80146	ENST00000283148.12	-40916	UXS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0016021,GO:0032580,GO:0033320,GO:0042802,GO:0042803,GO:0048040,GO:0048040,GO:0070062,GO:0070403,GO:0070403,GO:1902494	hsa00520,hsa01100
chr2	116801574	116804235	2662	*	Distal Intergenic	57628	ENST00000473362.1	986911	DPP10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0016020,GO:0044325,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1903078	NA
chr21	36883576	36884455	880	*	Intron (ENST00000674895.3/3141, intron 6 of 10)	3141	ENST00000482273.1	45962	HLCS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0004077,GO:0004078,GO:0004079,GO:0004080,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005652,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006768,GO:0009305,GO:0009305,GO:0009374,GO:0016363,GO:0016570,GO:0018215,GO:0018271,GO:0018271,GO:0018271,GO:0019899,GO:0070781,GO:0071110,GO:0071110	hsa00780,hsa01100
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chr4	146482215	146484712	2498	*	Intron (ENST00000432059.6/84068, intron 4 of 10)	84068	ENST00000513583.1	19191	SLC10A7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005797,GO:0005801,GO:0005802,GO:0005886,GO:0006814,GO:0006874,GO:0015125,GO:0015293,GO:0015721,GO:0016021,GO:0030210,GO:0031226,GO:0034436,GO:0048193,GO:0055085,GO:0060348	NA
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chr4	52329713	52331283	1571	*	Intron (ENST00000660768.1/112268466, intron 2 of 2)	112268466	ENST00000660768.1	220291	LOC112268466	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	64036790	64038928	2139	*	Promoter (<=1kb)	105375317	ENST00000657780.1	0	LOC105375317	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr8	30674665	30676019	1355	*	Distal Intergenic	2961	ENST00000355904.9	-16429	GTF2E2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005669,GO:0005673,GO:0005829,GO:0006366,GO:0006366,GO:0006367,GO:0006367,GO:0016251,GO:0016607,GO:0042795	hsa03022,hsa05203
chr8	3612272	3613400	1129	*	Exon (ENST00000400186.7/64478, exon 9 of 68)	64478	ENST00000519090.1	3339	CSMD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
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chrX	139307321	139308177	857	*	Distal Intergenic	2258	ENST00000448673.1	-84544	FGF13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001764,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005874,GO:0005886,GO:0006814,GO:0007026,GO:0007165,GO:0007267,GO:0007399,GO:0007612,GO:0007613,GO:0008017,GO:0008083,GO:0014704,GO:0016328,GO:0017080,GO:0017080,GO:0017080,GO:0021766,GO:0021795,GO:0030175,GO:0030295,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030426,GO:0032147,GO:0043005,GO:0044325,GO:0045200,GO:0046785,GO:0048487,GO:0048671,GO:0072659,GO:0098909,GO:1904862,GO:1905150	NA
chrX	64375124	64377220	2097	*	Intron (ENST00000374852.4/55613, intron 1 of 13)	55613	ENST00000374852.4	18232	MTMR8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004438,GO:0004725,GO:0005515,GO:0005635,GO:0005635,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006661,GO:0010507,GO:0016020,GO:0016241,GO:0035335,GO:0046856,GO:0052629,GO:0106018	hsa00562,hsa01100,hsa04070
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chr10	113872025	113873875	1851	*	Intron (ENST00000369301.3/374354, intron 2 of 10)	374354	ENST00000468890.1	17201	NHLRC2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002576,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005829,GO:0031093	NA
chr10	83253118	83254652	1535	*	Distal Intergenic	105378397	ENST00000441776.2	422470	LINC02650	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	110939399	110940004	606	*	Exon (ENST00000562952.1/ENST00000562952.1, exon 1 of 1)	55791	ENST00000494675.5	12957	LRIF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000781,GO:0001740,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006355,GO:0009048,GO:0016363,GO:0034451,GO:0042974	NA
chr1	113567132	113568208	1077	*	Intron (ENST00000307546.14/260425, intron 2 of 20)	10745	ENST00000481652.1	137773	PHTF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005789,GO:0005801,GO:0016021	NA
chr11	14157413	14158837	1425	*	Intron (ENST00000576479.4/10418, intron 6 of 15)	10418	ENST00000591785.1	-103610	SPON1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005201,GO:0005201,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005788,GO:0007155,GO:0010954,GO:0031012,GO:0032092,GO:0046872,GO:0050693,GO:0062023,GO:0062023,GO:1902430,GO:1902993	NA
chr1	115567137	115568942	1806	*	Distal Intergenic	81839	ENST00000355485.7	-73028	VANGL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0007275,GO:0016021,GO:0016328,GO:0043473,GO:0060071	hsa04310
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chr1	158223020	158224316	1297	*	Distal Intergenic	909	ENST00000289429.6	-30108	CD1A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001916,GO:0002250,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006955,GO:0006955,GO:0009897,GO:0010008,GO:0030883,GO:0030884,GO:0045121,GO:0048006,GO:0048007,GO:0050776,GO:0071723	hsa04530,hsa04640,hsa05146
chr11	87542363	87545045	2683	*	Distal Intergenic	105369423	ENST00000532606.1	174366	LINC02711	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	108372982	108374739	1758	*	Distal Intergenic	1240	ENST00000312143.11	-33665	CMKLR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001501,GO:0002430,GO:0004875,GO:0004930,GO:0004930,GO:0004950,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006935,GO:0006935,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007200,GO:0007204,GO:0010759,GO:0010759,GO:0016021,GO:0032088,GO:0032695,GO:0038023,GO:0045600,GO:0050848,GO:0050848,GO:0070098,GO:0120162	NA
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chr12	34458697	34461980	3284	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	436201	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr13	109640272	109641945	1674	*	Intron (ENST00000650264.1/107984602, intron 1 of 3)	101409253	ENST00000416090.1	-86337	LINC00676	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	50921905	50925201	3297	*	Promoter (1-2kb)	79621	ENST00000645712.1	-1954	RNASEH2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005654,GO:0005654,GO:0006401,GO:0006401,GO:0009259,GO:0032299,GO:0032299	hsa03030
chr14	105778250	105780368	2119	*	Distal Intergenic	100616374	ENST00000579784.1	77204	MIR4539	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	76143033	76145053	2021	*	Intron (ENST00000636059.1/ENST00000636059.1, intron 1 of 1)	55668	ENST00000554375.5	-6863	GPATCH2L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr1	48331455	48333595	2141	*	Intron (ENST00000371847.8/54558, intron 11 of 12)	54558	ENST00000487629.1	26127	SPATA6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007283,GO:0030154,GO:0032027,GO:0044458,GO:0044458,GO:0097224,GO:0097224	NA
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chr16	35711247	35715996	4750	*	Distal Intergenic	400533	ENST00000562769.5	-27272	LINC02167	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr17	64068706	64070067	1362	*	Promoter (1-2kb)	2081	ENST00000583896.1	-1722	ERN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0001935,GO:0004521,GO:0004521,GO:0004674,GO:0004674,GO:0005161,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005637,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006379,GO:0006402,GO:0006468,GO:0007050,GO:0007257,GO:0016241,GO:0019899,GO:0030176,GO:0030544,GO:0033120,GO:0034620,GO:0034620,GO:0034976,GO:0035924,GO:0036289,GO:0036498,GO:0036498,GO:0036498,GO:0036498,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043531,GO:0046777,GO:0051082,GO:0051879,GO:0070054,GO:0070054,GO:0070054,GO:0070059,GO:0070301,GO:0071333,GO:0090502,GO:0098787,GO:0106310,GO:0106311,GO:1900103,GO:1901142,GO:1904707,GO:1990332,GO:1990579,GO:1990597,GO:1990604,GO:1990604,GO:1990630	hsa04140,hsa04141,hsa04210,hsa04932,hsa05010,hsa05012,hsa05014,hsa05016,hsa05017,hsa05022,hsa05417
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chr19	13349057	13351050	1994	*	Intron (ENST00000360228.11/773, intron 6 of 46)	773	ENST00000636974.1	14409	CACNA1A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001540,GO:0005245,GO:0005245,GO:0005245,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007204,GO:0007268,GO:0008219,GO:0008331,GO:0008331,GO:0016021,GO:0016021,GO:0019905,GO:0034765,GO:0042995,GO:0043025,GO:0045202,GO:0046872,GO:0050796,GO:0050804,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588,GO:1904645,GO:1904646,GO:1904646	hsa04010,hsa04020,hsa04721,hsa04723,hsa04724,hsa04725,hsa04726,hsa04727,hsa04728,hsa04730,hsa04742,hsa04930,hsa05017,hsa05032,hsa05033
chr19	34022587	34025374	2788	*	Exon (ENST00000505751.1/ENST00000505751.1, exon 1 of 1)	105372371	ENST00000657364.1	40909	LOC105372371	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	32656411	32657995	1585	*	Distal Intergenic	105374714	ENST00000514225.1	-4435	LINC02061	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	45620255	45622032	1778	*	Distal Intergenic	8534	ENST00000533673.1	27602	CHST1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0001517,GO:0005515,GO:0005802,GO:0005976,GO:0006012,GO:0006044,GO:0006790,GO:0006790,GO:0006954,GO:0008146,GO:0016021,GO:0018146,GO:0042339,GO:0042339,GO:0045130,GO:0045130,GO:0045130	hsa00533
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chr15	71585102	71586595	1494	*	Intron (ENST00000355327.7/79875, intron 7 of 17)	79875	ENST00000357769.4	37866	THSD4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001527,GO:0004222,GO:0005201,GO:0006508,GO:0030198,GO:0031012,GO:0048251,GO:0062023,GO:0070062	hsa04350
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chr16	12732514	12733945	1432	*	Intron (ENST00000381774.9/55313, intron 2 of 3)	105371090	ENST00000564016.1	-11928	LOC105371090	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr16	84021564	84022359	796	*	Intron (ENST00000299709.8/146167, intron 7 of 10)	146167	ENST00000568003.1	-4808	SLC38A8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0006814,GO:0015171,GO:0016021	NA
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chr8	46461403	46469675	8273	*	Distal Intergenic	389652	ENST00000518311.3	144848	ASNSP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	44975427	44976830	1404	*	Exon (ENST00000674586.1/7403, exon 5 of 30)	7403	ENST00000675525.1	-41236	KDM6A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006338,GO:0007507,GO:0010468,GO:0031490,GO:0035097,GO:0044666,GO:0044666,GO:0046872,GO:0051213,GO:0051568,GO:0071557,GO:0071557,GO:0071558	hsa05202
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chrX	78249355	78250882	1528	*	Distal Intergenic	10800	ENST00000493254.1	76669	CYSLTR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001631,GO:0002437,GO:0004974,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006816,GO:0006935,GO:0006952,GO:0007166,GO:0007186,GO:0007204,GO:0007218,GO:0007585,GO:0008528,GO:0016020,GO:0061737	hsa04020,hsa04080
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chr19	37038186	37041529	3344	*	Intron (ENST00000590332.1/147923, intron 1 of 1)	147923	ENST00000587029.5	30327	ZNF420	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006357,GO:0042981,GO:0046872	hsa05168
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chr8	99919802	99922332	2531	*	Distal Intergenic	1345	ENST00000520468.7	-26095	COX6C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004129,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005743,GO:0006091,GO:0006123,GO:0016021,GO:1902600	hsa00190,hsa01100,hsa04260,hsa04714,hsa04932,hsa05010,hsa05012,hsa05014,hsa05016,hsa05020,hsa05022,hsa05415
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chrX	81290021	81292760	2740	*	Intron (ENST00000373212.6/6451, intron 3 of 3)	6451	ENST00000474113.1	34527	SH3BGRL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005615,GO:0005634,GO:0005737,GO:0017124,GO:0070062	NA
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chr10	41844414	41845560	1147	*	Distal Intergenic	101929373	ENST00000622823.4	-397161	LOC101929373	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	107236205	107238101	1897	*	Intron (ENST00000370073.6/22854, intron 2 of 7)	22854	ENST00000477948.1	-22702	NTNG1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0009887,GO:0009888,GO:0010975,GO:0016477,GO:0034446,GO:0043256,GO:0046658,GO:0050804,GO:0050839,GO:0070831,GO:0098632,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099029,GO:0099560,GO:0150011,GO:2001222	hsa04360,hsa04514
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chr13	30248938	30249844	907	*	Intron (ENST00000380615.8/84056, intron 4 of 10)	84056	ENST00000480854.1	-38274	KATNAL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000922,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005819,GO:0005874,GO:0007283,GO:0008017,GO:0008568,GO:0008568,GO:0015630,GO:0016853,GO:0016887,GO:0031122,GO:0042802,GO:0051013,GO:0051013	NA
chr13	80810220	80810969	750	*	Intron (ENST00000665186.1/105370278, intron 2 of 4)	105370278	ENST00000665186.1	206768	LOC105370278	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	32905143	32906298	1156	*	Intron (ENST00000305768.10/84902, intron 14 of 18)	11136	ENST00000023064.9	-35376	SLC7A9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006865,GO:0015175,GO:0015175,GO:0015179,GO:0015184,GO:0015184,GO:0015804,GO:0015811,GO:0015811,GO:0016324,GO:0031526,GO:0042605,GO:0050900,GO:0065003,GO:1902475	hsa04974
chr19	36592961	36596659	3699	*	Exon (ENST00000475219.6/101927599, exon 3 of 5)	84911	ENST00000423582.5	-8158	ZNF382	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0003700,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	37590039	37591765	1727	*	Promoter (2-3kb)	51276	ENST00000593133.5	2981	ZNF571	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	44350484	44352183	1700	*	Intron (ENST00000354340.9/7771, intron 1 of 3)	7771	ENST00000592151.1	4491	ZNF112	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr2	177433383	177434756	1374	*	3' UTR	8540	ENST00000679994.1	40107	AGPS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005730,GO:0005739,GO:0005777,GO:0005778,GO:0005782,GO:0005829,GO:0006625,GO:0008609,GO:0008610,GO:0008611,GO:0008611,GO:0008611,GO:0016020,GO:0016491,GO:0071949	hsa00565,hsa01100,hsa04146
chr2	51912846	51915513	2668	*	Intron (ENST00000440698.1/730100, intron 7 of 10)	105374597	ENST00000663568.1	106922	LOC105374597	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	46110702	46112216	1515	*	Intron (ENST00000295452.5/2565, intron 1 of 8)	2565	ENST00000295452.5	11838	GABRG1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050811,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
chr4	99485018	99487473	2456	*	Intron (ENST00000506494.1/ENST00000506494.1, intron 1 of 3)	84103	ENST00000514652.5	-23539	C4orf17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr5	575419	576695	1277	*	Distal Intergenic	100996325	ENST00000506629.1	35515	LOC100996325	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr6	14615636	14616431	796	*	Exon (ENST00000702111.1/101928354, exon 3 of 3)	101928354	ENST00000414740.2	-15946	LOC101928354	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	120117353	120118425	1073	*	Intron (ENST00000693300.2/121009649, intron 2 of 2)	121009649	ENST00000508362.1	49842	MAD2L1-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	40483180	40483539	360	*	Intron (ENST00000649444.1/ENST00000649444.1, intron 1 of 2)	105374736	ENST00000665809.1	-170275	LOC105374736	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	33948733	33950862	2130	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000538927.1	-71606	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
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chr12	34616698	34621487	4790	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	594202	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
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chr12	10645667	10647827	2161	*	Intron (ENST00000075503.8/55359, intron 1 of 10)	55359	ENST00000542924.1	-16029	STYK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004713,GO:0004715,GO:0005102,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005886,GO:0007169,GO:0016021,GO:0030154,GO:0031234,GO:0045087	NA
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chr10	1748188	1751515	3328	*	Distal Intergenic	105	ENST00000381312.6	-10663	ADARB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0003725,GO:0003726,GO:0003727,GO:0004000,GO:0005730,GO:0005737,GO:0006382,GO:0006396,GO:0006397,GO:0008251,GO:0046872	NA
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chr1	228198438	228200147	1710	*	Distal Intergenic	574407	ENST00000660656.1	6411	OBSCN-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	10346579	10347481	903	*	Intron (ENST00000454113.1/ENST00000454113.1, intron 4 of 4)	4281	ENST00000479925.1	112561	MID1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0005515,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005874,GO:0005875,GO:0005881,GO:0007389,GO:0008017,GO:0008270,GO:0016740,GO:0019899,GO:0031625,GO:0032874,GO:0035372,GO:0042802,GO:0042803,GO:0051219,GO:0060333	hsa04120
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chr2	148253255	148254369	1115	*	Intron (ENST00000488372.5/55777, intron 2 of 3)	55777	ENST00000636948.1	19907	MBD5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0003682,GO:0003682,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005694,GO:0007399,GO:0010369,GO:0010369,GO:0016579,GO:0030496,GO:0040014,GO:0042593,GO:0050795,GO:0060399,GO:0070062	NA
chr10	94025336	94026826	1491	*	Intron (ENST00000371380.8/51196, intron 1 of 32)	51196	ENST00000689699.1	-3891	PLCE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000187,GO:0001558,GO:0004435,GO:0004435,GO:0004629,GO:0005085,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006651,GO:0006651,GO:0006940,GO:0007010,GO:0007173,GO:0007173,GO:0007200,GO:0007204,GO:0007265,GO:0007507,GO:0008277,GO:0010592,GO:0016042,GO:0019722,GO:0019722,GO:0019899,GO:0030027,GO:0031267,GO:0032835,GO:0043647,GO:0045859,GO:0046578,GO:0046872,GO:0048015,GO:0048016	hsa00562,hsa01100,hsa04014,hsa04015,hsa04020,hsa04024,hsa04070,hsa04919,hsa04933,hsa05131,hsa05205
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chr12	14521381	14524188	2808	*	Intron (ENST00000240617.10/79887, intron 6 of 10)	101928317	ENST00000655882.1	-5936	LOC101928317	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	144504518	144505582	1065	*	Intron (ENST00000367545.8/7402, intron 34 of 74)	7402	ENST00000367526.8	-77628	UTRN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001954,GO:0003779,GO:0005178,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006936,GO:0007517,GO:0007528,GO:0008270,GO:0014894,GO:0016010,GO:0016020,GO:0017166,GO:0019901,GO:0030175,GO:0030426,GO:0030864,GO:0031527,GO:0031594,GO:0032991,GO:0042383,GO:0045211,GO:0051015,GO:0070062,GO:0070938,GO:2000649	NA
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chr15	25346809	25348490	1682	*	Promoter (<=1kb)	7337	ENST00000636667.1	-778	UBE3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000502,GO:0001541,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006508,GO:0006511,GO:0007420,GO:0014068,GO:0016032,GO:0030521,GO:0031398,GO:0032570,GO:0035037,GO:0042220,GO:0042542,GO:0042752,GO:0045944,GO:0046872,GO:0048511,GO:0050847,GO:0051865,GO:0060736,GO:0061002,GO:0061630,GO:0070936,GO:1905528,GO:1990416,GO:2000058	hsa04120,hsa05165,hsa05203
chr20	13497149	13498185	1037	*	Intron (ENST00000480436.5/55617, intron 10 of 13)	55617	ENST00000434275.1	131826	TASP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004298,GO:0004298,GO:0005737,GO:0006508,GO:0042802,GO:0045893,GO:0051604	NA
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chr21	10788617	10789625	1009	*	Distal Intergenic	7179	ENST00000618007.5	267034	TPTE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004725,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006470,GO:0007165,GO:0008138,GO:0008285,GO:0014065,GO:0016021,GO:0016311,GO:0016314,GO:0035335,GO:0042995,GO:0046856,GO:0048870,GO:0051896	NA
chr3	185237239	185238525	1287	*	Promoter (1-2kb)	1962	ENST00000483104.5	-1777	EHHADH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003857,GO:0003857,GO:0003857,GO:0003857,GO:0003857,GO:0004165,GO:0004300,GO:0004300,GO:0004300,GO:0005515,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005782,GO:0005829,GO:0006625,GO:0006635,GO:0006635,GO:0006635,GO:0006635,GO:0016508,GO:0016509,GO:0016863,GO:0019899,GO:0033540	hsa00071,hsa00280,hsa00310,hsa00380,hsa00410,hsa00640,hsa00650,hsa01100,hsa01212,hsa03320,hsa04146
chr3	99398460	99400038	1579	*	Distal Intergenic	105374005	ENST00000484675.1	127075	LOC105374005	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	97859633	97860176	544	*	Intron (ENST00000669006.1/109729164, intron 1 of 2)	109729164	ENST00000666358.1	17811	LINC02234	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	49648510	49649317	808	*	Distal Intergenic	80157	ENST00000507372.1	619818	CWH43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0006506,GO:0016021	NA
chr7	62299703	62301803	2101	*	Distal Intergenic	643955	ENST00000444809.1	1002185	ZNF733P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	78966058	78967138	1081	*	Intron (ENST00000370742.4/64123, intron 2 of 14)	64123	ENST00000640664.2	39567	ADGRL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007166,GO:0007186,GO:0007189,GO:0016021,GO:0031410,GO:0065003	NA
chr18	33385134	33386404	1271	*	Intron (ENST00000403303.5/374864, intron 4 of 21)	374864	ENST00000406524.6	25708	CCDC178	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0036064	NA
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chr11	55026125	55027111	987	*	Distal Intergenic	79097	ENST00000417545.5	-235044	TRIM48	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0008270,GO:0010468,GO:0016567,GO:0045087,GO:0061630	NA
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chr1	215294286	215295616	1331	*	Distal Intergenic	3776	ENST00000457122.1	210769	KCNK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003231,GO:0005634,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007613,GO:0008076,GO:0009612,GO:0009986,GO:0010942,GO:0015271,GO:0015271,GO:0016324,GO:0022841,GO:0022841,GO:0030322,GO:0043025,GO:0044305,GO:0048678,GO:0060044,GO:0071456,GO:0071805,GO:0071805,GO:0090102,GO:0097449,GO:1900039,GO:2000279	hsa04927,hsa04934,hsa04971
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chr3	28968345	28969618	1274	*	Intron (ENST00000635992.1/152098, intron 7 of 13)	27303	ENST00000637842.1	103121	RBMS3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002357,GO:0003723,GO:0003730,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0008143,GO:0008143,GO:0008266,GO:0008266,GO:0010628,GO:0010629,GO:0035925,GO:0090090,GO:1990904	NA
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chr12	64476625	64477246	622	*	Promoter (2-3kb)	29110	ENST00000678718.1	2395	TBK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002218,GO:0003676,GO:0004672,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006468,GO:0006954,GO:0007249,GO:0009615,GO:0010008,GO:0016032,GO:0016239,GO:0018105,GO:0018105,GO:0018107,GO:0019903,GO:0032479,GO:0032479,GO:0032480,GO:0032481,GO:0032606,GO:0032727,GO:0032728,GO:0033138,GO:0035666,GO:0042802,GO:0043123,GO:0043231,GO:0044565,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045944,GO:0050830,GO:0051219,GO:0051607,GO:0060340,GO:0071345,GO:0106310,GO:0106311,GO:1901214,GO:1904417	hsa04014,hsa04137,hsa04140,hsa04620,hsa04621,hsa04622,hsa04623,hsa04657,hsa05014,hsa05022,hsa05131,hsa05135,hsa05160,hsa05161,hsa05162,hsa05163,hsa05164,hsa05165,hsa05167,hsa05168,hsa05169,hsa05170,hsa05171,hsa05417
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chr13	31270108	31271239	1132	*	Intron (ENST00000343307.5/145173, intron 8 of 14)	145173	ENST00000461652.2	9701	B3GLCT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005789,GO:0006004,GO:0008375,GO:0016021,GO:0016757,GO:0036066	hsa00514
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chr7	61917850	61919541	1692	*	Distal Intergenic	643955	ENST00000444809.1	1384447	ZNF733P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	39411609	39413242	1634	*	Distal Intergenic	399746	ENST00000448440.1	715185	ACTR3BP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	42332294	42333407	1114	*	Exon (ENST00000609841.1/441666, exon 3 of 3)	441666	ENST00000423987.2	19604	LOC441666	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	66957397	66961015	3619	*	Intron (ENST00000315266.9/10243, intron 7 of 21)	10243	ENST00000556501.1	-97634	GPHN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006777,GO:0007529,GO:0008940,GO:0010038,GO:0014069,GO:0018315,GO:0030425,GO:0030425,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0042802,GO:0043546,GO:0045211,GO:0045211,GO:0046872,GO:0061598,GO:0061599,GO:0072579,GO:0097060,GO:0097112,GO:0097112,GO:0097112,GO:0098970,GO:0099144,GO:0099572,GO:0099634	hsa00790,hsa01100,hsa01240,hsa04727
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chr15	55554623	55557059	2437	*	Intron (ENST00000563719.4/26108, intron 1 of 2)	26108	ENST00000645724.1	30902	PYGO1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001822,GO:0002244,GO:0005515,GO:0005654,GO:0007289,GO:0034504,GO:0035064,GO:0045944,GO:0046872,GO:0060070,GO:1904837	NA
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chr11	55194997	55197013	2017	*	Distal Intergenic	79097	ENST00000417545.5	-65142	TRIM48	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0008270,GO:0010468,GO:0016567,GO:0045087,GO:0061630	NA
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chr1	162838501	162839643	1143	*	Exon (ENST00000451015.1/ENST00000451015.1, exon 4 of 7)	339512	ENST00000524691.1	16140	CCDC190	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	78272568	78273584	1017	*	Intron (ENST00000361507.5/9846, intron 2 of 9)	9846	ENST00000528329.1	-40636	GAB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005068,GO:0005515,GO:0005547,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007169,GO:0007411,GO:0008284,GO:0019221,GO:0030316,GO:0038095,GO:0043306,GO:0043325,GO:0048015	hsa04014,hsa04071,hsa04072,hsa04380,hsa04664,hsa04666,hsa05220
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chr12	19582342	19584424	2083	*	Exon (ENST00000669833.1/ENST00000669833.1, exon 1 of 2)	121536	ENST00000398731.3	82213	AEBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0001227,GO:0005654,GO:0005654,GO:0006325,GO:0006357,GO:0035098,GO:0035098,GO:0045814,GO:0046872	NA
chr12	2166995	2168620	1626	*	Intron (ENST00000682544.1/775, intron 3 of 49)	775	ENST00000682152.1	51771	CACNA1C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002520,GO:0005245,GO:0005245,GO:0005245,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007204,GO:0007507,GO:0008331,GO:0008331,GO:0008331,GO:0010881,GO:0010881,GO:0014069,GO:0016021,GO:0016032,GO:0030018,GO:0030425,GO:0035115,GO:0035585,GO:0043010,GO:0043204,GO:0045762,GO:0046872,GO:0050796,GO:0051393,GO:0060402,GO:0060402,GO:0061337,GO:0061337,GO:0061577,GO:0070509,GO:0070588,GO:0070588,GO:0086002,GO:0086007,GO:0086007,GO:0086012,GO:0086045,GO:0086056,GO:0086064,GO:0086091,GO:0098839,GO:0098911,GO:0098912,GO:1990454	hsa04010,hsa04020,hsa04022,hsa04024,hsa04260,hsa04261,hsa04270,hsa04713,hsa04720,hsa04723,hsa04724,hsa04725,hsa04726,hsa04727,hsa04728,hsa04742,hsa04911,hsa04912,hsa04921,hsa04924,hsa04925,hsa04927,hsa04929,hsa04930,hsa04934,hsa04935,hsa05010,hsa05020,hsa05022,hsa05031,hsa05410,hsa05412,hsa05414
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chr11	79700279	79700715	437	*	Distal Intergenic	26011	ENST00000278550.12	-259249	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
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chr1	186505653	186506189	537	*	Intron (ENST00000655945.1/102724919, intron 2 of 2)	102724919	ENST00000655945.1	39944	PDC-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	193817259	193818100	842	*	Intron (ENST00000656143.1/ENST00000656143.1, intron 2 of 5)	101929184	ENST00000660270.1	468128	LINC01031	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	36019507	36021511	2005	*	Intron (ENST00000360631.8/9201, intron 3 of 16)	9201	ENST00000255448.8	109795	DCLK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001764,GO:0004672,GO:0005524,GO:0005887,GO:0006468,GO:0007399,GO:0007417,GO:0009615,GO:0014069,GO:0016197,GO:0018105,GO:0021952,GO:0030900,GO:0035556,GO:0048675,GO:0048812,GO:0048813,GO:0106310,GO:0106311,GO:1900181	NA
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chr1	80100547	80101994	1448	*	Distal Intergenic	101927412	ENST00000418041.5	-433761	LINC01781	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	20854260	20854798	539	*	Distal Intergenic	7639	ENST00000597314.5	-68424	ZNF85	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006355,GO:0046872	hsa05168
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chr13	107488828	107489636	809	*	Intron (ENST00000375915.4/728215, intron 1 of 2)	100302286	ENST00000408723.1	41612	MIR1267	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	118874457	118875600	1144	*	Intron (ENST00000510708.6/285605, intron 4 of 5)	100422885	ENST00000636449.1	-98986	MIR1244-2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	77644976	77645707	732	*	Intron (ENST00000373344.11/546, intron 15 of 34)	546	ENST00000460639.2	6443	ATRX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000212,GO:0000228,GO:0000779,GO:0000781,GO:0000781,GO:0000792,GO:0003677,GO:0003678,GO:0003682,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005721,GO:0006281,GO:0006306,GO:0006334,GO:0006336,GO:0006338,GO:0006355,GO:0007283,GO:0010571,GO:0015616,GO:0016604,GO:0016605,GO:0030330,GO:0030900,GO:0031297,GO:0032206,GO:0032508,GO:0035064,GO:0035128,GO:0035264,GO:0042393,GO:0045944,GO:0046872,GO:0060009,GO:0070087,GO:0070192,GO:0070198,GO:0072520,GO:0072711,GO:0099115,GO:1900112,GO:1901581,GO:1901582,GO:1904908	NA
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chrX	115102161	115103676	1516	*	Distal Intergenic	109617004	ENST00000607417.1	22768	SNORA35B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005730,GO:0006396	NA
chr4	97937545	97939461	1917	*	Intron (ENST00000522676.5/285555, intron 2 of 4)	285555	ENST00000522676.5	32893	STPG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	175112760	175115105	2346	*	Intron (ENST00000239462.9/63923, intron 9 of 18)	63923	ENST00000621086.1	35341	TNN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002076,GO:0003674,GO:0005178,GO:0005575,GO:0005615,GO:0007160,GO:0007409,GO:0009986,GO:0033689,GO:0042802,GO:0043025,GO:0045668,GO:0062023,GO:0070593,GO:0097442,GO:1905240,GO:1990026,GO:1990138,GO:2001223	hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa05165,hsa05206
chr11	76815156	76816219	1064	*	Distal Intergenic	25987	ENST00000527881.1	23404	TSKU	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003431,GO:0005615,GO:0008203,GO:0010468,GO:0010977,GO:0021540,GO:0021670,GO:0021766,GO:0021960,GO:0030178,GO:0032911,GO:0033344,GO:0042060,GO:0042632,GO:0042635,GO:0043010,GO:0050431,GO:0060122,GO:0061073,GO:0097009,GO:0098868,GO:1904761	NA
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chr1	186551032	186553326	2295	*	Distal Intergenic	102724919	ENST00000655945.1	85323	PDC-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	88159274	88161274	2001	*	Intron (ENST00000243662.11/23682, intron 1 of 2)	23682	ENST00000531138.1	14159	RAB38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005739,GO:0005764,GO:0005769,GO:0005783,GO:0005802,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006886,GO:0007005,GO:0007264,GO:0012505,GO:0015031,GO:0016020,GO:0016192,GO:0030670,GO:0030742,GO:0031905,GO:0032438,GO:0033162,GO:0033162,GO:0035612,GO:0035646,GO:0035650,GO:0035651,GO:0036461,GO:0042470,GO:0042470,GO:0043687,GO:0044233,GO:0045335,GO:0060155,GO:0072657,GO:0090383,GO:1903232,GO:1903232,GO:2001247	NA
chr1	193926608	193928303	1696	*	Intron (ENST00000656143.1/ENST00000656143.1, intron 4 of 5)	101929184	ENST00000660270.1	577477	LINC01031	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	94218490	94220249	1760	*	Intron (ENST00000655054.1/105369435, intron 2 of 2)	105369435	ENST00000660968.1	-10892	LOC105369435	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	203444982	203445560	579	*	Distal Intergenic	5549	ENST00000343110.3	-30246	PRELP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001501,GO:0005201,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005796,GO:0007569,GO:0008201,GO:0018146,GO:0030021,GO:0030021,GO:0031012,GO:0042340,GO:0043202,GO:0062023,GO:0062023,GO:0062023,GO:0070062,GO:1903561	NA
chr1	209912814	209913120	307	*	Intron (ENST00000652023.1/255928, intron 1 of 1)	255928	ENST00000652023.1	11891	SYT14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr12	102493733	102494949	1217	*	Distal Intergenic	3479	ENST00000644491.1	-11989	IGF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000187,GO:0001501,GO:0001775,GO:0002576,GO:0005158,GO:0005159,GO:0005159,GO:0005159,GO:0005178,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0007165,GO:0007265,GO:0007517,GO:0008083,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008284,GO:0009408,GO:0009441,GO:0010468,GO:0010560,GO:0010613,GO:0010613,GO:0010628,GO:0010629,GO:0014065,GO:0014068,GO:0014834,GO:0014896,GO:0014904,GO:0014911,GO:0016942,GO:0030166,GO:0030166,GO:0030335,GO:0031093,GO:0032148,GO:0032691,GO:0032720,GO:0034392,GO:0035630,GO:0035867,GO:0040014,GO:0042060,GO:0042104,GO:0042531,GO:0042567,GO:0043066,GO:0043388,GO:0043410,GO:0043491,GO:0043568,GO:0044267,GO:0045445,GO:0045669,GO:0045725,GO:0045821,GO:0045840,GO:0045893,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046326,GO:0046579,GO:0048009,GO:0048015,GO:0048146,GO:0048661,GO:0050679,GO:0050714,GO:0050731,GO:0050821,GO:0051450,GO:0060283,GO:0061051,GO:0061051,GO:0070371,GO:0070382,GO:0070886,GO:0090201,GO:0150079,GO:1902430,GO:1904075,GO:1904646,GO:1904707,GO:1905460,GO:2000679,GO:2001237	hsa01521,hsa01522,hsa04010,hsa04014,hsa04015,hsa04066,hsa04068,hsa04114,hsa04115,hsa04150,hsa04151,hsa04152,hsa04211,hsa04213,hsa04510,hsa04550,hsa04730,hsa04750,hsa04913,hsa04914,hsa04935,hsa04960,hsa05200,hsa05202,hsa05205,hsa05214,hsa05215,hsa05218,hsa05224,hsa05410,hsa05414
chr12	108375772	108377311	1540	*	Distal Intergenic	1240	ENST00000312143.11	-36455	CMKLR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001501,GO:0002430,GO:0004875,GO:0004930,GO:0004930,GO:0004950,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006935,GO:0006935,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007200,GO:0007204,GO:0010759,GO:0010759,GO:0016021,GO:0032088,GO:0032695,GO:0038023,GO:0045600,GO:0050848,GO:0050848,GO:0070098,GO:0120162	NA
chr1	211075266	211076508	1243	*	Intron (ENST00000367007.5/3756, intron 5 of 11)	3756	ENST00000624583.2	27007	KCNH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005251,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005637,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006813,GO:0007520,GO:0008076,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030551,GO:0031901,GO:0034765,GO:0042127,GO:0042391,GO:0042734,GO:0043204,GO:0043231,GO:0048015,GO:0071277,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098839,GO:1902936	NA
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chr12	128988872	128989707	836	*	Distal Intergenic	121256	ENST00000389441.8	96293	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	130291993	130294312	2320	*	Distal Intergenic	9271	ENST00000245255.7	-43575	PIWIL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003727,GO:0003729,GO:0004521,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006417,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007286,GO:0010529,GO:0019901,GO:0031047,GO:0033391,GO:0034584,GO:0034587,GO:0035093,GO:0043186,GO:0046872,GO:0051321,GO:0090502,GO:0097433,GO:0140262,GO:1905538	NA
chr12	130540863	130542420	1558	*	Intron (ENST00000690449.1/23504, intron 2 of 22)	23504	ENST00000535703.6	-22946	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	131704025	131705927	1903	*	Distal Intergenic	6433	ENST00000540469.5	-5154	SFSWAP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000380,GO:0000395,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0048025	NA
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chr1	21833985	21835209	1225	*	Promoter (<=1kb)	3339	ENST00000635682.1	-408	HSPG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001523,GO:0001525,GO:0001540,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005604,GO:0005604,GO:0005615,GO:0005796,GO:0005886,GO:0005925,GO:0006024,GO:0006027,GO:0006629,GO:0006898,GO:0006954,GO:0007420,GO:0008022,GO:0009887,GO:0009888,GO:0016525,GO:0030021,GO:0030021,GO:0030154,GO:0030198,GO:0043202,GO:0044267,GO:0050750,GO:0062023,GO:0062023,GO:0062023,GO:0070062,GO:0072359,GO:0098797	hsa04512,hsa05161,hsa05205
chr1	227712421	227716380	3960	*	Distal Intergenic	116841	ENST00000681827.1	-11820	SNAP47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005484,GO:0005515,GO:0005886,GO:0006887,GO:0006906,GO:0012505,GO:0016082,GO:0019905,GO:0031083,GO:0031201,GO:0031629,GO:0048471,GO:0098793	NA
chr1	22935458	22936106	649	*	Distal Intergenic	646262	ENST00000426928.7	36760	LACTBL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr16	31796606	31798179	1574	*	Distal Intergenic	317702	ENST00000418822.1	10665	VN1R3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0016503,GO:0019236	NA
chr16	36242381	36245495	3115	*	Distal Intergenic	400533	ENST00000565625.1	494024	LINC02167	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	39388153	39389870	1718	*	Distal Intergenic	399746	ENST00000448440.1	691729	ACTR3BP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	66228216	66231413	3198	*	Intron (ENST00000683963.1/29119, intron 12 of 16)	105378340	ENST00000608793.1	148973	LOC105378340	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	71117616	71118428	813	*	Distal Intergenic	219699	ENST00000335350.10	-94142	UNC5B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0005042,GO:0005515,GO:0005886,GO:0006915,GO:0007411,GO:0014068,GO:0016021,GO:0033564,GO:0038007,GO:0043524,GO:0045121,GO:2001240	hsa04360
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chrX	35355711	35356772	1062	*	Distal Intergenic	170062	ENST00000329357.6	412915	FAM47B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chrX	41800849	41801406	558	*	Intron (ENST00000421587.8/8573, intron 2 of 24)	8573	ENST00000642361.2	51787	CASK	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001953,GO:0004385,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005604,GO:0005604,GO:0005652,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005911,GO:0005925,GO:0006468,GO:0007155,GO:0007269,GO:0010839,GO:0010839,GO:0015629,GO:0016363,GO:0042734,GO:0046037,GO:0046710,GO:0060170,GO:0061045,GO:0090288,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr1	195218187	195219114	928	*	Distal Intergenic	105371672	ENST00000657207.1	544311	LOC105371672	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	10455150	10456330	1181	*	Promoter (<=1kb)	3821	ENST00000536188.5	-465	KLRC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001915,GO:0002305,GO:0002769,GO:0004888,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007166,GO:0023024,GO:0030246,GO:0043235,GO:0045953,GO:0050776,GO:0062082,GO:1990405	hsa04612,hsa04650,hsa05332
chr18	37014499	37016265	1767	*	Intron (ENST00000592611.5/57536, intron 5 of 10)	57536	ENST00000586501.1	-50601	KIAA1328	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr3	178917192	178918225	1034	*	Intron (ENST00000668466.1/104797538, intron 2 of 5)	104797538	ENST00000668466.1	19127	KCNMB2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	141706405	141707198	794	*	Intron (ENST00000320650.9/3600, intron 2 of 7)	3600	ENST00000477265.5	-7459	IL15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001819,GO:0001866,GO:0005125,GO:0005126,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007165,GO:0007260,GO:0007267,GO:0007568,GO:0008284,GO:0009986,GO:0014732,GO:0016607,GO:0030212,GO:0030225,GO:0032740,GO:0032819,GO:0032825,GO:0034105,GO:0035723,GO:0035723,GO:0042102,GO:0042119,GO:0042119,GO:0042531,GO:0045062,GO:0045580,GO:0048469,GO:0048535,GO:0048662,GO:0050691,GO:0050729,GO:0050731,GO:0050766,GO:0050778,GO:0071305,GO:0120163,GO:1904100	hsa04060,hsa04630,hsa04668,hsa04672,hsa05166,hsa05200,hsa05323
chr5	78898537	78900107	1571	*	Intron (ENST00000264914.10/411, intron 4 of 7)	411	ENST00000521800.2	55267	ARSB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003943,GO:0004065,GO:0005576,GO:0005739,GO:0005764,GO:0005788,GO:0005791,GO:0005794,GO:0006914,GO:0007040,GO:0007041,GO:0007417,GO:0007584,GO:0009268,GO:0009986,GO:0010632,GO:0010976,GO:0030207,GO:0035578,GO:0043202,GO:0043312,GO:0043627,GO:0046872,GO:0051597,GO:0061580,GO:0070062,GO:1904813	hsa00531,hsa01100,hsa04142
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chr8	49312948	49314005	1058	*	Distal Intergenic	105375826	ENST00000670453.1	144179	LOC105375826	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	176285272	176287520	2249	*	Intron (ENST00000701212.1/ENST00000701212.1, intron 5 of 6)	64326	ENST00000367669.8	-77986	COP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0010212,GO:0016567,GO:0016607,GO:0031464,GO:0032436,GO:0043161,GO:0043687,GO:0046872,GO:0061630	hsa04115,hsa04120
chr12	61806833	61808644	1812	*	Intron (ENST00000416284.8/338811, intron 2 of 4)	338811	ENST00000550003.1	18589	TAFA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005615,GO:0005634,GO:0005737,GO:0007165,GO:0007613,GO:0008542,GO:0048018	NA
chr14	63635037	63636220	1184	*	Intron (ENST00000394942.2/112840, intron 1 of 1)	112840	ENST00000267522.7	5187	WDR89	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr16	64566379	64567671	1293	*	Intron (ENST00000564046.1/105371310, intron 4 of 4)	105371310	ENST00000564046.1	201598	LOC105371310	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr17	71267888	71269011	1124	*	Distal Intergenic	101928165	ENST00000662323.1	-65685	CASC17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr20	5402810	5404220	1411	*	Intron (ENST00000668553.1/ENST00000668553.1, intron 2 of 3)	100507629	ENST00000669296.1	33025	LINC00658	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	110463627	110464401	775	*	Intron (ENST00000368919.8/85413, intron 1 of 7)	85413	ENST00000451557.5	-6806	SLC22A16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005275,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007338,GO:0015101,GO:0015101,GO:0015226,GO:0015695,GO:0015695,GO:0015837,GO:0015879,GO:0016021,GO:0030154,GO:0030317,GO:0046717,GO:1902603	NA
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chr1	235977080	235978429	1350	*	3' UTR	105373212	ENST00000443207.1	-5255	LINC02768	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	154275000	154276064	1065	*	Intron (ENST00000392825.8/114805, intron 8 of 12)	114805	ENST00000487047.1	17433	GALNT13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004653,GO:0005794,GO:0016021,GO:0016266,GO:0018215,GO:0018242,GO:0018243,GO:0030246,GO:0046872	hsa00512,hsa00514,hsa01100
chr4	144980644	144981591	948	*	Intron (ENST00000649263.1/10393, intron 4 of 8)	2993	ENST00000650526.1	-109691	GYPA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001618,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0016020,GO:0042802,GO:0046718,GO:0050900	hsa04640,hsa05144
chr7	63969497	63969914	418	*	Intron (ENST00000639687.1/ENST00000639687.1, intron 2 of 3)	100419780	ENST00000330020.5	-28935	ZNF722P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr8	61542494	61543998	1505	*	Intron (ENST00000379454.9/444, intron 21 of 24)	444	ENST00000521909.1	-16408	ASPH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004597,GO:0005198,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005886,GO:0006936,GO:0008307,GO:0009055,GO:0016021,GO:0018215,GO:0022900,GO:0032541,GO:0033017,GO:0034220,GO:0042264,GO:0045862,GO:0062101,GO:0097202,GO:1903779	hsa04020,hsa04260
chrX	82511764	82512816	1053	*	Distal Intergenic	117981790	ENST00000448435.2	-13840	EIF3JP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	108247630	108249023	1394	*	Distal Intergenic	10673	ENST00000430559.5	-20606	TNFSF13B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001782,GO:0002636,GO:0005125,GO:0005164,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005925,GO:0006955,GO:0007165,GO:0016021,GO:0030890,GO:0030890,GO:0030890,GO:0031295,GO:0031296,GO:0033209,GO:0042102,GO:0043231,GO:0048018,GO:0048471	hsa04060,hsa04064,hsa04672,hsa05323
chrY	11317909	11318326	418	*	Distal Intergenic	105379273	ENST00000651211.2	-102877	LOC105379273	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	57042735	57044002	1268	*	Distal Intergenic	219525	ENST00000635912.1	5201	OR5AK4P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	59888663	59891164	2502	*	Intron (ENST00000646438.2/112577461, intron 2 of 4)	112577461	ENST00000646438.2	9881	OOSP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576	NA
chr1	181284726	181286425	1700	*	Distal Intergenic	777	ENST00000524607.6	-31265	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr3	187035387	187036695	1309	*	Intron (ENST00000169298.8/6480, intron 2 of 7)	6480	ENST00000448449.1	-6321	ST6GAL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000139,GO:0003835,GO:0003835,GO:0003835,GO:0005515,GO:0005576,GO:0006054,GO:0006959,GO:0008373,GO:0016021,GO:0016266,GO:0018279,GO:0032580,GO:0042803,GO:0097503	hsa00510,hsa00514,hsa01100
chr4	100889686	100890852	1167	*	Distal Intergenic	107986233	ENST00000510657.1	-9560	LINC01218	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	141161274	141164206	2933	*	Intron (ENST00000625128.3/ENST00000625128.3, intron 2 of 2)	54661	ENST00000623466.1	5278	PCDHB17P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr6	117928418	117929978	1561	*	Intron (ENST00000360388.9/222553, intron 1 of 7)	222553	ENST00000360388.9	21154	SLC35F1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085	NA
chrX	130437466	130440139	2674	*	Distal Intergenic	51634	ENST00000487274.1	26263	RBMX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005686,GO:0071005,GO:0071011	NA
chr2	89793858	89802821	8964	*	Distal Intergenic	101927050	ENST00000636037.1	-153223	LOC101927050	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	35971283	35976814	5532	*	Distal Intergenic	400533	ENST00000565625.1	222926	LINC02167	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	210116586	210118189	1604	*	Intron (ENST00000281772.14/151050, intron 3 of 14)	151050	ENST00000460256.1	-12391	KANSL1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035035,GO:0043981,GO:0043982,GO:0043984,GO:0044545	NA
chr3	112869625	112872457	2833	*	Distal Intergenic	344807	ENST00000488794.6	-22761	CD200R1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0009897,GO:0016021,GO:0038023,GO:0150077	hsa05167
chr3	189243247	189244681	1435	*	Promoter (2-3kb)	100874027	ENST00000425454.1	-2653	TPRG1-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	97257412	97260581	3170	*	Intron (ENST00000504578.2/101926893, intron 5 of 6)	55781	ENST00000283109.8	-74165	RIOK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004672,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007049,GO:0030071,GO:0030490,GO:0030490,GO:0030688,GO:0030688,GO:0042274,GO:0046777,GO:0046872,GO:0106310,GO:0106311,GO:2000208,GO:2000234	hsa03008
chr7	126316934	126318340	1407	*	Distal Intergenic	2918	ENST00000495315.1	128848	GRM8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001640,GO:0001642,GO:0004930,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007196,GO:0007216,GO:0007601,GO:0008066,GO:0051966	hsa04072,hsa04080,hsa04724
chr6	133726117	133727434	1318	*	Intron (ENST00000607033.5/100507308, intron 4 of 8)	100507308	ENST00000606292.5	40174	TARID	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	48411265	48413339	2075	*	Intron (ENST00000395611.7/5599, intron 5 of 11)	5599	ENST00000374174.1	9604	MAPK8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0004674,GO:0004705,GO:0004705,GO:0004705,GO:0004707,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0006468,GO:0006468,GO:0006979,GO:0007254,GO:0007254,GO:0007254,GO:0007258,GO:0009411,GO:0009612,GO:0010628,GO:0016241,GO:0016301,GO:0018105,GO:0018107,GO:0018107,GO:0019899,GO:0030424,GO:0031063,GO:0031281,GO:0032091,GO:0032880,GO:0034198,GO:0034614,GO:0035033,GO:0035556,GO:0038095,GO:0042752,GO:0042826,GO:0043065,GO:0043065,GO:0043066,GO:0045202,GO:0048511,GO:0051090,GO:0051247,GO:0051403,GO:0071222,GO:0071260,GO:0071276,GO:0071345,GO:0090045,GO:0097441,GO:1900740,GO:1902595	hsa01522,hsa04010,hsa04012,hsa04014,hsa04024,hsa04068,hsa04071,hsa04137,hsa04140,hsa04141,hsa04210,hsa04215,hsa04217,hsa04310,hsa04380,hsa04510,hsa04530,hsa04620,hsa04621,hsa04622,hsa04625,hsa04657,hsa04658,hsa04659,hsa04660,hsa04664,hsa04668,hsa04722,hsa04723,hsa04728,hsa04750,hsa04910,hsa04912,hsa04914,hsa04917,hsa04920,hsa04926,hsa04930,hsa04931,hsa04932,hsa04933,hsa04935,hsa05010,hsa05012,hsa05016,hsa05017,hsa05020,hsa05022,hsa05120,hsa05130,hsa05131,hsa05132,hsa05133,hsa05135,hsa05142,hsa05145,hsa05152,hsa05161,hsa05162,hsa05166,hsa05167,hsa05169,hsa05170,hsa05171,hsa05200,hsa05210,hsa05212,hsa05231,hsa05415,hsa05417,hsa05418
chr10	72974911	72977903	2993	*	Distal Intergenic	84647	ENST00000373032.4	-20105	PLA2G12B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004623,GO:0005509,GO:0005576,GO:0006644,GO:0016042,GO:0042632,GO:0050482,GO:0070328	hsa00564,hsa00565,hsa00590,hsa00591,hsa00592,hsa01100,hsa04014,hsa04270,hsa04972,hsa04975
chr1	160600430	160602462	2033	*	Distal Intergenic	8832	ENST00000534968.5	-20914	CD84	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002250,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006914,GO:0006952,GO:0007156,GO:0032685,GO:0032701,GO:0033004,GO:0042802,GO:0043231,GO:0043305,GO:0045087,GO:0050900,GO:2001256	NA
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chr10	86278299	86281579	3281	*	Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 2 of 15)	442911	ENST00000362234.2	-13511	MIR346	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035195,GO:0042986,GO:0045975,GO:0048027,GO:1902004	NA
chr10	94638263	94639044	782	*	Distal Intergenic	1562	ENST00000285979.11	-44685	CYP2C18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004497,GO:0005506,GO:0005737,GO:0005789,GO:0006082,GO:0006805,GO:0006805,GO:0008392,GO:0008395,GO:0008401,GO:0016712,GO:0019373,GO:0019825,GO:0020037,GO:0042573,GO:0042738,GO:0043231,GO:0070330	hsa00830,hsa01100,hsa04726,hsa05204
chr10	97799021	97799658	638	*	Distal Intergenic	6425	ENST00000266066.4	-27022	SFRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005615,GO:0006915,GO:0007163,GO:0007165,GO:0007275,GO:0007601,GO:0008285,GO:0009653,GO:0017147,GO:0017147,GO:0030154,GO:0030178,GO:0030510,GO:0035567,GO:0043433,GO:0051898,GO:0060070,GO:0090090,GO:0090090,GO:2000057	hsa04310
chr10	99041833	99045535	3703	*	Intron (ENST00000370552.8/60495, intron 3 of 11)	102465253	ENST00000613630.1	-117265	MIR6507	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	103373706	103375310	1605	*	Intron (ENST00000375735.7/79659, intron 83 of 88)	79659	ENST00000533197.1	15463	DYNC2H1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001822,GO:0003774,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005794,GO:0005868,GO:0005868,GO:0005874,GO:0005886,GO:0005929,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007030,GO:0007368,GO:0008569,GO:0009953,GO:0016485,GO:0021522,GO:0030286,GO:0030326,GO:0030900,GO:0031514,GO:0035721,GO:0035735,GO:0045177,GO:0045505,GO:0045880,GO:0051959,GO:0060271,GO:0060976,GO:0061512,GO:0070062,GO:0097542,GO:1905515	hsa04145,hsa04962,hsa05132
chr11	105874015	105874544	530	*	Intron (ENST00000393125.6/2893, intron 5 of 10)	2893	ENST00000527687.1	31232	GRIA4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001540,GO:0004970,GO:0004971,GO:0004971,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007215,GO:0015276,GO:0030666,GO:0032281,GO:0032281,GO:0034220,GO:0035235,GO:0038023,GO:0043025,GO:0043197,GO:0043197,GO:0045211,GO:1903561,GO:2000310	hsa04024,hsa04080,hsa04713,hsa04723,hsa04724,hsa04728,hsa05016,hsa05022,hsa05031,hsa05033
chr11	107296291	107296928	638	*	Distal Intergenic	143884	ENST00000462890.1	56802	CWF19L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0005515,GO:0071014	NA
chr11	121179468	121180794	1327	*	Intron (ENST00000392793.6/7007, intron 20 of 23)	7007	ENST00000646278.1	33392	TECTA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005201,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007160,GO:0007605,GO:0031225,GO:0062023,GO:0070062	NA
chr11	133757203	133758691	1489	*	Distal Intergenic	646522	ENST00000526254.1	51685	LINC02743	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	114786418	114786912	495	*	Distal Intergenic	80143	ENST00000466657.1	-5733	SIKE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0019901,GO:0031267	hsa04622
chr11	2242055	2243122	1068	*	Distal Intergenic	430	ENST00000331289.5	27466	ASCL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0001666,GO:0001890,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006357,GO:0007423,GO:0010626,GO:0030182,GO:0035019,GO:0045944,GO:0046983,GO:0050767,GO:0060712,GO:0070888,GO:0090575,GO:1990837	NA
chr1	13353261	13353789	529	*	Distal Intergenic	729528	ENST00000334600.7	-6127	PRAMEF14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0008284,GO:0043066,GO:0045596,GO:0045892	NA
chr11	37211923	37212965	1043	*	Distal Intergenic	107984325	ENST00000679127.1	540004	LOC107984325	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	39920564	39921672	1109	*	Distal Intergenic	57689	ENST00000533474.1	320211	LRRC4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0016020,GO:0016021,GO:0050770,GO:0050804,GO:0050839,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099560	hsa04360,hsa04514
chr11	47298620	47299424	805	*	Intron (ENST00000342922.8/8567, intron 22 of 32)	8567	ENST00000405573.2	6093	MADD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000187,GO:0000187,GO:0005085,GO:0005085,GO:0005123,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007166,GO:0010803,GO:0016021,GO:0030295,GO:0032483,GO:0032483,GO:0042981,GO:0042981,GO:0045202,GO:0051726,GO:0097194,GO:1902041,GO:2001236	NA
chr1	147358974	147360040	1067	*	Intron (ENST00000619867.4/100289211, intron 5 of 5)	9557	ENST00000469625.2	87979	CHD1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000166,GO:0000717,GO:0003678,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006281,GO:0006293,GO:0006294,GO:0006295,GO:0006296,GO:0006338,GO:0006338,GO:0006974,GO:0006974,GO:0016887,GO:0016887,GO:0033683,GO:0070911	NA
chr1	147681702	147682714	1013	*	Distal Intergenic	51205	ENST00000583509.7	-11178	ACP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002244,GO:0003993,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0006644,GO:0006654,GO:0016311,GO:0016791,GO:0052642,GO:0052642,GO:0052642,GO:2001311,GO:2001311	NA
chr11	48547060	48548070	1011	*	Distal Intergenic	403253	ENST00000446524.2	58267	OR4A47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	48579885	48580703	819	*	Exon (ENST00000529954.1/ENST00000529954.1, exon 1 of 1)	403253	ENST00000446524.2	91092	OR4A47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	48656871	48658607	1737	*	Distal Intergenic	403253	ENST00000446524.2	168078	OR4A47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	48753093	48755131	2039	*	Distal Intergenic	120824	ENST00000534741.3	228754	TRIM51GP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	50160086	50161103	1018	*	Distal Intergenic	403257	ENST00000568934.1	127212	OR4C45	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	50327594	50328336	743	*	Intron (ENST00000528459.1/105369150, intron 4 of 6)	105369150	ENST00000533230.1	6926	LINC02750	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	57107820	57108601	782	*	Distal Intergenic	219525	ENST00000635912.1	70286	OR5AK4P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	5960717	5961277	561	*	Distal Intergenic	390084	ENST00000532411.2	7217	OR56A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0050911	hsa04740
chr11	60648908	60650297	1390	*	Promoter (1-2kb)	283197	ENST00000527161.5	1627	LINC00301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr11	7285350	7287279	1930	*	Intron (ENST00000524820.6/143425, intron 1 of 8)	143425	ENST00000532592.1	33180	SYT9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0001786,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005546,GO:0005886,GO:0005886,GO:0014059,GO:0016192,GO:0017156,GO:0017158,GO:0019905,GO:0030276,GO:0030285,GO:0030665,GO:0030667,GO:0031045,GO:0042802,GO:0045956,GO:0050796,GO:0061024,GO:0070382,GO:0071277,GO:0098686,GO:0099502	NA
chr11	85417998	85420986	2989	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	206284	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	87138940	87140363	1424	*	Intron (ENST00000340353.11/65084, intron 4 of 13)	65084	ENST00000531800.1	67423	TMEM135	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005778,GO:0005811,GO:0007031,GO:0009409,GO:0016021,GO:0031966,GO:0032094,GO:0090140	NA
chr12	111243711	111245094	1384	*	Intron (ENST00000261726.11/23316, intron 3 of 21)	23316	ENST00000551604.2	29410	CUX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007614,GO:0010628,GO:0043565,GO:0050775,GO:0050890,GO:0051965,GO:0061003,GO:0070062,GO:0071310,GO:1990837,GO:2000463	NA
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chr15	23766618	23767872	1255	*	Intron (ENST00000658937.1/ENST00000658937.1, intron 1 of 2)	4692	ENST00000649030.2	-79313	NDN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0001228,GO:0001764,GO:0003016,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005813,GO:0005829,GO:0007413,GO:0007417,GO:0008285,GO:0008347,GO:0009791,GO:0019221,GO:0019233,GO:0032991,GO:0040008,GO:0042995,GO:0043015,GO:0043204,GO:0043433,GO:0045944,GO:0048011,GO:0048675,GO:0048871,GO:0071514,GO:0090312,GO:1990841	NA
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chr15	24794349	24795294	946	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	6638	ENST00000400098.6	-28343	SNRPN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005682,GO:0005685,GO:0005686,GO:0005687,GO:0005737,GO:0008380,GO:0009725,GO:0030532,GO:0046540,GO:0071004,GO:0071013	NA
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chr15	26457430	26458775	1346	*	Intron (ENST00000660088.1/105370740, intron 3 of 5)	105370740	ENST00000660088.1	19065	LOC105370740	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	46727205	46729182	1978	*	Intron (ENST00000686120.1/ENST00000686120.1, intron 2 of 2)	80031	ENST00000558014.5	-454919	SEMA6D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001755,GO:0005615,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007411,GO:0014911,GO:0014912,GO:0021591,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050919,GO:0071526	hsa04360
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chr15	54542796	54543555	760	*	Intron (ENST00000647821.1/440279, intron 25 of 31)	440279	ENST00000559093.1	41825	UNC13C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005516,GO:0005543,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007528,GO:0016081,GO:0016082,GO:0016188,GO:0017075,GO:0019992,GO:0030672,GO:0031594,GO:0031914,GO:0035249,GO:0035556,GO:0042734,GO:0043195,GO:0044305,GO:0048786,GO:0061789,GO:0098688,GO:0098831,GO:0099525	hsa04721
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chr15	84029117	84030409	1293	*	Intron (ENST00000567476.1/57188, intron 27 of 29)	648809	ENST00000558187.5	-49759	EFL1P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	92253777	92254287	511	*	Intron (ENST00000561674.1/ENST00000561674.1, intron 2 of 3)	28232	ENST00000555513.1	100214	SLCO3A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001934,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015347,GO:0015347,GO:0015732,GO:0015732,GO:0043252,GO:0043252,GO:0051092,GO:0055085,GO:0150104	NA
chr15	92864285	92865074	790	*	Intron (ENST00000653163.1/100507217, intron 1 of 4)	100507217	ENST00000557682.6	-17633	CHASERR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	96866972	96868391	1420	*	Distal Intergenic	145946	ENST00000560327.1	83485	SPATA8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
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chrX	64936140	64937874	1735	*	Intron (ENST00000447788.6/55906, intron 1 of 3)	55906	ENST00000492653.6	38513	ZC4H2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0007399,GO:0007528,GO:0021522,GO:0045211,GO:0045666,GO:0045666,GO:0046872	NA
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chrX	76573698	76574753	1056	*	Distal Intergenic	57692	ENST00000361470.4	145988	MAGEE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005886,GO:0008150,GO:0030425,GO:0045211,GO:0048471	NA
chrX	77161490	77163426	1937	*	Distal Intergenic	101928469	ENST00000627687.1	-146958	MIR325HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	79354658	79355644	987	*	Distal Intergenic	9452	ENST00000462038.1	7912	ITM2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001540,GO:0002317,GO:0005515,GO:0005794,GO:0005886,GO:0016021,GO:0042985	NA
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chr21	10326158	10327407	1250	*	Distal Intergenic	85319	ENST00000474011.5	-86070	BAGE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr17	54613634	54614420	787	*	Intron (ENST00000654899.1/ENST00000654899.1, intron 1 of 1)	10040	ENST00000570371.5	-284967	TOM1L1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005768,GO:0005768,GO:0005795,GO:0005829,GO:0006886,GO:0007165,GO:0007165,GO:0010008,GO:0016020,GO:0017124,GO:0019901,GO:0030276,GO:0030276,GO:0030295,GO:0031954,GO:0032147,GO:0043130,GO:0043162,GO:0045839,GO:0070062,GO:2000278	NA
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chrX	74723315	74724159	845	*	Distal Intergenic	51132	ENST00000332687.11	-108691	RLIM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000209,GO:0003714,GO:0004842,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006511,GO:0006511,GO:0016567,GO:0016567,GO:0017053,GO:0043433,GO:0045892,GO:0046872,GO:0060816,GO:0060816,GO:0061630,GO:1900095	NA
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chr13	92583568	92584797	1230	*	Intron (ENST00000377067.9/2262, intron 7 of 7)	105370315	ENST00000662499.1	92928	LOC105370315	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr16	11111177	11111637	461	*	Intron (ENST00000703130.1/23274, intron 18 of 22)	23274	ENST00000428742.6	-12106	CLEC16A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005770,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008333,GO:0009267,GO:0016021,GO:0016197,GO:0031982,GO:0036020,GO:1901096,GO:1901097,GO:1904263,GO:1904766	NA
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chr18	8102205	8103327	1123	*	Intron (ENST00000332175.12/5797, intron 11 of 30)	5797	ENST00000577468.2	-10244	PTPRM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001937,GO:0004725,GO:0004725,GO:0005001,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0005912,GO:0006470,GO:0006470,GO:0007156,GO:0007165,GO:0010596,GO:0010842,GO:0016525,GO:0030027,GO:0031175,GO:0031175,GO:0031290,GO:0035335,GO:0042493,GO:0042802,GO:0045296,GO:0048471	hsa04514,hsa04520
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chr2	63234771	63235602	832	*	Intron (ENST00000272321.12/51057, intron 14 of 17)	51057	ENST00000487280.1	-81657	WDPCP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001822,GO:0002093,GO:0005886,GO:0005930,GO:0005938,GO:0007224,GO:0007399,GO:0010762,GO:0016324,GO:0016476,GO:0032185,GO:0032880,GO:0042733,GO:0043010,GO:0043587,GO:0044782,GO:0045184,GO:0051893,GO:0055123,GO:0060021,GO:0060271,GO:0060541,GO:0072359,GO:0090521,GO:0097541,GO:1900027,GO:2000114	NA
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chr5	9114561	9115406	846	*	Intron (ENST00000382496.10/9037, intron 15 of 22)	100616326	ENST00000582271.1	-60666	MIR4636	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	127822401	127823407	1007	*	Distal Intergenic	119467	ENST00000368671.4	69534	CLRN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021,GO:0070062	NA
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chr20	14641604	14642739	1136	*	Intron (ENST00000217246.8/140733, intron 4 of 16)	140848	ENST00000605675.1	14691	MACROD2-IT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr2	205517844	205519560	1717	*	Intron (ENST00000406610.7/117583, intron 21 of 22)	117583	ENST00000488622.1	35254	PARD3B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0005515,GO:0005912,GO:0005923,GO:0005938,GO:0007049,GO:0007155,GO:0008104,GO:0012505,GO:0016324,GO:0030010,GO:0030054,GO:0032991,GO:0035091,GO:0043296,GO:0045197,GO:0051301,GO:0051660	NA
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chr12	76432254	76433840	1587	*	Intron (ENST00000393249.6/114882, intron 6 of 25)	114882	ENST00000546946.5	-8988	OSBPL8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001786,GO:0005515,GO:0005548,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005829,GO:0010891,GO:0015248,GO:0015485,GO:0015485,GO:0015914,GO:0015914,GO:0015918,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030336,GO:0031965,GO:0032148,GO:0032934,GO:0036150,GO:0043231,GO:0045444,GO:0046326,GO:0046628,GO:0051897,GO:0070273,GO:0090204,GO:0120009,GO:0140343	NA
chr12	94430117	94431502	1386	*	Intron (ENST00000397809.10/51134, intron 2 of 16)	51134	ENST00000551596.1	-17605	CEP83	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0048278,GO:0051660,GO:0060271,GO:0071539,GO:0097539,GO:0097711	NA
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chr4	147893943	147895434	1492	*	Intron (ENST00000336498.8/79658, intron 10 of 22)	79658	ENST00000507661.1	12076	ARHGAP10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005096,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007010,GO:0007165,GO:0043066,GO:0043547,GO:0048471,GO:0051056	hsa05100
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chr4	78252141	78253442	1302	*	Exon (ENST00000508900.2/80144, exon 5 of 20)	80144	ENST00000682583.1	-13797	FRAS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002009,GO:0003338,GO:0005201,GO:0005604,GO:0005886,GO:0007154,GO:0015031,GO:0016021,GO:0030326,GO:0043588,GO:0046872,GO:0060021,GO:0062023	hsa04512
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chr12	34417309	34419784	2476	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	394813	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
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chr5	51876170	51877282	1113	*	Distal Intergenic	105378960	ENST00000505899.5	-130749	LINC02118	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	53799457	53799786	330	*	Intron (ENST00000673597.1/105378966, intron 2 of 5)	105378966	ENST00000672395.1	16292	LINC02105	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	75520133	75522577	2445	*	Intron (ENST00000241436.8/51426, intron 1 of 14)	10087	ENST00000405807.10	-7995	CERT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000902,GO:0001701,GO:0003007,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005739,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006672,GO:0006936,GO:0006955,GO:0007029,GO:0007165,GO:0008283,GO:0016020,GO:0016301,GO:0016310,GO:0030148,GO:0034976,GO:0035621,GO:0035621,GO:0035627,GO:0048471,GO:0055088,GO:0070273,GO:0070584,GO:0097001,GO:0120009,GO:0120012,GO:0120017,GO:1902387,GO:1902388,GO:1902389	NA
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chr9	35148015	35149185	1171	*	Exon (ENST00000439134.1/ENST00000439134.1, exon 1 of 1)	10497	ENST00000617908.4	-12807	UNC13B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005543,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007269,GO:0007528,GO:0010808,GO:0014047,GO:0016020,GO:0016081,GO:0016082,GO:0016082,GO:0016188,GO:0017075,GO:0019992,GO:0030672,GO:0030742,GO:0031267,GO:0031594,GO:0035249,GO:0035556,GO:0042734,GO:0043065,GO:0043195,GO:0043195,GO:0048786,GO:0050714,GO:0060478,GO:0061789,GO:0071333,GO:0097151,GO:0098831,GO:0099011,GO:0099525	hsa04721
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chr4	97300719	97302226	1508	*	Intron (ENST00000522676.5/285555, intron 4 of 4)	101410545	ENST00000651895.1	-64455	STPG2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr8	63339351	63340124	774	*	Distal Intergenic	105375875	ENST00000517829.1	77231	LOC105375875	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	38441502	38442302	801	*	Distal Intergenic	105378656	ENST00000658664.1	-32523	LINC01685	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	43774314	43775616	1303	*	Distal Intergenic	105370470	ENST00000655457.1	465666	LOC105370470	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	39083495	39085329	1835	*	Distal Intergenic	101927879	ENST00000635791.3	-228895	LOC101927879	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	37863993	37865678	1686	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-451084	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37956019	37957171	1153	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-359591	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	44120387	44121389	1003	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 3 of 7)	84216	ENST00000550623.1	46736	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
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chr1	25598882	25599469	588	*	Distal Intergenic	57134	ENST00000374332.9	-17322	MAN1C1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000139,GO:0004571,GO:0004571,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005975,GO:0006487,GO:0006491,GO:0030173,GO:0070062,GO:1904381	hsa00510,hsa00513,hsa01100,hsa04141
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chr13	61113155	61114900	1746	*	Intron (ENST00000658247.1/101926930, intron 4 of 4)	100422973	ENST00000578032.1	84980	MIR3169	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	61323504	61325028	1525	*	Distal Intergenic	64881	ENST00000409204.5	90821	PCDH20	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156	NA
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chr13	65444655	65445697	1043	*	Distal Intergenic	105370242	ENST00000437777.2	-420373	LINC01052	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	74802957	74804986	2030	*	Distal Intergenic	338864	ENST00000601480.1	248992	LINC00347	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	129954806	129956219	1414	*	Intron (ENST00000305031.5/337876, intron 2 of 2)	337876	ENST00000507545.1	46719	CHSY3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0008376,GO:0016021,GO:0030206,GO:0030206,GO:0032580,GO:0046872,GO:0047238,GO:0050510	hsa00532,hsa01100
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chr13	25811610	25811973	364	*	Intron (ENST00000381655.7/51761, intron 27 of 36)	51761	ENST00000683461.1	-15963	ATP8A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0001750,GO:0003011,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0007568,GO:0008285,GO:0010842,GO:0010976,GO:0010996,GO:0016021,GO:0016887,GO:0040018,GO:0042472,GO:0042755,GO:0043588,GO:0045332,GO:0048666,GO:0050884,GO:0050908,GO:0060052,GO:0061092,GO:0090555,GO:0140326,GO:0140331,GO:0140346	NA
chr13	63274449	63275115	667	*	Intron (ENST00000439454.3/104355293, intron 2 of 6)	104355293	ENST00000439454.3	53014	LINC00376	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	92585101	92585580	480	*	Intron (ENST00000377067.9/2262, intron 7 of 7)	105370315	ENST00000662499.1	92145	LOC105370315	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	37816904	37818269	1366	*	Intron (ENST00000379705.8/7223, intron 1 of 10)	7223	ENST00000625583.2	-33571	TRPC4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005901,GO:0005911,GO:0006816,GO:0006828,GO:0008013,GO:0009986,GO:0014051,GO:0015279,GO:0015279,GO:0016323,GO:0030863,GO:0034703,GO:0034704,GO:0045296,GO:0048709,GO:0051480,GO:0070509,GO:0070588,GO:0070588,GO:0070679	hsa04360,hsa04929
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chr12	105789594	105791368	1775	*	Distal Intergenic	101929110	ENST00000670167.1	52852	CASC18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	69543914	69544977	1064	*	Intron (ENST00000547219.5/10818, intron 4 of 6)	10818	ENST00000397997.6	-12812	FRS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0000186,GO:0000187,GO:0001702,GO:0001759,GO:0003281,GO:0005068,GO:0005104,GO:0005168,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005912,GO:0007185,GO:0007186,GO:0007405,GO:0007411,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008595,GO:0012505,GO:0016020,GO:0019211,GO:0030900,GO:0042981,GO:0046619,GO:0048011,GO:0050678,GO:0051897,GO:0060527,GO:0070307,GO:0070372,GO:2000726	hsa04714,hsa04722,hsa05205
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chr4	35559566	35560250	685	*	Distal Intergenic	116984	ENST00000513032.2	485784	ARAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005096,GO:0005547,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043547,GO:0046872,GO:0051056	hsa04144
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chr5	162718062	162719372	1311	*	Intron (ENST00000644348.1/105377697, intron 1 of 13)	105377698	ENST00000663711.1	-57087	LOC105377698	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	39663809	39664388	580	*	Intron (ENST00000468201.1/5898, intron 1 of 2)	5898	ENST00000434466.1	-22299	RALA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001843,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005525,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005925,GO:0005925,GO:0006887,GO:0006935,GO:0007049,GO:0007165,GO:0007265,GO:0009986,GO:0017022,GO:0017157,GO:0017157,GO:0019003,GO:0019003,GO:0030139,GO:0030659,GO:0031532,GO:0031625,GO:0031755,GO:0032154,GO:0035722,GO:0051117,GO:0051301,GO:0051491,GO:0051665,GO:0061024,GO:0070062,GO:0090543	hsa04014,hsa04015,hsa04072,hsa05132,hsa05200,hsa05210,hsa05212
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chr12	116391133	116391456	324	*	Distal Intergenic	100616309	ENST00000582069.1	36862	MIR4472-2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	33616982	33617859	878	*	Distal Intergenic	341359	ENST00000228567.7	-177163	SYT10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0001786,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005544,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007608,GO:0014059,GO:0016021,GO:0016079,GO:0016192,GO:0017156,GO:0017158,GO:0019905,GO:0030276,GO:0030658,GO:0045956,GO:0070382,GO:0070382,GO:0071277,GO:0098793	NA
chr12	47643394	47645049	1656	*	Distal Intergenic	79657	ENST00000548211.1	19794	RPAP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0097255	NA
chr1	34823845	34824404	560	*	Intron (ENST00000426886.1/113444, intron 2 of 4)	2701	ENST00000342280.5	30846	GJA4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001568,GO:0003158,GO:0005243,GO:0005515,GO:0005887,GO:0005921,GO:0005922,GO:0006816,GO:0007043,GO:0007267,GO:0048265,GO:0055085	NA
chr15	52086185	52087578	1394	*	Exon (ENST00000558343.1/ENST00000558343.1, exon 3 of 3)	112268150	ENST00000558607.1	12945	LOC112268150	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	131402893	131403717	825	*	Distal Intergenic	56990	ENST00000502582.1	17287	CDC42SE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001891,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006909,GO:0008360,GO:0009966,GO:0035023,GO:0035591,GO:0042995	NA
chr5	135677587	135679048	1462	*	Intron (ENST00000698885.1/153328, intron 2 of 3)	340074	ENST00000508452.1	-23652	SLC25A48-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	85224276	85225791	1516	*	Distal Intergenic	101928820	ENST00000455071.1	164395	LINC02535	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	79424535	79425678	1144	*	Distal Intergenic	9452	ENST00000434584.2	-56983	ITM2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001540,GO:0002317,GO:0005515,GO:0005794,GO:0005886,GO:0016021,GO:0042985	NA
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chr16	63786519	63787333	815	*	Distal Intergenic	101927629	ENST00000563061.2	56282	LINC02165	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	45783596	45784738	1143	*	Distal Intergenic	105370479	ENST00000555442.1	-67644	LINC02303	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	60547012	60547473	462	*	Intron (ENST00000557618.1/ENST00000557618.1, intron 1 of 1)	317761	ENST00000556799.1	-31469	C14orf39	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000801,GO:0000801,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005694,GO:0007129,GO:0007129,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007283,GO:0010705,GO:0010705,GO:0048477,GO:0048477,GO:0051090	NA
chr14	63367773	63368442	670	*	Distal Intergenic	122876	ENST00000621500.2	-48838	GPHB5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002155,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005737,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007189,GO:0009755,GO:0031531,GO:0046982	NA
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chr8	43890711	43891752	1042	*	Distal Intergenic	340441	ENST00000519951.2	598228	POTEA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	136151170	136152144	975	*	Intron (ENST00000513332.5/ENST00000513332.5, intron 2 of 3)	100507528	ENST00000508714.5	-237490	LINC00613	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	170629588	170630813	1226	*	Distal Intergenic	100506107	ENST00000515840.1	112905	LINC02382	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	109546189	109546759	571	*	Distal Intergenic	7511	ENST00000494499.1	324273	XPNPEP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004177,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006508,GO:0010815,GO:0030145,GO:0042803,GO:0070006,GO:0070062	NA
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chr15	52467394	52468919	1526	*	Intron (ENST00000399231.8/4644, intron 1 of 40)	4644	ENST00000693471.1	-34109	MYO5A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000146,GO:0000146,GO:0001726,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005769,GO:0005770,GO:0005777,GO:0005783,GO:0005829,GO:0005884,GO:0006892,GO:0007015,GO:0015031,GO:0015629,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016192,GO:0016459,GO:0030048,GO:0030050,GO:0030050,GO:0030426,GO:0030898,GO:0031267,GO:0031982,GO:0032402,GO:0032433,GO:0032593,GO:0032869,GO:0042470,GO:0043005,GO:0051015,GO:0055037,GO:0070062,GO:0072659,GO:1903358	hsa05130
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chr3	96984500	96985347	848	*	Intron (ENST00000470610.6/285220, intron 2 of 4)	285220	ENST00000506569.1	169709	EPHA6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004714,GO:0005005,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007411,GO:0008150,GO:0018108,GO:0033674,GO:0043005,GO:0043235,GO:0048013	hsa04360
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chr11	16105340	16105897	558	*	Intron (ENST00000316399.10/55553, intron 6 of 14)	55553	ENST00000524650.1	5972	SOX6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000976,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001217,GO:0001502,GO:0002062,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0006355,GO:0006357,GO:0007417,GO:0007517,GO:0021529,GO:0032332,GO:0032332,GO:0045165,GO:0045892,GO:0048708,GO:0051216,GO:0061036,GO:0071560,GO:2000726,GO:2000741	NA
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chr11	27999142	28000339	1198	*	Intron (ENST00000525309.1/ENST00000525309.1, intron 2 of 3)	693195	ENST00000385139.1	-56476	MIR610	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	28856405	28858683	2279	*	Intron (ENST00000662190.1/ENST00000662190.1, intron 2 of 2)	105376603	ENST00000511073.2	-43564	LINC02742	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	165095578	165096665	1088	*	Distal Intergenic	105371561	ENST00000457106.1	-113962	LMX1A-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	110185632	110186856	1225	*	Intron (ENST00000552912.5/28981, intron 12 of 18)	28981	ENST00000551055.1	13737	IFT81	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005813,GO:0005929,GO:0005929,GO:0007283,GO:0008589,GO:0015631,GO:0015631,GO:0030992,GO:0030992,GO:0031514,GO:0035735,GO:0035735,GO:0036064,GO:0042073,GO:0060271,GO:0097542	NA
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chr13	90590482	90590818	337	*	Distal Intergenic	101927224	ENST00000426840.1	97195	LINC01049	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	72478780	72480668	1889	*	Intron (ENST00000653965.1/105378797, intron 2 of 6)	105378797	ENST00000662505.1	-53096	LOC105378797	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	81388950	81390254	1305	*	Distal Intergenic	100507201	ENST00000446580.3	76725	LINC01815	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	112708946	112709773	828	*	Distal Intergenic	101929694	ENST00000481624.1	39546	LINC02042	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	82650501	82651523	1023	*	Distal Intergenic	105377180	ENST00000666096.1	618516	LINC02008	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	54745701	54746944	1244	*	Distal Intergenic	222584	ENST00000306858.8	-99827	FAM83B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004630,GO:0005154,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0007165,GO:0007173,GO:0007173,GO:0007173,GO:0008283,GO:0016020,GO:0016020,GO:0019901,GO:0019901,GO:0019901,GO:0036312,GO:0036313	NA
chr7	146787082	146787605	524	*	Intron (ENST00000625365.2/26047, intron 3 of 3)	26047	ENST00000636600.1	12758	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	49236668	49240164	3497	*	Intron (ENST00000440455.1/ENST00000440455.1, intron 1 of 3)	168448	ENST00000650262.2	312121	CDC14C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0000278,GO:0000922,GO:0004722,GO:0004725,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005789,GO:0005813,GO:0007096,GO:0008138,GO:0016021,GO:0031572,GO:0032467,GO:0035335,GO:0060271,GO:0071850,GO:0072686,GO:0106306,GO:0106307	NA
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chr10	38583155	38584731	1577	*	Distal Intergenic	399746	ENST00000448440.1	-111693	ACTR3BP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	109536506	109536832	327	*	Intron (ENST00000532992.5/ENST00000532992.5, intron 2 of 4)	399947	ENST00000327419.7	114316	C11orf87	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr11	29904929	29906002	1074	*	Intron (ENST00000528553.2/105376605, intron 1 of 6)	106456574	ENST00000561816.1	76390	LINC01616	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	160514045	160514509	465	*	Intron (ENST00000368059.7/114836, intron 1 of 7)	114836	ENST00000368055.1	8733	SLAMF6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0016021,GO:0032729,GO:0032740,GO:0045087,GO:0045954,GO:0050776,GO:0070062,GO:0072540	NA
chr1	181162875	181164642	1768	*	Distal Intergenic	101928973	ENST00000435023.1	-9842	LINC01732	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	193322671	193323143	473	*	Intron (ENST00000420807.1/101929184, intron 1 of 3)	101929184	ENST00000420807.1	17926	LINC01031	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	99712751	99714805	2055	*	Intron (ENST00000547776.6/56899, intron 8 of 25)	56899	ENST00000552232.1	-6127	ANKS1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0014069,GO:0015030,GO:0043197,GO:0043231,GO:0046875,GO:0046875,GO:0048013,GO:1900383	NA
chr13	112046532	112047717	1186	*	Distal Intergenic	100505996	ENST00000663025.1	-9128	SOX1-OT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	28829832	28832373	2542	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 1 of 15)	23281	ENST00000612955.6	9493	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
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chr17	14884911	14885399	489	*	Intron (ENST00000660746.1/107984977, intron 3 of 3)	107984977	ENST00000664152.1	50306	LINC02096	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr17	36880882	36882122	1241	*	Intron (ENST00000616341.1/102723471, intron 1 of 2)	102723471	ENST00000664845.1	51121	LHX1-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr18	37510067	37511098	1032	*	Intron (ENST00000420428.7/56853, intron 1 of 12)	56853	ENST00000587924.1	-24033	CELF4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000380,GO:0000381,GO:0000381,GO:0000900,GO:0001701,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006376,GO:0007281,GO:0009792,GO:0017148,GO:0036002,GO:0042835,GO:0048025,GO:0048026,GO:0090394,GO:1902866,GO:1990904	NA
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chr1	171299408	171300528	1121	*	Distal Intergenic	2329	ENST00000367749.4	-13655	FMO4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004497,GO:0004499,GO:0005515,GO:0005789,GO:0016021,GO:0042737,GO:0050660,GO:0050661	hsa00982
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chr13	110173470	110174064	595	*	Exon (ENST00000375820.10/1282, exon 40 of 52)	1282	ENST00000650424.1	-3810	COL4A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001569,GO:0005201,GO:0005201,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005587,GO:0005604,GO:0005604,GO:0005615,GO:0005788,GO:0007420,GO:0007528,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030198,GO:0030198,GO:0030855,GO:0031012,GO:0038063,GO:0048407,GO:0048514,GO:0061304,GO:0061333,GO:0062023,GO:0062023,GO:0071230,GO:0071711	hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04926,hsa04933,hsa04974,hsa05146,hsa05165,hsa05200,hsa05222
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chr13	33892859	33893582	724	*	Intron (ENST00000434425.5/5983, intron 8 of 8)	5983	ENST00000616236.1	62107	RFC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000731,GO:0003677,GO:0003689,GO:0003689,GO:0003689,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005663,GO:0005663,GO:0005663,GO:0006260,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006271,GO:0006281,GO:0006283,GO:0006296,GO:0006297,GO:0016887,GO:0017116,GO:0019985,GO:0031390,GO:0032201,GO:0032508,GO:0033683,GO:0042276,GO:0042769,GO:0046683,GO:0070987,GO:1900264,GO:1901796	hsa03030,hsa03420,hsa03430
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chr15	23995023	23996465	1443	*	Intron (ENST00000652183.1/105370731, intron 7 of 10)	105370731	ENST00000563016.1	19851	PWRN4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	7091900	7092168	269	*	Distal Intergenic	79230	ENST00000414706.2	22195	ZNF557	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	8230920	8231811	892	*	Intron (ENST00000561008.5/79603, intron 2 of 3)	79603	ENST00000558877.1	5893	CERS4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0016021,GO:0016410,GO:0030148,GO:0046513,GO:0046513,GO:0050291,GO:0050291	hsa00600,hsa01100,hsa04071
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chr20	52915414	52916291	878	*	Distal Intergenic	128553	ENST00000371497.10	-56067	TSHZ2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007275,GO:0046872	NA
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chr12	38011817	38012424	608	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-304338	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr1	244400594	244402529	1936	*	Intron (ENST00000417765.1/ENST00000417765.1, intron 2 of 3)	159	ENST00000468215.1	16744	ADSS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0002376,GO:0004019,GO:0004019,GO:0004019,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0006167,GO:0006167,GO:0006531,GO:0009168,GO:0014074,GO:0042301,GO:0044208,GO:0044208,GO:0046040,GO:0060359,GO:0070062,GO:0071257	hsa00230,hsa00250,hsa01100,hsa01240
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chr13	56639855	56642520	2666	*	Distal Intergenic	122183	ENST00000377931.1	-498398	PRR20A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	60502364	60504197	1834	*	Intron (ENST00000196169.7/81550, intron 8 of 13)	81550	ENST00000471710.2	-24766	TDRD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003682,GO:0003713,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006325,GO:0035064,GO:0035145,GO:0045893	NA
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chr14	38936853	38937646	794	*	Intron (ENST00000658492.1/283547, intron 1 of 5)	283547	ENST00000669541.1	10554	LINC00639	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	53784668	53785742	1075	*	Exon (ENST00000648066.1/105370504, exon 9 of 10)	105370503	ENST00000418927.2	65140	LINC02331	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	4839494	4840922	1429	*	Distal Intergenic	55966	ENST00000466761.1	128339	AJAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001953,GO:0005515,GO:0005912,GO:0005912,GO:0007155,GO:0008013,GO:0008013,GO:0009898,GO:0009898,GO:0009986,GO:0016323,GO:0016324,GO:0030860,GO:0044214,GO:0044214,GO:0044291,GO:0044291,GO:0044877,GO:0061045	NA
chr15	32072348	32074117	1770	*	Intron (ENST00000635978.1/1139, intron 1 of 6)	1139	ENST00000676380.1	-24080	CHRNA7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000187,GO:0001540,GO:0001666,GO:0001934,GO:0005216,GO:0005262,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005892,GO:0005892,GO:0006811,GO:0006816,GO:0006816,GO:0006874,GO:0007165,GO:0007165,GO:0007268,GO:0007271,GO:0007611,GO:0007613,GO:0007613,GO:0007614,GO:0008284,GO:0015464,GO:0015643,GO:0016021,GO:0017081,GO:0022848,GO:0022848,GO:0030594,GO:0032720,GO:0032720,GO:0034220,GO:0034220,GO:0035094,GO:0035094,GO:0042166,GO:0042166,GO:0042391,GO:0042803,GO:0043005,GO:0044853,GO:0045202,GO:0045211,GO:0045766,GO:0050808,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050890,GO:0050893,GO:0051247,GO:0060079,GO:0070374,GO:0070588,GO:0095500,GO:0097061,GO:0098794,GO:0098815,GO:0140059,GO:1900273,GO:1901214,GO:1902004,GO:1902430,GO:1902991,GO:1904645,GO:1905144,GO:1905144,GO:1905906,GO:1905920,GO:2000463	hsa04020,hsa04080,hsa04725,hsa05010,hsa05022,hsa05033,hsa05204
chr15	46844427	46845159	733	*	Distal Intergenic	80031	ENST00000558014.5	-338942	SEMA6D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001755,GO:0005615,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007411,GO:0014911,GO:0014912,GO:0021591,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050919,GO:0071526	hsa04360
chr15	49598647	49599280	634	*	Intron (ENST00000299338.11/196951, intron 3 of 15)	196951	ENST00000558579.5	-8704	FAM227B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	31374701	31375502	802	*	Intron (ENST00000268296.9/3687, intron 20 of 29)	3687	ENST00000562138.1	3227	ITGAX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005178,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007229,GO:0008284,GO:0008305,GO:0009887,GO:0009986,GO:0009986,GO:0009986,GO:0010628,GO:0010628,GO:0016020,GO:0019221,GO:0030198,GO:0030335,GO:0030667,GO:0030971,GO:0031643,GO:0034113,GO:0034689,GO:0038023,GO:0043312,GO:0045766,GO:0046872,GO:0050900,GO:0070821,GO:0101003,GO:1905956	hsa04610,hsa04810,hsa05152
chr16	48700727	48701034	308	*	Intron (ENST00000568150.4/105371240, intron 1 of 3)	105371240	ENST00000702391.1	77269	LOC105371240	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr16	6092257	6093569	1313	*	Exon (ENST00000549303.1/ENST00000549303.1, exon 4 of 4)	54715	ENST00000422070.8	72554	RBFOX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000381,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005802,GO:0006397,GO:0007399,GO:0008022,GO:0008380,GO:0010494,GO:0050658,GO:0097165	NA
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chr19	23330491	23331079	589	*	Intron (ENST00000596528.1/7644, intron 1 of 1)	7644	ENST00000595893.1	-19869	ZNF91	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0003700,GO:0003700,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008270,GO:0045892,GO:0045944,GO:0070895	hsa05168
chr2	103050533	103051648	1116	*	Distal Intergenic	105373519	ENST00000431897.1	-66104	LINC01935	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr21	42431861	42432838	978	*	Exon (ENST00000291535.11/53347, exon 8 of 14)	53347	ENST00000473381.1	27944	UBASH3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001817,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0050860,GO:0070062	NA
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chr11	48679852	48680144	293	*	Distal Intergenic	403253	ENST00000446524.2	191059	OR4A47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	55199551	55200842	1292	*	Distal Intergenic	79097	ENST00000417545.5	-61313	TRIM48	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0008270,GO:0010468,GO:0016567,GO:0045087,GO:0061630	NA
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chr11	69738185	69739347	1163	*	Distal Intergenic	9965	ENST00000294312.4	-34163	FGF19	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001934,GO:0001934,GO:0005104,GO:0005104,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005737,GO:0007399,GO:0008083,GO:0008284,GO:0008284,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008543,GO:0009887,GO:0010628,GO:0010629,GO:0030154,GO:0030334,GO:0046326,GO:0046330,GO:0051897,GO:0070374,GO:0070858	hsa04010,hsa04014,hsa04015,hsa04020,hsa04151,hsa04810,hsa05200,hsa05218,hsa05224,hsa05226
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chr11	79093140	79093531	392	*	Exon (ENST00000525952.1/ENST00000525952.1, exon 2 of 4)	26011	ENST00000533038.1	-16747	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
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chr11	85421861	85422537	677	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	204733	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr11	8561045	8562655	1611	*	Intron (ENST00000687296.1/65975, intron 1 of 15)	65975	ENST00000526360.1	3256	STK33	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0004674,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0042770,GO:0044773,GO:0046777,GO:0048471,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr1	187822401	187823298	898	*	Distal Intergenic	106144535	ENST00000667298.1	514910	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	102208518	102209775	1258	*	Exon (ENST00000626826.1/ENST00000626826.1, exon 1 of 1)	5367	ENST00000329406.5	-10685	PMCH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005576,GO:0005634,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007268,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007610,GO:0007631,GO:0030154,GO:0030354,GO:0031777,GO:0045202	hsa04080
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chr12	103068413	103068920	508	*	Distal Intergenic	101929058	ENST00000652849.1	-82914	LOC101929058	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	104640843	104641224	382	*	Promoter (2-3kb)	112268100	ENST00000690187.1	-2949	LOC112268100	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	132911407	132912573	1167	*	Promoter (2-3kb)	55743	ENST00000499045.2	-2221	CHFR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000209,GO:0004842,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006511,GO:0007093,GO:0007093,GO:0016567,GO:0016605,GO:0019941,GO:0031398,GO:0031648,GO:0032436,GO:0044779,GO:0046872,GO:0051301,GO:0061630	NA
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chr12	19032709	19033260	552	*	Distal Intergenic	54477	ENST00000429027.7	-96473	PLEKHA5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0008150,GO:0010314,GO:0014069,GO:0016020,GO:0032266,GO:0061458,GO:0070273,GO:0080025,GO:0098978	NA
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chr12	22567716	22568070	355	*	Intron (ENST00000661495.1/105369692, intron 1 of 3)	105369692	ENST00000670175.1	22995	LOC105369692	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	228312187	228313095	909	*	Promoter (2-3kb)	84033	ENST00000660857.1	2703	OBSCN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005546,GO:0005547,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0006468,GO:0007186,GO:0007275,GO:0008307,GO:0010314,GO:0016604,GO:0030016,GO:0030018,GO:0030506,GO:0031430,GO:0031432,GO:0032266,GO:0036309,GO:0042383,GO:0043065,GO:0043325,GO:0045214,GO:0046872,GO:0050790,GO:0050839,GO:0051056,GO:0070273,GO:0098609,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr12	30602168	30604486	2319	*	Distal Intergenic	10526	ENST00000535598.1	32663	IPO8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006606,GO:0007165,GO:0031267,GO:0060964	NA
chr12	31972988	31973926	939	*	Intron (ENST00000541981.5/55196, intron 2 of 2)	55196	ENST00000381054.3	10499	RESF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000930,GO:0005515,GO:0005634,GO:0042393,GO:0045869,GO:0090309	NA
chr12	34048370	34048880	511	*	Intron (ENST00000664027.1/ENST00000664027.1, intron 1 of 3)	84920	ENST00000266483.7	25874	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	34817647	34818011	365	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	795151	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	37318749	37319128	380	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-997634	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37323079	37324129	1051	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-992633	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37330293	37330638	346	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-986124	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37651148	37652689	1542	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-664073	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38037267	38038703	1437	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-278059	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38793902	38795715	1814	*	Intron (ENST00000331366.10/144402, intron 6 of 19)	144402	ENST00000551855.1	-26185	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr12	39207206	39208149	944	*	Distal Intergenic	105369730	ENST00000659930.1	-61724	LINC02406	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	41988846	41989369	524	*	Exon (ENST00000666044.1/105378247, exon 2 of 5)	105378247	ENST00000662480.1	34898	LOC105378247	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	242596544	242597430	887	*	Distal Intergenic	200150	ENST00000536534.7	-71847	PLD5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003824,GO:0016021	NA
chr12	43930703	43931659	957	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 2 of 7)	84216	ENST00000550495.1	85852	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
chr12	44474704	44475420	717	*	Distal Intergenic	4753	ENST00000547636.1	48215	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
chr12	45087002	45087424	423	*	Intron (ENST00000548424.1/ENST00000548424.1, intron 1 of 1)	83956	ENST00000550663.1	-21651	RACGAP1P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	245642688	245643184	497	*	Promoter (2-3kb)	55083	ENST00000483253.1	-2908	KIF26B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005871,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008017,GO:0016887,GO:0022409,GO:0030010,GO:0072092	NA
chr1	247184603	247185664	1062	*	Exon (ENST00000400933.2/ENST00000400933.2, exon 1 of 1)	7678	ENST00000543802.3	-12583	ZNF124	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr1	247366096	247366713	618	*	Promoter (<=1kb)	107985375	ENST00000697407.1	882	LOC107985375	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	47516013	47517758	1746	*	Distal Intergenic	111082992	ENST00000656812.1	101335	LINC02156	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	247904402	247904755	354	*	Distal Intergenic	343171	ENST00000360358.3	8815	OR2W3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248025910	248026783	874	*	Distal Intergenic	26246	ENST00000641771.1	-3287	OR2L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008150,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248074470	248074944	475	*	Distal Intergenic	391192	ENST00000641161.1	18636	OR2L3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008150,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248410222	248411370	1149	*	Distal Intergenic	26696	ENST00000642005.1	7174	OR2T1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr12	50492174	50493263	1090	*	Distal Intergenic	57609	ENST00000549620.5	-11722	DIP2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005634,GO:0005737,GO:0008150,GO:0016020,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030517,GO:0043014,GO:0043204,GO:0070062,GO:2000758	NA
chr12	56398907	56399961	1055	*	Distal Intergenic	8914	ENST00000553314.1	21129	TIMELESS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000076,GO:0000122,GO:0000785,GO:0002009,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0006260,GO:0006281,GO:0006974,GO:0006974,GO:0007623,GO:0009582,GO:0030324,GO:0031298,GO:0035861,GO:0042127,GO:0042752,GO:0043111,GO:0044770,GO:0045892,GO:0048478,GO:0048754,GO:0051301,GO:0072711,GO:0072719,GO:1904976,GO:1905168,GO:2000781	NA
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chr1	25943934	25944509	576	*	Distal Intergenic	3925	ENST00000357865.6	-36943	STMN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000281,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005874,GO:0007019,GO:0007019,GO:0007019,GO:0007052,GO:0007165,GO:0007409,GO:0007420,GO:0009615,GO:0015631,GO:0015631,GO:0015631,GO:0016020,GO:0031110,GO:0031110,GO:0031115,GO:0031175,GO:0035024,GO:0035556,GO:0043005,GO:0048012,GO:0051272,GO:0051497,GO:0061436,GO:0070062,GO:0070495,GO:1905098	hsa04010,hsa05206
chr12	5980296	5980648	353	*	Intron (ENST00000261405.10/7450, intron 42 of 51)	7450	ENST00000621700.1	-12082	VWF	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0002020,GO:0002576,GO:0005178,GO:0005201,GO:0005515,GO:0005518,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005783,GO:0007155,GO:0007596,GO:0007596,GO:0007596,GO:0007597,GO:0007599,GO:0009611,GO:0019865,GO:0030168,GO:0030168,GO:0030168,GO:0030198,GO:0031012,GO:0031091,GO:0031093,GO:0031589,GO:0031589,GO:0033093,GO:0042802,GO:0047485,GO:0051087,GO:0062023,GO:0062023,GO:0070062	hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04610,hsa04611,hsa04613,hsa05165,hsa05171
chr12	61589164	61590007	844	*	Distal Intergenic	105369793	ENST00000668912.1	112764	LOC105369793	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	63414964	63416013	1050	*	Distal Intergenic	283417	ENST00000541911.1	153456	DPY19L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000030,GO:0005634,GO:0005637,GO:0007275,GO:0007286,GO:0007286,GO:0016021,GO:0018406	NA
chr12	63498140	63498661	522	*	Distal Intergenic	283417	ENST00000541911.1	70808	DPY19L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000030,GO:0005634,GO:0005637,GO:0007275,GO:0007286,GO:0007286,GO:0016021,GO:0018406	NA
chr12	63634127	63634862	736	*	Intron (ENST00000324472.9/283417, intron 6 of 21)	283417	ENST00000541083.1	-13905	DPY19L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000030,GO:0005634,GO:0005637,GO:0007275,GO:0007286,GO:0007286,GO:0016021,GO:0018406	NA
chr12	64355625	64356924	1300	*	Exon (ENST00000459220.1/ENST00000459220.1, exon 1 of 1)	115749	ENST00000543259.1	33602	C12orf56	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	68129733	68130231	499	*	Intron (ENST00000536914.1/100885789, intron 5 of 5)	3458	ENST00000229135.4	29509	IFNG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0001774,GO:0001774,GO:0001819,GO:0001934,GO:0002250,GO:0002281,GO:0005125,GO:0005133,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006915,GO:0006959,GO:0007050,GO:0007166,GO:0007259,GO:0008284,GO:0009615,GO:0010508,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010629,GO:0010634,GO:0010835,GO:0030225,GO:0030857,GO:0031334,GO:0032700,GO:0032722,GO:0032731,GO:0032735,GO:0032747,GO:0032755,GO:0032760,GO:0032834,GO:0033141,GO:0033141,GO:0034393,GO:0035722,GO:0040008,GO:0042307,GO:0042531,GO:0045348,GO:0045429,GO:0045589,GO:0045672,GO:0045821,GO:0045892,GO:0048143,GO:0048143,GO:0048662,GO:0050729,GO:0050766,GO:0050769,GO:0050796,GO:0051044,GO:0051173,GO:0051607,GO:0051712,GO:0051770,GO:0060333,GO:0060333,GO:0060334,GO:0060550,GO:0060552,GO:0060557,GO:0060559,GO:0071902,GO:0090312,GO:0097191,GO:0150076,GO:1900222,GO:1901216,GO:1901857,GO:1902004,GO:1902004,GO:1902948,GO:1903078,GO:1903543,GO:1904440,GO:1904783,GO:1904798,GO:2000273,GO:2000309	hsa03050,hsa04060,hsa04066,hsa04217,hsa04350,hsa04380,hsa04612,hsa04630,hsa04650,hsa04657,hsa04658,hsa04659,hsa04660,hsa04940,hsa05140,hsa05142,hsa05143,hsa05144,hsa05145,hsa05146,hsa05152,hsa05160,hsa05164,hsa05168,hsa05200,hsa05235,hsa05321,hsa05322,hsa05323,hsa05330,hsa05332,hsa05418
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chr12	7550040	7550867	828	*	Distal Intergenic	9332	ENST00000359156.8	-46147	CD163	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005044,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006898,GO:0006953,GO:0009897,GO:0009897,GO:0030666	NA
chr12	7578667	7579769	1103	*	Distal Intergenic	9332	ENST00000359156.8	-74774	CD163	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005044,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006898,GO:0006953,GO:0009897,GO:0009897,GO:0030666	NA
chr1	27681159	27682552	1394	*	Intron (ENST00000626608.2/ENST00000626608.2, intron 2 of 2)	2537	ENST00000679644.1	-8947	IFI6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001836,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005743,GO:0005886,GO:0006915,GO:0006955,GO:0016021,GO:0031966,GO:0042058,GO:0043066,GO:0043154,GO:0043154,GO:0045087,GO:0051607,GO:0051902,GO:0051902,GO:0060337,GO:0072593,GO:0097190,GO:0097193,GO:0098586,GO:2001240,GO:2001240	NA
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chr12	94177819	94178792	974	*	Intron (ENST00000258526.9/10154, intron 2 of 30)	10154	ENST00000551850.1	19718	PLXNC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002116,GO:0005102,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007162,GO:0008360,GO:0016020,GO:0017154,GO:0030334,GO:0043087,GO:0050772,GO:1902287	hsa04360
chr12	94502612	94503117	506	*	Distal Intergenic	144486	ENST00000623122.1	42609	CEP83-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	95775512	95775933	422	*	Intron (ENST00000343702.9/59277, intron 2 of 9)	59277	ENST00000547980.1	14015	NTN4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0007411,GO:0009887,GO:0009888,GO:0016322,GO:0016477,GO:0034446,GO:0043237,GO:0043256,GO:0060668,GO:0070831	hsa04360
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chr13	100403149	100404518	1370	*	Intron (ENST00000376279.7/5095, intron 19 of 22)	5095	ENST00000413170.1	34650	PCCA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004658,GO:0004658,GO:0004658,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005759,GO:0005829,GO:0006768,GO:0009374,GO:0016421,GO:0019626,GO:0019626,GO:0019899,GO:0046872	hsa00280,hsa00630,hsa00640,hsa01100,hsa01200
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chr13	108170201	108171277	1077	*	Distal Intergenic	3981	ENST00000686095.1	43909	LIG4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000012,GO:0000781,GO:0000793,GO:0001701,GO:0002328,GO:0003677,GO:0003677,GO:0003909,GO:0003909,GO:0003910,GO:0003910,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005958,GO:0005958,GO:0005958,GO:0006260,GO:0006266,GO:0006297,GO:0006297,GO:0006302,GO:0006302,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0007049,GO:0007417,GO:0008022,GO:0008283,GO:0010165,GO:0010332,GO:0016874,GO:0032807,GO:0032807,GO:0033077,GO:0033151,GO:0033152,GO:0033153,GO:0035019,GO:0036464,GO:0043524,GO:0045190,GO:0046872,GO:0048146,GO:0050769,GO:0051102,GO:0051103,GO:0051103,GO:0051103,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051402,GO:0070419,GO:0071285,GO:0071479,GO:0071897,GO:0075713,GO:0097680,GO:2001252	hsa03450
chr13	110660012	110660686	675	*	Promoter (2-3kb)	79587	ENST00000487253.6	2832	CARS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004817,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005759,GO:0006423,GO:0046872	hsa00970
chr1	3191301	3192431	1131	*	Intron (ENST00000511072.5/63976, intron 2 of 15)	63976	ENST00000512462.5	-45500	PRDM16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000976,GO:0000978,GO:0001227,GO:0001228,GO:0003712,GO:0003713,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006357,GO:0016235,GO:0017053,GO:0030512,GO:0030512,GO:0033613,GO:0043457,GO:0043565,GO:0045892,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046872,GO:0046974,GO:0050873,GO:0051567,GO:0070828,GO:0120162	hsa00310,hsa01100,hsa04714
chr13	19462057	19463282	1226	*	Intron (ENST00000696857.1/93492, intron 12 of 18)	93492	ENST00000462409.5	39952	TPTE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004725,GO:0005634,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006470,GO:0006661,GO:0008138,GO:0008285,GO:0014065,GO:0016021,GO:0016311,GO:0016314,GO:0035335,GO:0042995,GO:0046856,GO:0048870,GO:0051896	NA
chr13	25668678	25669995	1318	*	Intron (ENST00000381655.7/51761, intron 24 of 36)	51761	ENST00000491840.1	101545	ATP8A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0001750,GO:0003011,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0007568,GO:0008285,GO:0010842,GO:0010976,GO:0010996,GO:0016021,GO:0016887,GO:0040018,GO:0042472,GO:0042755,GO:0043588,GO:0045332,GO:0048666,GO:0050884,GO:0050908,GO:0060052,GO:0061092,GO:0090555,GO:0140326,GO:0140331,GO:0140346	NA
chr13	26509020	26510299	1280	*	Distal Intergenic	10810	ENST00000335327.6	-47384	WASF3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003779,GO:0005856,GO:0007010,GO:0008360,GO:0014003,GO:0030027,GO:0030032,GO:0030036,GO:0030041,GO:0031209,GO:0031643,GO:0034237,GO:0065003,GO:0070062,GO:0071933,GO:0098794,GO:0098885,GO:0098978,GO:2000601	hsa04520,hsa04666,hsa05130,hsa05132,hsa05231
chr13	26804100	26804695	596	*	Distal Intergenic	2835	ENST00000405846.5	-43314	GPR12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006874,GO:0007186,GO:0007189,GO:0019222,GO:0031210	NA
chr13	35086265	35086747	483	*	Intron (ENST00000691351.1/26960, intron 8 of 21)	26960	ENST00000691196.1	-11550	NBEA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005802,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0008104,GO:0012505,GO:0016020,GO:0019901	NA
chr13	39115065	39116250	1186	*	Intron (ENST00000655935.1/ENST00000655935.1, intron 1 of 1)	105370169	ENST00000654394.1	61993	LOC105370169	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	39853593	39854220	628	*	Distal Intergenic	57511	ENST00000460701.1	166050	COG6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005515,GO:0006888,GO:0006891,GO:0015031,GO:0017119,GO:0017119,GO:0032588,GO:0070085	NA
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chr14	71762103	71763525	1423	*	Distal Intergenic	26037	ENST00000556959.1	31911	SIPA1L1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005096,GO:0005575,GO:0005737,GO:0005886,GO:0008150,GO:0014069,GO:0015629,GO:0031532,GO:0043087,GO:0043197,GO:0046875,GO:0048013,GO:0048167,GO:0048814,GO:0050770,GO:0051056,GO:0061001,GO:0090630,GO:0090630	hsa04015
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chr14	78636960	78637785	826	*	Intron (ENST00000634499.2/9369, intron 5 of 21)	9369	ENST00000635466.2	-7335	NRXN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005887,GO:0007158,GO:0007411,GO:0007612,GO:0030534,GO:0035176,GO:0038023,GO:0046872,GO:0050839,GO:0071625,GO:0097109	hsa04514
chr14	84654233	84654901	669	*	Distal Intergenic	105370605	ENST00000554753.2	-731026	LINC02329	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	85973518	85975484	1967	*	Intron (ENST00000665938.1/101928767, intron 1 of 1)	101928767	ENST00000553668.2	-8462	LINC02328	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	88401186	88401697	512	*	Intron (ENST00000556553.5/55812, intron 4 of 11)	55812	ENST00000556666.5	-14229	SPATA7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007601,GO:0015630,GO:0032391,GO:0036064,GO:0036064,GO:0045494,GO:0045494,GO:0050896,GO:0120200,GO:0120206,GO:1903546,GO:1903546,GO:1903621,GO:1903621	NA
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chr1	118364886	118365249	364	*	Distal Intergenic	105378930	ENST00000664031.1	179537	LOC105378930	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	34021525	34022606	1082	*	Distal Intergenic	5983	ENST00000616236.1	190773	RFC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000731,GO:0003677,GO:0003689,GO:0003689,GO:0003689,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005663,GO:0005663,GO:0005663,GO:0006260,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006271,GO:0006281,GO:0006283,GO:0006296,GO:0006297,GO:0016887,GO:0017116,GO:0019985,GO:0031390,GO:0032201,GO:0032508,GO:0033683,GO:0042276,GO:0042769,GO:0046683,GO:0070987,GO:1900264,GO:1901796	hsa03030,hsa03420,hsa03430
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chr1	34389548	34390794	1247	*	Distal Intergenic	84970	ENST00000488417.2	212641	C1orf94	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr13	50805022	50806207	1186	*	Promoter (1-2kb)	100874074	ENST00000413510.4	-1648	DLEU7-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	72758907	72760534	1628	*	Intron (ENST00000556509.6/8110, intron 2 of 10)	8110	ENST00000553608.1	-16196	DPF3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003712,GO:0005654,GO:0006325,GO:0007399,GO:0008150,GO:0008270,GO:0042393,GO:0045892,GO:0045944,GO:0071565,GO:0071565	hsa04714,hsa05225
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chr18	49256178	49256581	404	*	Intron (ENST00000675505.1/54808, intron 13 of 17)	54808	ENST00000580615.1	103291	DYM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005794,GO:0007030,GO:0007030,GO:0016020,GO:0019899,GO:0060348	NA
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chr19	22745025	22747385	2361	*	Distal Intergenic	7652	ENST00000596209.4	36766	ZNF99	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0003677,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	32150648	32150983	336	*	Intron (ENST00000651770.1/ENST00000651770.1, intron 2 of 3)	101927411	ENST00000591212.1	-44732	LINC01782	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	36669352	36669721	370	*	Promoter (2-3kb)	92283	ENST00000591827.5	-2499	ZNF461	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	37810290	37811457	1168	*	Exon (ENST00000480587.6/105372394, exon 2 of 4)	105372394	ENST00000480587.6	5764	LOC105372394	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	48715354	48717168	1815	*	3' UTR	22995	ENST00000559165.1	12676	CEP152	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000086,GO:0000242,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005829,GO:0007099,GO:0007099,GO:0010389,GO:0019901,GO:0051298,GO:0097711,GO:0098535,GO:0098536	NA
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chr3	105958447	105958847	401	*	Distal Intergenic	868	ENST00000443752.2	-88895	CBLB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001784,GO:0002669,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006607,GO:0006955,GO:0007165,GO:0007175,GO:0008270,GO:0016567,GO:0017124,GO:0018193,GO:0030971,GO:0031398,GO:0035556,GO:0042110,GO:0043087,GO:0043393,GO:0045121,GO:0045732,GO:0046642,GO:0050852,GO:0050860,GO:0061630,GO:2000583	hsa04012,hsa04120,hsa04144,hsa04625,hsa04660,hsa04910,hsa05162
chr3	119112718	119114326	1609	*	5' UTR	152404	ENST00000354673.6	-7497	IGSF11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005911,GO:0007156,GO:0014069,GO:0016021,GO:0035255,GO:0040008,GO:0045185,GO:0060076,GO:0061885,GO:1900273	hsa04514
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chr16	5536991	5537932	942	*	Intron (ENST00000569895.3/54715, intron 2 of 6)	101926950	ENST00000566218.2	78278	LINC01570	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	10507125	10508485	1361	*	Distal Intergenic	8774	ENST00000580483.5	-17420	NAPG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005483,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005765,GO:0005774,GO:0006886,GO:0006891,GO:0019905,GO:0031201,GO:0045202,GO:0050821,GO:0061025,GO:0065003,GO:0070062	NA
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chr1	87701160	87703573	2414	*	Intron (ENST00000642677.1/107985518, intron 2 of 6)	107985519	ENST00000437598.2	202141	LINC01773	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	79861387	79862649	1263	*	Intron (ENST00000316249.4/26251, intron 2 of 3)	26251	ENST00000590307.1	-13235	KCNG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005251,GO:0005886,GO:0006813,GO:0008016,GO:0008076,GO:0016021,GO:0034765,GO:0050796,GO:0051260,GO:0070062,GO:0071805	NA
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chr19	12111783	12113224	1442	*	3' UTR	388507	ENST00000430298.7	19315	ZNF788P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0006355	NA
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chr19	21334640	21335148	509	*	Distal Intergenic	7562	ENST00000598046.5	-5215	ZNF708	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	21895317	21896102	786	*	Distal Intergenic	7594	ENST00000596899.1	-43192	ZNF43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0003677,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
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chr19	21934106	21935407	1302	*	Intron (ENST00000599916.5/7757, intron 4 of 4)	7757	ENST00000599723.1	53501	ZNF208	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008270,GO:0045944	hsa05168
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chr19	22208331	22209305	975	*	Exon (ENST00000651839.1/ENST00000651839.1, exon 2 of 2)	163223	ENST00000650058.1	6470	ZNF676	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	22230550	22230961	412	*	Distal Intergenic	163223	ENST00000650058.1	-14775	ZNF676	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	22295216	22296046	831	*	Intron (ENST00000601693.2/100287226, intron 1 of 3)	100287226	ENST00000601693.2	8775	ZNF729	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	22320150	22321088	939	*	Distal Intergenic	100287226	ENST00000601693.2	33709	ZNF729	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	22352536	22353050	515	*	Distal Intergenic	100287226	ENST00000601693.2	66095	ZNF729	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	22354603	22354978	376	*	Distal Intergenic	148198	ENST00000357774.9	67368	ZNF98	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	22386325	22387124	800	*	Distal Intergenic	148198	ENST00000357774.9	35222	ZNF98	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	22423503	22424546	1044	*	Promoter (1-2kb)	148198	ENST00000593657.5	-1146	ZNF98	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr19	23001973	23002506	534	*	Promoter (<=1kb)	388523	ENST00000594710.2	670	ZNF728	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr19	23587390	23587775	386	*	Intron (ENST00000601935.5/105372337, intron 3 of 4)	171392	ENST00000599535.1	98606	ZNF675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0007249,GO:0008270,GO:0010804,GO:0019221,GO:0031625,GO:0032088,GO:0043508,GO:0045453,GO:0045671,GO:0046329,GO:0048471,GO:2000660,GO:2000678	hsa05168
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chr3	1271570	1272201	632	*	Intron (ENST00000397479.6/27255, intron 3 of 21)	27255	ENST00000485257.1	-129084	CNTN6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007155,GO:0007156,GO:0007219,GO:0007411,GO:0007417,GO:0030424,GO:0045747,GO:0070593,GO:0098632,GO:0098688,GO:0099026	NA
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chr1	147465537	147467974	2438	*	Intron (ENST00000619867.4/100289211, intron 3 of 5)	100289211	ENST00000619867.4	49901	LINC00624	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	177129170	177130645	1476	*	Intron (ENST00000656694.1/105377557, intron 2 of 4)	105377557	ENST00000662794.1	170462	LOC105377557	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	64428046	64428598	553	*	Distal Intergenic	253017	ENST00000507440.5	-18578	TECRL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0016021,GO:0016491,GO:0016627,GO:0042761	NA
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chr11	13428534	13428954	421	*	Intron (ENST00000278174.10/84280, intron 2 of 8)	84280	ENST00000525661.5	11254	BTBD10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001650,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0042327,GO:0042327,GO:0044342,GO:1901215	NA
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chr13	74812627	74813104	478	*	Distal Intergenic	338864	ENST00000601480.1	258662	LINC00347	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	27708127	27709080	954	*	Distal Intergenic	2567	ENST00000451330.2	188155	GABRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042493,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:0098982,GO:0099699,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
chr15	95030454	95031434	981	*	Intron (ENST00000621842.4/105370991, intron 3 of 4)	105370991	ENST00000616940.1	5430	LOC105370991	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	97478496	97480009	1514	*	Intron (ENST00000658159.1/101927286, intron 2 of 3)	101927286	ENST00000669932.1	35378	LINC02254	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	153934118	153937314	3197	*	Distal Intergenic	105378238	ENST00000509568.1	-35131	LINC01861	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	54824355	54825582	1228	*	Distal Intergenic	23034	ENST00000555719.1	40089	SAMD4A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000289,GO:0000932,GO:0001650,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005829,GO:0017148,GO:0030054,GO:0030371,GO:0030371,GO:0030425,GO:0043488,GO:0045202,GO:0045727	NA
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chr18	64281117	64282232	1116	*	Intron (ENST00000589376.1/284294, intron 3 of 9)	400654	ENST00000588074.1	-21062	LINC01538	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	92256903	92257381	479	*	Intron (ENST00000561674.1/ENST00000561674.1, intron 2 of 3)	28232	ENST00000555513.1	103340	SLCO3A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001934,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015347,GO:0015347,GO:0015732,GO:0015732,GO:0043252,GO:0043252,GO:0051092,GO:0055085,GO:0150104	NA
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chr6	98817129	98818014	886	*	Distal Intergenic	5454	ENST00000328345.8	-16560	POU3F2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005667,GO:0006357,GO:0006357,GO:0007399,GO:0008284,GO:0008544,GO:0010629,GO:0014002,GO:0021799,GO:0021869,GO:0021979,GO:0021985,GO:0022011,GO:0030182,GO:0040018,GO:0042802,GO:0045595,GO:0045944,GO:0048663,GO:0048665,GO:0048666,GO:0050770,GO:0071310,GO:1990837	NA
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chr10	12009827	12011051	1225	*	Intron (ENST00000356352.6/26019, intron 3 of 20)	26019	ENST00000356352.6	24846	UPF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000184,GO:0000184,GO:0000184,GO:0001889,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005844,GO:0006406,GO:0031100,GO:0035145,GO:0035145,GO:0036464,GO:0042162,GO:0048471	hsa03013,hsa03015
chr10	131338396	131339179	784	*	Distal Intergenic	256536	ENST00000368642.4	-26675	TCERG1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003712,GO:0005634,GO:0006355,GO:0070063	NA
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chr1	173240572	173242037	1466	*	Distal Intergenic	7292	ENST00000281834.4	-33241	TNFSF4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001819,GO:0002215,GO:0002526,GO:0002639,GO:0002726,GO:0002819,GO:0002830,GO:0002891,GO:0005102,GO:0005125,GO:0005164,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007165,GO:0008284,GO:0009615,GO:0009986,GO:0032689,GO:0032700,GO:0032729,GO:0032733,GO:0032735,GO:0032736,GO:0032753,GO:0032755,GO:0032813,GO:0032813,GO:0033209,GO:0035709,GO:0035712,GO:0035713,GO:0042102,GO:0043372,GO:0043382,GO:0043433,GO:0045590,GO:0045626,GO:0045630,GO:0045892,GO:0046641,GO:0050727,GO:0050729,GO:0050871,GO:0071222,GO:0071380,GO:0071954,GO:1900281,GO:2000572	hsa04060
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chr1	239505106	239506015	910	*	Intron (ENST00000468573.5/1131, intron 2 of 8)	1131	ENST00000481779.1	96886	CHRM3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003056,GO:0004435,GO:0004993,GO:0005515,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006464,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007187,GO:0007197,GO:0007213,GO:0007268,GO:0007399,GO:0009925,GO:0016907,GO:0016907,GO:0019722,GO:0030425,GO:0030594,GO:0032412,GO:0038023,GO:0042166,GO:0045202,GO:0045211,GO:0045987,GO:0046541,GO:0095500,GO:0098664	hsa04020,hsa04080,hsa04725,hsa04742,hsa04810,hsa04911,hsa04970,hsa04971,hsa04972,hsa05010,hsa05022
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chr16	35111189	35112643	1455	*	Distal Intergenic	105371197	ENST00000565523.2	-31079	LOC105371197	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	76744302	76744808	507	*	Distal Intergenic	110806286	ENST00000427806.1	34459	LINC02567	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	144951713	144953307	1595	*	Intron (ENST00000649263.1/10393, intron 4 of 8)	2993	ENST00000650526.1	-80760	GYPA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001618,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0016020,GO:0042802,GO:0046718,GO:0050900	hsa04640,hsa05144
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chr11	40658669	40660442	1774	*	Intron (ENST00000528697.6/57689, intron 2 of 6)	57689	ENST00000619527.4	-338939	LRRC4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0016020,GO:0016021,GO:0050770,GO:0050804,GO:0050839,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099560	hsa04360,hsa04514
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chr2	46104445	46105947	1503	*	Intron (ENST00000306156.8/5581, intron 11 of 14)	5581	ENST00000480633.1	30649	PRKCE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002281,GO:0003785,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004697,GO:0004698,GO:0004699,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005783,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006468,GO:0006915,GO:0007049,GO:0007155,GO:0007165,GO:0008047,GO:0010634,GO:0010763,GO:0010811,GO:0018105,GO:0018105,GO:0019899,GO:0019899,GO:0030168,GO:0030546,GO:0030838,GO:0031397,GO:0031663,GO:0032024,GO:0032230,GO:0032467,GO:0035276,GO:0035556,GO:0035641,GO:0035669,GO:0038096,GO:0043123,GO:0043231,GO:0043278,GO:0043410,GO:0045111,GO:0046872,GO:0048471,GO:0050730,GO:0050790,GO:0050996,GO:0051279,GO:0051301,GO:0061178,GO:0070257,GO:0071361,GO:0071380,GO:0071456,GO:0071889,GO:0071944,GO:0090303,GO:1903078,GO:2000650,GO:2001031	hsa04022,hsa04071,hsa04270,hsa04371,hsa04530,hsa04666,hsa04750,hsa04925,hsa04930,hsa04931,hsa04933,hsa05131,hsa05206
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chr10	105671642	105671942	301	*	Distal Intergenic	101927549	ENST00000447757.2	148407	LINC02627	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	54733569	54733968	400	*	Distal Intergenic	81318	ENST00000319760.8	26737	OR4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	60051942	60052320	379	*	Distal Intergenic	932	ENST00000395032.6	-4267	MS4A3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0016021,GO:0035579,GO:0043312,GO:0048471,GO:0051726	NA
chr1	160509955	160510971	1017	*	Intron (ENST00000368059.7/114836, intron 1 of 7)	114836	ENST00000368055.1	12271	SLAMF6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0016021,GO:0032729,GO:0032740,GO:0045087,GO:0045954,GO:0050776,GO:0070062,GO:0072540	NA
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chr11	63322079	63323793	1715	*	Distal Intergenic	387775	ENST00000526800.1	31771	SLC22A10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0015711,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085	NA
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chr1	168157749	168158557	809	*	Distal Intergenic	23432	ENST00000537209.5	-20082	GPR161	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004930,GO:0005515,GO:0005929,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007275,GO:0016021,GO:0030666,GO:0055037,GO:0055037,GO:0060170,GO:1901621	hsa04340
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chr11	71508146	71508497	352	*	Intron (ENST00000527963.1/55191, intron 2 of 3)	55191	ENST00000527963.1	9744	NADSYN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003952,GO:0003952,GO:0004359,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0009435,GO:0019674,GO:0034627	hsa00760,hsa01100,hsa01240
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chr11	72906594	72907302	709	*	Intron (ENST00000311172.11/9873, intron 8 of 18)	9873	ENST00000432043.2	-19019	FCHSD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005547,GO:0005886,GO:0005905,GO:0007274,GO:0015031,GO:0030833,GO:0030838,GO:0031594,GO:0043325,GO:0055037,GO:0072583,GO:0120043,GO:2000601	NA
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chr1	178975078	178976103	1026	*	Distal Intergenic	9917	ENST00000440702.5	-49701	FAM20B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005794,GO:0006468,GO:0016021,GO:0016301,GO:0016773,GO:0016773,GO:0030166,GO:0046872	NA
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chr1	179566666	179567237	572	*	Intron (ENST00000367615.9/7827, intron 1 of 7)	7827	ENST00000367615.9	8711	NPHS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0007588,GO:0031235,GO:0031532,GO:0032991,GO:0036057,GO:0045121,GO:0070062,GO:0072249	NA
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chr1	181975888	181977041	1154	*	Intron (ENST00000671017.1/ENST00000671017.1, intron 1 of 1)	127665	ENST00000339948.3	84671	ZNF648	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr1	18206248	18207296	1049	*	Intron (ENST00000251296.4/84966, intron 1 of 9)	105376814	ENST00000419667.2	-26902	IGSF21-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	82354448	82355083	636	*	Intron (ENST00000659248.1/101928989, intron 2 of 5)	101928989	ENST00000653173.1	48662	MIR4300HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	182465759	182466528	770	*	Intron (ENST00000634758.1/353299, intron 1 of 1)	353299	ENST00000415960.6	-7994	RGSL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
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chr11	85501677	85503959	2283	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	123311	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr12	18911101	18913211	2111	*	Distal Intergenic	93661	ENST00000317658.5	172982	CAPZA3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0005829,GO:0006888,GO:0007015,GO:0007028,GO:0007286,GO:0008290,GO:0016020,GO:0019886,GO:0030036,GO:0030863,GO:0051015,GO:0051016,GO:0061827	hsa04144
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chr1	226463443	226464577	1135	*	Distal Intergenic	142	ENST00000676709.1	-55289	PARP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000715,GO:0000717,GO:0000723,GO:0000724,GO:0000781,GO:0003677,GO:0003723,GO:0003950,GO:0003950,GO:0003950,GO:0003950,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005730,GO:0005730,GO:0005739,GO:0006281,GO:0006293,GO:0006294,GO:0006295,GO:0006296,GO:0006302,GO:0006302,GO:0006366,GO:0006471,GO:0006471,GO:0006915,GO:0006974,GO:0007005,GO:0007179,GO:0008134,GO:0008270,GO:0010332,GO:0010613,GO:0010990,GO:0016020,GO:0016540,GO:0016604,GO:0018312,GO:0018424,GO:0019899,GO:0019901,GO:0023019,GO:0030225,GO:0030331,GO:0030592,GO:0032042,GO:0032869,GO:0032991,GO:0032993,GO:0033148,GO:0033683,GO:0034599,GO:0034644,GO:0035861,GO:0036211,GO:0042769,GO:0042802,GO:0042826,GO:0043504,GO:0044030,GO:0045944,GO:0047485,GO:0050790,GO:0051287,GO:0051901,GO:0060391,GO:0070212,GO:0070212,GO:0070213,GO:0070412,GO:0070911,GO:0071294,GO:0090734,GO:0140294,GO:1900182,GO:1901216,GO:1903376,GO:1903518,GO:1903827,GO:1904044,GO:1904357,GO:1904646,GO:1904762,GO:1905168,GO:1990404,GO:1990404,GO:1990966,GO:2000679,GO:2001170	hsa03410,hsa04064,hsa04210,hsa04217,hsa05415
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chr1	227551487	227552432	946	*	Distal Intergenic	339500	ENST00000608949.5	-11111	ZNF678	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr1	4817679	4819224	1546	*	Distal Intergenic	55966	ENST00000466761.1	106524	AJAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001953,GO:0005515,GO:0005912,GO:0005912,GO:0007155,GO:0008013,GO:0008013,GO:0009898,GO:0009898,GO:0009986,GO:0016323,GO:0016324,GO:0030860,GO:0044214,GO:0044214,GO:0044291,GO:0044291,GO:0044877,GO:0061045	NA
chr14	82369246	82370108	863	*	Distal Intergenic	101928599	ENST00000690424.2	-272492	LINC02301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	89873747	89874666	920	*	Intron (ENST00000555070.1/1112, intron 2 of 3)	90141	ENST00000550103.2	57928	EFCAB11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005515	NA
chr14	92644895	92645576	682	*	Exon (ENST00000554888.1/79890, exon 3 of 3)	79890	ENST00000553992.1	-5342	RIN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002091,GO:0005085,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005769,GO:0005829,GO:0006897,GO:0007165,GO:0030139,GO:0030424,GO:0030425,GO:0031267,GO:0031267,GO:0031410,GO:0031982,GO:0043025,GO:0043547,GO:0060755,GO:0097494	NA
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chr1	49572108	49573047	940	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 3 of 13)	100874313	ENST00000457061.1	-100023	AGBL4-IT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	96922982	96923385	404	*	Intron (ENST00000681598.1/7443, intron 8 of 9)	145249	ENST00000680319.1	-9098	LINC00618	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	49752080	49753491	1412	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 2 of 13)	84871	ENST00000497451.1	98027	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
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chr1	51385865	51386515	651	*	Intron (ENST00000371730.6/2060, intron 19 of 22)	2060	ENST00000478657.1	14684	EPS15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001921,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005905,GO:0006895,GO:0006897,GO:0009925,GO:0016020,GO:0016050,GO:0016197,GO:0016235,GO:0016324,GO:0017124,GO:0019065,GO:0030132,GO:0031593,GO:0031901,GO:0032456,GO:0042059,GO:0042127,GO:0043231,GO:0045296,GO:0046718,GO:0048268,GO:0061024,GO:0098794,GO:0098884,GO:0098978	hsa04144
chr15	17059978	17060225	248	*	Distal Intergenic	105379202	ENST00000611556.1	-2952516	FAM30B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	19790383	19791005	623	*	Distal Intergenic	105379202	ENST00000611556.1	-221736	FAM30B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	20316084	20316320	237	*	Intron (ENST00000656782.1/ENST00000656782.1, intron 1 of 2)	646096	ENST00000554701.2	32588	CHEK2P2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	23769853	23770806	954	*	Intron (ENST00000658937.1/ENST00000658937.1, intron 1 of 2)	4692	ENST00000649030.2	-82548	NDN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0001228,GO:0001764,GO:0003016,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005813,GO:0005829,GO:0007413,GO:0007417,GO:0008285,GO:0008347,GO:0009791,GO:0019221,GO:0019233,GO:0032991,GO:0040008,GO:0042995,GO:0043015,GO:0043204,GO:0043433,GO:0045944,GO:0048011,GO:0048675,GO:0048871,GO:0071514,GO:0090312,GO:1990841	NA
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chr15	27933340	27933873	534	*	Intron (ENST00000353809.9/4948, intron 17 of 22)	4948	ENST00000431101.1	165420	OCA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005215,GO:0005302,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005765,GO:0005789,GO:0006726,GO:0007286,GO:0008283,GO:0010008,GO:0015828,GO:0016021,GO:0030318,GO:0033162,GO:0042438,GO:0055085	NA
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chr15	29547747	29548300	554	*	Intron (ENST00000261275.5/23359, intron 1 of 10)	23359	ENST00000560050.1	21685	FAM189A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr15	31188142	31189745	1604	*	Distal Intergenic	102725022	ENST00000654993.1	-25877	LINC02352	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	35361585	35362835	1251	*	Intron (ENST00000560386.5/89978, intron 3 of 3)	100500904	ENST00000585264.1	9529	MIR3942	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	35641510	35642140	631	*	Intron (ENST00000501169.3/100507466, intron 1 of 2)	100507466	ENST00000661846.1	-69651	DPH6-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	37173505	37174280	776	*	Distal Intergenic	4212	ENST00000340545.9	-72206	MEIS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001228,GO:0001228,GO:0001654,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007420,GO:0008134,GO:0008284,GO:0008542,GO:0009612,GO:0009880,GO:0009887,GO:0031016,GO:0045638,GO:0045931,GO:0045944,GO:0045944,GO:0048471,GO:0070848,GO:0110024,GO:1990837	NA
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chr19	22738070	22739759	1690	*	Distal Intergenic	7652	ENST00000596209.4	44392	ZNF99	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0003677,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
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chr7	26332819	26333145	327	*	Intron (ENST00000338523.9/29887, intron 1 of 6)	29887	ENST00000698091.1	-11438	SNX10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001696,GO:0005515,GO:0005545,GO:0005634,GO:0005783,GO:0005813,GO:0006886,GO:0006897,GO:0007032,GO:0030141,GO:0030316,GO:0031313,GO:0035630,GO:0044691,GO:0045453,GO:0051117,GO:0055074,GO:0060271,GO:0061512,GO:0071539,GO:0090651,GO:0097178,GO:1990830	NA
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chr12	90119599	90122014	2416	*	Distal Intergenic	105369893	ENST00000549313.1	-158880	LINC02392	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	99160659	99161578	920	*	Intron (ENST00000547776.6/56899, intron 14 of 25)	56899	ENST00000547446.5	-5569	ANKS1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0014069,GO:0015030,GO:0043197,GO:0043231,GO:0046875,GO:0046875,GO:0048013,GO:1900383	NA
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chr13	100990599	100991701	1103	*	Intron (ENST00000457843.1/100885778, intron 2 of 7)	100874161	ENST00000667834.1	-46046	LINC00411	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	20748914	20750543	1630	*	Intron (ENST00000382758.6/221143, intron 2 of 4)	221143	ENST00000382754.4	23375	EEF1AKMT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003676,GO:0005829,GO:0006479,GO:0008168,GO:0016279,GO:0016279,GO:0018022	NA
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chr13	38273404	38274296	893	*	Intron (ENST00000454060.2/100874188, intron 1 of 7)	51569	ENST00000494372.1	-75553	UFM1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005783,GO:0007420,GO:0033146,GO:0034976,GO:0034976,GO:0042308,GO:0043066,GO:0061709,GO:0071569,GO:0071569,GO:1990592,GO:1990592	NA
chr13	48665250	48667598	2349	*	Intron (ENST00000614739.4/57105, intron 1 of 4)	57105	ENST00000682523.1	11321	CYSLTR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001631,GO:0004974,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006955,GO:0007186,GO:0007218,GO:0008528,GO:0061737	hsa04020,hsa04080
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chr11	31178739	31179053	315	*	Intron (ENST00000684477.1/341019, intron 9 of 38)	341019	ENST00000437348.5	-51074	DCDC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005874,GO:0007049,GO:0008017,GO:0030246,GO:0030496,GO:0035556,GO:0051301,GO:0072686,GO:0090543,GO:1902412	NA
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chr11	38524199	38524787	589	*	Distal Intergenic	103312105	ENST00000662265.1	121555	LINC02759	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	38847766	38848829	1064	*	Distal Intergenic	101928536	ENST00000534756.1	198908	LINC01493	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	50328740	50330157	1418	*	Intron (ENST00000528459.1/105369150, intron 4 of 6)	105369150	ENST00000533230.1	8072	LINC02750	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	55238238	55239358	1121	*	Distal Intergenic	79097	ENST00000417545.5	-22797	TRIM48	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0008270,GO:0010468,GO:0016567,GO:0045087,GO:0061630	NA
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chr1	158279366	158280695	1330	*	Distal Intergenic	911	ENST00000368170.8	-9228	CD1C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001916,GO:0002250,GO:0002286,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005764,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006955,GO:0009897,GO:0010008,GO:0030883,GO:0030883,GO:0030884,GO:0030884,GO:0048006,GO:0048007,GO:0050776,GO:0051861,GO:0071723,GO:0071723	hsa04530,hsa04640,hsa05146
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chr11	63308511	63309497	987	*	Intron (ENST00000682643.1/387775, intron 6 of 6)	387775	ENST00000526800.1	18203	SLC22A10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0015711,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085	NA
chr1	164001965	164003497	1533	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-552087	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	165521092	165522130	1039	*	Intron (ENST00000685058.2/400794, intron 1 of 2)	400794	ENST00000690955.1	5540	LRRC52-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	63687087	63687776	690	*	Intron (ENST00000253401.10/23229, intron 4 of 9)	23229	ENST00000466925.4	-12949	ARHGEF9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007186,GO:0014069,GO:0043065,GO:0050790,GO:0051056	NA
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chr10	21965323	21965749	427	*	Intron (ENST00000376980.8/64215, intron 1 of 11)	64215	ENST00000447548.5	37650	DNAJC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001671,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005886,GO:0006417,GO:0006457,GO:0016020,GO:0016021,GO:0031965,GO:0032781,GO:0045861,GO:0050708,GO:0051087	hsa04141
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chr10	84049750	84050445	696	*	Distal Intergenic	27069	ENST00000691609.1	-89037	GHITM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005739,GO:0006915,GO:0007007,GO:0031305,GO:0070062,GO:0090201,GO:1905448	NA
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chr11	61154723	61155011	289	*	Intron (ENST00000301765.10/55048, intron 1 of 4)	55048	ENST00000538036.1	6125	VPS37C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000813,GO:0000813,GO:0000813,GO:0005515,GO:0006612,GO:0006623,GO:0010008,GO:0016197,GO:0016236,GO:0019058,GO:0031902,GO:0036258,GO:0039702,GO:0043162,GO:0043231,GO:0043657,GO:0048306,GO:0070062,GO:0075733	hsa04144
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chr11	83386855	83387891	1037	*	Exon (ENST00000617700.1/ENST00000617700.1, exon 1 of 1)	1740	ENST00000529159.1	74258	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr12	38786696	38788678	1983	*	Intron (ENST00000331366.10/144402, intron 6 of 19)	144402	ENST00000551855.1	-18979	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
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chr13	42726208	42726834	627	*	Distal Intergenic	144809	ENST00000537894.5	-54716	FAM216B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	72540494	72541242	749	*	Intron (ENST00000379887.9/25820, intron 2 of 13)	25820	ENST00000561987.5	-20210	ARIH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000151,GO:0000151,GO:0000209,GO:0004842,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006511,GO:0006511,GO:0008270,GO:0015030,GO:0016567,GO:0016604,GO:0018215,GO:0019005,GO:0019787,GO:0031462,GO:0031462,GO:0031463,GO:0031464,GO:0031624,GO:0031624,GO:0031625,GO:0032436,GO:0061630,GO:0097413	NA
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chr3	69514381	69515593	1213	*	Intron (ENST00000459638.5/23150, intron 1 of 5)	23150	ENST00000497880.5	25747	FRMD4B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001726,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005856,GO:0005912,GO:0005923,GO:0090162	NA
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chrX	106063266	106063900	635	*	Distal Intergenic	6906	ENST00000372563.2	-24539	SERPINA7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004867,GO:0005576,GO:0005615,GO:0010951,GO:0070062,GO:0070327	hsa04918
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chr16	35352265	35353168	904	*	Exon (ENST00000565394.1/ENST00000565394.1, exon 1 of 1)	283914	ENST00000561756.5	-10244	LINC01566	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	99099272	99100223	952	*	Intron (ENST00000370552.8/60495, intron 3 of 11)	60495	ENST00000370546.5	135579	HPSE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006027,GO:0008150,GO:0008284,GO:0030198,GO:0030305,GO:0030305,GO:0031012,GO:0031012,GO:0043395	hsa00531,hsa01100,hsa05205
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chr1	174646268	174646683	416	*	Intron (ENST00000251507.8/9910, intron 14 of 20)	9910	ENST00000474375.6	8890	RABGAP1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005096,GO:0005096,GO:0005634,GO:0005769,GO:0005794,GO:0006886,GO:0006897,GO:0031267,GO:0032880,GO:0090630	NA
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chr11	78384440	78385801	1362	*	Exon (ENST00000672296.1/ENST00000672296.1, exon 1 of 1)	9846	ENST00000534823.1	31970	GAB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005068,GO:0005515,GO:0005547,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007169,GO:0007411,GO:0008284,GO:0019221,GO:0030316,GO:0038095,GO:0043306,GO:0043325,GO:0048015	hsa04014,hsa04071,hsa04072,hsa04380,hsa04664,hsa04666,hsa05220
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chr11	85481350	85482103	754	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	145167	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr19	23664987	23665292	306	*	Intron (ENST00000601935.5/105372337, intron 1 of 4)	171392	ENST00000599535.1	21089	ZNF675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0007249,GO:0008270,GO:0010804,GO:0019221,GO:0031625,GO:0032088,GO:0043508,GO:0045453,GO:0045671,GO:0046329,GO:0048471,GO:2000660,GO:2000678	hsa05168
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chr19	53485876	53486567	692	*	Intron (ENST00000396403.9/126017, intron 2 of 3)	55422	ENST00000597004.1	-17252	ZNF331	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0008270	hsa05168
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chr19	55991467	55992417	951	*	Distal Intergenic	126206	ENST00000390649.8	-7309	NLRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005938,GO:0007015,GO:0051293,GO:0051302,GO:0106333	NA
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chr19	6313069	6314391	1323	*	Intron (ENST00000301452.5/125981, intron 1 of 5)	125981	ENST00000301452.5	19221	ACER1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006665,GO:0008544,GO:0010446,GO:0016021,GO:0017040,GO:0017040,GO:0030148,GO:0030148,GO:0030154,GO:0030216,GO:0046512,GO:0046512,GO:0046514,GO:0046514,GO:0046872,GO:0071277,GO:0071633,GO:0071633,GO:0102121	hsa00600,hsa01100,hsa04071
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chr19	7324836	7325396	561	*	Distal Intergenic	23370	ENST00000668164.2	-23541	ARHGEF18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007179,GO:0007186,GO:0007264,GO:0008360,GO:0016324,GO:0030036,GO:0030054,GO:0035023,GO:0043065,GO:0045177,GO:0046872,GO:0050790,GO:0051056,GO:0051497,GO:0070062,GO:0150105	hsa04530
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chr19	8881259	8882496	1238	*	Exon (ENST00000397910.8/94025, exon 67 of 84)	94025	ENST00000596768.5	9501	MUC16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002223,GO:0005515,GO:0005796,GO:0005886,GO:0007155,GO:0016021,GO:0016266,GO:0019898,GO:0031982,GO:0070062	NA
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chr1	99045605	99046304	700	*	Intron (ENST00000425113.1/100129620, intron 1 of 2)	163404	ENST00000672681.1	-40573	PLPPR5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005887,GO:0006644,GO:0007165,GO:0008195,GO:0010976,GO:0042577,GO:0046839,GO:0051491	NA
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chr1	160507917	160508622	706	*	Intron (ENST00000368059.7/114836, intron 1 of 7)	114836	ENST00000368055.1	14620	SLAMF6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0016021,GO:0032729,GO:0032740,GO:0045087,GO:0045954,GO:0050776,GO:0070062,GO:0072540	NA
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chr3	24464385	24464670	286	*	Intron (ENST00000396671.7/7068, intron 1 of 9)	7068	ENST00000646432.1	21925	THRB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0001225,GO:0002154,GO:0003677,GO:0003700,GO:0004879,GO:0004879,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006351,GO:0006367,GO:0007605,GO:0007621,GO:0008016,GO:0008050,GO:0008270,GO:0009755,GO:0016604,GO:0019899,GO:0030154,GO:0031490,GO:0042480,GO:0045944,GO:0046549,GO:0060509,GO:0070324,GO:0097067,GO:0097474,GO:1990837	hsa04080,hsa04919
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chr9	7593032	7594421	1390	*	Distal Intergenic	90871	ENST00000358227.5	205357	DMAC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005743,GO:0005747,GO:0005747,GO:0016021,GO:0032981	NA
chr9	93766973	93767645	673	*	Distal Intergenic	101928014	ENST00000443771.2	-40702	LOC101928014	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr9	98350580	98352543	1964	*	Intron (ENST00000259455.4/9568, intron 13 of 18)	9568	ENST00000634457.1	19028	GABBR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004888,GO:0004965,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007194,GO:0007214,GO:0007214,GO:0007268,GO:0038039,GO:0038039,GO:0043005,GO:0045211,GO:0046982,GO:0150099,GO:1902710	hsa04024,hsa04080,hsa04727,hsa04742,hsa04915,hsa04929,hsa05032
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chr12	129585864	129586163	300	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	317862	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	14343649	14343901	253	*	Distal Intergenic	55729	ENST00000539659.5	-21775	ATF7IP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0003714,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005829,GO:0006306,GO:0016032,GO:0016604,GO:0016887,GO:0031647,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045898,GO:0050821,GO:0090309	NA
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chr12	14609992	14611183	1192	*	Intron (ENST00000542401.2/144608, intron 1 of 4)	79887	ENST00000240617.10	-42109	PLBD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004620,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005764,GO:0005829,GO:0006644,GO:0009395,GO:0036149,GO:0036151,GO:0036152	NA
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chr12	45154353	45154813	461	*	Intron (ENST00000702384.1/51054, intron 3 of 4)	196527	ENST00000426898.2	-61174	ANO6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002407,GO:0002543,GO:0005227,GO:0005227,GO:0005227,GO:0005229,GO:0005229,GO:0005244,GO:0005247,GO:0005254,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006812,GO:0006821,GO:0007596,GO:0009986,GO:0016020,GO:0017121,GO:0017121,GO:0017128,GO:0030501,GO:0032060,GO:0034220,GO:0034707,GO:0034767,GO:0035579,GO:0035590,GO:0035725,GO:0043065,GO:0043312,GO:0045794,GO:0046872,GO:0046931,GO:0046983,GO:0055085,GO:0060100,GO:0061589,GO:0061590,GO:0070062,GO:0070588,GO:0070821,GO:0090026,GO:0097045,GO:1902476,GO:1902476,GO:1903766,GO:2000353	NA
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chr12	96794660	96795494	835	*	Intron (ENST00000524981.9/144535, intron 63 of 67)	121441	ENST00000429527.6	-111730	NEDD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000086,GO:0000242,GO:0000922,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005829,GO:0005886,GO:0010389,GO:0036064,GO:0045177,GO:0051301,GO:0071539,GO:0097711	NA
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chr13	99762300	99762723	424	*	Intron (ENST00000376355.7/171425, intron 1 of 7)	101927465	ENST00000670609.1	-33329	CLYBL-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	101670785	101671235	451	*	Intron (ENST00000557778.1/105370676, intron 1 of 2)	107984698	ENST00000553270.1	-38255	LOC107984698	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	62923541	62924516	976	*	Intron (ENST00000322893.12/27133, intron 7 of 10)	27133	ENST00000420622.6	120670	KCNH5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005516,GO:0005886,GO:0005887,GO:0009986,GO:0010389,GO:0034765,GO:0042391,GO:0044325,GO:0044877,GO:0071805	NA
chr14	66672340	66673508	1169	*	Intron (ENST00000315266.9/10243, intron 1 of 21)	10243	ENST00000544752.6	-149587	GPHN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006777,GO:0007529,GO:0008940,GO:0010038,GO:0014069,GO:0018315,GO:0030425,GO:0030425,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0042802,GO:0043546,GO:0045211,GO:0045211,GO:0046872,GO:0061598,GO:0061599,GO:0072579,GO:0097060,GO:0097112,GO:0097112,GO:0097112,GO:0098970,GO:0099144,GO:0099572,GO:0099634	hsa00790,hsa01100,hsa01240,hsa04727
chr14	66793878	66794498	621	*	Intron (ENST00000315266.9/10243, intron 3 of 21)	10243	ENST00000544752.6	-28597	GPHN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006777,GO:0007529,GO:0008940,GO:0010038,GO:0014069,GO:0018315,GO:0030425,GO:0030425,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0032324,GO:0042802,GO:0043546,GO:0045211,GO:0045211,GO:0046872,GO:0061598,GO:0061599,GO:0072579,GO:0097060,GO:0097112,GO:0097112,GO:0097112,GO:0098970,GO:0099144,GO:0099572,GO:0099634	hsa00790,hsa01100,hsa01240,hsa04727
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chr9	35010423	35011150	728	*	Exon (ENST00000417620.2/ENST00000417620.2, exon 1 of 1)	105376025	ENST00000662507.1	4926	LOC105376025	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	238854208	238854820	613	*	Distal Intergenic	105373222	ENST00000660627.1	11441	LOC105373222	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	147412912	147413506	595	*	Distal Intergenic	92	ENST00000487959.5	-431011	ACVR2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0001934,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004675,GO:0005515,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006468,GO:0007178,GO:0007283,GO:0007368,GO:0007498,GO:0009952,GO:0009986,GO:0010862,GO:0015026,GO:0017002,GO:0019838,GO:0030165,GO:0030501,GO:0030509,GO:0030509,GO:0030509,GO:0032924,GO:0032924,GO:0032927,GO:0034673,GO:0034711,GO:0042713,GO:0043084,GO:0043235,GO:0043235,GO:0043621,GO:0045648,GO:0045669,GO:0045944,GO:0046872,GO:0048179,GO:0048185,GO:0048706,GO:0050999,GO:0060011,GO:0071363,GO:0071773,GO:0098821	hsa04060,hsa04350,hsa04550,hsa05418
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chr12	93558659	93559236	578	*	Intron (ENST00000500986.6/144481, intron 3 of 4)	144481	ENST00000547845.5	7943	SOCS2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	37478117	37479041	925	*	Intron (ENST00000586475.5/148268, intron 5 of 5)	148268	ENST00000589725.1	8546	ZNF570	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr20	46624130	46624738	609	*	Intron (ENST00000290317.9/64849, intron 1 of 12)	64849	ENST00000495082.5	-10244	SLC13A3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005310,GO:0005310,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006814,GO:0006835,GO:0006835,GO:0015137,GO:0015137,GO:0015139,GO:0015141,GO:0015141,GO:0015141,GO:0015362,GO:0015742,GO:0015746,GO:0015746,GO:0016021,GO:0016323,GO:0017153,GO:0017153,GO:0017153,GO:0034634,GO:0034775,GO:0070062,GO:0071422,GO:0071422,GO:0098656,GO:0150104	NA
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chr2	116192267	116194336	2070	*	Distal Intergenic	57628	ENST00000473362.1	377604	DPP10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0016020,GO:0044325,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1903078	NA
chr2	15111065	15111862	798	*	Distal Intergenic	51594	ENST00000485694.1	68516	NBAS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0000956,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005829,GO:0006890,GO:0006890,GO:0015031,GO:0016020,GO:0070939,GO:2000623	NA
chr3	65649979	65650804	826	*	Intron (ENST00000330909.12/9223, intron 1 of 24)	9223	ENST00000621418.4	-27889	MAGI1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005911,GO:0005911,GO:0005912,GO:0005923,GO:0007155,GO:0007165,GO:0007166,GO:0008022,GO:0022409,GO:0030054,GO:0042995,GO:0051393,GO:0060090,GO:0065003,GO:0071944	hsa04015,hsa04151,hsa04530,hsa05165
chr4	49512171	49512646	476	*	Distal Intergenic	80157	ENST00000507372.1	483479	CWH43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0006506,GO:0016021	NA
chr4	49635157	49635395	239	*	Distal Intergenic	80157	ENST00000507372.1	606465	CWH43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0006506,GO:0016021	NA
chr4	91141752	91142871	1120	*	Intron (ENST00000509176.6/401145, intron 10 of 10)	401145	ENST00000649522.1	55802	CCSER1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	141415832	141417802	1971	*	Promoter (<=1kb)	56099	ENST00000612073.1	0	PCDHGB7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156	NA
chr5	45851873	45853069	1197	*	Distal Intergenic	348980	ENST00000634658.1	-155375	HCN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005222,GO:0005248,GO:0005249,GO:0005249,GO:0005267,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0022843,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030552,GO:0030552,GO:0034765,GO:0035725,GO:0042391,GO:0042802,GO:0045176,GO:0046549,GO:0051289,GO:0071320,GO:0071320,GO:0071320,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098855	hsa04929
chr7	42805000	42806241	1242	*	Distal Intergenic	101928795	ENST00000455947.2	-98553	LINC01448	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	46297136	46297840	705	*	Distal Intergenic	105375265	ENST00000436266.1	-4280	LOC105375265	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	62309774	62312930	3157	*	Distal Intergenic	643955	ENST00000444809.1	991058	ZNF733P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr8	99674117	99676664	2548	*	Intron (ENST00000683334.1/157680, intron 34 of 60)	157680	ENST00000518569.1	-44204	VPS13B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0015031	NA
chrX	80923158	80925584	2427	*	Distal Intergenic	254065	ENST00000373275.5	-113281	BRWD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0006357,GO:0007010,GO:0007010,GO:0008360,GO:0008360	NA
chr10	71111567	71112005	439	*	Distal Intergenic	219699	ENST00000335350.10	-100565	UNC5B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0005042,GO:0005515,GO:0005886,GO:0006915,GO:0007411,GO:0014068,GO:0016021,GO:0033564,GO:0038007,GO:0043524,GO:0045121,GO:2001240	hsa04360
chr1	106013572	106014363	792	*	Intron (ENST00000635570.1/105378886, intron 3 of 7)	105378884	ENST00000429080.1	8849	LINC01677	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	28366714	28367985	1272	*	Intron (ENST00000532947.2/196074, intron 5 of 7)	196074	ENST00000468295.1	39133	METTL15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005759,GO:0070475,GO:0071424	NA
chr12	129557839	129558240	402	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	345785	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	38015390	38016807	1418	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-299955	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	68082593	68082852	260	*	Intron (ENST00000536914.1/100885789, intron 5 of 5)	3458	ENST00000229135.4	76888	IFNG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0001774,GO:0001774,GO:0001819,GO:0001934,GO:0002250,GO:0002281,GO:0005125,GO:0005133,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006915,GO:0006959,GO:0007050,GO:0007166,GO:0007259,GO:0008284,GO:0009615,GO:0010508,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010629,GO:0010634,GO:0010835,GO:0030225,GO:0030857,GO:0031334,GO:0032700,GO:0032722,GO:0032731,GO:0032735,GO:0032747,GO:0032755,GO:0032760,GO:0032834,GO:0033141,GO:0033141,GO:0034393,GO:0035722,GO:0040008,GO:0042307,GO:0042531,GO:0045348,GO:0045429,GO:0045589,GO:0045672,GO:0045821,GO:0045892,GO:0048143,GO:0048143,GO:0048662,GO:0050729,GO:0050766,GO:0050769,GO:0050796,GO:0051044,GO:0051173,GO:0051607,GO:0051712,GO:0051770,GO:0060333,GO:0060333,GO:0060334,GO:0060550,GO:0060552,GO:0060557,GO:0060559,GO:0071902,GO:0090312,GO:0097191,GO:0150076,GO:1900222,GO:1901216,GO:1901857,GO:1902004,GO:1902004,GO:1902948,GO:1903078,GO:1903543,GO:1904440,GO:1904783,GO:1904798,GO:2000273,GO:2000309	hsa03050,hsa04060,hsa04066,hsa04217,hsa04350,hsa04380,hsa04612,hsa04630,hsa04650,hsa04657,hsa04658,hsa04659,hsa04660,hsa04940,hsa05140,hsa05142,hsa05143,hsa05144,hsa05145,hsa05146,hsa05152,hsa05160,hsa05164,hsa05168,hsa05200,hsa05235,hsa05321,hsa05322,hsa05323,hsa05330,hsa05332,hsa05418
chr12	72762211	72762713	503	*	Distal Intergenic	29953	ENST00000549922.1	193581	TRHDE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004177,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006508,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008217,GO:0008270,GO:0042277,GO:0043171,GO:0070006,GO:0070062	NA
chr13	65274044	65274952	909	*	Distal Intergenic	105370242	ENST00000437777.2	-591118	LINC01052	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	87167591	87167842	252	*	Distal Intergenic	106144533	ENST00000457672.3	255673	LINC00430	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	95809241	95810648	1408	*	Exon (ENST00000412282.1/ENST00000412282.1, exon 1 of 1)	55757	ENST00000462472.1	49247	UGGT2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003980,GO:0003980,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005788,GO:0005788,GO:0005793,GO:0018279,GO:0032991,GO:0044322,GO:0051082,GO:0071712,GO:0097359,GO:1904380	hsa04141
chr15	27312560	27312895	336	*	Intron (ENST00000615808.5/2567, intron 3 of 9)	2567	ENST00000333743.10	-13913	GABRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042493,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:0098982,GO:0099699,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
chr15	68126184	68126825	642	*	Intron (ENST00000564915.5/8554, intron 3 of 4)	8554	ENST00000564009.1	-19837	PIAS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000082,GO:0000122,GO:0001085,GO:0003677,GO:0003712,GO:0003714,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006357,GO:0007259,GO:0007283,GO:0008022,GO:0008270,GO:0008542,GO:0016605,GO:0016607,GO:0016925,GO:0016925,GO:0016925,GO:0016925,GO:0016925,GO:0019789,GO:0019899,GO:0019904,GO:0031625,GO:0032436,GO:0033235,GO:0042127,GO:0043066,GO:0045444,GO:0045893,GO:0051152,GO:0060334,GO:0061665,GO:0061665,GO:0065004	hsa04120,hsa04630,hsa05160
chr17	53717755	53718049	295	*	Intron (ENST00000650577.1/107985001, intron 4 of 6)	84643	ENST00000268919.6	-104878	KIF2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000777,GO:0003777,GO:0005524,GO:0005730,GO:0005813,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0006890,GO:0007018,GO:0007018,GO:0007019,GO:0007019,GO:0008017,GO:0015630,GO:0016887,GO:0019886,GO:0045171,GO:0051301,GO:0051310,GO:0051983,GO:0072686	NA
chr1	76167452	76168098	647	*	Intron (ENST00000328299.4/256435, intron 1 of 4)	256435	ENST00000328299.4	92706	ST6GALNAC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0001574,GO:0001665,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006486,GO:0006677,GO:0006687,GO:0008373,GO:0009100,GO:0009311,GO:0016021,GO:0047290,GO:0097503	hsa00604,hsa01100
chr2	104529152	104529734	583	*	Intron (ENST00000690368.1/150568, intron 4 of 4)	101927360	ENST00000430551.2	-18643	LINC01103	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	88883614	88884871	1258	*	Intron (ENST00000455756.6/2915, intron 2 of 8)	2915	ENST00000449371.6	162499	GRM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001640,GO:0001932,GO:0004930,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006417,GO:0006448,GO:0007186,GO:0007206,GO:0007216,GO:0007216,GO:0007268,GO:0007611,GO:0007612,GO:0007626,GO:0008066,GO:0030296,GO:0035584,GO:0042802,GO:0043005,GO:0048169,GO:0050808,GO:0050890,GO:0051966,GO:0060078,GO:0061098,GO:0090647,GO:0098685,GO:0098839,GO:0099170,GO:0099530,GO:0099553,GO:0099566,GO:0099583,GO:1902938,GO:1904646,GO:1904646,GO:1990782	hsa04020,hsa04072,hsa04080,hsa04540,hsa04720,hsa04723,hsa04724,hsa05010,hsa05016,hsa05022
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chr10	22512131	22512453	323	*	Distal Intergenic	5305	ENST00000474335.1	27182	PIP4K2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005764,GO:0005776,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006644,GO:0006661,GO:0010506,GO:0010506,GO:0014066,GO:0016308,GO:0016308,GO:0016309,GO:0035855,GO:0042803,GO:0046627,GO:0046854,GO:0061909,GO:0090119,GO:0090217,GO:1902635,GO:2000786	hsa00562,hsa01100,hsa04070,hsa04810
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chr10	32613410	32614807	1398	*	Intron (ENST00000639629.2/79741, intron 19 of 43)	79741	ENST00000639290.1	45574	CCDC7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	32758019	32758664	646	*	Intron (ENST00000639629.2/79741, intron 29 of 43)	79741	ENST00000375028.9	72000	CCDC7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	211453683	211453963	281	*	Distal Intergenic	343035	ENST00000484910.1	38068	RD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0001917,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005768,GO:0007601,GO:0015031,GO:0031283,GO:0048471,GO:0050896,GO:0060041,GO:0060041,GO:0120199,GO:0120200	NA
chr1	211859434	211860135	702	*	Distal Intergenic	102723727	ENST00000446560.1	28086	LPGAT1-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	119745302	119745919	618	*	Promoter (2-3kb)	11113	ENST00000679285.1	-2438	CIT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000281,GO:0001223,GO:0004674,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0016020,GO:0017124,GO:0018107,GO:0019901,GO:0030165,GO:0030291,GO:0031032,GO:0032467,GO:0035331,GO:0035556,GO:0046872,GO:0048699,GO:0051402,GO:0071901,GO:0097110,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr12	12422788	12423409	622	*	Intron (ENST00000314565.9/118426, intron 2 of 3)	118426	ENST00000298571.6	65370	BORCS5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005873,GO:0005873,GO:0005886,GO:0030672,GO:0031224,GO:0031224,GO:0032418,GO:0032418,GO:0043231,GO:0072384,GO:0072384,GO:0098574,GO:0098574,GO:0099078,GO:0099078,GO:1903744	NA
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chr12	125034793	125035306	514	*	Distal Intergenic	102659353	ENST00000627370.1	-7383	THRIL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	125216536	125216780	245	*	Intron (ENST00000682704.1/114795, intron 1 of 8)	114795	ENST00000682704.1	30150	TMEM132B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
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chr12	125748429	125750168	1740	*	Distal Intergenic	114795	ENST00000535886.2	125933	TMEM132B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	125908819	125910568	1750	*	Distal Intergenic	400084	ENST00000502479.1	69880	LINC00939	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	125912974	125913646	673	*	Distal Intergenic	400084	ENST00000502479.1	66802	LINC00939	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	85131771	85132200	430	*	Intron (ENST00000310298.8/5151, intron 21 of 22)	5151	ENST00000561024.1	11580	PDE8A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001934,GO:0004114,GO:0004115,GO:0004115,GO:0005829,GO:0006198,GO:0006355,GO:0007165,GO:0007186,GO:0019900,GO:0046872,GO:0047555,GO:0060548,GO:0070062,GO:0070374,GO:0070374,GO:0071364,GO:0071364,GO:1903206	hsa00230,hsa01100,hsa04927,hsa04934,hsa05032
chr15	86151981	86152714	734	*	Intron (ENST00000614907.3/123624, intron 3 of 22)	101929701	ENST00000656269.1	-35234	LINC01584	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	86375014	86375513	500	*	Intron (ENST00000614907.3/123624, intron 17 of 22)	727915	ENST00000563472.1	-57841	AGBL1-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	86473457	86474608	1152	*	Intron (ENST00000614907.3/123624, intron 18 of 22)	123624	ENST00000681381.1	-104076	AGBL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0015631,GO:0035609,GO:0035609,GO:0035610,GO:0035610	NA
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chr12	99485024	99485818	795	*	Intron (ENST00000547776.6/56899, intron 10 of 25)	56899	ENST00000550157.1	-98727	ANKS1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0014069,GO:0015030,GO:0043197,GO:0043231,GO:0046875,GO:0046875,GO:0048013,GO:1900383	NA
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chr10	125674634	125674885	252	*	Intron (ENST00000532135.5/387718, intron 1 of 3)	387718	ENST00000532135.5	8221	TEX36	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	127838981	127839347	367	*	Distal Intergenic	119467	ENST00000368671.4	53594	CLRN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021,GO:0070062	NA
chr10	130262385	130262768	384	*	Intron (ENST00000648275.1/107984002, intron 1 of 1)	107984002	ENST00000648275.1	48858	LINC02646	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	132212686	132213693	1008	*	Intron (ENST00000462160.5/282974, intron 10 of 12)	10570	ENST00000471544.1	9133	DPYSL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004157,GO:0005515,GO:0005829,GO:0006208,GO:0007399,GO:0031005,GO:0070997,GO:0097485	NA
chr10	13899801	13900318	518	*	Intron (ENST00000357447.7/55691, intron 2 of 24)	55691	ENST00000648400.1	-7505	FRMD4A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0005856,GO:0005912,GO:0005923,GO:0030674,GO:0050709,GO:0050714,GO:0090162	NA
chr10	49658291	49658787	497	*	Intron (ENST00000339797.5/1103, intron 13 of 14)	1103	ENST00000638683.1	6555	CHAT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004102,GO:0004102,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006656,GO:0007269,GO:0007274,GO:0008292,GO:0043005,GO:0098793	hsa00564,hsa04725
chr10	55001176	55001429	254	*	Intron (ENST00000613346.4/65217, intron 3 of 5)	65217	ENST00000448885.5	-199885	PCDH15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0005509,GO:0005576,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0007605,GO:0032420,GO:0045202,GO:0045494,GO:0048839,GO:0050953,GO:0050957	NA
chr10	56962817	56964023	1207	*	Distal Intergenic	100500834	ENST00000583084.1	340536	MIR3924	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	98193821	98194282	462	*	Intron (ENST00000370584.7/27291, intron 3 of 8)	27291	ENST00000612478.4	30534	R3HCC1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0035145,GO:0035145	NA
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chr1	106580087	106580651	565	*	Distal Intergenic	105378889	ENST00000659929.1	-237573	LINC01661	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	114572946	114573324	379	*	Intron (ENST00000424261.6/54827, intron 5 of 5)	120400	ENST00000696071.1	-13065	NXPE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576	NA
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chr1	118578943	118579843	901	*	Distal Intergenic	6913	ENST00000449873.5	334282	TBX15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0001708,GO:0005515,GO:0006357,GO:0042803,GO:0048701,GO:0090571,GO:1990837	NA
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chr12	100517297	100517581	285	*	Intron (ENST00000548884.5/9971, intron 4 of 10)	9971	ENST00000551184.1	13844	NR1H4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000122,GO:0000785,GO:0000785,GO:0000791,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001080,GO:0001228,GO:0001678,GO:0003700,GO:0004879,GO:0004879,GO:0004879,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006357,GO:0006367,GO:0006954,GO:0007043,GO:0007219,GO:0008206,GO:0008270,GO:0010804,GO:0010903,GO:0010988,GO:0015721,GO:0016922,GO:0030154,GO:0030522,GO:0032052,GO:0032052,GO:0032052,GO:0032088,GO:0032620,GO:0032689,GO:0032692,GO:0032703,GO:0032715,GO:0032720,GO:0034142,GO:0034162,GO:0034255,GO:0034971,GO:0035356,GO:0035774,GO:0038181,GO:0038181,GO:0038181,GO:0038183,GO:0038183,GO:0038183,GO:0038185,GO:0042632,GO:0042742,GO:0043066,GO:0043124,GO:0043235,GO:0043565,GO:0045087,GO:0045893,GO:0045944,GO:0045944,GO:0045944,GO:0046628,GO:0046965,GO:0050728,GO:0055089,GO:0061178,GO:0070857,GO:0071222,GO:0071398,GO:0071417,GO:0071638,GO:0090181,GO:1902122,GO:1903413,GO:1904179,GO:1905695,GO:2000213,GO:2001250	hsa04976
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chr21	10344329	10344769	441	*	Distal Intergenic	85319	ENST00000474011.5	-68708	BAGE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	85204789	85205644	856	*	Distal Intergenic	104355140	ENST00000656022.1	-56668	LINC00375	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	20306157	20307138	982	*	Distal Intergenic	5139	ENST00000359062.4	-61399	PDE3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001556,GO:0004114,GO:0004115,GO:0004119,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006629,GO:0007165,GO:0007186,GO:0016021,GO:0019933,GO:0019933,GO:0019934,GO:0019934,GO:0040020,GO:0042493,GO:0043066,GO:0043116,GO:0043117,GO:0043951,GO:0043951,GO:0046872,GO:0060282,GO:0071321,GO:0071560	hsa00230,hsa01100,hsa04022,hsa04024,hsa04924,hsa05032
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chrX	69408799	69410651	1853	*	Distal Intergenic	27112	ENST00000252338.5	-93675	FAM155B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0015275,GO:0016021,GO:0098703	NA
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chr13	81421672	81422281	610	*	Distal Intergenic	105370281	ENST00000458480.2	171234	LOC105370281	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	73332372	73332885	514	*	Intron (ENST00000658942.1/101927295, intron 2 of 2)	101927295	ENST00000664468.1	25184	LINC01360	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr21	14425510	14426039	530	*	Distal Intergenic	6782	ENST00000478035.1	-42026	HSPA13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005783,GO:0016887,GO:0031072,GO:0034620,GO:0042026,GO:0043231,GO:0044183,GO:0051082,GO:0051085,GO:0051787,GO:0070062	NA
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chr12	38299658	38300458	801	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-16304	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	44937863	44938628	766	*	Distal Intergenic	4753	ENST00000552993.5	-16015	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
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chr12	54687196	54687640	445	*	Exon (ENST00000552524.1/ENST00000552524.1, exon 3 of 3)	117159	ENST00000546807.5	-38703	DCD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005576,GO:0006508,GO:0008233,GO:0019730,GO:0042742,GO:0050832,GO:0051873,GO:0070062	NA
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chr13	34070679	34070996	318	*	Distal Intergenic	5983	ENST00000616236.1	239927	RFC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000731,GO:0003677,GO:0003689,GO:0003689,GO:0003689,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005663,GO:0005663,GO:0005663,GO:0006260,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006271,GO:0006281,GO:0006283,GO:0006296,GO:0006297,GO:0016887,GO:0017116,GO:0019985,GO:0031390,GO:0032201,GO:0032508,GO:0033683,GO:0042276,GO:0042769,GO:0046683,GO:0070987,GO:1900264,GO:1901796	hsa03030,hsa03420,hsa03430
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chr1	49083451	49083733	283	*	Intron (ENST00000456002.2/105378706, intron 2 of 3)	84871	ENST00000416121.5	-37737	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
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chr14	91438901	91439692	792	*	Distal Intergenic	105370625	ENST00000557524.1	20635	CCDC88C-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	93555828	93556381	554	*	Intron (ENST00000256339.8/57578, intron 14 of 49)	57578	ENST00000621021.1	78187	UNC79	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0016021,GO:0034220	NA
chr14	93885318	93885974	657	*	Distal Intergenic	90050	ENST00000557719.1	-32920	FAM181A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	95623622	95624184	563	*	Intron (ENST00000555032.1/ENST00000555032.1, intron 1 of 3)	27004	ENST00000357168.6	-26314	TCL6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	49577511	49577936	426	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 3 of 13)	100874313	ENST00000457061.1	-105426	AGBL4-IT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	96117607	96118101	495	*	Distal Intergenic	56967	ENST00000553782.1	78223	C14orf132	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr1	49736634	49737007	374	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 2 of 13)	84871	ENST00000497451.1	114511	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
chr1	49840414	49840679	266	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 2 of 13)	84871	ENST00000497451.1	10839	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
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chr15	24063279	24063784	506	*	Intron (ENST00000652183.1/105370731, intron 7 of 10)	101928840	ENST00000650870.1	-38043	PWRN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	24106281	24106558	278	*	Intron (ENST00000650870.1/101928840, intron 2 of 5)	101928840	ENST00000650870.1	4454	PWRN3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	24717308	24717592	285	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	23742	ENST00000329468.5	41533	NPAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005637,GO:0005643,GO:0005654,GO:0006405,GO:0006606,GO:0007275,GO:0007283,GO:0008139,GO:0017056,GO:0030154	NA
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chr15	24877463	24877836	374	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 13 of 14)	6638	ENST00000553597.5	20862	SNRPN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005682,GO:0005685,GO:0005686,GO:0005687,GO:0005737,GO:0008380,GO:0009725,GO:0030532,GO:0046540,GO:0071004,GO:0071013	NA
chr15	25139327	25140131	805	*	Intron (ENST00000553149.1/104472715, intron 2 of 5)	145624	ENST00000624188.1	3685	PWAR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	25141458	25141739	282	*	Intron (ENST00000553149.1/104472715, intron 2 of 5)	145624	ENST00000624188.1	5816	PWAR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	26242414	26243807	1394	*	Distal Intergenic	503519	ENST00000557672.1	123706	LINC00929	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	26340302	26340813	512	*	Distal Intergenic	107984780	ENST00000658140.1	-54224	LINC02248	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	26380929	26381282	354	*	Distal Intergenic	107984780	ENST00000658140.1	-13755	LINC02248	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	26454737	26455169	433	*	Exon (ENST00000658140.1/107984780, exon 5 of 5)	107984780	ENST00000450324.1	21363	LINC02248	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	26529333	26529792	460	*	Distal Intergenic	2562	ENST00000637293.1	20322	GABRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0022851,GO:0022851,GO:0022851,GO:0030594,GO:0030659,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042802,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0060021,GO:0071420,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1904862	hsa04080,hsa04723,hsa04726,hsa04727,hsa05032,hsa05033
chr15	26644683	26645524	842	*	Intron (ENST00000628124.2/2562, intron 1 of 6)	2562	ENST00000556166.2	-15505	GABRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0022851,GO:0022851,GO:0022851,GO:0030594,GO:0030659,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042802,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0060021,GO:0071420,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1904862	hsa04080,hsa04723,hsa04726,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr7	146839632	146839948	317	*	Exon (ENST00000625365.2/26047, exon 4 of 4)	26047	ENST00000636600.1	65308	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	146935604	146935841	238	*	Intron (ENST00000361727.8/26047, intron 3 of 23)	26047	ENST00000637555.1	19757	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	147543218	147543453	236	*	Intron (ENST00000361727.8/26047, intron 11 of 23)	26047	ENST00000627772.2	-95356	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	147805764	147806333	570	*	Intron (ENST00000361727.8/26047, intron 13 of 23)	26047	ENST00000637654.1	-87823	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	148389144	148389883	740	*	Exon (ENST00000362500.2/ENST00000362500.2, exon 1 of 1)	26047	ENST00000636399.1	7751	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
chr7	148493142	148493591	450	*	Intron (ENST00000637928.1/ENST00000637928.1, intron 1 of 2)	26047	ENST00000602734.4	78394	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
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chr7	150581335	150581651	317	*	Distal Intergenic	55303	ENST00000479232.1	13899	GIMAP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005525,GO:0005829,GO:0005829	NA
chr7	151666509	151667099	591	*	Intron (ENST00000287878.9/51422, intron 4 of 15)	51422	ENST00000476632.2	-33327	PRKAG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004862,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005615,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005977,GO:0006110,GO:0006468,GO:0006469,GO:0006633,GO:0006754,GO:0006853,GO:0007050,GO:0008603,GO:0008607,GO:0010800,GO:0016126,GO:0016208,GO:0016236,GO:0016241,GO:0019217,GO:0019887,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030295,GO:0031588,GO:0031588,GO:0032147,GO:0035556,GO:0042149,GO:0042304,GO:0043531,GO:0045860,GO:0046320,GO:0046324,GO:0050790,GO:1901796,GO:2000480	hsa04068,hsa04152,hsa04211,hsa04213,hsa04371,hsa04530,hsa04710,hsa04714,hsa04910,hsa04920,hsa04921,hsa04922,hsa04931,hsa04932,hsa05410
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chr7	152642069	152642468	400	*	Distal Intergenic	7516	ENST00000495707.1	21536	XRCC2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000400,GO:0000400,GO:0000724,GO:0000724,GO:0001701,GO:0001756,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005657,GO:0005657,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005813,GO:0006281,GO:0007098,GO:0008094,GO:0010165,GO:0010332,GO:0033063,GO:0033063,GO:0035264,GO:0042148,GO:0042148,GO:0043231,GO:0043524,GO:0050769,GO:0051321,GO:2000269	hsa03440
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chr7	153149171	153149545	375	*	Distal Intergenic	105375577	ENST00000649319.1	-245939	LOC105375577	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153277503	153277975	473	*	Distal Intergenic	105375577	ENST00000649319.1	-117509	LOC105375577	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153301472	153302649	1178	*	Distal Intergenic	105375577	ENST00000649319.1	-92835	LOC105375577	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153412949	153413862	914	*	Promoter (<=1kb)	103724390	ENST00000665005.1	0	LINC01287	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153416262	153417180	919	*	Promoter (2-3kb)	103724390	ENST00000660414.1	-2277	LINC01287	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153579034	153579447	414	*	Distal Intergenic	103724390	ENST00000660414.1	-165049	LINC01287	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	153740155	153740432	278	*	Intron (ENST00000665842.1/ENST00000665842.1, intron 1 of 1)	1804	ENST00000404039.5	-146665	DPP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379	NA
chr7	153864217	153864546	330	*	Distal Intergenic	1804	ENST00000404039.5	-22551	DPP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379	NA
chr7	154247952	154248193	242	*	Intron (ENST00000404039.5/1804, intron 1 of 25)	1804	ENST00000462622.5	-56917	DPP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379	NA
chr7	154445510	154446313	804	*	Exon (ENST00000404039.5/1804, exon 2 of 26)	1804	ENST00000427557.1	140068	DPP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379	NA
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chr1	124954237	124954819	583	*	Distal Intergenic	107985195	ENST00000450546.1	-3373713	LINC01691	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	25464984	25466064	1081	*	Distal Intergenic	105376596	ENST00000526327.6	-268693	LINC02699	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	152815293	152815723	431	*	Distal Intergenic	353132	ENST00000360090.4	3322	LCE1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0031424,GO:0042802	NA
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chr11	79753511	79754384	874	*	Distal Intergenic	26011	ENST00000278550.12	-312481	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
chr1	192993906	192994465	560	*	Exon (ENST00000439152.1/ENST00000439152.1, exon 1 of 1)	51377	ENST00000416915.1	29457	UCHL5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000502,GO:0003723,GO:0004843,GO:0004843,GO:0004843,GO:0004866,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006281,GO:0006310,GO:0006511,GO:0008234,GO:0010951,GO:0016579,GO:0016579,GO:0016579,GO:0016579,GO:0018215,GO:0031011,GO:0031011,GO:0032435,GO:0045880,GO:0061136,GO:0070628	NA
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chr12	19209199	19209777	579	*	Intron (ENST00000429027.7/54477, intron 3 of 31)	54477	ENST00000424268.5	3874	PLEKHA5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0008150,GO:0010314,GO:0014069,GO:0016020,GO:0032266,GO:0061458,GO:0070273,GO:0080025,GO:0098978	NA
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chr12	59817147	59817480	334	*	Distal Intergenic	9194	ENST00000548444.1	48088	SLC16A7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005477,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0008028,GO:0015129,GO:0015293,GO:0015718,GO:0016021,GO:0035873,GO:0050833,GO:0150104,GO:1901475	NA
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chr12	8562069	8564433	2365	*	Intron (ENST00000542819.1/ENST00000542819.1, intron 1 of 2)	26253	ENST00000450725.2	-21164	CLEC4E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002221,GO:0002223,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005886,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030246,GO:0038187,GO:0045087	hsa04625,hsa05152
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chr1	38711778	38712291	514	*	Distal Intergenic	64121	ENST00000474456.1	135783	RRAGC	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005525,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005764,GO:0005829,GO:0006351,GO:0006915,GO:0007050,GO:0007264,GO:0008380,GO:0009267,GO:0010506,GO:0016241,GO:0019003,GO:0019003,GO:0032006,GO:0032008,GO:0034198,GO:0034448,GO:0034613,GO:0043200,GO:0043231,GO:0046982,GO:0051020,GO:0071230,GO:0071230,GO:1903432,GO:1990131	hsa04140,hsa04150,hsa05131
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chr2	11994686	11995231	546	*	Intron (ENST00000438292.5/100506457, intron 1 of 4)	100506457	ENST00000451644.5	-11885	MIR3681HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	33648749	33649270	522	*	Distal Intergenic	341359	ENST00000228567.7	-208930	SYT10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0001786,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005544,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007608,GO:0014059,GO:0016021,GO:0016079,GO:0016192,GO:0017156,GO:0017158,GO:0019905,GO:0030276,GO:0030658,GO:0045956,GO:0070382,GO:0070382,GO:0071277,GO:0098793	NA
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chr12	37680692	37681334	643	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-635428	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr1	248669804	248670783	980	*	Distal Intergenic	403239	ENST00000641652.1	-14276	OR2T27	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	72486896	72487622	727	*	Intron (ENST00000547300.2/29953, intron 2 of 4)	29953	ENST00000549138.5	-72917	TRHDE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004177,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006508,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008217,GO:0008270,GO:0042277,GO:0043171,GO:0070006,GO:0070062	NA
chr12	76431404	76431710	307	*	Intron (ENST00000393249.6/114882, intron 6 of 25)	114882	ENST00000546946.5	-8138	OSBPL8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001786,GO:0005515,GO:0005548,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005829,GO:0010891,GO:0015248,GO:0015485,GO:0015485,GO:0015914,GO:0015914,GO:0015918,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030336,GO:0031965,GO:0032148,GO:0032934,GO:0036150,GO:0043231,GO:0045444,GO:0046326,GO:0046628,GO:0051897,GO:0070273,GO:0090204,GO:0120009,GO:0140343	NA
chr12	82374920	82375347	428	*	Promoter (<=1kb)	84190	ENST00000551722.1	893	METTL25	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0008168,GO:0032259	NA
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chr12	99685244	99686844	1601	*	Intron (ENST00000547776.6/56899, intron 8 of 25)	56899	ENST00000552232.1	19780	ANKS1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0014069,GO:0015030,GO:0043197,GO:0043231,GO:0046875,GO:0046875,GO:0048013,GO:1900383	NA
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chr15	45050647	45051474	828	*	Exon (ENST00000560324.1/ENST00000560324.1, exon 2 of 4)	6652	ENST00000558580.1	14411	SORD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000721,GO:0003939,GO:0003939,GO:0003939,GO:0003939,GO:0005615,GO:0005829,GO:0006006,GO:0006062,GO:0006062,GO:0006062,GO:0006970,GO:0008270,GO:0008270,GO:0009725,GO:0016020,GO:0019640,GO:0030246,GO:0030317,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031667,GO:0031966,GO:0042493,GO:0042802,GO:0046370,GO:0046370,GO:0046526,GO:0046686,GO:0046688,GO:0050255,GO:0051160,GO:0051164,GO:0051287,GO:0070062,GO:0070062	hsa00040,hsa00051,hsa01100
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chr17	36049837	36050633	797	*	Distal Intergenic	6362	ENST00000616054.2	-13639	CCL18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002548,GO:0005515,GO:0005615,GO:0006935,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007267,GO:0008009,GO:0030593,GO:0043547,GO:0048020,GO:0048247,GO:0070098,GO:0070374,GO:0071346,GO:0071347,GO:0071356	hsa04060,hsa04061,hsa04062
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chr19	23637581	23638197	617	*	Intron (ENST00000601935.5/105372337, intron 3 of 4)	171392	ENST00000599535.1	48184	ZNF675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000978,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0007249,GO:0008270,GO:0010804,GO:0019221,GO:0031625,GO:0032088,GO:0043508,GO:0045453,GO:0045671,GO:0046329,GO:0048471,GO:2000660,GO:2000678	hsa05168
chr19	41157207	41157516	310	*	Distal Intergenic	1572	ENST00000439903.2	32352	CYP2F1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004497,GO:0005506,GO:0005737,GO:0005789,GO:0006082,GO:0006805,GO:0006805,GO:0008392,GO:0008395,GO:0016712,GO:0016712,GO:0018931,GO:0018931,GO:0018979,GO:0019373,GO:0019825,GO:0020037,GO:0042738,GO:0043231,GO:0043231,GO:0070330	hsa00980
chr19	52520100	52521041	942	*	Distal Intergenic	388558	ENST00000487863.5	-6611	ZNF808	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
chr19	55879634	55879902	269	*	Intron (ENST00000301295.11/147945, intron 9 of 9)	147945	ENST00000589437.1	20937	NLRP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005829,GO:0006954,GO:0032479	hsa05130
chr19	57515306	57515722	417	*	3' UTR	374928	ENST00000601958.1	10417	ZNF773	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr3	175819768	175820765	998	*	Distal Intergenic	100874245	ENST00000426315.1	-43435	NAALADL2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr7	52022879	52023332	454	*	Distal Intergenic	105375278	ENST00000648455.1	551162	LOC105375278	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	125843988	125844313	326	*	Intron (ENST00000651847.1/ENST00000651847.1, intron 6 of 15)	102546228	ENST00000667560.1	-335252	LINC02039	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	169123697	169124034	338	*	Intron (ENST00000519560.6/6586, intron 4 of 35)	728095	ENST00000508470.1	93259	SLIT3-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	117060213	117061660	1448	*	Exon (ENST00000363378.1/ENST00000363378.1, exon 1 of 1)	222546	ENST00000471966.1	175424	RFX6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000976,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0003309,GO:0003310,GO:0003311,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0031018,GO:0035774,GO:0042593,GO:0045893,GO:0045944,GO:0045944,GO:0050796,GO:0090104	hsa04950
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chr13	91964276	91964674	399	*	Intron (ENST00000377067.9/2262, intron 6 of 7)	2262	ENST00000483422.1	239218	GPC5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001523,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005796,GO:0005886,GO:0006024,GO:0006027,GO:0009986,GO:0016021,GO:0016477,GO:0043202,GO:0046658,GO:0062023,GO:0090263,GO:1905475	NA
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chr10	13080811	13081421	611	*	Intron (ENST00000378839.1/83643, intron 3 of 6)	10133	ENST00000263036.9	-18028	OPTN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000086,GO:0000139,GO:0001920,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005776,GO:0005794,GO:0005794,GO:0005802,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0007030,GO:0007165,GO:0008022,GO:0008219,GO:0010508,GO:0016032,GO:0030674,GO:0031267,GO:0031593,GO:0034067,GO:0034067,GO:0034620,GO:0042802,GO:0043001,GO:0043122,GO:0043124,GO:0045087,GO:0046872,GO:0048471,GO:0050829,GO:0055038,GO:0061734,GO:0070530,GO:0090161,GO:0090161,GO:0090161,GO:1904417	hsa04137,hsa05014,hsa05022
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chr10	86249977	86250768	792	*	Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 2 of 15)	442911	ENST00000362234.2	14020	MIR346	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035195,GO:0042986,GO:0045975,GO:0048027,GO:1902004	NA
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chr10	99119404	99120092	689	*	Intron (ENST00000370552.8/60495, intron 3 of 11)	60495	ENST00000370546.5	115710	HPSE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006027,GO:0008150,GO:0008284,GO:0030198,GO:0030305,GO:0030305,GO:0031012,GO:0031012,GO:0043395	hsa00531,hsa01100,hsa05205
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chr1	103591043	103591767	725	*	Distal Intergenic	280	ENST00000481821.1	13656	AMY2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004556,GO:0005975,GO:0046872,GO:0070062,GO:0103025	hsa00500,hsa01100,hsa04970,hsa04972,hsa04973
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chr1	106308666	106309506	841	*	Distal Intergenic	107985116	ENST00000634868.1	270119	LOC107985116	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	109331961	109333129	1169	*	Intron (ENST00000538502.5/6272, intron 11 of 19)	6272	ENST00000466471.1	3173	SORT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001503,GO:0005515,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005769,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005905,GO:0006622,GO:0006892,GO:0006895,GO:0006895,GO:0006897,GO:0006897,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007275,GO:0008333,GO:0008625,GO:0009986,GO:0010008,GO:0010465,GO:0010468,GO:0014902,GO:0016021,GO:0016021,GO:0016050,GO:0016050,GO:0019899,GO:0030136,GO:0030140,GO:0030379,GO:0030425,GO:0030659,GO:0031410,GO:0031965,GO:0032509,GO:0032580,GO:0032868,GO:0038180,GO:0043025,GO:0045599,GO:0046323,GO:0048011,GO:0048227,GO:0048406,GO:0048471,GO:0051005,GO:0090160,GO:1904037,GO:1905394	hsa04142,hsa04722,hsa04979
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chr11	13584538	13584920	383	*	Distal Intergenic	84188	ENST00000354817.8	-83748	FAR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005778,GO:0005779,GO:0005782,GO:0008611,GO:0008611,GO:0010025,GO:0010025,GO:0016491,GO:0035336,GO:0035336,GO:0043231,GO:0046474,GO:0080019,GO:0080019,GO:0102965	hsa04146
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chr11	2282444	2283466	1023	*	Distal Intergenic	430	ENST00000331289.5	-11856	ASCL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0001666,GO:0001890,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006357,GO:0007423,GO:0010626,GO:0030182,GO:0035019,GO:0045944,GO:0046983,GO:0050767,GO:0060712,GO:0070888,GO:0090575,GO:1990837	NA
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chr11	31228289	31228557	269	*	Intron (ENST00000684477.1/341019, intron 9 of 38)	341019	ENST00000534021.1	13059	DCDC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005874,GO:0007049,GO:0008017,GO:0030246,GO:0030496,GO:0035556,GO:0051301,GO:0072686,GO:0090543,GO:1902412	NA
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chr1	166546207	166546941	735	*	Distal Intergenic	105371590	ENST00000426519.2	-55900	LINC01675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	171045235	171046432	1198	*	Intron (ENST00000367759.9/80133, intron 20 of 21)	2328	ENST00000530212.5	-44469	FMO3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004497,GO:0004499,GO:0005515,GO:0005789,GO:0006805,GO:0016021,GO:0034899,GO:0043231,GO:0050660,GO:0050661	hsa00982
chr1	176001728	176002264	537	*	Intron (ENST00000461830.6/64326, intron 5 of 8)	677679	ENST00000517097.1	-33188	SCARNA3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005730,GO:0006396,GO:0015030	NA
chr11	7816593	7817455	863	*	Intron (ENST00000527565.1/283299, intron 5 of 5)	120066	ENST00000641167.1	13385	OR5P3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	18231047	18231864	818	*	Intron (ENST00000251296.4/84966, intron 2 of 9)	84966	ENST00000412684.3	-46981	IGSF21	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005912,GO:0007156,GO:0007157,GO:0031362,GO:0042734,GO:0045211,GO:0060074,GO:0060077	NA
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chr1	18758236	18758489	254	*	Distal Intergenic	80834	ENST00000375371.4	101171	TAS1R2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001582,GO:0004930,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0008527,GO:0008527,GO:0016021,GO:0032467,GO:0033041,GO:0033041,GO:0043235,GO:0050916,GO:0050916,GO:1903767,GO:1903767	hsa04742,hsa04973
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chr12	124137190	124137506	317	*	Intron (ENST00000389727.8/100533183, intron 2 of 4)	144348	ENST00000539501.1	139484	ZNF664	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0008150,GO:0046872	NA
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chr12	17546304	17548004	1701	*	Intron (ENST00000669683.1/ENST00000669683.1, intron 2 of 2)	105369678	ENST00000657845.1	41072	LINC02378	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	18375508	18376178	671	*	Intron (ENST00000676171.1/5288, intron 13 of 32)	5288	ENST00000538458.1	4327	PIK3C2G	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005942,GO:0006661,GO:0006935,GO:0014065,GO:0016020,GO:0016303,GO:0016303,GO:0016307,GO:0016477,GO:0035005,GO:0035091,GO:0036092,GO:0039694,GO:0046854,GO:0048015,GO:0052742	hsa00562,hsa01100,hsa04070,hsa05132
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chr1	22484944	22485227	284	*	Intron (ENST00000650433.1/9923, intron 1 of 8)	9923	ENST00000400239.6	33077	ZBTB40	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0006974,GO:0030282,GO:0046872	NA
chr1	225101500	225101866	367	*	Intron (ENST00000445597.6/127602, intron 16 of 60)	127602	ENST00000474801.2	-15818	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr1	225313972	225314411	440	*	Intron (ENST00000445597.6/127602, intron 40 of 60)	127602	ENST00000450490.1	63309	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr1	227681836	227682414	579	*	Distal Intergenic	339500	ENST00000397097.4	30844	ZNF678	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr1	227847914	227849401	1488	*	Distal Intergenic	339501	ENST00000366757.4	32239	PRSS38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508	NA
chr12	3527604	3527920	317	*	Intron (ENST00000452611.6/56341, intron 1 of 9)	56341	ENST00000261252.4	-10294	PRMT8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006479,GO:0006479,GO:0008469,GO:0008757,GO:0016571,GO:0018216,GO:0019899,GO:0019919,GO:0034969,GO:0035241,GO:0035242,GO:0042802,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043393,GO:0051260,GO:0098753,GO:1904047	NA
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chr12	38598795	38599565	771	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000547417.1	71430	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr12	41008341	41009716	1376	*	Intron (ENST00000551295.7/1272, intron 17 of 23)	1272	ENST00000550305.1	3302	CNTN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0007155,GO:0007219,GO:0010628,GO:0010765,GO:0010976,GO:0016020,GO:0021549,GO:0030246,GO:0031175,GO:0045121,GO:0050731,GO:0070062,GO:0099025,GO:0099026	hsa04514
chr12	42444041	42444929	889	*	Exon (ENST00000624028.1/ENST00000624028.1, exon 1 of 1)	144165	ENST00000640361.1	20151	PRICKLE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001843,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006606,GO:0006606,GO:0008270,GO:0031398,GO:0031965,GO:0032436,GO:0035904,GO:0045892,GO:0060071,GO:0060976,GO:0090090,GO:2000691	hsa04310
chr12	55407567	55408385	819	*	Distal Intergenic	403282	ENST00000379665.3	7038	OR6C65	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr12	56965957	56966529	573	*	Distal Intergenic	8608	ENST00000360752.4	-6583	RDH16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004745,GO:0005789,GO:0005789,GO:0006629,GO:0008202,GO:0009055,GO:0016021,GO:0022900,GO:0042572,GO:0042802,GO:0043231,GO:0047023,GO:0047044	hsa00830,hsa01100
chr12	62425929	62426408	480	*	Distal Intergenic	9958	ENST00000549101.1	24771	USP15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004197,GO:0004843,GO:0005160,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006511,GO:0007179,GO:0007179,GO:0016032,GO:0016579,GO:0016579,GO:0018215,GO:0030509,GO:0035520,GO:0035616,GO:0042802,GO:0046332,GO:0060389,GO:0061649,GO:0071108,GO:1900246,GO:1990380	hsa04137
chr12	64370281	64371157	877	*	Intron (ENST00000535684.6/ENST00000535684.6, intron 2 of 4)	115749	ENST00000543259.1	19369	C12orf56	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	81589914	81591100	1187	*	Intron (ENST00000333447.11/8499, intron 1 of 28)	8499	ENST00000545296.6	7156	PPFIA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0007160,GO:0007269,GO:0009986,GO:0014047,GO:0030424,GO:0043197,GO:0048786,GO:0048786,GO:0050808,GO:0060998,GO:0061001,GO:0070062,GO:0098978,GO:0099172,GO:0099181,GO:0099519,GO:2000300	NA
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chr5	145604946	145605663	718	*	Intron (ENST00000510259.5/153768, intron 1 of 2)	153768	ENST00000515161.1	148716	PRELID2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005758,GO:0015914,GO:0120009,GO:1990050	NA
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chrX	99949444	99950014	571	*	Distal Intergenic	57526	ENST00000636150.1	456501	PCDH19	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0007420	NA
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chr10	32534644	32535318	675	*	Intron (ENST00000476558.7/79741, intron 11 of 16)	79741	ENST00000639041.1	-7982	CCDC7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	38136909	38137453	545	*	Exon (ENST00000608335.1/ENST00000608335.1, exon 1 of 1)	100129055	ENST00000419779.1	-27195	CCNYL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	38144599	38145018	420	*	Intron (ENST00000638053.1/7587, intron 7 of 7)	100129055	ENST00000419779.1	-19630	CCNYL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	55690812	55692117	1306	*	Distal Intergenic	65217	ENST00000613346.4	-62870	PCDH15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0005509,GO:0005576,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0007605,GO:0032420,GO:0045202,GO:0045494,GO:0048839,GO:0050953,GO:0050957	NA
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chr13	28899815	28900436	622	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 2 of 15)	23281	ENST00000612955.6	79476	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
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chr1	158341852	158342241	390	*	Distal Intergenic	910	ENST00000368168.4	-10321	CD1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001916,GO:0002250,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005765,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006955,GO:0009897,GO:0009986,GO:0010008,GO:0016021,GO:0030883,GO:0030884,GO:0043231,GO:0048006,GO:0048007,GO:0050776,GO:0071723	hsa04530,hsa04640,hsa05146
chr11	58447611	58448294	684	*	Distal Intergenic	390191	ENST00000641921.2	-5375	OR5B12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	59321898	59322406	509	*	Distal Intergenic	390195	ENST00000641850.1	-36489	OR5AN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050907,GO:0050911	hsa04740
chr1	159575108	159575398	291	*	Intron (ENST00000693113.1/107985215, intron 2 of 2)	107985215	ENST00000693113.1	6099	LOC107985215	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	60652080	60652636	557	*	Promoter (1-2kb)	283197	ENST00000532591.1	-1082	LINC00301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
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chr11	6081927	6082160	234	*	Intron (ENST00000690041.1/ENST00000690041.1, intron 1 of 1)	196335	ENST00000316529.3	-25524	OR56B4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr1	166252313	166252990	678	*	Intron (ENST00000653824.2/112268276, intron 1 of 2)	112268276	ENST00000425271.1	-81894	LOC112268276	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	68697171	68697728	558	*	Distal Intergenic	51083	ENST00000265643.4	12627	GAL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608	hsa04080
chr11	69150825	69151161	337	*	Intron (ENST00000637084.1/107984345, intron 14 of 14)	107984345	ENST00000641568.1	-4317	SMIM38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr1	169281630	169282024	395	*	Intron (ENST00000688755.1/481, intron 8 of 8)	29922	ENST00000472984.1	21428	NME7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004550,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006183,GO:0006228,GO:0006241,GO:0046872	hsa00230,hsa00240,hsa00983,hsa01100,hsa01240
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chr11	69561053	69561335	283	*	Distal Intergenic	101928292	ENST00000642898.1	75442	LINC01488	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	87169797	87170134	338	*	Intron (ENST00000340353.11/65084, intron 4 of 13)	65084	ENST00000531800.1	98280	TMEM135	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005778,GO:0005811,GO:0007031,GO:0009409,GO:0016021,GO:0031966,GO:0032094,GO:0090140	NA
chr1	187821809	187822197	389	*	Distal Intergenic	106144535	ENST00000667298.1	514318	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	88108777	88109368	592	*	Intron (ENST00000528458.1/ENST00000528458.1, intron 1 of 2)	23682	ENST00000649399.1	-63169	RAB38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005739,GO:0005764,GO:0005769,GO:0005783,GO:0005802,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006886,GO:0007005,GO:0007264,GO:0012505,GO:0015031,GO:0016020,GO:0016192,GO:0030670,GO:0030742,GO:0031905,GO:0032438,GO:0033162,GO:0033162,GO:0035612,GO:0035646,GO:0035650,GO:0035651,GO:0036461,GO:0042470,GO:0042470,GO:0043687,GO:0044233,GO:0045335,GO:0060155,GO:0072657,GO:0090383,GO:1903232,GO:1903232,GO:2001247	NA
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chr14	67216920	67217444	525	*	Intron (ENST00000612183.4/161142, intron 6 of 8)	161142	ENST00000554500.1	-10027	FAM71D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	70496656	70497525	870	*	Intron (ENST00000556646.1/ENST00000556646.1, intron 1 of 2)	317760	ENST00000649019.1	-12881	ADAM20P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	70500415	70500736	322	*	Intron (ENST00000556646.1/ENST00000556646.1, intron 1 of 2)	317760	ENST00000649019.1	-16640	ADAM20P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	72041147	72041949	803	*	Intron (ENST00000553525.6/9628, intron 2 of 17)	9628	ENST00000407322.8	76355	RGS6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008277,GO:0009968,GO:0019898,GO:0035556,GO:0043547	NA
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chr14	76239855	76240271	417	*	Intron (ENST00000556372.2/55668, intron 2 of 3)	55668	ENST00000556372.2	43947	GPATCH2L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr14	77080173	77080467	295	*	Intron (ENST00000554043.2/ENST00000554043.2, intron 2 of 2)	102724190	ENST00000658895.1	-3781	LINC02289	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	77876432	77876743	312	*	Intron (ENST00000238561.10/57143, intron 4 of 10)	57143	ENST00000555333.1	-25642	ADCK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0005524,GO:0005576,GO:0005743,GO:0006468,GO:0007005,GO:0010637,GO:0032592,GO:0055088,GO:1903852	NA
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chr2	48638397	48638853	457	*	Intron (ENST00000405008.5/286749, intron 5 of 10)	11036	ENST00000403751.8	20541	GTF2A1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0003713,GO:0005515,GO:0005672,GO:0005737,GO:0006366,GO:0006367,GO:0045893,GO:0050890	hsa03022,hsa05203
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chr11	48567368	48568141	774	*	Distal Intergenic	403253	ENST00000446524.2	78575	OR4A47	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	50111507	50111915	409	*	Distal Intergenic	403257	ENST00000568934.1	78633	OR4C45	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr1	152278146	152278512	367	*	Intron (ENST00000593011.5/339400, intron 1 of 3)	339400	ENST00000665223.1	-34064	FLG-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	54800766	54801480	715	*	Distal Intergenic	81318	ENST00000319760.8	93934	OR4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	55419413	55420205	793	*	Distal Intergenic	81328	ENST00000641526.1	51439	OR4A15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	58448911	58450425	1515	*	Distal Intergenic	390191	ENST00000641921.2	-6675	OR5B12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	59119561	59119940	380	*	Intron (ENST00000411426.1/374393, intron 1 of 1)	374393	ENST00000620384.1	10027	FAM111B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006260,GO:0006508,GO:0008233	NA
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chr1	163228033	163228411	379	*	Intron (ENST00000618415.4/8490, intron 2 of 5)	8490	ENST00000367903.7	-10397	RGS5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008277,GO:0009968,GO:0043547	NA
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chr1	164458809	164459272	464	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-96312	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	167175957	167176475	519	*	Exon (ENST00000457941.6/101928484, exon 4 of 4)	10223	ENST00000632571.1	-9478	GPA33	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0038023,GO:0070062	NA
chr11	68699030	68699635	606	*	Distal Intergenic	9633	ENST00000544398.1	10971	TESMIN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006355,GO:0006875,GO:0007275,GO:0007283,GO:0010038,GO:0030154,GO:0046872	NA
chr11	69317807	69318632	826	*	Intron (ENST00000544008.1/26579, intron 1 of 1)	105369370	ENST00000541137.5	-18728	LOC105369370	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	173637613	173638227	615	*	Promoter (<=1kb)	105371619	ENST00000693292.1	0	LOC105371619	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	74561469	74561813	345	*	Intron (ENST00000528481.5/10714, intron 1 of 5)	10714	ENST00000532784.5	-30743	POLD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000723,GO:0000731,GO:0003887,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006271,GO:0006283,GO:0006296,GO:0006297,GO:0006297,GO:0006297,GO:0006298,GO:0006298,GO:0016035,GO:0019985,GO:0030674,GO:0032201,GO:0033683,GO:0042769,GO:0043625,GO:0043625,GO:0071897,GO:1904161	hsa03030,hsa03410,hsa03420,hsa03430,hsa03440
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chr11	79628765	79629248	484	*	Distal Intergenic	26011	ENST00000278550.12	-187735	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
chr11	79968282	79968577	296	*	Exon (ENST00000623322.1/ENST00000623322.1, exon 1 of 1)	26011	ENST00000278550.12	-527252	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
chr11	8183647	8184187	541	*	Distal Intergenic	101927936	ENST00000499752.2	14480	RIC3-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	57396268	57396640	373	*	Distal Intergenic	9480	ENST00000491143.3	-38734	ONECUT2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001889,GO:0001952,GO:0002064,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006357,GO:0009887,GO:0015629,GO:0030335,GO:0030512,GO:0031018,GO:0045165,GO:0045944,GO:0048935,GO:0060271,GO:1990837	NA
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chr19	22309887	22311128	1242	*	Intron (ENST00000601693.2/100287226, intron 3 of 3)	100287226	ENST00000601693.2	23446	ZNF729	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0001228,GO:0005634,GO:0006357,GO:0045944,GO:0046872	hsa05168
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chr19	27305865	27306098	234	*	Distal Intergenic	105372345	ENST00000662444.1	379157	LOC105372345	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	28341430	28342193	764	*	Intron (ENST00000592311.5/107985269, intron 3 of 5)	107985269	ENST00000587777.1	-27930	LOC107985269	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	155795622	155796567	946	*	Distal Intergenic	6444	ENST00000517913.5	-73777	SGCD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0005856,GO:0005886,GO:0007517,GO:0016010,GO:0016012,GO:0016021,GO:0042383,GO:0048738,GO:0060047	hsa05410,hsa05412,hsa05414,hsa05416
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chr11	55252217	55253173	957	*	Distal Intergenic	79097	ENST00000417545.5	-8982	TRIM48	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0008270,GO:0010468,GO:0016567,GO:0045087,GO:0061630	NA
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chr20	16725157	16725449	293	*	Intron (ENST00000425939.1/ENST00000425939.1, intron 1 of 3)	6629	ENST00000377943.9	-4512	SNRPB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0000398,GO:0000398,GO:0001650,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005685,GO:0005686,GO:0016607,GO:0030619,GO:0036464,GO:0070990,GO:0071005,GO:0071007,GO:0071013	hsa03040
chr2	103272676	103273287	612	*	Distal Intergenic	105373519	ENST00000431897.1	-288247	LINC01935	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	67573933	67574340	408	*	Intron (ENST00000493112.5/8801, intron 2 of 10)	8801	ENST00000460567.5	-45711	SUCLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0004775,GO:0004776,GO:0004776,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005525,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005886,GO:0006099,GO:0006099,GO:0006099,GO:0006104,GO:0006104,GO:0006105,GO:0019003,GO:0042709,GO:0044877,GO:0045244	hsa00020,hsa00640,hsa01100,hsa01200
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chr4	172704534	172705275	742	*	Intron (ENST00000506823.6/442117, intron 5 of 12)	442117	ENST00000616459.1	-104085	GALNTL6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004653,GO:0005794,GO:0016021,GO:0018215,GO:0018243,GO:0030246,GO:0046872	hsa00512,hsa00514,hsa01100
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chr1	237524636	237525155	520	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 24 of 104)	100616141	ENST00000584884.1	53517	MIR4428	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	57436349	57436755	407	*	Distal Intergenic	27253	ENST00000377918.8	-194989	PCDH17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005515,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0030534,GO:0050805,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099055,GO:0099056,GO:0099560,GO:1904071,GO:2000807	NA
chr13	93343703	93343946	244	*	Intron (ENST00000377047.9/10082, intron 1 of 8)	10082	ENST00000377047.9	116896	GPC6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001523,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005634,GO:0005796,GO:0005886,GO:0006024,GO:0006027,GO:0009966,GO:0009986,GO:0016477,GO:0016477,GO:0043202,GO:0045202,GO:0046658,GO:0060071,GO:0062023,GO:0098696,GO:0098978,GO:0099560,GO:1904929,GO:1905475,GO:1905606	NA
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chr14	64273367	64273897	531	*	Intron (ENST00000556275.5/2100, intron 3 of 8)	2100	ENST00000554520.1	8916	ESR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0003677,GO:0003707,GO:0004879,GO:0004879,GO:0004879,GO:0005496,GO:0005496,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005739,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006367,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008270,GO:0019899,GO:0030284,GO:0030284,GO:0030284,GO:0030308,GO:0030518,GO:0030520,GO:0034056,GO:0042802,GO:0045893,GO:0048019,GO:0051091,GO:0071392,GO:2000272	hsa01522,hsa04915,hsa04917,hsa04929,hsa05200,hsa05224
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chr15	72876491	72877111	621	*	Intron (ENST00000649889.1/ENST00000649889.1, intron 1 of 1)	100287559	ENST00000670622.1	89788	ADPGK-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	5914301	5914608	308	*	Intron (ENST00000569895.3/54715, intron 4 of 6)	54715	ENST00000550418.6	-104416	RBFOX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000381,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005802,GO:0006397,GO:0007399,GO:0008022,GO:0008380,GO:0010494,GO:0050658,GO:0097165	NA
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chr18	51509311	51509788	478	*	Intron (ENST00000635503.2/ENST00000635503.2, intron 3 of 3)	100287225	ENST00000635103.1	-51033	LINC01630	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr20	21267023	21267246	224	*	Distal Intergenic	55857	ENST00000423272.1	22552	KIZ	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005813,GO:0007051,GO:0007051,GO:0019901,GO:0042995	NA
chr20	29304994	29305255	262	*	Distal Intergenic	647476	ENST00000634243.1	111656	FRG2EP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	49132941	49133391	451	*	Intron (ENST00000634588.1/ENST00000634588.1, intron 2 of 4)	2492	ENST00000454032.5	21042	FSHR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004963,GO:0004963,GO:0004963,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007190,GO:0007283,GO:0007292,GO:0008406,GO:0008528,GO:0008584,GO:0008584,GO:0008585,GO:0009755,GO:0010738,GO:0014068,GO:0016021,GO:0042699,GO:0042699,GO:0042699,GO:0043235,GO:0070374,GO:0071372	hsa04024,hsa04080,hsa04913
chr2	52663917	52664303	387	*	Distal Intergenic	100616431	ENST00000579990.1	38312	MIR4431	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	56862358	56862677	320	*	Distal Intergenic	105377632	ENST00000666406.1	454158	LOC105377632	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	177217698	177218112	415	*	Intron (ENST00000361539.5/57795, intron 1 of 7)	57795	ENST00000460161.1	-38669	BRINP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005783,GO:0007050,GO:0030425,GO:0043025,GO:0045666,GO:0045930,GO:0071300	NA
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chr11	83391658	83391943	286	*	Intron (ENST00000671128.1/ENST00000671128.1, intron 1 of 2)	1740	ENST00000529159.1	70206	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85206193	85206532	340	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 4 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-73070	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	18844792	18845038	247	*	Intron (ENST00000375371.4/80834, intron 4 of 5)	80834	ENST00000375371.4	14622	TAS1R2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001582,GO:0004930,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0008527,GO:0008527,GO:0016021,GO:0032467,GO:0033041,GO:0033041,GO:0043235,GO:0050916,GO:0050916,GO:1903767,GO:1903767	hsa04742,hsa04973
chr11	91527380	91527769	390	*	Distal Intergenic	105369428	ENST00000655162.1	-266550	LINC02756	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	194158087	194158466	380	*	Intron (ENST00000656143.1/ENST00000656143.1, intron 4 of 5)	101929184	ENST00000660270.1	808956	LINC01031	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	117404096	117404414	319	*	Intron (ENST00000549189.1/4842, intron 1 of 1)	4842	ENST00000618760.4	-42294	NOS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001666,GO:0001917,GO:0002028,GO:0004517,GO:0004517,GO:0004517,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006527,GO:0006527,GO:0006809,GO:0006809,GO:0006936,GO:0006941,GO:0007263,GO:0007520,GO:0009408,GO:0009725,GO:0010181,GO:0010181,GO:0010523,GO:0012506,GO:0014069,GO:0016491,GO:0016529,GO:0016709,GO:0017080,GO:0018119,GO:0020037,GO:0031284,GO:0032496,GO:0032991,GO:0033138,GO:0033555,GO:0034617,GO:0034618,GO:0035066,GO:0042136,GO:0042311,GO:0042311,GO:0042383,GO:0042738,GO:0043197,GO:0043267,GO:0044325,GO:0044325,GO:0045121,GO:0045202,GO:0045454,GO:0045776,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046870,GO:0048306,GO:0048471,GO:0050660,GO:0050660,GO:0050661,GO:0051346,GO:0051612,GO:0051926,GO:0055117,GO:0060314,GO:0071363,GO:0071944,GO:0097110,GO:0098735,GO:0098924,GO:1902307,GO:1902514,GO:1903779,GO:1990425	hsa00220,hsa00330,hsa01100,hsa04020,hsa04145,hsa04371,hsa04713,hsa04730,hsa04926,hsa04970,hsa05010,hsa05014,hsa05022
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chr12	128501054	128501437	384	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 2 of 8)	100500817	ENST00000579753.1	206962	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	129471988	129472294	307	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	263387	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129679127	129679710	584	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	224315	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	129875278	129875878	601	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 1 of 8)	121256	ENST00000422113.7	28147	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	130530181	130530780	600	*	Intron (ENST00000690449.1/23504, intron 2 of 22)	23504	ENST00000535703.6	-12264	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	16101693	16102048	356	*	Distal Intergenic	51071	ENST00000532573.1	116521	DERA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004139,GO:0004139,GO:0004139,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006098,GO:0009264,GO:0016052,GO:0034774,GO:0043312,GO:0046121,GO:0046386,GO:1904813	hsa00030,hsa01100
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chr12	17385654	17385877	224	*	Distal Intergenic	105369678	ENST00000657845.1	203199	LINC02378	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	19859552	19860036	485	*	Intron (ENST00000535764.1/ENST00000535764.1, intron 1 of 4)	100506393	ENST00000536666.1	-154744	LINC02398	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	21257411	21257870	460	*	Distal Intergenic	6579	ENST00000480394.5	66811	SLCO1A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0008514,GO:0015125,GO:0015125,GO:0015347,GO:0015711,GO:0015721,GO:0015721,GO:0043252,GO:0043252,GO:0055085	hsa04976
chr1	228261018	228261495	478	*	Intron (ENST00000570156.7/84033, intron 17 of 115)	84033	ENST00000659732.1	-14639	OBSCN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005546,GO:0005547,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0006468,GO:0007186,GO:0007275,GO:0008307,GO:0010314,GO:0016604,GO:0030016,GO:0030018,GO:0030506,GO:0031430,GO:0031432,GO:0032266,GO:0036309,GO:0042383,GO:0043065,GO:0043325,GO:0045214,GO:0046872,GO:0050790,GO:0050839,GO:0051056,GO:0070273,GO:0098609,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr13	19289195	19289457	263	*	Intron (ENST00000673904.1/100101938, intron 14 of 20)	100101938	ENST00000670590.1	-4372	ANKRD26P3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	178994647	178995031	385	*	Distal Intergenic	9917	ENST00000440702.5	-30773	FAM20B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005794,GO:0006468,GO:0016021,GO:0016301,GO:0016773,GO:0016773,GO:0030166,GO:0046872	NA
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chr11	9945273	9945659	387	*	Intron (ENST00000692716.1/81846, intron 15 of 38)	81846	ENST00000689597.1	43936	SBF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006914,GO:0010008,GO:0016020,GO:0016020,GO:0019208,GO:0030424,GO:0042552,GO:0043087,GO:0048471	NA
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chr12	129118182	129118448	267	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 5 of 8)	283352	ENST00000540739.1	7088	TMEM132D-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129177413	129178258	846	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 5 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	-30343	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129406143	129406421	279	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	197542	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	216956223	216956801	579	*	Intron (ENST00000361525.7/2104, intron 1 of 8)	2104	ENST00000366938.6	-16550	ESRRG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0001228,GO:0003707,GO:0004879,GO:0005496,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006367,GO:0008270,GO:0043401,GO:0045893,GO:0045944,GO:0048384,GO:0050682,GO:0120162,GO:1990837	NA
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chr12	25043989	25044230	242	*	Intron (ENST00000636465.1/4033, intron 16 of 38)	4033	ENST00000555141.5	-8025	IRAG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000922,GO:0005635,GO:0005694,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005815,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006903,GO:0006906,GO:0006997,GO:0007338,GO:0008017,GO:0016020,GO:0016021,GO:0035577,GO:0043312	NA
chr12	25544477	25544832	356	*	Intron (ENST00000282881.10/160492, intron 3 of 8)	160492	ENST00000282881.10	8412	LMNTD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005635,GO:0005737,GO:0005882,GO:0008283	NA
chr12	32695814	32696120	307	*	Intron (ENST00000452533.6/10059, intron 1 of 18)	10059	ENST00000546757.5	-5295	DNM1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000266,GO:0000266,GO:0000266,GO:0001836,GO:0003374,GO:0003374,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005741,GO:0005741,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005874,GO:0005903,GO:0005905,GO:0006816,GO:0007005,GO:0007029,GO:0008017,GO:0008289,GO:0010468,GO:0010637,GO:0010821,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016559,GO:0016559,GO:0030276,GO:0030672,GO:0030742,GO:0031267,GO:0031625,GO:0031966,GO:0032991,GO:0036466,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043065,GO:0043231,GO:0043547,GO:0043653,GO:0043653,GO:0044877,GO:0048312,GO:0048312,GO:0048471,GO:0048488,GO:0048511,GO:0050714,GO:0051259,GO:0051433,GO:0060047,GO:0061003,GO:0061025,GO:0061025,GO:0065003,GO:0070266,GO:0070584,GO:0070585,GO:0090023,GO:0090141,GO:0090141,GO:0090149,GO:0090149,GO:0090200,GO:0090650,GO:0097194,GO:0098835,GO:0099073,GO:1900063,GO:1900244,GO:1903146,GO:1903146,GO:1903578,GO:1904579,GO:1904666,GO:1905395,GO:1990910,GO:2000302,GO:2001244	hsa04217,hsa04621,hsa04668
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chr12	37644385	37644711	327	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-672051	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	40662331	40662911	581	*	Distal Intergenic	1272	ENST00000551295.7	-29528	CNTN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0007155,GO:0007219,GO:0010628,GO:0010765,GO:0010976,GO:0016020,GO:0021549,GO:0030246,GO:0031175,GO:0045121,GO:0050731,GO:0070062,GO:0099025,GO:0099026	hsa04514
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chr12	44069865	44070278	414	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 3 of 7)	84216	ENST00000553253.5	-3234	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
chr12	44961433	44961843	411	*	Distal Intergenic	4753	ENST00000552993.5	-39585	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
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chr12	87604359	87604879	521	*	Distal Intergenic	400058	ENST00000599191.1	178577	MKRN9P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	57268240	57268794	555	*	Distal Intergenic	729250	ENST00000434815.1	101043	PRR20E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
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chr14	29900930	29901431	502	*	Intron (ENST00000331968.11/5587, intron 1 of 17)	5587	ENST00000415220.6	26211	PRKD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000421,GO:0001525,GO:0001938,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004697,GO:0004698,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005794,GO:0005802,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006468,GO:0006915,GO:0006954,GO:0007030,GO:0007165,GO:0007229,GO:0007265,GO:0007399,GO:0010508,GO:0010595,GO:0010837,GO:0010976,GO:0016301,GO:0018105,GO:0018105,GO:0018107,GO:0018107,GO:0018107,GO:0030148,GO:0030154,GO:0031647,GO:0032793,GO:0033138,GO:0034198,GO:0034599,GO:0035556,GO:0035924,GO:0035924,GO:0038033,GO:0038033,GO:0042802,GO:0043123,GO:0043536,GO:0043536,GO:0043552,GO:0045087,GO:0045669,GO:0045766,GO:0045766,GO:0045806,GO:0045944,GO:0046777,GO:0046777,GO:0046872,GO:0048010,GO:0048193,GO:0051092,GO:0060548,GO:0071447,GO:0089700,GO:0089700,GO:1901727,GO:2001028,GO:2001044	hsa04015,hsa04925
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chr1	43324302	43324589	288	*	Distal Intergenic	7075	ENST00000492874.1	4839	TIE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0001570,GO:0001701,GO:0001936,GO:0003180,GO:0004714,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007498,GO:0016525,GO:0018108,GO:0030336,GO:0032526,GO:0033674,GO:0043235,GO:0045026,GO:0045766,GO:0048771,GO:0060836,GO:0060854,GO:1901201	NA
chr14	36396655	36397338	684	*	Exon (ENST00000667682.1/ENST00000667682.1, exon 3 of 4)	51562	ENST00000416007.9	-76018	MBIP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000161,GO:0004860,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005671,GO:0005730,GO:0005829,GO:0005829,GO:0042802,GO:0043966	NA
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chr14	50472205	50472670	466	*	Exon (ENST00000614375.1/ENST00000614375.1, exon 1 of 1)	11183	ENST00000557210.5	10479	MAP4K5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000185,GO:0004672,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0006468,GO:0007257,GO:0008349,GO:0035556,GO:0106310,GO:0106311	NA
chr14	68435576	68435852	277	*	Intron (ENST00000479335.5/5890, intron 10 of 11)	5890	ENST00000554575.2	24066	RAD51B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000400,GO:0000400,GO:0000724,GO:0000724,GO:0003677,GO:0003690,GO:0003690,GO:0003697,GO:0003697,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005657,GO:0005657,GO:0006281,GO:0006310,GO:0007131,GO:0007596,GO:0008094,GO:0008094,GO:0010971,GO:0033063,GO:0033063	hsa03440
chr14	80814829	80815089	261	*	Intron (ENST00000554502.5/145508, intron 2 of 14)	145508	ENST00000554502.5	21247	CEP128	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000922,GO:0005737,GO:0005814,GO:0008104,GO:0120103	NA
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chr4	120043275	120044355	1081	*	Distal Intergenic	4085	ENST00000512484.5	16681	MAD2L1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000132,GO:0000776,GO:0000776,GO:0000776,GO:0000777,GO:0000922,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006511,GO:0007094,GO:0007094,GO:0007094,GO:0008022,GO:0031145,GO:0042177,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043066,GO:0044615,GO:0045930,GO:0048471,GO:0051301,GO:0051660,GO:0072686,GO:0090267,GO:0090267,GO:1901990,GO:1904667	hsa04110,hsa04114,hsa04914,hsa05166
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chr5	180269364	180270694	1331	*	3' UTR	5601	ENST00000523135.1	-4522	MAPK9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0004705,GO:0004705,GO:0004707,GO:0004712,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0006468,GO:0007254,GO:0007254,GO:0007254,GO:0007258,GO:0008134,GO:0010628,GO:0010744,GO:0018105,GO:0031398,GO:0034614,GO:0035556,GO:0038095,GO:0042752,GO:0048511,GO:0051090,GO:0061833,GO:0071276,GO:0071803,GO:1901485,GO:2001235	hsa01522,hsa04010,hsa04012,hsa04014,hsa04024,hsa04068,hsa04071,hsa04137,hsa04140,hsa04141,hsa04210,hsa04215,hsa04217,hsa04310,hsa04380,hsa04510,hsa04530,hsa04620,hsa04621,hsa04622,hsa04625,hsa04657,hsa04658,hsa04659,hsa04660,hsa04664,hsa04668,hsa04722,hsa04723,hsa04728,hsa04750,hsa04910,hsa04912,hsa04914,hsa04917,hsa04920,hsa04926,hsa04930,hsa04931,hsa04932,hsa04933,hsa04935,hsa05010,hsa05012,hsa05016,hsa05017,hsa05020,hsa05022,hsa05120,hsa05130,hsa05131,hsa05132,hsa05133,hsa05135,hsa05142,hsa05145,hsa05152,hsa05161,hsa05162,hsa05166,hsa05167,hsa05169,hsa05170,hsa05171,hsa05200,hsa05210,hsa05212,hsa05231,hsa05415,hsa05417,hsa05418
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chr1	238159587	238159964	378	*	Distal Intergenic	105373220	ENST00000665394.1	-78979	LOC105373220	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	66480122	66480553	432	*	Intron (ENST00000398016.7/23426, intron 7 of 23)	23426	ENST00000535002.1	-14700	GRIP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0008013,GO:0008022,GO:0014069,GO:0016358,GO:0030159,GO:0030425,GO:0031410,GO:0035259,GO:0035259,GO:0035556,GO:0043005,GO:0043204,GO:0045121,GO:0045211,GO:0098887,GO:0098978,GO:0099003,GO:0150012	NA
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chr12	85905985	85906544	560	*	Distal Intergenic	4922	ENST00000550879.1	27956	NTS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007218,GO:0030133,GO:0043231,GO:0043679,GO:0048018,GO:0071855	hsa04080
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chr12	88218720	88219548	829	*	Distal Intergenic	160418	ENST00000266712.11	76413	TMTC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000030,GO:0004169,GO:0005515,GO:0005783,GO:0016021,GO:0034976,GO:0035269,GO:1901800	NA
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chr13	108196255	108196538	284	*	Distal Intergenic	3981	ENST00000686095.1	18648	LIG4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000012,GO:0000781,GO:0000793,GO:0001701,GO:0002328,GO:0003677,GO:0003677,GO:0003909,GO:0003909,GO:0003910,GO:0003910,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005958,GO:0005958,GO:0005958,GO:0006260,GO:0006266,GO:0006297,GO:0006297,GO:0006302,GO:0006302,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0006303,GO:0007049,GO:0007417,GO:0008022,GO:0008283,GO:0010165,GO:0010332,GO:0016874,GO:0032807,GO:0032807,GO:0033077,GO:0033151,GO:0033152,GO:0033153,GO:0035019,GO:0036464,GO:0043524,GO:0045190,GO:0046872,GO:0048146,GO:0050769,GO:0051102,GO:0051103,GO:0051103,GO:0051103,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051402,GO:0070419,GO:0071285,GO:0071479,GO:0071897,GO:0075713,GO:0097680,GO:2001252	hsa03450
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chr13	16225591	16225899	309	*	Distal Intergenic	26080	ENST00000623511.1	-1969398	FAM230C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	47464889	47465359	471	*	Distal Intergenic	107984570	ENST00000435617.1	441998	LINC00444	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	55518483	55518707	225	*	Distal Intergenic	100846996	ENST00000583098.1	344029	MIR5007	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	56452222	56453159	938	*	Distal Intergenic	122183	ENST00000377931.1	-687759	PRR20A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	56660921	56662106	1186	*	Distal Intergenic	122183	ENST00000377931.1	-478812	PRR20A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	54801799	54802109	311	*	Distal Intergenic	81318	ENST00000319760.8	94967	OR4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	54802212	54802765	554	*	Distal Intergenic	81318	ENST00000319760.8	95380	OR4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	55454250	55455153	904	*	Distal Intergenic	81328	ENST00000641526.1	86276	OR4A15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	55560374	55560751	378	*	Distal Intergenic	81309	ENST00000642128.1	5905	OR4C15	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	56241575	56242310	736	*	Distal Intergenic	219464	ENST00000641661.1	-7320	OR5T2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004984,GO:0004993,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007187,GO:0007268,GO:0030425,GO:0030594,GO:0045202,GO:0050911,GO:0098664	hsa04740
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chr11	56497044	56497528	485	*	Distal Intergenic	219484	ENST00000327216.5	-5674	OR5M8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	5656710	5657007	298	*	Intron (ENST00000380259.7/85363, intron 1 of 7)	85363	ENST00000642298.1	10704	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
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chr11	56944093	56944348	256	*	Distal Intergenic	390181	ENST00000326855.3	-44566	OR5AK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	56997684	56997981	298	*	Distal Intergenic	390181	ENST00000326855.3	8770	OR5AK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	157061371	157062071	701	*	Distal Intergenic	9826	ENST00000368194.8	-15629	ARHGEF11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0001664,GO:0005085,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006941,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007266,GO:0016020,GO:0030010,GO:0030036,GO:0043065,GO:0043547,GO:0045893,GO:0051056	hsa04270,hsa04928,hsa05130,hsa05163,hsa05200
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chr11	60563313	60563564	252	*	Distal Intergenic	503497	ENST00000527948.1	47774	MS4A13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr11	60626255	60626566	312	*	Intron (ENST00000646374.1/283197, intron 2 of 8)	283197	ENST00000320202.8	10504	LINC00301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr11	6083487	6083931	445	*	Intron (ENST00000690041.1/ENST00000690041.1, intron 1 of 1)	196335	ENST00000316529.3	-23753	OR56B4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	161250299	161250800	502	*	Distal Intergenic	654790	ENST00000504449.2	-7945	PCP4L1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	181833343	181833682	340	*	Distal Intergenic	777	ENST00000700190.1	39675	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
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chr11	85397242	85397615	374	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	229655	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85425635	85426474	840	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	200796	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr11	85461007	85461853	847	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	165417	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	186599468	186600419	952	*	Distal Intergenic	5743	ENST00000466691.1	75450	PTGS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001516,GO:0001516,GO:0001516,GO:0004601,GO:0004666,GO:0005515,GO:0005637,GO:0005640,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005783,GO:0005788,GO:0005789,GO:0006954,GO:0006979,GO:0008217,GO:0010575,GO:0019221,GO:0019371,GO:0019371,GO:0019372,GO:0019899,GO:0020037,GO:0031394,GO:0031622,GO:0034356,GO:0042759,GO:0043005,GO:0045429,GO:0046872,GO:0050727,GO:0051213,GO:0071456,GO:0071636,GO:0090050,GO:0090271,GO:0090336,GO:0090362,GO:0098869,GO:0150077	hsa00590,hsa01100,hsa04064,hsa04370,hsa04625,hsa04657,hsa04668,hsa04723,hsa04726,hsa04913,hsa04921,hsa04923,hsa05010,hsa05022,hsa05140,hsa05163,hsa05165,hsa05167,hsa05200,hsa05204,hsa05206,hsa05222
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chr11	89386282	89386573	292	*	Intron (ENST00000263317.9/50507, intron 11 of 17)	50507	ENST00000524473.1	-50199	NOX4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000902,GO:0001666,GO:0001725,GO:0003015,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005739,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005925,GO:0006801,GO:0006952,GO:0006954,GO:0007569,GO:0008285,GO:0009055,GO:0010467,GO:0014911,GO:0016021,GO:0016174,GO:0016175,GO:0016324,GO:0019826,GO:0020037,GO:0022900,GO:0034599,GO:0042554,GO:0042554,GO:0043020,GO:0043065,GO:0048471,GO:0050660,GO:0050667,GO:0051496,GO:0061098,GO:0071320,GO:0071480,GO:0071560,GO:0072341,GO:0072593,GO:0097038,GO:1903409,GO:1990782,GO:2000379	hsa04933,hsa05010,hsa05022
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chr11	90266411	90267127	717	*	Intron (ENST00000649150.1/101929222, intron 1 of 7)	101929222	ENST00000561596.5	15126	DISC1FP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	91223666	91224056	391	*	Intron (ENST00000526509.2/105369427, intron 4 of 4)	105369427	ENST00000526509.2	65642	LINC02748	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	194417594	194417882	289	*	Distal Intergenic	101929184	ENST00000660270.1	1068463	LINC01031	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	196189944	196190168	225	*	Distal Intergenic	105371673	ENST00000430519.2	-124709	LINC01724	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	97637733	97638069	337	*	Distal Intergenic	105369454	ENST00000526385.5	304693	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	99103175	99103398	224	*	Intron (ENST00000524871.6/53942, intron 1 of 24)	53942	ENST00000528682.5	81985	CNTN5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007605,GO:0098982,GO:0099026,GO:0099054	NA
chr1	20019828	20020416	589	*	Distal Intergenic	5322	ENST00000486277.5	-7763	PLA2G5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005543,GO:0005576,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006631,GO:0006644,GO:0006654,GO:0010518,GO:0010744,GO:0019370,GO:0032009,GO:0032010,GO:0034374,GO:0034638,GO:0035965,GO:0036148,GO:0036149,GO:0036150,GO:0036151,GO:0036152,GO:0047498,GO:0047499,GO:0050482,GO:0050766,GO:0055037,GO:0070374,GO:0090265,GO:0090385,GO:0102567,GO:0102568,GO:1903028,GO:1905036,GO:1905164	hsa00564,hsa00565,hsa00590,hsa00591,hsa00592,hsa01100,hsa04014,hsa04270,hsa04972,hsa04975
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chr12	10049010	10049462	453	*	Intron (ENST00000544751.1/283420, intron 2 of 2)	283420	ENST00000538284.1	8162	CLEC9A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001819,GO:0006898,GO:0006898,GO:0009986,GO:0009986,GO:0016021,GO:0030246	NA
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chr12	103190841	103191513	673	*	Distal Intergenic	374470	ENST00000548594.6	-12166	C12orf42	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	103481581	103482469	889	*	Intron (ENST00000547347.5/374470, intron 1 of 10)	374470	ENST00000550497.5	13456	C12orf42	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	107009807	107010032	226	*	Intron (ENST00000008527.10/1407, intron 2 of 12)	1407	ENST00000546722.1	-7956	CRY1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0003677,GO:0003690,GO:0003904,GO:0003914,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005739,GO:0006094,GO:0006975,GO:0007623,GO:0009416,GO:0009785,GO:0009882,GO:0014823,GO:0018298,GO:0019901,GO:0019902,GO:0019915,GO:0031397,GO:0031398,GO:0032868,GO:0032922,GO:0032922,GO:0033762,GO:0035257,GO:0042593,GO:0042752,GO:0042754,GO:0042826,GO:0043153,GO:0043153,GO:0045721,GO:0045744,GO:0045892,GO:0045892,GO:0045892,GO:0070888,GO:0071949,GO:2000001,GO:2000323,GO:2000850	hsa04710
chr12	107263097	107264310	1214	*	Distal Intergenic	121551	ENST00000420571.6	-54111	BTBD11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021,GO:0046982,GO:0060395	NA
chr12	107597878	107598290	413	*	Intron (ENST00000420571.6/121551, intron 4 of 14)	121551	ENST00000357167.8	17228	BTBD11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021,GO:0046982,GO:0060395	NA
chr12	107999334	107999654	321	*	Distal Intergenic	728739	ENST00000547904.1	-95386	LOC728739	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	108085012	108085596	585	*	Distal Intergenic	9671	ENST00000547525.6	-43692	WSCD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
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chr12	34045344	34045610	267	*	Intron (ENST00000664027.1/ENST00000664027.1, intron 1 of 3)	84920	ENST00000266483.7	22848	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr1	234047846	234048180	335	*	Intron (ENST00000366618.8/148641, intron 2 of 7)	148641	ENST00000366618.8	143170	SLC35F3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0015888,GO:0015888,GO:0016021	NA
chr12	34195850	34196909	1060	*	Intron (ENST00000656327.1/ENST00000656327.1, intron 2 of 2)	84920	ENST00000266483.7	173354	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	34279845	34280430	586	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	257349	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	34280594	34281431	838	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	258098	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	34609633	34610201	569	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	587137	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	34705837	34706271	435	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	683341	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	359876	360547	672	*	Intron (ENST00000399788.7/5927, intron 5 of 27)	5927	ENST00000544777.1	-25548	KDM5A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000976,GO:0003677,GO:0003713,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0006338,GO:0007283,GO:0008270,GO:0008584,GO:0032452,GO:0032922,GO:0034647,GO:0034647,GO:0034648,GO:0034720,GO:0034721,GO:0035064,GO:0042393,GO:0045893,GO:0051090,GO:0051213,GO:1901726	NA
chr12	37263165	37263551	387	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-1053211	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37310598	37311052	455	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-1005710	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37315699	37316282	584	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-1000480	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37350718	37351004	287	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-965758	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37386876	37387174	299	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-929588	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	37517127	37517850	724	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-798912	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	37542718	37543372	655	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-773390	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37544484	37545129	646	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-771633	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37554322	37554821	500	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-761941	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37581640	37582256	617	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-734506	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37645270	37645964	695	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-670798	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37762281	37762714	434	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-554048	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37765078	37765528	451	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-551234	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37943870	37944435	566	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-372327	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38089848	38090104	257	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-226658	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38122913	38123283	371	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-193479	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38159053	38159667	615	*	Intron (ENST00000671057.1/ENST00000671057.1, intron 1 of 2)	144245	ENST00000551464.1	-157095	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38201658	38202061	404	*	Exon (ENST00000445286.3/ENST00000445286.3, exon 2 of 4)	144245	ENST00000551464.1	-114701	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr1	238296235	238296540	306	*	Intron (ENST00000665394.1/105373220, intron 2 of 4)	105373220	ENST00000665394.1	57292	LOC105373220	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	38473725	38474340	616	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000548240.1	156886	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38511988	38512234	247	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000547417.1	158761	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr12	38574328	38575166	839	*	Intron (ENST00000552639.1/ENST00000552639.1, intron 2 of 3)	144402	ENST00000547417.1	95829	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr12	38988039	38988479	441	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000360449.3	-80609	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr12	39259463	39259879	417	*	Distal Intergenic	55605	ENST00000547733.1	52947	KIF21A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0005886,GO:0007018,GO:0008017,GO:0016887	NA
chr12	39519153	39519983	831	*	Distal Intergenic	55605	ENST00000361961.7	-75763	KIF21A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0005886,GO:0007018,GO:0008017,GO:0016887	NA
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chr12	3982724	3983019	296	*	Distal Intergenic	105369608	ENST00000687881.1	-24080	LOC105369608	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr17	55994800	55995023	224	*	Intron (ENST00000635860.2/162282, intron 3 of 22)	162282	ENST00000653862.1	32738	ANKFN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	51022895	51023485	591	*	Intron (ENST00000266037.10/1795, intron 5 of 52)	100616138	ENST00000607364.1	347815	MIR4787	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:1903561	NA
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chr2	47746707	47748231	1525	*	Intron (ENST00000454137.5/440864, intron 3 of 3)	2956	ENST00000445503.5	-34851	MSH6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0000400,GO:0000710,GO:0000710,GO:0000785,GO:0003682,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006281,GO:0006290,GO:0006298,GO:0006298,GO:0006298,GO:0006298,GO:0006298,GO:0008094,GO:0008340,GO:0008630,GO:0008630,GO:0009411,GO:0016032,GO:0016446,GO:0016446,GO:0016447,GO:0016447,GO:0016887,GO:0019899,GO:0030983,GO:0030983,GO:0030983,GO:0032137,GO:0032142,GO:0032143,GO:0032143,GO:0032300,GO:0032301,GO:0032301,GO:0032357,GO:0032357,GO:0032405,GO:0032405,GO:0035064,GO:0036297,GO:0042803,GO:0043231,GO:0043531,GO:0043570,GO:0045190,GO:0045910,GO:0045910,GO:0051096,GO:0097193	hsa01524,hsa03430,hsa05200,hsa05210
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chr11	48751678	48751975	298	*	Distal Intergenic	120824	ENST00000534741.3	231910	TRIM51GP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	174122209	174122803	595	*	Intron (ENST00000665650.1/102724601, intron 2 of 2)	102724601	ENST00000656058.1	36189	RABGAP1L-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	179656871	179657238	368	*	Intron (ENST00000367614.5/163589, intron 13 of 16)	163589	ENST00000417329.1	16920	TDRD5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0007286,GO:0030719,GO:0033391,GO:0043046,GO:0071546	NA
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chr11	80270985	80272088	1104	*	Distal Intergenic	101928944	ENST00000526840.1	490738	LINC02720	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	181200200	181200423	224	*	Distal Intergenic	101928973	ENST00000438428.1	24863	LINC01732	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	81283250	81283779	530	*	Intron (ENST00000671134.1/ENST00000671134.1, intron 3 of 4)	101928944	ENST00000526840.1	-520424	LINC02720	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	83943116	83943460	345	*	Intron (ENST00000280241.12/1740, intron 8 of 21)	1740	ENST00000529399.1	-217713	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85320323	85320723	401	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-187200	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85362263	85362549	287	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-229140	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	87590050	87590281	232	*	Distal Intergenic	105369423	ENST00000532606.1	129130	LINC02711	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	187603935	187604348	414	*	Intron (ENST00000643891.1/106144535, intron 7 of 8)	106144535	ENST00000667298.1	296444	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	88684458	88685111	654	*	Intron (ENST00000455756.6/2915, intron 3 of 8)	100873989	ENST00000531994.1	172710	GRM5-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	90694976	90695350	375	*	Intron (ENST00000649150.1/101929222, intron 3 of 7)	100616186	ENST00000582647.1	-139119	MIR4490	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	190930807	190931030	224	*	Intron (ENST00000648197.1/ENST00000648197.1, intron 5 of 5)	105371660	ENST00000434983.2	297437	LINC01680	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	90956578	90957055	478	*	Distal Intergenic	100302228	ENST00000408659.1	-87376	MIR1261	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	191301073	191301753	681	*	Distal Intergenic	105371660	ENST00000434983.2	-72606	LINC01680	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	193005701	193006241	541	*	Distal Intergenic	51377	ENST00000416915.1	17681	UCHL5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000502,GO:0003723,GO:0004843,GO:0004843,GO:0004843,GO:0004866,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006281,GO:0006310,GO:0006511,GO:0008234,GO:0010951,GO:0016579,GO:0016579,GO:0016579,GO:0016579,GO:0018215,GO:0031011,GO:0031011,GO:0032435,GO:0045880,GO:0061136,GO:0070628	NA
chr1	197047430	197047909	480	*	Promoter (2-3kb)	2165	ENST00000490002.1	2936	F13B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005576,GO:0007596,GO:1903363	hsa04610,hsa05171
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chr11	98243635	98243981	347	*	Distal Intergenic	105369454	ENST00000667244.1	-284077	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	101030045	101030697	653	*	Intron (ENST00000644049.1/121601, intron 11 of 29)	121601	ENST00000548940.1	-11683	ANO4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005229,GO:0005229,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006821,GO:0016021,GO:0034220,GO:0046983,GO:0055085,GO:0061588,GO:1902476	NA
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chr12	105700362	105700618	257	*	Exon (ENST00000653672.1/ENST00000653672.1, exon 1 of 2)	101929110	ENST00000548557.1	-3585	CASC18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	108417017	108417334	318	*	Distal Intergenic	102723562	ENST00000551889.1	56355	LINC01498	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	109196312	109196658	347	*	Intron (ENST00000338432.12/32, intron 16 of 52)	32	ENST00000544651.1	4834	ACACB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003989,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005739,GO:0005741,GO:0005829,GO:0006084,GO:0006633,GO:0006853,GO:0009374,GO:0010629,GO:0010884,GO:0010906,GO:0014070,GO:0031325,GO:0031667,GO:0031999,GO:0042493,GO:0042802,GO:0043086,GO:0045540,GO:0046872,GO:0051289,GO:0060421,GO:0097009,GO:2001295	hsa00061,hsa00620,hsa00640,hsa01100,hsa04152,hsa04910,hsa04920,hsa04922,hsa04931
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chr12	111000128	111000973	846	*	Distal Intergenic	23316	ENST00000261726.11	-33192	CUX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007614,GO:0010628,GO:0043565,GO:0050775,GO:0050890,GO:0051965,GO:0061003,GO:0070062,GO:0071310,GO:1990837,GO:2000463	NA
chr1	211109312	211109564	253	*	Intron (ENST00000367007.5/3756, intron 1 of 11)	3756	ENST00000624583.2	-5797	KCNH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005251,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005637,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006813,GO:0007520,GO:0008076,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030551,GO:0031901,GO:0034765,GO:0042127,GO:0042391,GO:0042734,GO:0043204,GO:0043231,GO:0048015,GO:0071277,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098839,GO:1902936	NA
chr12	112781764	112782063	300	*	Intron (ENST00000549736.5/22895, intron 3 of 6)	22895	ENST00000547728.5	-9086	RPH3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005546,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006886,GO:0008021,GO:0008270,GO:0008430,GO:0019898,GO:0030141,GO:0030672,GO:0032991,GO:0042301,GO:0043005,GO:0043197,GO:0044877,GO:0045202,GO:0045211,GO:0061669,GO:0070679,GO:1901981	NA
chr12	11351118	11351369	252	*	Distal Intergenic	5542	ENST00000545626.5	4217	PRB1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005576,GO:0008150	hsa04970
chr12	114230660	114231420	761	*	Distal Intergenic	105369996	ENST00000551761.1	10350	LINC02459	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	211449731	211450288	558	*	Distal Intergenic	343035	ENST00000484910.1	41743	RD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0001917,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005768,GO:0007601,GO:0015031,GO:0031283,GO:0048471,GO:0050896,GO:0060041,GO:0060041,GO:0120199,GO:0120200	NA
chr12	117343938	117344409	472	*	Intron (ENST00000317775.11/4842, intron 1 of 28)	4842	ENST00000338101.8	-12864	NOS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001666,GO:0001917,GO:0002028,GO:0004517,GO:0004517,GO:0004517,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006527,GO:0006527,GO:0006809,GO:0006809,GO:0006936,GO:0006941,GO:0007263,GO:0007520,GO:0009408,GO:0009725,GO:0010181,GO:0010181,GO:0010523,GO:0012506,GO:0014069,GO:0016491,GO:0016529,GO:0016709,GO:0017080,GO:0018119,GO:0020037,GO:0031284,GO:0032496,GO:0032991,GO:0033138,GO:0033555,GO:0034617,GO:0034618,GO:0035066,GO:0042136,GO:0042311,GO:0042311,GO:0042383,GO:0042738,GO:0043197,GO:0043267,GO:0044325,GO:0044325,GO:0045121,GO:0045202,GO:0045454,GO:0045776,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046870,GO:0048306,GO:0048471,GO:0050660,GO:0050660,GO:0050661,GO:0051346,GO:0051612,GO:0051926,GO:0055117,GO:0060314,GO:0071363,GO:0071944,GO:0097110,GO:0098735,GO:0098924,GO:1902307,GO:1902514,GO:1903779,GO:1990425	hsa00220,hsa00330,hsa01100,hsa04020,hsa04145,hsa04371,hsa04713,hsa04730,hsa04926,hsa04970,hsa05010,hsa05014,hsa05022
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chr12	119895656	119896012	357	*	Distal Intergenic	11113	ENST00000392521.7	-18336	CIT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000281,GO:0001223,GO:0004674,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0016020,GO:0017124,GO:0018107,GO:0019901,GO:0030165,GO:0030291,GO:0031032,GO:0032467,GO:0035331,GO:0035556,GO:0046872,GO:0048699,GO:0051402,GO:0071901,GO:0097110,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr12	125356631	125356980	350	*	Intron (ENST00000682704.1/114795, intron 2 of 8)	114795	ENST00000534945.2	7179	TMEM132B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	125523605	125524187	583	*	Intron (ENST00000682704.1/114795, intron 4 of 8)	114795	ENST00000613307.1	-98265	TMEM132B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	125561042	125561969	928	*	Intron (ENST00000682704.1/114795, intron 4 of 8)	114795	ENST00000613307.1	-60483	TMEM132B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	127532981	127533422	442	*	Exon (ENST00000653590.1/105370067, exon 6 of 6)	105370067	ENST00000653590.1	46043	LOC105370067	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	128563580	128564173	594	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 3 of 8)	121260	ENST00000545031.5	237528	SLC15A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005290,GO:0005290,GO:0005515,GO:0005765,GO:0005886,GO:0006811,GO:0015031,GO:0015333,GO:0015647,GO:0015817,GO:0015835,GO:0031303,GO:0031901,GO:0033023,GO:0034157,GO:0034161,GO:0034165,GO:0035579,GO:0036020,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045089,GO:0048302,GO:0070424,GO:0070430,GO:0070434,GO:0071916,GO:0089708,GO:0140206,GO:1902600,GO:1905103	NA
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chr12	129249396	129250157	762	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 4 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	40795	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	129545099	129545455	357	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	336498	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	130669032	130669631	600	*	Exon (ENST00000591364.5/ENST00000591364.5, exon 6 of 6)	23504	ENST00000688340.1	-34865	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	14023111	14023391	281	*	Distal Intergenic	2904	ENST00000630791.2	-41109	GRIN2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001540,GO:0004972,GO:0004972,GO:0004972,GO:0004972,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005770,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007215,GO:0007268,GO:0007275,GO:0007420,GO:0007611,GO:0008270,GO:0009986,GO:0014069,GO:0015276,GO:0016594,GO:0016595,GO:0017146,GO:0017146,GO:0017146,GO:0019722,GO:0022849,GO:0022849,GO:0035235,GO:0038023,GO:0043005,GO:0045211,GO:0045471,GO:0048013,GO:0048167,GO:0051290,GO:0060079,GO:0060291,GO:0097060,GO:0097553,GO:0097553,GO:0098839,GO:0098976,GO:1901216,GO:1902951,GO:2000310,GO:2001056	hsa04014,hsa04015,hsa04024,hsa04080,hsa04713,hsa04720,hsa04724,hsa04728,hsa05010,hsa05014,hsa05016,hsa05017,hsa05020,hsa05022,hsa05030,hsa05031,hsa05033,hsa05034,hsa05322
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chr1	231451333	231451644	312	*	Intron (ENST00000653908.1/54583, intron 2 of 4)	645339	ENST00000473818.1	24644	SNRPD2P2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	32695444	32695723	280	*	Intron (ENST00000452533.6/10059, intron 1 of 18)	10059	ENST00000546757.5	-5692	DNM1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000266,GO:0000266,GO:0000266,GO:0001836,GO:0003374,GO:0003374,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005741,GO:0005741,GO:0005777,GO:0005777,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005874,GO:0005903,GO:0005905,GO:0006816,GO:0007005,GO:0007029,GO:0008017,GO:0008289,GO:0010468,GO:0010637,GO:0010821,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016559,GO:0016559,GO:0030276,GO:0030672,GO:0030742,GO:0031267,GO:0031625,GO:0031966,GO:0032991,GO:0036466,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043065,GO:0043231,GO:0043547,GO:0043653,GO:0043653,GO:0044877,GO:0048312,GO:0048312,GO:0048471,GO:0048488,GO:0048511,GO:0050714,GO:0051259,GO:0051433,GO:0060047,GO:0061003,GO:0061025,GO:0061025,GO:0065003,GO:0070266,GO:0070584,GO:0070585,GO:0090023,GO:0090141,GO:0090141,GO:0090149,GO:0090149,GO:0090200,GO:0090650,GO:0097194,GO:0098835,GO:0099073,GO:1900063,GO:1900244,GO:1903146,GO:1903146,GO:1903578,GO:1904579,GO:1904666,GO:1905395,GO:1990910,GO:2000302,GO:2001244	hsa04217,hsa04621,hsa04668
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chr12	33364462	33365341	880	*	Distal Intergenic	341359	ENST00000567656.1	60819	SYT10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0001786,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005544,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007608,GO:0014059,GO:0016021,GO:0016079,GO:0016192,GO:0017156,GO:0017158,GO:0019905,GO:0030276,GO:0030658,GO:0045956,GO:0070382,GO:0070382,GO:0071277,GO:0098793	NA
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chr12	37546244	37546488	245	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-770274	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	47531029	47531472	444	*	Distal Intergenic	111082992	ENST00000656812.1	116351	LINC02156	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	248411467	248412156	690	*	Distal Intergenic	26696	ENST00000642005.1	8419	OR2T1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr12	48467311	48467732	422	*	Distal Intergenic	23519	ENST00000266594.4	-4827	ANP32D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	37221175	37222059	885	*	Intron (ENST00000657513.1/ENST00000657513.1, intron 2 of 3)	100422898	ENST00000579351.1	59612	MIR4255	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	91934110	91934587	478	*	Intron (ENST00000318445.11/28232, intron 2 of 9)	28232	ENST00000556649.1	-6731	SLCO3A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001934,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015347,GO:0015347,GO:0015732,GO:0015732,GO:0043252,GO:0043252,GO:0051092,GO:0055085,GO:0150104	NA
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chr16	5807718	5808299	582	*	Intron (ENST00000569895.3/54715, intron 3 of 6)	102465867	ENST00000620577.1	175251	MIR8065	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	116618440	116618685	246	*	Intron (ENST00000474851.1/4045, intron 2 of 4)	100861506	ENST00000497854.1	65967	LINC00903	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	144673419	144673939	521	*	Intron (ENST00000367545.8/7402, intron 51 of 74)	7402	ENST00000367525.3	13575	UTRN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001954,GO:0003779,GO:0005178,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006936,GO:0007517,GO:0007528,GO:0008270,GO:0014894,GO:0016010,GO:0016020,GO:0017166,GO:0019901,GO:0030175,GO:0030426,GO:0030864,GO:0031527,GO:0031594,GO:0032991,GO:0042383,GO:0045211,GO:0051015,GO:0070062,GO:0070938,GO:2000649	NA
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chr8	91326747	91326973	227	*	Intron (ENST00000522181.5/115111, intron 6 of 18)	115111	ENST00000520249.5	-16057	SLC26A7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001696,GO:0005254,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006811,GO:0006820,GO:0006821,GO:0008271,GO:0008272,GO:0015106,GO:0015106,GO:0015108,GO:0015116,GO:0015116,GO:0015301,GO:0015701,GO:0016323,GO:0016323,GO:0019531,GO:0019531,GO:0019532,GO:0055038,GO:1902358,GO:1902476	hsa04971
chr10	128291949	128292440	492	*	Intron (ENST00000626518.2/101927381, intron 3 of 3)	101927381	ENST00000630252.1	110813	LINC01163	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	129802230	129802691	462	*	Intron (ENST00000635764.1/107984280, intron 4 of 6)	107984280	ENST00000635764.1	17247	LINC02666	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	56014014	56014364	351	*	Distal Intergenic	11130	ENST00000460654.5	345367	ZWINT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000070,GO:0000070,GO:0000776,GO:0000776,GO:0000777,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007093,GO:0007094,GO:0016604,GO:0016604,GO:0030425,GO:0047485,GO:0051301,GO:0051649,GO:0051649	NA
chr10	62339765	62340279	515	*	Exon (ENST00000669855.1/283045, exon 4 of 4)	22891	ENST00000395255.7	-33913	ZNF365	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000723,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005813,GO:0010569,GO:0010977,GO:0021687,GO:0034451,GO:0043231,GO:0046872,GO:0048714,GO:0060997,GO:0110026,GO:0140059	NA
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chr11	114573445	114573702	258	*	Intron (ENST00000424261.6/54827, intron 5 of 5)	120400	ENST00000696071.1	-13564	NXPE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576	NA
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chr12	9187447	9187754	308	*	Intron (ENST00000261336.7/5858, intron 13 of 35)	5858	ENST00000546116.1	-17329	PZP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0004866,GO:0004866,GO:0004867,GO:0005576,GO:0007565,GO:0010951,GO:0062023,GO:0070062,GO:0072562	NA
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chr13	38221489	38221761	273	*	Intron (ENST00000454060.2/100874188, intron 2 of 7)	100874188	ENST00000434565.5	-78257	LINC00571	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	53245218	53245532	315	*	Intron (ENST00000442544.7/1630, intron 12 of 28)	100616232	ENST00000577763.1	8117	MIR4528	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	124843152	124843460	309	*	Intron (ENST00000431078.1/129684, intron 19 of 23)	129684	ENST00000470921.1	621447	CNTNAP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0007155,GO:0016021	NA
chr2	138168205	138168704	500	*	Distal Intergenic	105373635	ENST00000446520.2	66327	LINC01832	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	49277873	49278187	315	*	Intron (ENST00000634588.1/ENST00000634588.1, intron 2 of 4)	2492	ENST00000419927.1	-123346	FSHR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004963,GO:0004963,GO:0004963,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007190,GO:0007283,GO:0007292,GO:0008406,GO:0008528,GO:0008584,GO:0008584,GO:0008585,GO:0009755,GO:0010738,GO:0014068,GO:0016021,GO:0042699,GO:0042699,GO:0042699,GO:0043235,GO:0070374,GO:0071372	hsa04024,hsa04080,hsa04913
chr2	76172382	76172931	550	*	Intron (ENST00000670606.1/ENST00000670606.1, intron 4 of 4)	6936	ENST00000541687.5	-461397	GCFC2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000245,GO:0000398,GO:0000398,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005829,GO:0006355,GO:0045892,GO:0071008	NA
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chr11	6852075	6852870	796	*	Intron (ENST00000637205.2/107984019, intron 2 of 3)	144124	ENST00000299454.5	6392	OR10A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	72127930	72128348	419	*	Intron (ENST00000622388.4/2352, intron 2 of 5)	2352	ENST00000612844.4	-7362	FOLR3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005542,GO:0005576,GO:0007155,GO:0007342,GO:0015884,GO:0016020,GO:0019898,GO:0031362,GO:0035036,GO:0035580,GO:0038023,GO:0043312,GO:1904724	hsa01523,hsa04144
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chr11	85238871	85239843	973	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 4 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-105748	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	86166399	86166653	255	*	Distal Intergenic	107984426	ENST00000530126.1	26829	LINC02695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	187131136	187131779	644	*	Intron (ENST00000643891.1/106144535, intron 2 of 8)	104169671	ENST00000458683.1	38294	LINC01036	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	18754204	18755176	973	*	Distal Intergenic	80834	ENST00000375371.4	104484	TAS1R2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001582,GO:0004930,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0008527,GO:0008527,GO:0016021,GO:0032467,GO:0033041,GO:0033041,GO:0043235,GO:0050916,GO:0050916,GO:1903767,GO:1903767	hsa04742,hsa04973
chr1	187740733	187741163	431	*	Distal Intergenic	106144535	ENST00000667298.1	433242	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	96436233	96436466	234	*	Intron (ENST00000546177.1/8690, intron 2 of 2)	8690	ENST00000332349.5	46220	JRKL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005634,GO:0007417	NA
chr11	96724452	96724931	480	*	Intron (ENST00000661755.1/ENST00000661755.1, intron 1 of 4)	105369443	ENST00000543403.1	216027	LINC02737	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	206872188	206872540	353	*	Distal Intergenic	50604	ENST00000391930.3	6379	IL20	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005125,GO:0005576,GO:0005615,GO:0019221,GO:0042531,GO:0045517,GO:0045518,GO:0045606,GO:0045618,GO:0045672,GO:0050727	hsa04060,hsa04061,hsa04630
chr1	209495603	209496154	552	*	Distal Intergenic	105372898	ENST00000453331.1	51426	LOC105372898	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	101240776	101241597	822	*	Distal Intergenic	160728	ENST00000536262.3	-30538	SLC5A8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005343,GO:0005886,GO:0006811,GO:0006814,GO:0006915,GO:0008028,GO:0015129,GO:0015293,GO:0015552,GO:0015730,GO:0015913,GO:0016021,GO:0016324,GO:0022803,GO:0034356,GO:0035873,GO:0070062,GO:0140161	NA
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chr12	106552012	106552526	515	*	Intron (ENST00000551505.4/100287944, intron 1 of 2)	5992	ENST00000392842.6	-30478	RFX4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0021537,GO:0021914,GO:0045944,GO:0060271,GO:0070613,GO:1990837	NA
chr12	10837232	10837573	342	*	Intron (ENST00000538332.2/5554, intron 1 of 1)	50839	ENST00000240619.3	-10874	TAS2R10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001580,GO:0001580,GO:0004930,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008527,GO:0016021,GO:0016021,GO:0033038	hsa04742
chr1	211170490	211170760	271	*	Intron (ENST00000638880.1/3756, intron 3 of 6)	3756	ENST00000638880.1	17773	KCNH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005251,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005637,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006813,GO:0007520,GO:0008076,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030551,GO:0031901,GO:0034765,GO:0042127,GO:0042391,GO:0042734,GO:0043204,GO:0043231,GO:0048015,GO:0071277,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098839,GO:1902936	NA
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chr12	121071896	121073135	1240	*	Distal Intergenic	8638	ENST00000257570.10	-32650	OASL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001730,GO:0003677,GO:0003723,GO:0003725,GO:0003725,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0009615,GO:0016020,GO:0016020,GO:0045071,GO:0045071,GO:0046966,GO:0051607,GO:0051607,GO:0051607,GO:0060333,GO:0060337,GO:0060700	hsa05165
chr12	127199563	127199810	248	*	Intron (ENST00000650869.1/107984449, intron 3 of 4)	105370062	ENST00000671545.1	-38304	LOC105370062	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129679865	129680266	402	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	223759	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr1	213149321	213149780	460	*	Intron (ENST00000543354.5/26750, intron 5 of 13)	26750	ENST00000468069.1	19794	RPS6KC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005764,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005769,GO:0006468,GO:0007165,GO:0016020,GO:0035091,GO:0106310,GO:0106311	NA
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chr1	213503006	213503754	749	*	Intron (ENST00000417161.2/105372912, intron 1 of 2)	105372912	ENST00000417161.2	10718	LOC105372912	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	14603178	14603704	527	*	Intron (ENST00000542401.2/144608, intron 1 of 4)	79887	ENST00000240617.10	-35295	PLBD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004620,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005764,GO:0005829,GO:0006644,GO:0009395,GO:0036149,GO:0036151,GO:0036152	NA
chr12	15455688	15455939	252	*	Intron (ENST00000674316.1/5800, intron 1 of 25)	5800	ENST00000674388.1	-90405	PTPRO	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000902,GO:0002548,GO:0003093,GO:0003093,GO:0003105,GO:0004725,GO:0004725,GO:0004725,GO:0004725,GO:0005001,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006470,GO:0006470,GO:0007411,GO:0007411,GO:0010812,GO:0010977,GO:0016021,GO:0016324,GO:0016328,GO:0016791,GO:0017147,GO:0017147,GO:0030027,GO:0030032,GO:0030424,GO:0030426,GO:0032835,GO:0035335,GO:0036060,GO:0036060,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043197,GO:0045296,GO:0045296,GO:0070062,GO:0072112,GO:0072112,GO:0090090,GO:0090090,GO:0090260,GO:0098978,GO:0098982,GO:1990264	NA
chr1	215513216	215513632	417	*	Distal Intergenic	51133	ENST00000259154.9	-53672	KCTD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0051260	NA
chr1	216332692	216333099	408	*	Intron (ENST00000307340.8/7399, intron 4 of 71)	7399	ENST00000366942.3	90297	USH2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001917,GO:0002141,GO:0002142,GO:0005515,GO:0005518,GO:0005604,GO:0005604,GO:0005737,GO:0007601,GO:0007605,GO:0009887,GO:0009888,GO:0016021,GO:0016324,GO:0016477,GO:0017022,GO:0032391,GO:0032421,GO:0034446,GO:0035315,GO:0036064,GO:0042802,GO:0043025,GO:0043195,GO:0045184,GO:0045494,GO:0048496,GO:0050896,GO:0050953,GO:0060113,GO:0060171,GO:1990075,GO:1990696	NA
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chr12	18172056	18172350	295	*	Intron (ENST00000540148.5/79785, intron 1 of 4)	79785	ENST00000540148.5	29720	RERGL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005525,GO:0007165,GO:0016020	NA
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chr12	74071503	74071773	271	*	Intron (ENST00000663261.1/100507377, intron 8 of 11)	105369841	ENST00000647598.1	29342	LINC02394	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	86559971	86560727	757	*	Intron (ENST00000548651.6/25834, intron 2 of 7)	25834	ENST00000602941.6	40577	MGAT4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0006487,GO:0008375,GO:0008454,GO:0016021,GO:0018215,GO:0046872	hsa00510,hsa00513,hsa01100
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chr12	90161776	90162808	1033	*	Distal Intergenic	105369893	ENST00000549313.1	-118086	LINC02392	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	33807226	33807799	574	*	Intron (ENST00000373381.9/114784, intron 10 of 70)	114784	ENST00000338325.1	6420	CSMD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0016021	NA
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chr13	46230557	46230856	300	*	Intron (ENST00000595396.3/220416, intron 4 of 9)	220416	ENST00000676446.1	18421	LRRC63	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	66302639	66303178	540	*	Intron (ENST00000556361.1/ENST00000556361.1, intron 1 of 3)	440184	ENST00000641761.1	-108526	CCDC196	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	71879720	71880824	1105	*	Intron (ENST00000555581.1/9628, intron 1 of 1)	9628	ENST00000660822.1	12323	RGS6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008277,GO:0009968,GO:0019898,GO:0035556,GO:0043547	NA
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chr1	48146125	48146491	367	*	Intron (ENST00000452503.1/391037, intron 2 of 4)	391037	ENST00000452503.1	15380	SKINT1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	85497868	85498265	398	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	129005	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	187184062	187184469	408	*	Intron (ENST00000643891.1/106144535, intron 2 of 8)	105371655	ENST00000642737.1	-44118	LOC105371655	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	189990997	189991254	258	*	Exon (ENST00000418655.2/ENST00000418655.2, exon 1 of 1)	107985456	ENST00000419614.1	215532	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr17	22317013	22317280	268	*	Distal Intergenic	284123	ENST00000613377.1	17638	FAM27E5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	45406831	45407278	448	*	Intron (ENST00000586448.5/8170, intron 1 of 20)	101927980	ENST00000586330.1	28019	SLC14A2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr18	57525198	57525722	525	*	Distal Intergenic	2235	ENST00000591977.5	33493	FECH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004325,GO:0004325,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005743,GO:0005759,GO:0006091,GO:0006783,GO:0006783,GO:0006783,GO:0008198,GO:0009416,GO:0010288,GO:0017085,GO:0042493,GO:0045471,GO:0046501,GO:0046685,GO:0051537,GO:0051597,GO:0070541,GO:0071549	hsa00860,hsa01100,hsa01240
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chr1	79213830	79214172	343	*	Intron (ENST00000661030.1/64123, intron 1 of 16)	64123	ENST00000655029.1	22318	ADGRL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007166,GO:0007186,GO:0007189,GO:0016021,GO:0031410,GO:0065003	NA
chr18	64847205	64847738	534	*	Distal Intergenic	101927404	ENST00000662570.1	145090	LOC101927404	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	88415620	88415915	296	*	Intron (ENST00000645056.1/ENST00000645056.1, intron 3 of 5)	105378839	ENST00000662514.1	-47021	LOC105378839	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	162618291	162618550	260	*	Distal Intergenic	647107	ENST00000462928.5	660023	LINC01192	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	21972025	21972535	511	*	Intron (ENST00000436306.1/100874221, intron 2 of 3)	100874221	ENST00000436306.1	14889	ZNF385D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	35216915	35217330	416	*	Exon (ENST00000413425.1/ENST00000413425.1, exon 1 of 1)	10777	ENST00000450234.5	-421615	ARPP21	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0003676,GO:0005516,GO:0005575,GO:0005737,GO:0008150,GO:0034605	NA
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chr5	121741833	121742129	297	*	Distal Intergenic	94033	ENST00000321339.3	-109753	FTMT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004322,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005759,GO:0006826,GO:0006879,GO:0006879,GO:0006880,GO:0008198,GO:0008199,GO:0008284,GO:0051349,GO:1904231,GO:1904234	hsa04216
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chr6	93215204	93215483	280	*	Distal Intergenic	2045	ENST00000680608.1	30593	EPHA7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001934,GO:0004713,GO:0004714,GO:0005004,GO:0005005,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006915,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007411,GO:0007420,GO:0008046,GO:0016310,GO:0018108,GO:0022407,GO:0030425,GO:0031290,GO:0031594,GO:0031952,GO:0033674,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043235,GO:0043281,GO:0043525,GO:0045499,GO:0046875,GO:0048013,GO:0048013,GO:0048671,GO:0048755,GO:0050730,GO:0050919,GO:0051964,GO:0070372,GO:0072178,GO:0098685,GO:0098686,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099175	hsa04360
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chr11	23844530	23845189	660	*	Distal Intergenic	105376593	ENST00000534068.1	113942	LINC02726	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	126955974	126956269	296	*	Exon (ENST00000671361.1/101927592, exon 5 of 5)	101927592	ENST00000656597.1	17520	LINC02405	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	37192779	37193504	726	*	Intron (ENST00000657513.1/ENST00000657513.1, intron 2 of 3)	100422898	ENST00000579351.1	31216	MIR4255	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	27525371	27525594	224	*	Intron (ENST00000615808.5/2567, intron 7 of 9)	2567	ENST00000451330.2	5399	GABRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042493,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:0098982,GO:0099699,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr7	15154654	15154933	280	*	Distal Intergenic	1607	ENST00000437998.1	-179877	DGKB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003951,GO:0004143,GO:0004143,GO:0005509,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006654,GO:0007205,GO:0008289,GO:0009617,GO:0030168,GO:0035556,GO:0045211,GO:0046339,GO:0046339,GO:0046486,GO:0046834,GO:0046834,GO:0050804,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099175	hsa00561,hsa00564,hsa01100,hsa04070,hsa04072,hsa05231
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chr8	131011608	131012194	587	*	Intron (ENST00000286355.10/114, intron 1 of 17)	114	ENST00000522949.1	-20743	ADCY8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003091,GO:0003779,GO:0004016,GO:0004016,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005901,GO:0005905,GO:0006171,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007189,GO:0007190,GO:0007193,GO:0007204,GO:0007611,GO:0007613,GO:0007616,GO:0007626,GO:0008294,GO:0010255,GO:0014069,GO:0015629,GO:0016020,GO:0016323,GO:0016324,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030665,GO:0031915,GO:0032793,GO:0032809,GO:0034199,GO:0034199,GO:0035774,GO:0038003,GO:0042593,GO:0042803,GO:0044853,GO:0045121,GO:0046872,GO:0046982,GO:0046983,GO:0048786,GO:0051259,GO:0051260,GO:0051480,GO:0051721,GO:0060076,GO:0071277,GO:0071315,GO:0071333,GO:0071377,GO:0071377,GO:0080135,GO:0098685,GO:0098686,GO:0098978,GO:0099056,GO:0150076,GO:1900273,GO:1900454,GO:1904322	hsa00230,hsa01100,hsa01522,hsa04015,hsa04020,hsa04022,hsa04024,hsa04062,hsa04072,hsa04114,hsa04211,hsa04213,hsa04261,hsa04270,hsa04371,hsa04540,hsa04611,hsa04713,hsa04714,hsa04720,hsa04723,hsa04724,hsa04725,hsa04727,hsa04742,hsa04750,hsa04911,hsa04912,hsa04913,hsa04914,hsa04915,hsa04916,hsa04918,hsa04921,hsa04923,hsa04925,hsa04926,hsa04927,hsa04928,hsa04934,hsa04935,hsa04970,hsa04971,hsa04972,hsa04976,hsa05032,hsa05163,hsa05166,hsa05200,hsa05414
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chr10	76506058	76506476	419	*	Intron (ENST00000611255.5/83938, intron 6 of 6)	83938	ENST00000595936.1	35660	LRMDA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0030318,GO:0030318	NA
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chr1	158821536	158822043	508	*	Distal Intergenic	4332	ENST00000491210.1	-9308	MNDA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002218,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005730,GO:0005829,GO:0006968,GO:0006974,GO:0030889,GO:0032731,GO:0035458,GO:0035578,GO:0043065,GO:0043231,GO:0043312,GO:0050853,GO:0070062,GO:1904813	NA
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chr13	102743582	102744553	972	*	Exon (ENST00000322527.4/643677, exon 4 of 4)	643677	ENST00000322527.4	14519	CCDC168	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	131338282	131338530	249	*	Intron (ENST00000606885.1/ENST00000606885.1, intron 1 of 1)	50863	ENST00000374791.7	-31948	NTM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
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chr1	116812811	116813092	282	*	Distal Intergenic	914	ENST00000369477.1	58344	CD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001766,GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0006915,GO:0007166,GO:0009897,GO:0009898,GO:0009986,GO:0030101,GO:0030887,GO:0030971,GO:0032729,GO:0032757,GO:0032760,GO:0032991,GO:0034113,GO:0038023,GO:0042110,GO:0042802,GO:0043621,GO:0045121,GO:0045580,GO:0046658,GO:0050900,GO:0098609	hsa04514,hsa04640
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chr11	31268453	31268781	329	*	Intron (ENST00000684477.1/341019, intron 7 of 38)	341019	ENST00000534722.5	-26695	DCDC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005874,GO:0007049,GO:0008017,GO:0030246,GO:0030496,GO:0035556,GO:0051301,GO:0072686,GO:0090543,GO:1902412	NA
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chr11	43480063	43480398	336	*	Intron (ENST00000039989.9/55761, intron 21 of 23)	55761	ENST00000529140.1	-9399	TTC17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0015629,GO:0015629,GO:0030041,GO:0030041,GO:0044782,GO:0044782	NA
chr11	43600455	43601082	628	*	Intron (ENST00000526615.6/51144, intron 3 of 4)	406918	ENST00000362207.3	19061	MIR129-2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035195	hsa05206
chr11	43958483	43958957	475	*	Intron (ENST00000526408.1/ENST00000526408.1, intron 2 of 6)	387763	ENST00000617612.3	15846	C11orf96	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	166786896	166787121	226	*	Intron (ENST00000424742.1/ENST00000424742.1, intron 8 of 9)	57645	ENST00000449930.5	-52326	POGK	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006355,GO:0007275	NA
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chr1	49650193	49650486	294	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 3 of 13)	100874313	ENST00000457061.1	-178108	AGBL4-IT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	41164608	41165782	1175	*	Intron (ENST00000528697.6/57689, intron 1 of 6)	57689	ENST00000534577.1	293854	LRRC4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0016020,GO:0016021,GO:0050770,GO:0050804,GO:0050839,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099560	hsa04360,hsa04514
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chr1	169563146	169563937	792	*	Intron (ENST00000367797.9/2153, intron 3 of 24)	2153	ENST00000367797.9	22544	F5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0002576,GO:0005507,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005788,GO:0005886,GO:0006888,GO:0007596,GO:0007596,GO:0008015,GO:0016020,GO:0030134,GO:0031091,GO:0031093,GO:0033116,GO:0043687,GO:0044267,GO:0048208,GO:1903561	hsa04610
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chr15	27952483	27952706	224	*	Intron (ENST00000353809.9/4948, intron 16 of 22)	4948	ENST00000431101.1	146587	OCA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005215,GO:0005302,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005765,GO:0005789,GO:0006726,GO:0007286,GO:0008283,GO:0010008,GO:0015828,GO:0016021,GO:0030318,GO:0033162,GO:0042438,GO:0055085	NA
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chr15	28306510	28307135	626	*	Intron (ENST00000261609.13/8924, intron 2 of 92)	8924	ENST00000564383.1	-7027	HERC2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005814,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006303,GO:0006886,GO:0006974,GO:0008270,GO:0016020,GO:0016567,GO:0016567,GO:0031625,GO:0032183,GO:0050790,GO:0061630	hsa04120
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chr15	46743820	46744133	314	*	Intron (ENST00000559148.1/ENST00000559148.1, intron 1 of 1)	80031	ENST00000558014.5	-439968	SEMA6D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001755,GO:0005615,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007411,GO:0014911,GO:0014912,GO:0021591,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050919,GO:0071526	hsa04360
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chr17	5987157	5987381	225	*	Intron (ENST00000573619.1/23302, intron 3 of 4)	23302	ENST00000572764.1	-70426	WSCD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0008146,GO:0016021	NA
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chr19	55980395	55980745	351	*	Intron (ENST00000291971.7/126205, intron 9 of 9)	126206	ENST00000390649.8	-18981	NLRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005938,GO:0007015,GO:0051293,GO:0051302,GO:0106333	NA
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chr19	56012898	56013399	502	*	Intron (ENST00000390649.8/126206, intron 3 of 14)	126206	ENST00000597673.1	9163	NLRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005938,GO:0007015,GO:0051293,GO:0051302,GO:0106333	NA
chr19	56025780	56026225	446	*	Intron (ENST00000390649.8/126206, intron 6 of 14)	126206	ENST00000597673.1	22045	NLRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005938,GO:0007015,GO:0051293,GO:0051302,GO:0106333	NA
chr19	56032366	56032654	289	*	Exon (ENST00000390649.8/126206, exon 8 of 15)	126206	ENST00000597673.1	28631	NLRP5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005938,GO:0007015,GO:0051293,GO:0051302,GO:0106333	NA
chr19	56331001	56331357	357	*	Intron (ENST00000587004.5/112268243, intron 1 of 2)	112268243	ENST00000587448.1	15402	ZSCAN5A-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	56370402	56370684	283	*	Promoter (1-2kb)	147947	ENST00000587208.5	1754	ZNF542P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr19	58157668	58157905	238	*	Promoter (2-3kb)	79673	ENST00000500161.2	-2558	ZNF329	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000977,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr19	58159030	58159493	464	*	Intron (ENST00000659607.1/ENST00000659607.1, intron 1 of 1)	79673	ENST00000500161.2	-3920	ZNF329	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000977,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
chr1	95970155	95970499	345	*	Intron (ENST00000442558.5/102723661, intron 1 of 1)	102723661	ENST00000671269.1	-21478	LINC02790	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	96275502	96276015	514	*	Intron (ENST00000435311.1/101928241, intron 5 of 5)	101928241	ENST00000435311.1	98110	LINC01787	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr19	6887512	6888114	603	*	Promoter (<=1kb)	2015	ENST00000250572.12	0	ADGRE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002250,GO:0004930,GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007166,GO:0007186,GO:0007189	NA
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chr19	6984915	6985452	538	*	Intron (ENST00000600751.6/326342, intron 4 of 16)	326342	ENST00000597372.2	5346	ADGRE4P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	97519318	97519726	409	*	Intron (ENST00000370192.8/1806, intron 12 of 22)	1806	ENST00000474241.1	201928	DPYD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002058,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006145,GO:0006208,GO:0006208,GO:0006210,GO:0006210,GO:0006212,GO:0006212,GO:0006214,GO:0017113,GO:0017113,GO:0017113,GO:0017113,GO:0019483,GO:0042803,GO:0042803,GO:0046050,GO:0046079,GO:0046135,GO:0046872,GO:0050660,GO:0050661,GO:0050661,GO:0051536,GO:0051539	hsa00240,hsa00410,hsa00770,hsa00983,hsa01100
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chr1	98215252	98215498	247	*	Intron (ENST00000418344.1/729987, intron 1 of 2)	729987	ENST00000418344.1	4505	LINC01776	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr19	8788513	8788976	464	*	Distal Intergenic	148156	ENST00000301475.1	33913	ZNF558	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008150,GO:0046872	hsa05168
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chr19	8974434	8975043	610	*	Exon (ENST00000397910.8/94025, exon 1 of 84)	94025	ENST00000397910.8	6299	MUC16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002223,GO:0005515,GO:0005796,GO:0005886,GO:0007155,GO:0016021,GO:0016266,GO:0019898,GO:0031982,GO:0070062	NA
chr1	99038808	99039200	393	*	Intron (ENST00000425113.1/100129620, intron 1 of 2)	163404	ENST00000672681.1	-33776	PLPPR5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005887,GO:0006644,GO:0007165,GO:0008195,GO:0010976,GO:0042577,GO:0046839,GO:0051491	NA
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chr19	9282815	9283039	225	*	Distal Intergenic	374879	ENST00000308650.4	22080	ZNF699	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
chr19	9310526	9310880	355	*	Promoter (<=1kb)	374879	ENST00000588336.1	-688	ZNF699	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr5	136949212	136949828	617	*	Distal Intergenic	6695	ENST00000515091.1	29672	SPOCK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0001764,GO:0004867,GO:0004869,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005737,GO:0007155,GO:0007399,GO:0008191,GO:0010812,GO:0010951,GO:0010977,GO:0014069,GO:0016528,GO:0021953,GO:0022008,GO:0031594,GO:0033268	NA
chr5	13743830	13744175	346	*	Intron (ENST00000265104.5/1767, intron 65 of 78)	1767	ENST00000504001.3	27107	DNAH5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003341,GO:0003351,GO:0005524,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005874,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0007507,GO:0008569,GO:0021670,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036158,GO:0036158,GO:0045505,GO:0051649,GO:0051959,GO:0060271,GO:0097729	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr5	13851881	13852132	252	*	Intron (ENST00000265104.5/1767, intron 30 of 78)	1767	ENST00000683090.1	-20293	DNAH5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003341,GO:0003351,GO:0005524,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005874,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0007507,GO:0008569,GO:0021670,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036158,GO:0036158,GO:0045505,GO:0051649,GO:0051959,GO:0060271,GO:0097729	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr5	13854038	13854340	303	*	Intron (ENST00000265104.5/1767, intron 30 of 78)	1767	ENST00000683090.1	-22450	DNAH5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003341,GO:0003351,GO:0005524,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005874,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0007507,GO:0008569,GO:0021670,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036157,GO:0036158,GO:0036158,GO:0045505,GO:0051649,GO:0051959,GO:0060271,GO:0097729	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr5	139172963	139173186	224	*	Intron (ENST00000394817.7/64374, intron 1 of 9)	64374	ENST00000505353.1	-17496	SIL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000774,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005788,GO:0006457,GO:0006613,GO:0006886,GO:0050790,GO:0051082	hsa04141
chr5	139718326	139718921	596	*	Intron (ENST00000515296.1/84249, intron 2 of 5)	101929696	ENST00000515306.2	27331	PSD2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	141451276	141451499	224	*	Intron (ENST00000517417.3/56114, intron 1 of 3)	26025	ENST00000613314.1	20687	PCDHGA12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005887,GO:0005911,GO:0007155,GO:0007156	NA
chr5	141455482	141455903	422	*	Intron (ENST00000517417.3/56114, intron 1 of 3)	5098	ENST00000611950.1	-20044	PCDHGC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007156,GO:0016020,GO:0016339,GO:0050808	NA
chr5	141550289	141550851	563	*	Intron (ENST00000389054.8/1729, intron 18 of 27)	1729	ENST00000518484.1	7003	DIAPH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0003779,GO:0005102,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007010,GO:0007010,GO:0007605,GO:0008360,GO:0030036,GO:0030041,GO:0030667,GO:0032587,GO:0032886,GO:0035372,GO:0043312,GO:0044325,GO:0051279,GO:0051493,GO:0071420,GO:0072686,GO:0101003,GO:2000145	hsa04510,hsa04810,hsa04933,hsa05131
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chr5	1430826	1431536	711	*	Intron (ENST00000270349.12/6531, intron 4 of 14)	6531	ENST00000270349.12	13904	SLC6A3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0005102,GO:0005326,GO:0005330,GO:0005330,GO:0005334,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006836,GO:0007568,GO:0007595,GO:0007608,GO:0007626,GO:0008144,GO:0008504,GO:0008504,GO:0008504,GO:0009986,GO:0010039,GO:0015844,GO:0015872,GO:0015874,GO:0016021,GO:0016600,GO:0021984,GO:0030424,GO:0032809,GO:0035094,GO:0035240,GO:0035725,GO:0040018,GO:0042053,GO:0042136,GO:0042220,GO:0042416,GO:0042420,GO:0042493,GO:0042734,GO:0043005,GO:0043005,GO:0043025,GO:0044877,GO:0045121,GO:0045471,GO:0046872,GO:0047485,GO:0051583,GO:0051591,GO:0051620,GO:0051721,GO:0060134,GO:0090494,GO:0090494,GO:0098691,GO:0099055,GO:0099056,GO:1990384	hsa04721,hsa04728,hsa05012,hsa05022,hsa05030,hsa05031,hsa05034
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chr5	144080590	144082232	1643	*	Distal Intergenic	81555	ENST00000448443.6	88398	YIPF5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005654,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0015031,GO:0016021,GO:0016192,GO:0030134,GO:0043231,GO:0060628,GO:0070971	NA
chr5	144895813	144896245	433	*	Intron (ENST00000659832.1/ENST00000659832.1, intron 2 of 3)	57528	ENST00000507359.3	690536	KCTD16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0008277,GO:0042734,GO:0042995,GO:0043235,GO:0045211,GO:0051260	NA
chr5	144905880	144906157	278	*	Intron (ENST00000659832.1/ENST00000659832.1, intron 2 of 3)	57528	ENST00000507359.3	700603	KCTD16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0008277,GO:0042734,GO:0042995,GO:0043235,GO:0045211,GO:0051260	NA
chr5	144909646	144910058	413	*	Intron (ENST00000659832.1/ENST00000659832.1, intron 2 of 3)	57528	ENST00000507359.3	704369	KCTD16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0008277,GO:0042734,GO:0042995,GO:0043235,GO:0045211,GO:0051260	NA
chr5	145148768	145149219	452	*	Intron (ENST00000659832.1/ENST00000659832.1, intron 1 of 3)	153768	ENST00000515161.1	605160	PRELID2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005758,GO:0015914,GO:0120009,GO:1990050	NA
chr5	145899009	145899256	248	*	Intron (ENST00000639411.1/643226, intron 2 of 3)	643226	ENST00000377976.3	-25995	GRXCR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005902,GO:0005902,GO:0007605,GO:0007605,GO:0033365,GO:0060088,GO:0120043,GO:0120044	NA
chr5	147232294	147232678	385	*	Promoter (2-3kb)	105378217	ENST00000504297.1	2181	STK32A-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	147291903	147292289	387	*	Intron (ENST00000306304.10/202374, intron 4 of 10)	202374	ENST00000503384.1	-50184	STK32A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0005524,GO:0005886,GO:0018105,GO:0035556,GO:0046872,GO:0106310,GO:0106311	NA
chr5	147580458	147580895	438	*	Intron (ENST00000689846.1/153469, intron 1 of 3)	153469	ENST00000630514.2	20444	JAKMIP2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	147594272	147594568	297	*	Exon (ENST00000689846.1/153469, exon 2 of 4)	153469	ENST00000630514.2	34258	JAKMIP2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	148505997	148506354	358	*	Intron (ENST00000521530.5/3360, intron 5 of 5)	81545	ENST00000508176.1	65641	FBXO38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002250,GO:0002842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0010976,GO:0019005,GO:0031146,GO:0031146,GO:0070936,GO:0070936	NA
chr5	150820514	150820843	330	*	Distal Intergenic	345611	ENST00000522154.2	-25678	IRGM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000045,GO:0000139,GO:0000421,GO:0001891,GO:0001934,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005739,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006952,GO:0006954,GO:0010508,GO:0010800,GO:0019901,GO:0030670,GO:0031648,GO:0033138,GO:0035458,GO:0042742,GO:0042995,GO:0043254,GO:0043539,GO:0045087,GO:0050700,GO:0050821,GO:0050829,GO:0051434,GO:0060335,GO:0061635,GO:0061739,GO:0061762,GO:0070431,GO:0071222,GO:0071902,GO:0075044,GO:0098586,GO:1901098	hsa05145
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chr5	178650152	178650420	269	*	Distal Intergenic	57396	ENST00000520909.5	-19537	CLK4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0004712,GO:0004713,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0018108,GO:0043484,GO:0046777	hsa05134
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chr7	144617198	144617441	244	*	Intron (ENST00000482940.5/27010, intron 7 of 11)	27010	ENST00000548831.1	28673	TPK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004788,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005829,GO:0006772,GO:0009229,GO:0009229,GO:0016301,GO:0016310,GO:0030975,GO:0042723,GO:0042802	hsa00730,hsa01100,hsa01240
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chr7	146308752	146309004	253	*	Intron (ENST00000625365.2/26047, intron 2 of 3)	26047	ENST00000637150.1	191804	CNTNAP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005769,GO:0005794,GO:0007155,GO:0007420,GO:0007612,GO:0008038,GO:0008076,GO:0008076,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0019226,GO:0019899,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021794,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030534,GO:0030673,GO:0031175,GO:0033010,GO:0035176,GO:0042297,GO:0043025,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045163,GO:0048812,GO:0071109,GO:0071205,GO:0071625	hsa04514
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chr20	15995840	15996144	305	*	Intron (ENST00000217246.8/140733, intron 15 of 16)	613266	ENST00000656724.1	-9964	LOC613266	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	146457833	146458133	301	*	Distal Intergenic	10981	ENST00000367495.4	-85700	RAB32	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005741,GO:0005769,GO:0005783,GO:0005802,GO:0005829,GO:0006886,GO:0007005,GO:0012505,GO:0016020,GO:0016192,GO:0019882,GO:0030670,GO:0030742,GO:0031905,GO:0032438,GO:0033162,GO:0033162,GO:0035612,GO:0035646,GO:0035650,GO:0035651,GO:0036461,GO:0042470,GO:0042470,GO:0044233,GO:0045335,GO:0072657,GO:0090382,GO:1903232,GO:1903232	NA
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chr10	64228870	64229717	848	*	Intron (ENST00000654191.1/ENST00000654191.1, intron 3 of 5)	105378333	ENST00000451946.1	-191590	LOC105378333	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	55353996	55354407	412	*	Distal Intergenic	81327	ENST00000314721.5	10795	OR4A16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	71232169	71232496	328	*	Intron (ENST00000601538.6/22941, intron 1 of 25)	22941	ENST00000482659.2	8428	SHANK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0001917,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005829,GO:0005883,GO:0005886,GO:0007416,GO:0007610,GO:0007612,GO:0008284,GO:0008328,GO:0008328,GO:0014069,GO:0014069,GO:0016324,GO:0017124,GO:0030160,GO:0030160,GO:0030426,GO:0030534,GO:0031526,GO:0035176,GO:0035255,GO:0035255,GO:0035331,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043197,GO:0043197,GO:0045211,GO:0045211,GO:0048854,GO:0051124,GO:0051968,GO:0060170,GO:0060291,GO:0060291,GO:0060292,GO:0060997,GO:0060999,GO:0071625,GO:0097107,GO:2000311,GO:2000463	hsa04724
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chr11	85343073	85343525	453	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-209950	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr13	59955193	59955565	373	*	Intron (ENST00000400324.9/81624, intron 17 of 27)	100874195	ENST00000671612.1	-57169	DIAPH3-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	29780830	29781329	500	*	Intron (ENST00000346128.10/7082, intron 2 of 27)	7082	ENST00000485381.1	-37801	TJP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002102,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005912,GO:0005921,GO:0005923,GO:0005923,GO:0007043,GO:0008284,GO:0016323,GO:0030054,GO:0030054,GO:0030335,GO:0031032,GO:0032991,GO:0034334,GO:0035329,GO:0035633,GO:0042995,GO:0043066,GO:0043296,GO:0045177,GO:0045216,GO:0045216,GO:0045296,GO:0050839,GO:0051493,GO:0051497,GO:0070160,GO:0070160,GO:0071896,GO:0090557,GO:0090557,GO:0098609,GO:0150105,GO:0150105,GO:1901888,GO:1902396,GO:1903672,GO:1905605,GO:1905605,GO:2000049,GO:2000250,GO:2000810,GO:2000810	hsa04520,hsa04530,hsa04540,hsa05110,hsa05120,hsa05130
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chr12	66705252	66705475	224	*	Intron (ENST00000540433.5/23426, intron 1 of 20)	23426	ENST00000538211.5	-26107	GRIP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0008013,GO:0008022,GO:0014069,GO:0016358,GO:0030159,GO:0030425,GO:0031410,GO:0035259,GO:0035259,GO:0035556,GO:0043005,GO:0043204,GO:0045121,GO:0045211,GO:0098887,GO:0098978,GO:0099003,GO:0150012	NA
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chr7	131280125	131280626	502	*	Intron (ENST00000421797.6/4289, intron 2 of 18)	4289	ENST00000429546.5	-4436	MKLN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000151,GO:0001726,GO:0002090,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005938,GO:0007160,GO:0007165,GO:0008360,GO:0031532,GO:0042802,GO:0042803,GO:0098794	NA
chr7	135086474	135086727	254	*	Intron (ENST00000436302.6/340351, intron 15 of 16)	55281	ENST00000275767.3	-61345	TMEM140	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr7	136615424	136615927	504	*	Distal Intergenic	105375523	ENST00000454735.1	188029	LOC105375523	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	137705796	137706387	592	*	Intron (ENST00000453654.6/9162, intron 2 of 32)	9162	ENST00000483619.1	68603	DGKI	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003951,GO:0004143,GO:0004143,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007205,GO:0014069,GO:0030168,GO:0030424,GO:0030672,GO:0032991,GO:0035556,GO:0043197,GO:0045202,GO:0046339,GO:0046834,GO:0046834,GO:0046872,GO:0051966,GO:0097060	hsa00561,hsa00564,hsa01100,hsa04070,hsa04072,hsa05231
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chr5	19560205	19560562	358	*	Intron (ENST00000382275.6/1016, intron 8 of 12)	1016	ENST00000510297.1	-81569	CDH18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000902,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005912,GO:0007043,GO:0007156,GO:0007275,GO:0016021,GO:0016339,GO:0016342,GO:0034332,GO:0034332,GO:0045296,GO:0098742	NA
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chr5	27234749	27235048	300	*	Intron (ENST00000650981.1/643401, intron 1 of 9)	643401	ENST00000651409.1	17035	PURPL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr6	27434508	27434885	378	*	Distal Intergenic	7738	ENST00000377419.1	37796	ZNF184	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008270	hsa05168
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chr11	85512033	85512256	224	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	115014	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85557411	85557786	376	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	69484	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr12	37324979	37325367	389	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-991395	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38348550	38348845	296	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000548240.1	31711	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	38605063	38605470	408	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000547417.1	65525	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr1	242042336	242042828	493	*	Distal Intergenic	440738	ENST00000357246.4	-43238	MAP1LC3C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000045,GO:0000421,GO:0000421,GO:0000422,GO:0005515,GO:0005776,GO:0005776,GO:0005776,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005874,GO:0006995,GO:0008017,GO:0009267,GO:0012505,GO:0016236,GO:0016236,GO:0016236,GO:0031090,GO:0031410,GO:0031625,GO:0031625,GO:0032527,GO:0035973,GO:0036464,GO:0097352,GO:0097352,GO:0097352	hsa04216
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chr2	67249833	67250072	240	*	Intron (ENST00000452716.5/102800447, intron 1 of 5)	102800447	ENST00000450294.4	-10731	LINC01828	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	19069195	19069422	228	*	Distal Intergenic	131096	ENST00000328405.7	-79088	KCNH8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0034765,GO:0042391,GO:0071805	NA
chr3	84577577	84577878	302	*	Distal Intergenic	440970	ENST00000653196.1	117747	LINC00971	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	15620523	15621125	603	*	Intron (ENST00000427382.2/686, intron 1 of 3)	686	ENST00000482824.2	-8877	BTD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005615,GO:0005759,GO:0006768,GO:0006768,GO:0007417,GO:0047708,GO:0070062	hsa00780,hsa01100,hsa04977
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chr12	34651631	34652195	565	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	629135	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
chr12	37815890	37816976	1087	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-499786	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr1	244511804	244512455	652	*	Intron (ENST00000473875.5/257044, intron 6 of 15)	257044	ENST00000464170.1	50384	CATSPERE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0036128,GO:0097228	NA
chr12	86523241	86524823	1583	*	Intron (ENST00000548651.6/25834, intron 2 of 7)	25834	ENST00000602941.6	76481	MGAT4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0006487,GO:0008375,GO:0008454,GO:0016021,GO:0018215,GO:0046872	hsa00510,hsa00513,hsa01100
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chr1	189016370	189016903	534	*	Intron (ENST00000445072.1/ENST00000445072.1, intron 1 of 1)	107985456	ENST00000419614.1	-758562	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	129568948	129569171	224	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	334854	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr1	222458590	222459094	505	*	Distal Intergenic	105372956	ENST00000617077.1	27113	LOC105372956	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	232052983	232053240	258	*	Distal Intergenic	104472714	ENST00000456782.1	127149	DISC1-IT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	4405193	4405525	333	*	3' UTR	8074	ENST00000237837.2	-25481	FGF23	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001934,GO:0005104,GO:0005105,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005788,GO:0005796,GO:0006796,GO:0008083,GO:0008284,GO:0008543,GO:0008543,GO:0009887,GO:0010628,GO:0010966,GO:0010980,GO:0030154,GO:0030334,GO:0030502,GO:0030643,GO:0032026,GO:0042369,GO:0043687,GO:0044267,GO:0044320,GO:0045668,GO:0045893,GO:0046888,GO:0051897,GO:0055062,GO:0070374,GO:0071305,GO:0071354,GO:0071374,GO:0090080,GO:1904383	hsa04010,hsa04014,hsa04015,hsa04020,hsa04151,hsa04810,hsa04928,hsa05200,hsa05218,hsa05224,hsa05226
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chr4	99765099	99765378	280	*	Distal Intergenic	27071	ENST00000512369.2	-51449	DAPP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005543,GO:0005547,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006470,GO:0007165,GO:0043325	hsa04662
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chr5	12081185	12082195	1011	*	Distal Intergenic	1501	ENST00000304623.13	-176739	CTNND2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005912,GO:0007043,GO:0007155,GO:0007165,GO:0008013,GO:0014069,GO:0016055,GO:0030425,GO:0043204,GO:0045296,GO:0050808,GO:0060828,GO:0060997,GO:0060997,GO:0098609	hsa04310
chr5	121528234	121528720	487	*	Distal Intergenic	102467226	ENST00000627271.1	205647	LOC102467226	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	12621207	12621897	691	*	Intron (ENST00000513051.6/404663, intron 2 of 3)	404663	ENST00000505196.1	46350	LINC01194	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	128808259	128809356	1098	*	Intron (ENST00000508645.5/28965, intron 1 of 6)	105379168	ENST00000514867.1	144281	LOC105379168	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr5	14163969	14164768	800	*	Intron (ENST00000698541.1/7204, intron 1 of 36)	7204	ENST00000509967.6	-19030	TRIO	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0005085,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005829,GO:0006468,GO:0007185,GO:0007186,GO:0007411,GO:0007417,GO:0042995,GO:0043065,GO:0045599,GO:0048812,GO:0050790,GO:0051056,GO:0106310,GO:0106311	NA
chr5	1454987	1455739	753	*	Distal Intergenic	6531	ENST00000270349.12	-9547	SLC6A3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0005102,GO:0005326,GO:0005330,GO:0005330,GO:0005334,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006836,GO:0007568,GO:0007595,GO:0007608,GO:0007626,GO:0008144,GO:0008504,GO:0008504,GO:0008504,GO:0009986,GO:0010039,GO:0015844,GO:0015872,GO:0015874,GO:0016021,GO:0016600,GO:0021984,GO:0030424,GO:0032809,GO:0035094,GO:0035240,GO:0035725,GO:0040018,GO:0042053,GO:0042136,GO:0042220,GO:0042416,GO:0042420,GO:0042493,GO:0042734,GO:0043005,GO:0043005,GO:0043025,GO:0044877,GO:0045121,GO:0045471,GO:0046872,GO:0047485,GO:0051583,GO:0051591,GO:0051620,GO:0051721,GO:0060134,GO:0090494,GO:0090494,GO:0098691,GO:0099055,GO:0099056,GO:1990384	hsa04721,hsa04728,hsa05012,hsa05022,hsa05030,hsa05031,hsa05034
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chr1	164080340	164080573	234	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-475011	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
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chr12	1299626	1299849	224	*	Intron (ENST00000543086.7/23085, intron 14 of 17)	23085	ENST00000543263.2	42488	ERC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005813,GO:0006355,GO:0007252,GO:0007274,GO:0007275,GO:0008385,GO:0015031,GO:0030165,GO:0031267,GO:0036064,GO:0042147,GO:0042734,GO:0043066,GO:0043522,GO:0045202,GO:0045296,GO:0048167,GO:0048788,GO:0048790,GO:0051092,GO:0098882	hsa04064
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chr11	114913719	114914105	387	*	Distal Intergenic	120406	ENST00000389586.6	235192	NXPE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr1	111496514	111496757	244	*	Intron (ENST00000369716.9/57413, intron 1 of 5)	140	ENST00000486342.1	6330	ADORA3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001609,GO:0001973,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007190,GO:0008016,GO:0008285,GO:0009611,GO:0030336,GO:0032088	hsa04022,hsa04071,hsa04080
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chr1	113183436	113183659	224	*	Distal Intergenic	9860	ENST00000466161.1	80235	LRIG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005102,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005886,GO:0007605,GO:0010640,GO:0016021,GO:0030426,GO:0031012,GO:0043025,GO:0048681,GO:0051045,GO:0060384,GO:0097708,GO:2000010,GO:2001222	hsa04360
chr11	132348110	132348335	226	*	Distal Intergenic	50863	ENST00000496198.1	15620	NTM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
chr11	132761000	132761223	224	*	Intron (ENST00000331898.11/4978, intron 1 of 6)	4978	ENST00000525412.1	181787	OPCML	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
chr11	132768698	132768941	244	*	Intron (ENST00000331898.11/4978, intron 1 of 6)	4978	ENST00000525412.1	174069	OPCML	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
chr11	133112894	133113335	442	*	Intron (ENST00000524381.6/4978, intron 1 of 7)	4978	ENST00000374778.4	-169126	OPCML	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
chr1	113317343	113317655	313	*	Distal Intergenic	260425	ENST00000307546.14	-72860	MAGI3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004385,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005911,GO:0005923,GO:0006915,GO:0007165,GO:0016020,GO:0016032,GO:0030054,GO:0035556,GO:0046037,GO:0046328,GO:0046710,GO:0060090	hsa04015
chr11	133361598	133361869	272	*	Exon (ENST00000533859.1/ENST00000533859.1, exon 2 of 2)	4978	ENST00000529038.5	170533	OPCML	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
chr11	133783692	133784016	325	*	Exon (ENST00000526254.1/646522, exon 3 of 3)	646522	ENST00000526254.1	26360	LINC02743	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	134667124	134667773	650	*	Distal Intergenic	105369584	ENST00000670056.1	-44766	LINC02706	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	115618291	115618624	334	*	Distal Intergenic	81839	ENST00000355485.7	-23346	VANGL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0007275,GO:0016021,GO:0016328,GO:0043473,GO:0060071	hsa04310
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chr11	27152673	27153177	505	*	Intron (ENST00000526061.5/103695435, intron 2 of 3)	103695435	ENST00000526061.5	65558	BBOX1-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	5651232	5651455	224	*	Intron (ENST00000380259.7/85363, intron 1 of 7)	85363	ENST00000642298.1	16256	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
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chr11	57911874	57912258	385	*	Distal Intergenic	1500	ENST00000525821.2	99646	CTNND1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005102,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005911,GO:0005912,GO:0005915,GO:0007043,GO:0007420,GO:0016055,GO:0016342,GO:0019901,GO:0030027,GO:0030426,GO:0030496,GO:0034332,GO:0035635,GO:0043197,GO:0044331,GO:0045296,GO:0045296,GO:0045296,GO:0050821,GO:0070062,GO:0090090,GO:0098609,GO:0098685,GO:0098686,GO:0098831,GO:0098978,GO:0099072,GO:0099072,GO:0099092	hsa04015,hsa04520,hsa04670
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chr11	58454536	58454759	224	*	Distal Intergenic	390191	ENST00000641921.2	-12300	OR5B12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	158567922	158568480	559	*	Promoter (2-3kb)	128366	ENST00000641540.1	2100	OR6P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	5872123	5872697	575	*	Promoter (<=1kb)	85363	ENST00000380027.5	0	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
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chr11	5927937	5928313	377	*	Intron (ENST00000412903.1/85363, intron 2 of 4)	85363	ENST00000412903.1	10306	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
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chr11	59316589	59317034	446	*	Distal Intergenic	390195	ENST00000641850.1	-41861	OR5AN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050907,GO:0050911	hsa04740
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chr11	59344021	59344286	266	*	Distal Intergenic	390195	ENST00000641850.1	-14609	OR5AN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050907,GO:0050911	hsa04740
chr11	5936271	5936772	502	*	Promoter (1-2kb)	85363	ENST00000412903.1	1847	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
chr11	59396264	59396514	251	*	Distal Intergenic	219981	ENST00000641361.1	29898	OR5A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	59412482	59412864	383	*	Distal Intergenic	219981	ENST00000641361.1	13548	OR5A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	59739692	59740175	484	*	Intron (ENST00000641815.1/6809, intron 2 of 11)	81343	ENST00000525296.1	-8636	OR10V2P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	60674819	60675177	359	*	Exon (ENST00000646346.1/283197, exon 8 of 10)	283197	ENST00000643933.1	21080	LINC00301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
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chr1	163956699	163957063	365	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-598521	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	163959303	163959696	394	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-595888	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	163990689	163991177	489	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-564407	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	164009558	164009813	256	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-545771	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
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chr1	166319280	166319634	355	*	Intron (ENST00000653824.2/112268276, intron 1 of 2)	112268276	ENST00000425271.1	-15250	LOC112268276	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	69180792	69181247	456	*	Distal Intergenic	338694	ENST00000562772.1	-9228	LOC338694	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	169280889	169281365	477	*	Intron (ENST00000688755.1/481, intron 8 of 8)	29922	ENST00000472984.1	22087	NME7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004550,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006183,GO:0006228,GO:0006241,GO:0046872	hsa00230,hsa00240,hsa00983,hsa01100,hsa01240
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chr11	69737636	69738019	384	*	Exon (ENST00000413963.2/ENST00000413963.2, exon 1 of 1)	9965	ENST00000294312.4	-33614	FGF19	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001934,GO:0001934,GO:0005104,GO:0005104,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005737,GO:0007399,GO:0008083,GO:0008284,GO:0008284,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008543,GO:0009887,GO:0010628,GO:0010629,GO:0030154,GO:0030334,GO:0046326,GO:0046330,GO:0051897,GO:0070374,GO:0070858	hsa04010,hsa04014,hsa04015,hsa04020,hsa04151,hsa04810,hsa05200,hsa05218,hsa05224,hsa05226
chr11	69959012	69959277	266	*	Distal Intergenic	55107	ENST00000534086.1	-26599	ANO1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005102,GO:0005227,GO:0005229,GO:0005229,GO:0005229,GO:0005229,GO:0005247,GO:0005254,GO:0005254,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006812,GO:0006821,GO:0006821,GO:0007200,GO:0007275,GO:0015111,GO:0015705,GO:0016324,GO:0034220,GO:0034605,GO:0034707,GO:0035774,GO:0035774,GO:0042803,GO:0045121,GO:0046872,GO:0050965,GO:0055085,GO:0070062,GO:0098655,GO:1901653,GO:1902476,GO:1902476	NA
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chr11	70929227	70929596	370	*	Intron (ENST00000601538.6/22941, intron 10 of 25)	22941	ENST00000460048.1	21475	SHANK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0001917,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005829,GO:0005883,GO:0005886,GO:0007416,GO:0007610,GO:0007612,GO:0008284,GO:0008328,GO:0008328,GO:0014069,GO:0014069,GO:0016324,GO:0017124,GO:0030160,GO:0030160,GO:0030426,GO:0030534,GO:0031526,GO:0035176,GO:0035255,GO:0035255,GO:0035331,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043197,GO:0043197,GO:0045211,GO:0045211,GO:0048854,GO:0051124,GO:0051968,GO:0060170,GO:0060291,GO:0060291,GO:0060292,GO:0060997,GO:0060999,GO:0071625,GO:0097107,GO:2000311,GO:2000463	hsa04724
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chr1	17143534	17143884	351	*	Distal Intergenic	11240	ENST00000375486.9	-24083	PADI2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004668,GO:0004668,GO:0005509,GO:0005576,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006325,GO:0010848,GO:0018101,GO:0021762,GO:0030331,GO:0030520,GO:0035327,GO:0035578,GO:0036413,GO:0036414,GO:0042803,GO:0043312,GO:0048096,GO:0070062,GO:0070100,GO:1901624,GO:1990830	NA
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chr12	18776451	18776864	414	*	Distal Intergenic	93661	ENST00000317658.5	38332	CAPZA3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0005829,GO:0006888,GO:0007015,GO:0007028,GO:0007286,GO:0008290,GO:0016020,GO:0019886,GO:0030036,GO:0030863,GO:0051015,GO:0051016,GO:0061827	hsa04144
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chr12	25044632	25044945	314	*	Intron (ENST00000636465.1/4033, intron 16 of 38)	4033	ENST00000555141.5	-7310	IRAG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000922,GO:0005635,GO:0005694,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005815,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006903,GO:0006906,GO:0006997,GO:0007338,GO:0008017,GO:0016020,GO:0016021,GO:0035577,GO:0043312	NA
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chr1	225395845	225396068	224	*	3' UTR	127602	ENST00000428003.2	6105	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr12	30110523	30110752	230	*	Intron (ENST00000653361.1/ENST00000653361.1, intron 1 of 1)	105369717	ENST00000551202.1	185912	LINC02386	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	31692672	31692911	240	*	Intron (ENST00000281471.11/196394, intron 5 of 6)	196394	ENST00000506446.6	22040	AMN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0019005,GO:0031146	NA
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chr12	31847443	31847666	224	*	Distal Intergenic	105369723	ENST00000535163.1	39537	LINC02422	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	31882484	31882770	287	*	Intron (ENST00000662662.1/105369723, intron 2 of 2)	105369723	ENST00000535163.1	4433	LINC02422	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	31920827	31921326	500	*	Intron (ENST00000662662.1/105369723, intron 1 of 2)	105369723	ENST00000535163.1	-33624	LINC02422	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	236374931	236375219	289	*	Intron (ENST00000637660.1/128178, intron 1 of 5)	128178	ENST00000334232.9	-19067	EDARADD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0007275,GO:0030154,GO:0033209,GO:1901224	hsa04064
chr1	237310007	237310308	302	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 2 of 104)	100616141	ENST00000584884.1	-160811	MIR4428	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	37566211	37566545	335	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-750217	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	37680093	37680395	303	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-636367	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	45060506	45060729	224	*	Intron (ENST00000548424.1/ENST00000548424.1, intron 1 of 1)	83956	ENST00000550663.1	4622	RACGAP1P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	247053180	247053403	224	*	Intron (ENST00000465049.6/100533111, intron 1 of 6)	100533111	ENST00000465049.6	25333	ZNF670-ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	247066187	247066542	356	*	Intron (ENST00000465049.6/100533111, intron 1 of 6)	100533111	ENST00000465049.6	12194	ZNF670-ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	247898716	247899115	400	*	Distal Intergenic	343171	ENST00000360358.3	3129	OR2W3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr1	248189048	248189992	945	*	Distal Intergenic	127062	ENST00000641626.1	-7273	OR2M3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248406887	248407112	226	*	3' UTR	26696	ENST00000642005.1	3839	OR2T1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	48461640	48461889	250	*	Distal Intergenic	23519	ENST00000266594.4	-10670	ANP32D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	48504423	48504675	253	*	Distal Intergenic	121273	ENST00000551266.1	11529	C12orf54	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	56880916	56881303	388	*	Distal Intergenic	121214	ENST00000293502.2	53105	SDR9C7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004745,GO:0005737	NA
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chr12	64633356	64633852	497	*	Intron (ENST00000637125.1/283349, intron 2 of 5)	100500856	ENST00000584743.3	-10751	MIR548Z	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	36150535	36150792	258	*	Distal Intergenic	9201	ENST00000360631.8	-19153	DCLK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001764,GO:0004672,GO:0005524,GO:0005887,GO:0006468,GO:0007399,GO:0007417,GO:0009615,GO:0014069,GO:0016197,GO:0018105,GO:0021952,GO:0030900,GO:0035556,GO:0048675,GO:0048812,GO:0048813,GO:0106310,GO:0106311,GO:1900181	NA
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chr1	34317515	34317984	470	*	Distal Intergenic	84970	ENST00000488417.2	140608	C1orf94	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
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chr17	5610535	5611032	498	*	Intron (ENST00000572143.2/22861, intron 1 of 17)	22861	ENST00000572143.2	8392	NLRP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006919,GO:0006919,GO:0006919,GO:0006954,GO:0008656,GO:0016032,GO:0019899,GO:0019904,GO:0032495,GO:0032731,GO:0042742,GO:0042981,GO:0050727,GO:0051402,GO:0051607,GO:0061702,GO:0070269,GO:0072558,GO:0072558,GO:0097264,GO:0140374,GO:1904784	hsa04621
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chr17	58846239	58846462	224	*	Intron (ENST00000308249.4/22843, intron 1 of 6)	22843	ENST00000308249.4	90385	PPM1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004722,GO:0004724,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005739,GO:0006469,GO:0006469,GO:0006470,GO:0032991,GO:0035690,GO:0035970,GO:0046872,GO:0051496,GO:0106306,GO:0106307	NA
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chr17	5936660	5936892	233	*	Intron (ENST00000573619.1/23302, intron 3 of 4)	23302	ENST00000572764.1	-120915	WSCD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0008146,GO:0016021	NA
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chr3	132377512	132377778	267	*	Distal Intergenic	55	ENST00000507647.1	24710	ACP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003993,GO:0003993,GO:0003993,GO:0004725,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005634,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006144,GO:0006772,GO:0007040,GO:0008253,GO:0009117,GO:0012506,GO:0016021,GO:0016311,GO:0016311,GO:0016791,GO:0016791,GO:0030175,GO:0035335,GO:0035577,GO:0042131,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043312,GO:0046085,GO:0051930,GO:0052642,GO:0060168,GO:0070062	NA
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chr3	172589853	172590191	339	*	Intron (ENST00000441185.6/105374219, intron 2 of 2)	105374219	ENST00000418839.2	4479	LINC02068	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	160257187	160257680	494	*	Distal Intergenic	105377512	ENST00000512652.1	-281574	LINC02477	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	160277730	160278017	288	*	Distal Intergenic	105377512	ENST00000512652.1	-261237	LINC02477	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	160297094	160297355	262	*	Distal Intergenic	105377512	ENST00000512652.1	-241899	LINC02477	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	160431428	160431730	303	*	Distal Intergenic	105377512	ENST00000512652.1	-107524	LINC02477	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	160431962	160432185	224	*	Distal Intergenic	105377512	ENST00000512652.1	-107069	LINC02477	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	172911862	172912085	224	*	Intron (ENST00000506823.6/442117, intron 8 of 12)	442117	ENST00000616459.1	102502	GALNTL6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004653,GO:0005794,GO:0016021,GO:0018215,GO:0018243,GO:0030246,GO:0046872	hsa00512,hsa00514,hsa01100
chr4	172922164	172922387	224	*	Intron (ENST00000506823.6/442117, intron 8 of 12)	442117	ENST00000616459.1	112804	GALNTL6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004653,GO:0005794,GO:0016021,GO:0018215,GO:0018243,GO:0030246,GO:0046872	hsa00512,hsa00514,hsa01100
chr4	173620375	173620801	427	*	Intron (ENST00000647106.1/79804, intron 1 of 2)	79804	ENST00000644952.1	61221	HAND2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	49860840	49861121	282	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 1 of 13)	84871	ENST00000497451.1	-9322	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
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chr15	53631202	53631452	251	*	Intron (ENST00000360509.10/256764, intron 14 of 19)	256764	ENST00000567575.1	53175	WDR72	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0031214,GO:0031410	NA
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chr10	84918304	84918572	269	*	Distal Intergenic	101929624	ENST00000454178.1	279386	LINC01519	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	85831256	85831695	440	*	Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 8 of 15)	2894	ENST00000552278.2	-218123	GRID1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004970,GO:0005886,GO:0008066,GO:0015276,GO:0034220,GO:0035176,GO:0035235,GO:0035249,GO:0038023,GO:0045211,GO:0050804,GO:0060078,GO:0070062,GO:0098978,GO:0099061,GO:1904315	hsa04080
chr1	105738471	105738750	280	*	Distal Intergenic	101928476	ENST00000654698.1	-119480	LINC01676	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	100423170	100423647	478	*	Distal Intergenic	53942	ENST00000524560.1	231993	CNTN5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007605,GO:0098982,GO:0099026,GO:0099054	NA
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chr1	75554745	75555454	710	*	Intron (ENST00000370859.8/204962, intron 1 of 23)	204962	ENST00000370855.5	55630	SLC44A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0006656,GO:0016020,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085,GO:0055085	hsa05231
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chr15	38891645	38891874	230	*	Intron (ENST00000647456.1/105370775, intron 3 of 6)	105370781	ENST00000657583.1	-127319	LOC105370781	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	31694566	31695021	456	*	Distal Intergenic	122042	ENST00000298386.7	-44505	RXFP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001556,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007190,GO:0007193,GO:0008285,GO:0008528,GO:0008584,GO:0009755,GO:0016500,GO:0017046,GO:0043066,GO:0043950	hsa04080,hsa04926
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chr15	100794142	100794365	224	*	Intron (ENST00000559755.1/105371024, intron 1 of 2)	440313	ENST00000639346.1	-7953	LOC440313	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	42157800	42158136	337	*	Intron (ENST00000534059.1/101928591, intron 1 of 4)	101928591	ENST00000534059.1	5715	LINC02745	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	43512711	43513114	404	*	Distal Intergenic	55761	ENST00000533072.1	21993	TTC17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0015629,GO:0015629,GO:0030041,GO:0030041,GO:0044782,GO:0044782	NA
chr11	43747968	43748435	468	*	Intron (ENST00000532864.6/51144, intron 3 of 10)	51144	ENST00000532178.1	-5609	HSD17B12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001968,GO:0004303,GO:0005515,GO:0005518,GO:0005789,GO:0006633,GO:0006703,GO:0008201,GO:0009923,GO:0010811,GO:0016021,GO:0030198,GO:0031012,GO:0035338,GO:0050062,GO:0102339,GO:0102340,GO:0102341,GO:0102342	hsa00062,hsa00140,hsa01040,hsa01100,hsa01212
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chr11	48398372	48398606	235	*	Distal Intergenic	79346	ENST00000319813.3	-31907	OR4C5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	50216642	50216886	245	*	Intron (ENST00000660530.1/ENST00000660530.1, intron 1 of 2)	441601	ENST00000531666.4	78448	SEPTIN7P11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	50242730	50243167	438	*	Distal Intergenic	441601	ENST00000531666.4	52167	SEPTIN7P11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	5027430	5027739	310	*	Distal Intergenic	119679	ENST00000380370.1	-18787	OR52J3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	50416668	50417514	847	*	Intron (ENST00000532521.2/646813, intron 3 of 7)	646813	ENST00000532521.2	7626	LOC646813	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	151646710	151646936	227	*	Intron (ENST00000642376.1/81609, intron 1 of 10)	81609	ENST00000368838.2	7730	SNX27	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001770,GO:0001772,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005769,GO:0005829,GO:0006886,GO:0006886,GO:0007165,GO:0008333,GO:0016197,GO:0030904,GO:0031901,GO:0032266,GO:0035091,GO:0071203,GO:1990126,GO:1990126	NA
chr1	152488760	152489328	569	*	Distal Intergenic	254910	ENST00000334269.3	-21475	LCE5A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0031424,GO:0042802	NA
chr1	152775694	152776210	517	*	Promoter (<=1kb)	353137	ENST00000334371.4	554	LCE1F	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0031424,GO:0042802	NA
chr1	153104165	153104459	295	*	Promoter (1-2kb)	6704	ENST00000368751.1	1725	SPRR2E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001533,GO:0001533,GO:0005198,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0008544,GO:0018149,GO:0030280,GO:0070268	NA
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chr11	5536620	5537283	664	*	Intron (ENST00000380259.7/85363, intron 5 of 7)	390067	ENST00000322653.7	11257	OR52H1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	55801848	55802071	224	*	Distal Intergenic	219436	ENST00000335605.1	6292	OR5D14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	57031354	57031618	265	*	Distal Intergenic	219525	ENST00000635912.1	-5916	OR5AK4P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	158431811	158432121	311	*	Distal Intergenic	391107	ENST00000641042.1	-5574	OR10K2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	58861344	58861737	394	*	Intron (ENST00000533636.1/219970, intron 1 of 4)	219970	ENST00000287275.6	-16640	GLYATL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005739,GO:0005783,GO:0016410,GO:0042758,GO:0047961,GO:0047961,GO:0051793,GO:1903965	NA
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chr11	59380187	59380456	270	*	Distal Intergenic	390195	ENST00000641998.1	21292	OR5AN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050907,GO:0050911	hsa04740
chr1	159446563	159446800	238	*	Intron (ENST00000431862.1/ENST00000431862.1, intron 1 of 3)	26476	ENST00000423932.6	6841	OR10J1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007338,GO:0007606,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	5977928	5978266	339	*	Distal Intergenic	338751	ENST00000332249.4	8719	OR52L1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	163619964	163620187	224	*	Distal Intergenic	83540	ENST00000531529.1	279709	NUF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000775,GO:0000776,GO:0000778,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007052,GO:0007059,GO:0016020,GO:0031262,GO:0031262,GO:0044877,GO:0045132,GO:0051301,GO:0051315,GO:0051383	NA
chr1	163717287	163717527	241	*	Distal Intergenic	83540	ENST00000531529.1	377032	NUF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000775,GO:0000776,GO:0000778,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007052,GO:0007059,GO:0016020,GO:0031262,GO:0031262,GO:0044877,GO:0045132,GO:0051301,GO:0051315,GO:0051383	NA
chr1	164394975	164395315	341	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-160269	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	165156117	165156602	486	*	Distal Intergenic	105371561	ENST00000457106.1	-54025	LMX1A-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	167110580	167111084	505	*	Intron (ENST00000361200.7/92235, intron 2 of 5)	92235	ENST00000443333.1	15730	STYXL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0006470,GO:0008138,GO:0030017	NA
chr1	167353755	167354055	301	*	Intron (ENST00000559038.5/5451, intron 4 of 4)	5451	ENST00000470928.3	-3405	POU2F1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000979,GO:0000981,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005783,GO:0006357,GO:0019221,GO:0042795,GO:0043231,GO:0043565,GO:0045892,GO:0045944,GO:0045944,GO:0045944,GO:0090575	hsa05168,hsa05417
chr1	167943973	167944218	246	*	Intron (ENST00000450548.5/55827, intron 1 of 4)	55827	ENST00000455334.5	6820	DCAF6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005925,GO:0016567,GO:0030374,GO:0030374,GO:0043687,GO:0045944,GO:0045944,GO:0080008,GO:0080008	NA
chr1	169413249	169413711	463	*	Intron (ENST00000367805.7/57821, intron 4 of 5)	57821	ENST00000456107.1	13751	CCDC181	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002177,GO:0005737,GO:0005874,GO:0008017,GO:0008017,GO:0036126	NA
chr1	170251111	170251381	271	*	Intron (ENST00000666308.1/105371609, intron 1 of 1)	105371609	ENST00000657163.1	16356	LINC01681	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	171028014	171028744	731	*	Intron (ENST00000367759.9/80133, intron 20 of 21)	80133	ENST00000426136.1	35697	MROH9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	171962025	171962264	240	*	Intron (ENST00000688173.1/26052, intron 1 of 14)	26052	ENST00000523513.1	-7858	DNM3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000266,GO:0003374,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005874,GO:0005886,GO:0006897,GO:0007416,GO:0008017,GO:0014069,GO:0014069,GO:0015630,GO:0016020,GO:0016185,GO:0030424,GO:0031410,GO:0031623,GO:0031798,GO:0031802,GO:0031966,GO:0043083,GO:0043197,GO:0044327,GO:0046847,GO:0048471,GO:0050803,GO:0050998,GO:0051491,GO:0061002,GO:0061025,GO:0061828,GO:0061829,GO:0070062,GO:0098793,GO:0098844,GO:0098884,GO:0098978,GO:0099173,GO:0099186,GO:1903423	hsa04072,hsa04144,hsa04721,hsa04961,hsa05100
chr1	172597093	172597406	314	*	Intron (ENST00000367723.8/51430, intron 18 of 22)	51430	ENST00000486569.1	-4743	SUCO	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001503,GO:0005737,GO:0005791,GO:0007275,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030867,GO:0032967,GO:0045669,GO:0046850,GO:0046850	NA
chr11	73939180	73939628	449	*	Distal Intergenic	374407	ENST00000535730.1	-11398	DNAJB13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0005930,GO:0031514,GO:0036126,GO:0051082,GO:0051085,GO:0051087,GO:0097224,GO:1904158	NA
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chr13	28083511	28083805	295	*	Intron (ENST00000241453.12/2322, intron 1 of 23)	2322	ENST00000241453.12	16771	FLT3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001776,GO:0002318,GO:0002328,GO:0004714,GO:0004714,GO:0004896,GO:0005021,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005783,GO:0005788,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007169,GO:0007275,GO:0008284,GO:0010243,GO:0014068,GO:0016032,GO:0018108,GO:0019221,GO:0019221,GO:0019221,GO:0019838,GO:0030097,GO:0030183,GO:0030183,GO:0031100,GO:0033674,GO:0035259,GO:0035726,GO:0038084,GO:0042531,GO:0042981,GO:0043235,GO:0043406,GO:0043410,GO:0043552,GO:0043621,GO:0044877,GO:0046651,GO:0046777,GO:0071345,GO:0071345,GO:0071385,GO:0097028	hsa04010,hsa04014,hsa04151,hsa04640,hsa05200,hsa05202,hsa05221,hsa05230
chr13	28902843	28903118	276	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 2 of 15)	23281	ENST00000612955.6	82504	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
chr13	29273721	29273946	226	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 5 of 15)	23281	ENST00000380808.6	-154681	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
chr13	30858576	30858842	267	*	Distal Intergenic	440132	ENST00000690833.1	-4527	LINC00545	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	31613694	31614407	714	*	Distal Intergenic	122042	ENST00000298386.7	-125119	RXFP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001556,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007190,GO:0007193,GO:0008285,GO:0008528,GO:0008584,GO:0009755,GO:0016500,GO:0017046,GO:0043066,GO:0043950	hsa04080,hsa04926
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chr11	41968680	41969113	434	*	Distal Intergenic	101928591	ENST00000667585.1	116327	LINC02745	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	48840408	48840631	224	*	Distal Intergenic	120824	ENST00000534741.3	143254	TRIM51GP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	57044473	57044696	224	*	Distal Intergenic	219525	ENST00000635912.1	6939	OR5AK4P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	120858165	120858556	392	*	Intron (ENST00000353487.7/121665, intron 1 of 10)	121665	ENST00000543181.5	-22508	SPPL3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005791,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006465,GO:0006509,GO:0007204,GO:0016020,GO:0030660,GO:0030660,GO:0032092,GO:0033116,GO:0033619,GO:0033619,GO:0035307,GO:0042500,GO:0042500,GO:0042500,GO:0042803,GO:0043231,GO:0050852,GO:0050852,GO:0070886,GO:0071458,GO:0071458,GO:0071556,GO:0071556	NA
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chr1	237056467	237056780	314	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 1 of 104)	6262	ENST00000366574.7	14283	RYR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001666,GO:0002027,GO:0003143,GO:0003220,GO:0003300,GO:0005219,GO:0005219,GO:0005262,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005790,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006816,GO:0006874,GO:0010460,GO:0010881,GO:0010881,GO:0010882,GO:0014701,GO:0014808,GO:0014808,GO:0014850,GO:0015278,GO:0015278,GO:0016020,GO:0016529,GO:0019722,GO:0019899,GO:0030018,GO:0030018,GO:0030018,GO:0030659,GO:0031000,GO:0032991,GO:0033017,GO:0033017,GO:0033017,GO:0034220,GO:0034236,GO:0034237,GO:0034704,GO:0034704,GO:0035584,GO:0035994,GO:0042383,GO:0042802,GO:0043621,GO:0043924,GO:0044325,GO:0048763,GO:0048763,GO:0051209,GO:0051209,GO:0051209,GO:0051284,GO:0051480,GO:0051775,GO:0055117,GO:0060048,GO:0060402,GO:0070296,GO:0071313,GO:0071313,GO:0071872,GO:0071872,GO:0072599,GO:0086005,GO:0086029,GO:0086064,GO:0097050,GO:0098735,GO:0098904,GO:0098907,GO:0098910,GO:0098911,GO:1901896,GO:1903779	hsa04020,hsa04024,hsa04260,hsa04261,hsa04371,hsa04713,hsa04911,hsa04921,hsa04972,hsa05020,hsa05022,hsa05410,hsa05412,hsa05414,hsa05415
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chr1	29969235	29969511	277	*	Distal Intergenic	101929406	ENST00000445180.2	68101	LINC01648	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	102979395	102979739	345	*	Distal Intergenic	6555	ENST00000245312.5	86678	SLC10A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006814,GO:0008508,GO:0008508,GO:0015721,GO:0015721,GO:0016324,GO:0055085	hsa04976
chr13	104517628	104518120	493	*	Distal Intergenic	105370340	ENST00000670156.1	391698	LOC105370340	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	89258968	89259248	281	*	Intron (ENST00000653072.1/100874172, intron 1 of 3)	100874172	ENST00000446579.1	-13955	LINC00440	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	27628413	27628848	436	*	Intron (ENST00000557359.6/100505967, intron 2 of 3)	100422830	ENST00000584270.1	4430	MIR3171	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	41110197	41110497	301	*	Intron (ENST00000651006.1/644919, intron 3 of 3)	644919	ENST00000515218.2	155299	LINC02315	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	88072100	88072331	232	*	Intron (ENST00000671337.1/283587, intron 2 of 2)	283587	ENST00000656986.1	-6770	LINC01146	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr2	161748544	161749007	464	*	Intron (ENST00000482861.5/57282, intron 3 of 3)	57282	ENST00000446228.5	124083	SLC4A10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005452,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006821,GO:0007601,GO:0008510,GO:0008510,GO:0008510,GO:0009416,GO:0009791,GO:0015301,GO:0015701,GO:0015701,GO:0015701,GO:0016021,GO:0016323,GO:0016323,GO:0016324,GO:0021860,GO:0022857,GO:0030425,GO:0035264,GO:0035641,GO:0035725,GO:0036477,GO:0043025,GO:0043204,GO:0043679,GO:0045202,GO:0048172,GO:0048854,GO:0050801,GO:0051453,GO:0055085,GO:0097440,GO:0097441,GO:0097442,GO:0098656,GO:0098794,GO:1902600	NA
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chr13	25950486	25950756	271	*	Exon (ENST00000411226.1/ENST00000411226.1, exon 1 of 1)	105370122	ENST00000692041.1	26748	LOC105370122	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	53097621	53098184	564	*	Intron (ENST00000692805.1/105370822, intron 1 of 1)	105370822	ENST00000559915.1	-18181	LINC02490	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	159537411	159538188	778	*	Distal Intergenic	9693	ENST00000509891.1	184954	RAPGEF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0000165,GO:0001568,GO:0001764,GO:0005085,GO:0005096,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005770,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0005923,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007264,GO:0008285,GO:0010976,GO:0016020,GO:0016324,GO:0019933,GO:0019933,GO:0019992,GO:0021591,GO:0021884,GO:0030033,GO:0030139,GO:0030165,GO:0030552,GO:0030552,GO:0030553,GO:0031175,GO:0031547,GO:0031697,GO:0032092,GO:0032486,GO:0032991,GO:0035556,GO:0038180,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043547,GO:0043547,GO:0043950,GO:0045202,GO:0045860,GO:0048022,GO:0048167,GO:0048471,GO:0050699,GO:0050774,GO:0061028,GO:0070300,GO:0070374,GO:0071320,GO:0071321,GO:0071880,GO:0072659,GO:0090557,GO:1901888,GO:1990090,GO:2000481,GO:2000670,GO:2001214,GO:2001224	hsa04010,hsa04015,hsa04530
chr4	17353682	17353992	311	*	Distal Intergenic	109616994	ENST00000384053.1	-32800	SNORA75B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005730,GO:0006396	NA
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chr7	64263298	64263784	487	*	Intron (ENST00000421025.3/168417, intron 4 of 4)	168417	ENST00000255746.7	14180	ZNF679	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr15	24783112	24783494	383	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	6638	ENST00000400098.6	-40143	SNRPN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005682,GO:0005685,GO:0005686,GO:0005687,GO:0005737,GO:0008380,GO:0009725,GO:0030532,GO:0046540,GO:0071004,GO:0071013	NA
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chr11	56342053	56342731	679	*	Distal Intergenic	390157	ENST00000279783.5	-3308	OR8K1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	157720858	157721082	225	*	Distal Intergenic	115352	ENST00000368184.8	-20089	FCRL3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002638,GO:0004888,GO:0005887,GO:0007166,GO:0009986,GO:0019900,GO:0019902,GO:0019903,GO:0030890,GO:0034163,GO:0043410,GO:0045577,GO:0050859,GO:0050864,GO:0090279,GO:1905184,GO:1990782	NA
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chr1	166229559	166230250	692	*	Intron (ENST00000653824.2/112268276, intron 1 of 2)	149297	ENST00000354422.4	-62558	FAM78B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	170063418	170063717	300	*	Intron (ENST00000367765.5/22920, intron 1 of 19)	22920	ENST00000367765.5	5200	KIFAP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000794,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005794,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005876,GO:0005929,GO:0005930,GO:0006890,GO:0007017,GO:0007018,GO:0007018,GO:0007165,GO:0008285,GO:0015630,GO:0016939,GO:0016939,GO:0016939,GO:0019886,GO:0019894,GO:0019903,GO:0032391,GO:0035735,GO:0035869,GO:0036064,GO:0043066,GO:0044782,GO:0046587,GO:0065003,GO:0072383,GO:0097542,GO:0120170,GO:1990075	NA
chr1	176409794	176410189	396	*	Intron (ENST00000701212.1/ENST00000701212.1, intron 6 of 6)	60676	ENST00000367661.7	-52982	PAPPA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0005576,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008237,GO:0008270,GO:0009651,GO:0016324,GO:0044267,GO:0060349,GO:0070062	NA
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chr1	181834972	181835199	228	*	Distal Intergenic	777	ENST00000700190.1	41304	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
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chr11	84113327	84113681	355	*	Intron (ENST00000280241.12/1740, intron 3 of 21)	1740	ENST00000524941.5	53321	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	84772432	84772691	260	*	Intron (ENST00000534275.1/ENST00000534275.1, intron 3 of 3)	1740	ENST00000648622.1	-51517	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	185209355	185209695	341	*	Intron (ENST00000367501.7/54823, intron 13 of 18)	54823	ENST00000450350.1	51873	SWT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634	NA
chr11	85489401	85489730	330	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	137540	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	187834401	187834624	224	*	Distal Intergenic	106144535	ENST00000667298.1	526910	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	188628359	188628582	224	*	Distal Intergenic	107985456	ENST00000419614.1	-1146883	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	191256147	191256433	287	*	Distal Intergenic	105371660	ENST00000434983.2	-27680	LINC01680	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	191279495	191279775	281	*	Distal Intergenic	105371660	ENST00000434983.2	-51028	LINC01680	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	91615622	91616069	448	*	Distal Intergenic	105369428	ENST00000655162.1	-178250	LINC02756	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	196695115	196695374	260	*	Intron (ENST00000359637.3/3075, intron 8 of 8)	3075	ENST00000695977.1	5052	CFH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006956,GO:0006957,GO:0008201,GO:0016032,GO:0030449,GO:0030449,GO:0042802,GO:0043395,GO:0070062,GO:0072562,GO:1903659	hsa04610,hsa05150
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chr4	110580486	110580982	497	*	Distal Intergenic	2028	ENST00000504100.1	21378	ENPEP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0002003,GO:0002003,GO:0003081,GO:0003081,GO:0004177,GO:0005737,GO:0005765,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005903,GO:0006508,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008217,GO:0008270,GO:0008283,GO:0009897,GO:0016324,GO:0016477,GO:0031410,GO:0032835,GO:0042277,GO:0043171,GO:0045177,GO:0070006,GO:0070006,GO:0070006,GO:0070062	hsa04614
chr4	117630363	117630673	311	*	Intron (ENST00000626258.2/103689918, intron 2 of 3)	103689918	ENST00000630321.1	-24137	LINC01378	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr4	123160857	123161090	234	*	Intron (ENST00000675612.1/166378, intron 15 of 16)	166378	ENST00000675392.1	227438	SPATA5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005819,GO:0007283,GO:0007420,GO:0016887,GO:0030154	hsa03008
chr4	135629312	135629665	354	*	Distal Intergenic	100507528	ENST00000505952.1	238239	LINC00613	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	93269436	93270424	989	*	Distal Intergenic	26509	ENST00000474161.1	53251	MYOF	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001778,GO:0001778,GO:0005515,GO:0005543,GO:0005543,GO:0005543,GO:0005635,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005901,GO:0006936,GO:0007009,GO:0007520,GO:0008015,GO:0016021,GO:0030659,GO:0031410,GO:0031965,GO:0033292,GO:0043231,GO:0046872,GO:0061025,GO:0070062	NA
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chr11	127701069	127701648	580	*	Distal Intergenic	105369563	ENST00000670942.1	-394110	LINC02725	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	25925620	25926247	628	*	Intron (ENST00000531157.1/ENST00000531157.1, intron 1 of 1)	105376596	ENST00000654912.1	190816	LINC02699	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	42789515	42790042	528	*	Distal Intergenic	399881	ENST00000533565.1	479351	HNRNPKP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	128697926	128698371	446	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 8 of 8)	121260	ENST00000545031.5	103330	SLC15A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005290,GO:0005290,GO:0005515,GO:0005765,GO:0005886,GO:0006811,GO:0015031,GO:0015333,GO:0015647,GO:0015817,GO:0015835,GO:0031303,GO:0031901,GO:0033023,GO:0034157,GO:0034161,GO:0034165,GO:0035579,GO:0036020,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045089,GO:0048302,GO:0070424,GO:0070430,GO:0070434,GO:0071916,GO:0089708,GO:0140206,GO:1902600,GO:1905103	NA
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chr12	68069659	68069882	224	*	Intron (ENST00000536914.1/100885789, intron 5 of 5)	100885789	ENST00000674322.1	80104	IFNG-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	70213527	70213991	465	*	Intron (ENST00000549419.6/101928062, intron 2 of 2)	101928062	ENST00000676451.1	28853	PRANCR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	72428411	72428843	433	*	Intron (ENST00000548156.1/29953, intron 3 of 4)	29953	ENST00000549138.5	-131696	TRHDE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004177,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006508,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008217,GO:0008270,GO:0042277,GO:0043171,GO:0070006,GO:0070062	NA
chr12	76968742	76969116	375	*	Distal Intergenic	144455	ENST00000552907.5	81625	E2F7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0000987,GO:0001217,GO:0001227,GO:0001890,GO:0002040,GO:0003700,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006357,GO:0006977,GO:0008285,GO:0016607,GO:0030330,GO:0032466,GO:0032877,GO:0042802,GO:0045944,GO:0060707,GO:0060718,GO:0070365,GO:0071930,GO:0090575,GO:1990837,GO:2000134	NA
chr12	90397557	90397929	373	*	Distal Intergenic	105369893	ENST00000670390.1	104219	LINC02392	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	18184663	18185061	399	*	Distal Intergenic	26080	ENST00000623511.1	-10236	FAM230C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	33473497	33473807	311	*	Intron (ENST00000686875.1/90627, intron 2 of 3)	90627	ENST00000437698.1	50515	STARD13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005096,GO:0005515,GO:0005811,GO:0005829,GO:0007165,GO:0008289,GO:0030036,GO:0031966,GO:0035023,GO:0043542,GO:0043542,GO:0043547,GO:0051056,GO:0090051,GO:0090051,GO:0097498,GO:0097498	NA
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chr14	86415100	86415323	224	*	Distal Intergenic	105370607	ENST00000553679.1	82724	LINC02309	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	90150810	90151207	398	*	Intron (ENST00000282146.5/56659, intron 1 of 1)	56659	ENST00000282146.5	88816	KCNK13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005244,GO:0005886,GO:0005887,GO:0022841,GO:0030322,GO:0034765,GO:0071805	NA
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chr1	49692843	49693066	224	*	Intron (ENST00000371839.6/84871, intron 3 of 13)	84871	ENST00000497451.1	158452	AGBL4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004181,GO:0005794,GO:0005814,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008270,GO:0008285,GO:0015631,GO:0021954,GO:0035608,GO:0035609,GO:0035610,GO:0036064,GO:0051607,GO:0098957,GO:0098958,GO:0120222,GO:1904115,GO:2000060	NA
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chr1	50883846	50884414	569	*	Intron (ENST00000396153.7/11124, intron 1 of 18)	11124	ENST00000487898.1	75324	FAF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006915,GO:0007253,GO:0008219,GO:0010942,GO:0019887,GO:0019901,GO:0019904,GO:0030155,GO:0031072,GO:0031265,GO:0031334,GO:0031625,GO:0034098,GO:0042176,GO:0043065,GO:0043130,GO:0043161,GO:0045740,GO:0045859,GO:0048471,GO:0051059,GO:1902043,GO:1903364	hsa04217
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chr1	51950511	51950796	286	*	Intron (ENST00000371655.4/5865, intron 2 of 4)	5865	ENST00000371655.4	39904	RAB3B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006904,GO:0008021,GO:0009306,GO:0017157,GO:0019003,GO:0019882,GO:0031489,GO:0031982,GO:0048471,GO:0051586,GO:0070062,GO:0072659,GO:0097494,GO:0098691,GO:0098691,GO:0098693,GO:0098693,GO:0098993,GO:0098993	NA
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chr15	24650651	24650893	243	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	23742	ENST00000329468.5	-24882	NPAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005637,GO:0005643,GO:0005654,GO:0006405,GO:0006606,GO:0007275,GO:0007283,GO:0008139,GO:0017056,GO:0030154	NA
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chr15	24934226	24934583	358	*	Intron (ENST00000400098.6/6638, intron 3 of 4)	6638	ENST00000584968.5	-20352	SNRPN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005682,GO:0005685,GO:0005686,GO:0005687,GO:0005737,GO:0008380,GO:0009725,GO:0030532,GO:0046540,GO:0071004,GO:0071013	NA
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chr15	26598376	26598782	407	*	Intron (ENST00000628124.2/2562, intron 2 of 6)	2562	ENST00000636512.1	-15010	GABRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0022851,GO:0022851,GO:0022851,GO:0030594,GO:0030659,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042802,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0060021,GO:0071420,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1904862	hsa04080,hsa04723,hsa04726,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr15	27323767	27324038	272	*	Promoter (2-3kb)	2567	ENST00000333743.10	-2770	GABRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042493,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:0098982,GO:0099699,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr1	11381239	11381556	318	*	Distal Intergenic	105376737	ENST00000641979.1	-62146	LOC105376737	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	29859634	29859859	226	*	Intron (ENST00000530249.1/ENST00000530249.1, intron 2 of 2)	106456574	ENST00000561816.1	122533	LINC01616	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	29868126	29868356	231	*	Intron (ENST00000530249.1/ENST00000530249.1, intron 2 of 2)	106456574	ENST00000561816.1	114036	LINC01616	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	40817535	40817977	443	*	Intron (ENST00000551295.7/1272, intron 1 of 23)	1272	ENST00000547849.5	-10082	CNTN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0007155,GO:0007219,GO:0010628,GO:0010765,GO:0010976,GO:0016020,GO:0021549,GO:0030246,GO:0031175,GO:0045121,GO:0050731,GO:0070062,GO:0099025,GO:0099026	hsa04514
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chr1	241148402	241148855	454	*	Intron (ENST00000690539.1/6000, intron 2 of 16)	6000	ENST00000686049.1	-3766	RGS7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006457,GO:0007186,GO:0009968,GO:0031681,GO:0035556,GO:0043547	NA
chr1	241211357	241211609	253	*	Intron (ENST00000690539.1/6000, intron 2 of 16)	6000	ENST00000690224.1	-24465	RGS7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006457,GO:0007186,GO:0009968,GO:0031681,GO:0035556,GO:0043547	NA
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chr12	42658244	42658467	224	*	Intron (ENST00000548764.5/105369738, intron 3 of 4)	105369738	ENST00000546982.1	11661	LINC02451	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	44116622	44116870	249	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 3 of 7)	84216	ENST00000550623.1	42971	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
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chr12	44170594	44170850	257	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 4 of 7)	84216	ENST00000550623.1	96943	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
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chr12	44500555	44500828	274	*	Intron (ENST00000669912.1/ENST00000669912.1, intron 1 of 1)	4753	ENST00000547636.1	22807	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
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chr12	44501927	44502171	245	*	Intron (ENST00000669912.1/ENST00000669912.1, intron 1 of 1)	4753	ENST00000547636.1	21464	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
chr1	244580670	244581305	636	*	Intron (ENST00000473875.5/257044, intron 8 of 15)	257044	ENST00000485888.1	-36285	CATSPERE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0036128,GO:0097228	NA
chr1	244700833	244701056	224	*	Intron (ENST00000263831.11/51029, intron 3 of 3)	122455338	ENST00000640271.3	29959	79963	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	244763526	244763900	375	*	Distal Intergenic	122455338	ENST00000640271.3	-32511	79963	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	44786817	44787210	394	*	Intron (ENST00000395487.6/4753, intron 3 of 19)	4753	ENST00000550462.5	-9695	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
chr12	44861483	44861833	351	*	Intron (ENST00000395487.6/4753, intron 2 of 19)	4753	ENST00000547172.1	-9636	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
chr12	45083902	45084328	427	*	Intron (ENST00000548424.1/ENST00000548424.1, intron 1 of 1)	83956	ENST00000550663.1	-18551	RACGAP1P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	245172967	245173249	283	*	Intron (ENST00000407071.7/55083, intron 2 of 14)	55083	ENST00000407071.7	17982	KIF26B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005871,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008017,GO:0016887,GO:0022409,GO:0030010,GO:0072092	NA
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chr1	245747730	245748073	344	*	Distal Intergenic	64754	ENST00000482592.5	40869	SMYD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000993,GO:0001162,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006334,GO:0006469,GO:0014904,GO:0018024,GO:0018024,GO:0018024,GO:0033138,GO:0034968,GO:0045184,GO:0045944,GO:0046872,GO:0071549	hsa00310,hsa01100
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chr12	46333414	46333685	272	*	Distal Intergenic	54407	ENST00000548785.1	28857	SLC38A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0003333,GO:0005295,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005903,GO:0006814,GO:0006865,GO:0006868,GO:0006868,GO:0007565,GO:0010628,GO:0014047,GO:0015171,GO:0015171,GO:0015186,GO:0015186,GO:0015194,GO:0015804,GO:0015825,GO:0021987,GO:0030424,GO:0030425,GO:0031460,GO:0032328,GO:0033120,GO:0034198,GO:0042383,GO:0043025,GO:0071260,GO:0080135,GO:0150104,GO:1903841	hsa04724,hsa04727,hsa04974
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chr12	46732807	46733162	356	*	Intron (ENST00000667191.1/100288798, intron 2 of 2)	55089	ENST00000550670.1	36142	SLC38A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006814,GO:0006865,GO:0015171,GO:0015171,GO:0015293	NA
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chr1	246976253	246976476	224	*	Intron (ENST00000479214.5/57116, intron 4 of 5)	57116	ENST00000366504.6	31523	ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr1	247062031	247063012	982	*	Intron (ENST00000465049.6/100533111, intron 1 of 6)	100533111	ENST00000465049.6	15724	ZNF670-ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	247068027	247068250	224	*	Intron (ENST00000465049.6/100533111, intron 1 of 6)	100533111	ENST00000465049.6	10486	ZNF670-ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	247236282	247236679	398	*	Intron (ENST00000428687.1/ENST00000428687.1, intron 1 of 3)	317705	ENST00000472952.3	-19293	VN1R5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0016503,GO:0019236	NA
chr12	47606886	47607344	459	*	Distal Intergenic	79657	ENST00000548211.1	57499	RPAP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0097255	NA
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chr1	247951534	247951855	322	*	Promoter (2-3kb)	391190	ENST00000623922.1	2676	OR2L8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008150,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248079941	248080319	379	*	Distal Intergenic	284521	ENST00000641893.1	-14865	OR2L13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007186,GO:0008150,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248115153	248115859	707	*	Distal Intergenic	388762	ENST00000318104.2	-6073	OR2M1P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	248184099	248184326	228	*	Distal Intergenic	391194	ENST00000641836.1	9278	OR2M2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	50169482	50169936	455	*	Promoter (1-2kb)	91012	ENST00000422340.6	-1949	CERS5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005783,GO:0005789,GO:0016021,GO:0016410,GO:0030148,GO:0046513,GO:0046513,GO:0050291,GO:0050291	hsa00600,hsa01100,hsa04071
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chr12	53136275	53136753	479	*	Distal Intergenic	8435	ENST00000542365.1	32744	SOAT2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000062,GO:0000062,GO:0004772,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005903,GO:0008203,GO:0008203,GO:0008374,GO:0010742,GO:0015485,GO:0015485,GO:0016021,GO:0016746,GO:0030299,GO:0033344,GO:0033344,GO:0034379,GO:0034383,GO:0034435,GO:0034435,GO:0034736,GO:0034736,GO:0042632	hsa00100,hsa04979
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chr12	54776843	54777131	289	*	Distal Intergenic	118430	ENST00000652289.1	-53387	MUCL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002223,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005796,GO:0005886,GO:0016266	NA
chr12	55011859	55012314	456	*	Intron (ENST00000547559.1/ENST00000547559.1, intron 2 of 2)	58158	ENST00000242994.4	-7660	NEUROD4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0030182,GO:0035881,GO:0045597,GO:0046983,GO:0048666	NA
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chr12	5545460	5545683	224	*	Intron (ENST00000536751.1/57101, intron 1 of 2)	57101	ENST00000536751.1	17654	ANO2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005229,GO:0005229,GO:0005254,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0034220,GO:0034707,GO:0046983,GO:0055085,GO:1902476	hsa04740
chr12	55561376	55561599	224	*	Intron (ENST00000556750.5/ENST00000556750.5, intron 1 of 3)	121129	ENST00000641114.1	-10869	OR2AP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	63419576	63420000	425	*	Distal Intergenic	283417	ENST00000541911.1	149469	DPY19L2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000030,GO:0005634,GO:0005637,GO:0007275,GO:0007286,GO:0007286,GO:0016021,GO:0018406	NA
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chr12	64343885	64344108	224	*	Intron (ENST00000535684.6/ENST00000535684.6, intron 2 of 4)	115749	ENST00000543259.1	46418	C12orf56	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	36482770	36483014	245	*	Distal Intergenic	8900	ENST00000625767.1	50247	CCNA1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000079,GO:0000083,GO:0000307,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0007141,GO:0007283,GO:0015630,GO:0016538,GO:0016579,GO:0044772,GO:0051301,GO:0097123,GO:0097124,GO:0097124	hsa04110,hsa04152,hsa04218,hsa04914,hsa05161,hsa05165,hsa05166,hsa05169,hsa05200,hsa05202,hsa05203,hsa05221
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chr13	38798454	38798677	224	*	Intron (ENST00000280481.9/341640, intron 6 of 23)	341640	ENST00000482551.1	-23019	FREM2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001654,GO:0001822,GO:0002009,GO:0005515,GO:0005604,GO:0005886,GO:0007154,GO:0007155,GO:0007507,GO:0016021,GO:0042733,GO:0046872,GO:0048839,GO:0070062	hsa04512
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chr19	54581615	54582055	441	*	Intron (ENST00000251377.7/11027, intron 7 of 8)	11027	ENST00000472992.1	5543	LILRA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001791,GO:0002220,GO:0002283,GO:0003823,GO:0005576,GO:0005887,GO:0006952,GO:0007165,GO:0031665,GO:0032604,GO:0032635,GO:0032637,GO:0032731,GO:0032755,GO:0032760,GO:0034144,GO:0038023,GO:0045087,GO:0050867,GO:0051928,GO:0071611	hsa04380,hsa04662
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chr19	56049734	56050056	323	*	Intron (ENST00000390649.8/126206, intron 11 of 14)	101928886	ENST00000587218.1	-16628	LINC01864	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr8	18206253	18206506	254	*	Intron (ENST00000517441.5/9, intron 2 of 4)	9	ENST00000307719.9	-3603	NAT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004060,GO:0004060,GO:0005829,GO:0006805	hsa00232,hsa00983,hsa01100,hsa05204
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chrX	1042078	1042375	298	*	Distal Intergenic	64109	ENST00000381567.8	170259	CRLF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004896,GO:0004896,GO:0004896,GO:0004923,GO:0004924,GO:0005127,GO:0005576,GO:0005886,GO:0008284,GO:0008284,GO:0009897,GO:0016021,GO:0019221,GO:0019221,GO:0019955,GO:0032754,GO:0033005,GO:0038111,GO:0038165,GO:0043235,GO:0048861,GO:1904894	hsa04060,hsa04630
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chrX	108504215	108504675	461	*	Intron (ENST00000328300.11/1287, intron 1 of 52)	1287	ENST00000470339.1	64273	COL4A5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005201,GO:0005576,GO:0005587,GO:0005604,GO:0005615,GO:0005788,GO:0007528,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030198,GO:0030198,GO:0031012,GO:0031594,GO:0038063,GO:0062023	hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04926,hsa04933,hsa04974,hsa05146,hsa05165,hsa05200,hsa05222
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chrX	1087584	1088068	485	*	Distal Intergenic	64109	ENST00000381567.8	124566	CRLF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004896,GO:0004896,GO:0004896,GO:0004923,GO:0004924,GO:0005127,GO:0005576,GO:0005886,GO:0008284,GO:0008284,GO:0009897,GO:0016021,GO:0019221,GO:0019221,GO:0019955,GO:0032754,GO:0033005,GO:0038111,GO:0038165,GO:0043235,GO:0048861,GO:1904894	hsa04060,hsa04630
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chrX	109206750	109207010	261	*	Distal Intergenic	2986	ENST00000218006.3	275076	GUCY2F	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001653,GO:0004383,GO:0004672,GO:0005524,GO:0005525,GO:0005640,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006182,GO:0006468,GO:0007165,GO:0007168,GO:0007601,GO:0019934,GO:0022400,GO:0038023,GO:0042802,GO:0044877,GO:0050908,GO:0097381,GO:0120200	hsa00230,hsa01100,hsa04744
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chr11	32035638	32035885	248	*	Intron (ENST00000530348.5/5954, intron 1 of 3)	100506675	ENST00000531627.1	5363	LOC100506675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	58159410	58159748	339	*	Intron (ENST00000335397.3/219956, intron 2 of 2)	219957	ENST00000641291.1	-29322	OR9Q2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr1	173445334	173446121	788	*	Promoter (2-3kb)	7292	ENST00000437190.2	-2738	TNFSF4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001819,GO:0002215,GO:0002526,GO:0002639,GO:0002726,GO:0002819,GO:0002830,GO:0002891,GO:0005102,GO:0005125,GO:0005164,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007165,GO:0008284,GO:0009615,GO:0009986,GO:0032689,GO:0032700,GO:0032729,GO:0032733,GO:0032735,GO:0032736,GO:0032753,GO:0032755,GO:0032813,GO:0032813,GO:0033209,GO:0035709,GO:0035712,GO:0035713,GO:0042102,GO:0043372,GO:0043382,GO:0043433,GO:0045590,GO:0045626,GO:0045630,GO:0045892,GO:0046641,GO:0050727,GO:0050729,GO:0050871,GO:0071222,GO:0071380,GO:0071954,GO:1900281,GO:2000572	hsa04060
chr1	179719322	179719630	309	*	Distal Intergenic	148753	ENST00000669730.1	-10561	FAM163A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr11	79875254	79875552	299	*	Distal Intergenic	26011	ENST00000278550.12	-434224	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
chr1	181379475	181379918	444	*	Intron (ENST00000524607.6/777, intron 1 of 11)	777	ENST00000524607.6	61785	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr11	81383528	81383771	244	*	Intron (ENST00000671134.1/ENST00000671134.1, intron 3 of 4)	100422823	ENST00000581016.1	507065	MIR4300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	176104431	176104790	360	*	Intron (ENST00000367667.5/64326, intron 7 of 17)	64326	ENST00000461830.6	-23175	COP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0010212,GO:0016567,GO:0016607,GO:0031464,GO:0032436,GO:0043161,GO:0043687,GO:0046872,GO:0061630	hsa04115,hsa04120
chr1	176401774	176402488	715	*	Intron (ENST00000701212.1/ENST00000701212.1, intron 6 of 6)	60676	ENST00000367661.7	-60683	PAPPA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0005576,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008237,GO:0008270,GO:0009651,GO:0016324,GO:0044267,GO:0060349,GO:0070062	NA
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chr1	17870685	17870980	296	*	Distal Intergenic	81569	ENST00000617065.1	47703	ACTL8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005869,GO:0030855	NA
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chr12	130609497	130609853	357	*	Intron (ENST00000690449.1/23504, intron 2 of 22)	23504	ENST00000541840.2	24008	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	131396335	131396993	659	*	Distal Intergenic	338797	ENST00000428272.4	48865	LINC02370	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	214828959	214829537	579	*	Distal Intergenic	1063	ENST00000469862.1	173811	CENPF	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000278,GO:0000775,GO:0000775,GO:0000776,GO:0000785,GO:0000922,GO:0000922,GO:0000940,GO:0000940,GO:0001822,GO:0003682,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005930,GO:0007059,GO:0007059,GO:0007094,GO:0007517,GO:0008017,GO:0008022,GO:0008134,GO:0010389,GO:0010389,GO:0015031,GO:0015031,GO:0016202,GO:0016363,GO:0021591,GO:0030154,GO:0030496,GO:0036064,GO:0042493,GO:0042803,GO:0045120,GO:0045892,GO:0048471,GO:0051301,GO:0051310,GO:0051310,GO:0051382,GO:0051726,GO:0070840,GO:0070840,GO:0071897,GO:0097539	NA
chr1	214957072	214957374	303	*	Intron (ENST00000658732.1/ENST00000658732.1, intron 1 of 1)	3776	ENST00000486921.5	-48401	KCNK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003231,GO:0005634,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007613,GO:0008076,GO:0009612,GO:0009986,GO:0010942,GO:0015271,GO:0015271,GO:0016324,GO:0022841,GO:0022841,GO:0030322,GO:0043025,GO:0044305,GO:0048678,GO:0060044,GO:0071456,GO:0071805,GO:0071805,GO:0090102,GO:0097449,GO:1900039,GO:2000279	hsa04927,hsa04934,hsa04971
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chr12	17920689	17921088	400	*	Distal Intergenic	79785	ENST00000536890.1	169053	RERGL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005525,GO:0007165,GO:0016020	NA
chr1	217959131	217959691	561	*	Distal Intergenic	100885798	ENST00000659987.1	66230	LINC00210	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	222361299	222361531	233	*	Intron (ENST00000652067.1/ENST00000652067.1, intron 3 of 6)	105372956	ENST00000617077.1	124676	LOC105372956	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	23463336	23464402	1067	*	Distal Intergenic	6660	ENST00000396007.6	120210	SOX5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000976,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001502,GO:0002062,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0006366,GO:0032332,GO:0032332,GO:0045165,GO:0051216,GO:0055059,GO:0061036,GO:0071560,GO:2000741	NA
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chr1	225280075	225280806	732	*	Intron (ENST00000445597.6/127602, intron 34 of 60)	127602	ENST00000450490.1	29412	DNAH14	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005858,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030286,GO:0045505,GO:0051959,GO:0060285	hsa05014,hsa05016,hsa05022
chr1	226947973	226948471	499	*	Intron (ENST00000676884.1/5664, intron 19 of 27)	56997	ENST00000489044.1	7594	COQ8A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004672,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005739,GO:0006468,GO:0006744,GO:0006744,GO:0006744,GO:0016021,GO:0016301,GO:0016301,GO:0016310,GO:0031314,GO:0043531	NA
chr12	29108864	29109120	257	*	Distal Intergenic	55711	ENST00000686974.1	-39896	FAR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005777,GO:0005779,GO:0005782,GO:0006629,GO:0010025,GO:0016491,GO:0035336,GO:0035336,GO:0043231,GO:0080019,GO:0080019,GO:0102965	hsa04146
chr1	229267467	229267703	237	*	Exon (ENST00000660017.1/105373159, exon 2 of 2)	105373159	ENST00000429227.1	3300	LOC105373159	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	229743464	229743705	242	*	Distal Intergenic	9816	ENST00000434387.1	92617	URB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005730,GO:0005730,GO:0016235,GO:0030496,GO:0042254	NA
chr12	30867556	30868202	647	*	Intron (ENST00000648700.1/100287314, intron 2 of 2)	65981	ENST00000684863.1	-44254	CAPRIN2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0005102,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005886,GO:0017148,GO:0030308,GO:0032092,GO:0033138,GO:0043235,GO:0045944,GO:0046872,GO:0050775,GO:0061003,GO:0090263	NA
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chr1	231670654	231671081	428	*	Exon (ENST00000411054.1/ENST00000411054.1, exon 1 of 1)	27185	ENST00000602600.1	-13671	DISC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0001764,GO:0001764,GO:0001954,GO:0002052,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005783,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0008021,GO:0010975,GO:0010976,GO:0014069,GO:0019894,GO:0021846,GO:0021852,GO:0030177,GO:0030286,GO:0031929,GO:0032091,GO:0036064,GO:0044297,GO:0044877,GO:0045111,GO:0045111,GO:0045773,GO:0048471,GO:0051560,GO:0051602,GO:0051966,GO:0060070,GO:0060090,GO:0060271,GO:0060998,GO:0071539,GO:0090128,GO:0090724,GO:0097546,GO:1905515,GO:2000060	NA
chr1	233219927	233220174	248	*	Promoter (1-2kb)	80003	ENST00000517808.1	-1838	PCNX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	33477387	33477705	319	*	Distal Intergenic	341359	ENST00000228567.7	-37568	SYT10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0001786,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005544,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007608,GO:0014059,GO:0016021,GO:0016079,GO:0016192,GO:0017156,GO:0017158,GO:0019905,GO:0030276,GO:0030658,GO:0045956,GO:0070382,GO:0070382,GO:0071277,GO:0098793	NA
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chr1	237195552	237195788	237	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 1 of 104)	6262	ENST00000366574.7	153368	RYR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001666,GO:0002027,GO:0003143,GO:0003220,GO:0003300,GO:0005219,GO:0005219,GO:0005262,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005516,GO:0005790,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006816,GO:0006874,GO:0010460,GO:0010881,GO:0010881,GO:0010882,GO:0014701,GO:0014808,GO:0014808,GO:0014850,GO:0015278,GO:0015278,GO:0016020,GO:0016529,GO:0019722,GO:0019899,GO:0030018,GO:0030018,GO:0030018,GO:0030659,GO:0031000,GO:0032991,GO:0033017,GO:0033017,GO:0033017,GO:0034220,GO:0034236,GO:0034237,GO:0034704,GO:0034704,GO:0035584,GO:0035994,GO:0042383,GO:0042802,GO:0043621,GO:0043924,GO:0044325,GO:0048763,GO:0048763,GO:0051209,GO:0051209,GO:0051209,GO:0051284,GO:0051480,GO:0051775,GO:0055117,GO:0060048,GO:0060402,GO:0070296,GO:0071313,GO:0071313,GO:0071872,GO:0071872,GO:0072599,GO:0086005,GO:0086029,GO:0086064,GO:0097050,GO:0098735,GO:0098904,GO:0098907,GO:0098910,GO:0098911,GO:1901896,GO:1903779	hsa04020,hsa04024,hsa04260,hsa04261,hsa04371,hsa04713,hsa04911,hsa04921,hsa04972,hsa05020,hsa05022,hsa05410,hsa05412,hsa05414,hsa05415
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chr12	37605601	37606029	429	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-710733	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	73271433	73272167	735	*	Distal Intergenic	101928137	ENST00000550723.1	112243	LINC02444	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	105483150	105483628	479	*	Intron (ENST00000559369.5/267012, intron 4 of 5)	267012	ENST00000471432.3	16041	DAOA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005739,GO:0005794,GO:0008047,GO:0019899,GO:0043085,GO:0048471,GO:1900758	NA
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chr13	29092654	29093196	543	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 4 of 15)	23281	ENST00000255289.5	20670	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
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chr14	80685512	80686048	537	*	Intron (ENST00000554502.5/145508, intron 8 of 14)	145508	ENST00000554728.1	75544	CEP128	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000922,GO:0005737,GO:0005814,GO:0008104,GO:0120103	NA
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chr10	82840157	82840419	263	*	Intron (ENST00000372141.7/10718, intron 3 of 8)	10718	ENST00000537893.1	40415	NRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0005102,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007171,GO:0007389,GO:0008083,GO:0021842,GO:0030297,GO:0030971,GO:0035556,GO:0045499,GO:0048513,GO:0050804,GO:0060596,GO:0098978,GO:2001223	hsa04012,hsa05014
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chr1	110987490	110987770	281	*	Distal Intergenic	55791	ENST00000485275.2	-23525	LRIF1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000781,GO:0001740,GO:0005515,GO:0005654,GO:0006355,GO:0009048,GO:0016363,GO:0034451,GO:0042974	NA
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chr11	125810733	125811112	380	*	Distal Intergenic	399968	ENST00000525411.1	-22204	PATE4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001669,GO:0005615,GO:0030548,GO:0099601	NA
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chr11	29522451	29522774	324	*	Intron (ENST00000668970.1/ENST00000668970.1, intron 2 of 2)	105376605	ENST00000525097.1	71521	LINC02755	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	29902396	29902619	224	*	Intron (ENST00000528553.2/105376605, intron 1 of 6)	106456574	ENST00000561816.1	79773	LINC01616	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	30946032	30946451	420	*	Intron (ENST00000684477.1/341019, intron 21 of 38)	341019	ENST00000444572.6	-20624	DCDC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005874,GO:0007049,GO:0008017,GO:0030246,GO:0030496,GO:0035556,GO:0051301,GO:0072686,GO:0090543,GO:1902412	NA
chr11	38220528	38220790	263	*	Distal Intergenic	105376633	ENST00000532562.1	281927	LINC02760	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	41637287	41637588	302	*	Intron (ENST00000526978.5/105376640, intron 2 of 6)	105376640	ENST00000531210.1	74820	LINC02741	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	147684759	147684982	224	*	Distal Intergenic	51205	ENST00000583509.7	-14235	ACP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002244,GO:0003993,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0006644,GO:0006654,GO:0016311,GO:0016791,GO:0052642,GO:0052642,GO:0052642,GO:2001311,GO:2001311	NA
chr1	147687019	147687306	288	*	Distal Intergenic	51205	ENST00000583509.7	-16495	ACP6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002244,GO:0003993,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0006644,GO:0006654,GO:0016311,GO:0016791,GO:0052642,GO:0052642,GO:0052642,GO:2001311,GO:2001311	NA
chr11	70920302	70920929	628	*	Intron (ENST00000601538.6/22941, intron 10 of 25)	22941	ENST00000645599.1	-23735	SHANK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001750,GO:0001917,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005829,GO:0005883,GO:0005886,GO:0007416,GO:0007610,GO:0007612,GO:0008284,GO:0008328,GO:0008328,GO:0014069,GO:0014069,GO:0016324,GO:0017124,GO:0030160,GO:0030160,GO:0030426,GO:0030534,GO:0031526,GO:0035176,GO:0035255,GO:0035255,GO:0035331,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043197,GO:0043197,GO:0045211,GO:0045211,GO:0048854,GO:0051124,GO:0051968,GO:0060170,GO:0060291,GO:0060291,GO:0060292,GO:0060997,GO:0060999,GO:0071625,GO:0097107,GO:2000311,GO:2000463	hsa04724
chr1	174135923	174136181	259	*	Intron (ENST00000665650.1/102724601, intron 2 of 2)	102724601	ENST00000656058.1	22811	RABGAP1L-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	91409544	91409877	334	*	Distal Intergenic	105369427	ENST00000526509.2	251520	LINC02748	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	94893874	94894102	229	*	Intron (ENST00000545958.1/ENST00000545958.1, intron 1 of 1)	154810	ENST00000537191.1	29046	AMOTL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0003365,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005923,GO:0005923,GO:0008180,GO:0016055,GO:0030036,GO:0030334,GO:0031410,GO:0035329,GO:0035329,GO:0042802	hsa04530
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chr11	9656300	9656523	224	*	Distal Intergenic	23075	ENST00000447399.6	-7554	SWAP70	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005886,GO:0007204,GO:0015629,GO:0030027,GO:0030835,GO:0032233,GO:0032880,GO:0033633,GO:0045190,GO:0045296,GO:0051017,GO:0060754,GO:1902309	NA
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chr12	17725118	17725403	286	*	Distal Intergenic	100616279	ENST00000637126.1	51819	MIR3974	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	221894485	221894738	254	*	Intron (ENST00000433576.5/105372950, intron 3 of 4)	105372950	ENST00000433576.5	23974	LINC02257	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	109789941	109790193	253	*	Intron (ENST00000667432.1/105369482, intron 2 of 4)	105369482	ENST00000534252.2	33654	LINC02715	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	87534350	87534746	397	*	Intron (ENST00000436290.2/642345, intron 1 of 5)	642345	ENST00000450888.6	-73381	MIR4500HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	96446816	96447039	224	*	Intron (ENST00000376705.4/266722, intron 1 of 1)	100616137	ENST00000635771.1	19587	MIR4501	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	40890174	40890485	312	*	Intron (ENST00000651539.1/105370467, intron 10 of 10)	644919	ENST00000651006.1	-64208	LINC02315	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	86170095	86170482	388	*	Distal Intergenic	101928767	ENST00000655493.1	42368	LINC02328	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	95824705	95824952	248	*	Distal Intergenic	100507043	ENST00000687554.1	-41635	TUNAR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	24670631	24670946	316	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	23742	ENST00000329468.5	-4829	NPAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005637,GO:0005643,GO:0005654,GO:0006405,GO:0006606,GO:0007275,GO:0007283,GO:0008139,GO:0017056,GO:0030154	NA
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chr1	114479105	114479952	848	*	Intron (ENST00000358465.7/51592, intron 1 of 19)	51592	ENST00000448034.5	-15869	TRIM33	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0003677,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0008270,GO:0016567,GO:0016567,GO:0017015,GO:0030514,GO:0045892,GO:0070410,GO:0070412	NA
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chr11	30066782	30067495	714	*	Intron (ENST00000669123.1/105376607, intron 2 of 2)	105376607	ENST00000527819.1	16848	ARL14EP-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	38615554	38616187	634	*	Distal Intergenic	103312105	ENST00000662265.1	30155	LINC02759	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	42219599	42220061	463	*	Intron (ENST00000525641.5/100507205, intron 2 of 3)	100507205	ENST00000530387.5	19674	LINC02740	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	43481216	43481758	543	*	Intron (ENST00000039989.9/55761, intron 21 of 23)	55761	ENST00000529140.1	-8039	TTC17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0015629,GO:0015629,GO:0030041,GO:0030041,GO:0044782,GO:0044782	NA
chr11	48840867	48841090	224	*	Distal Intergenic	120824	ENST00000534741.3	142795	TRIM51GP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	50221629	50222330	702	*	Intron (ENST00000660530.1/ENST00000660530.1, intron 1 of 2)	441601	ENST00000531666.4	73004	SEPTIN7P11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	56219285	56219594	310	*	Distal Intergenic	219464	ENST00000641661.1	14661	OR5T2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004984,GO:0004993,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007187,GO:0007268,GO:0030425,GO:0030594,GO:0045202,GO:0050911,GO:0098664	hsa04740
chr11	58035532	58036079	548	*	Intron (ENST00000335397.3/219956, intron 1 of 2)	219952	ENST00000302622.4	4579	OR6Q1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	60717122	60717779	658	*	Distal Intergenic	728588	ENST00000529108.5	-11525	MS4A18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr11	62225229	62225455	227	*	Intron (ENST00000529875.1/ENST00000529875.1, intron 1 of 2)	4246	ENST00000244930.6	16556	SCGB2A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005615,GO:0030521,GO:0030521	NA
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chr1	166439638	166439995	358	*	Intron (ENST00000448643.1/ENST00000448643.1, intron 2 of 2)	105371590	ENST00000662326.1	50101	LINC01675	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	170207144	170207608	465	*	Promoter (2-3kb)	105371609	ENST00000661826.1	2523	LINC01681	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	173567394	173567655	262	*	Intron (ENST00000431459.1/730159, intron 1 of 2)	284525	ENST00000466087.1	9096	SLC9C2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0015385,GO:0015386,GO:0016021,GO:0051453,GO:0071805,GO:0098656,GO:0098719,GO:1902600	NA
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chr1	1771198	1771743	546	*	Intron (ENST00000341426.9/65220, intron 1 of 11)	65220	ENST00000492768.5	6676	NADK	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003951,GO:0003951,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005829,GO:0006741,GO:0016310,GO:0019674,GO:0035774,GO:0046034,GO:0046872	hsa00760,hsa01100,hsa01240
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chr1	187833764	187834120	357	*	Distal Intergenic	106144535	ENST00000667298.1	526273	LINC01037	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	189548174	189548402	229	*	Distal Intergenic	107985456	ENST00000419614.1	-227063	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	191127535	191128086	552	*	Intron (ENST00000648197.1/ENST00000648197.1, intron 1 of 5)	105371660	ENST00000434983.2	100381	LINC01680	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	94100302	94100767	466	*	Intron (ENST00000315765.10/341208, intron 13 of 19)	24145	ENST00000227638.8	-28074	PANX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002020,GO:0002931,GO:0005102,GO:0005198,GO:0005262,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005921,GO:0006812,GO:0006812,GO:0006816,GO:0007267,GO:0016020,GO:0016021,GO:0022829,GO:0022840,GO:0032059,GO:0032730,GO:0032731,GO:0032991,GO:0033198,GO:0044325,GO:0048477,GO:0051015,GO:0055077,GO:0070588,GO:0097110	hsa04621
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chr1	194754999	194755347	349	*	Distal Intergenic	105371672	ENST00000657207.1	1008078	LOC105371672	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	195587051	195587666	616	*	Distal Intergenic	105371672	ENST00000657207.1	175759	LOC105371672	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	97373116	97373558	443	*	Distal Intergenic	105369454	ENST00000526385.5	569204	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	197700465	197701334	870	*	Intron (ENST00000620048.6/163486, intron 3 of 22)	163486	ENST00000294738.5	34195	DENND1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006897,GO:0015031,GO:0016607,GO:0016607,GO:0030136,GO:0031267,GO:0032456,GO:0032456,GO:0035745,GO:0035745,GO:0043231,GO:0043547,GO:0050776,GO:0050852,GO:0050852,GO:1901981	NA
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chr12	118481850	118482161	312	*	Distal Intergenic	64426	ENST00000360286.2	78349	SUDS3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000122,GO:0004407,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006915,GO:0016575,GO:0016575,GO:0016579,GO:0016580,GO:0016604,GO:0019899,GO:0021762,GO:0042826,GO:0042826,GO:0043065,GO:0045892,GO:0070822	NA
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chr12	126920121	126920407	287	*	Intron (ENST00000660214.1/101927592, intron 3 of 3)	101927592	ENST00000669743.1	7344	LINC02405	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	128510101	128510414	314	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 2 of 8)	100500817	ENST00000579753.1	216009	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129185933	129186391	459	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 5 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	-22210	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129458596	129458827	232	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	249995	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129491644	129491867	224	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	283043	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	12974128	12974353	226	*	Intron (ENST00000543515.8/100506314, intron 1 of 2)	50865	ENST00000540916.1	5442	HEBP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005737,GO:0007186,GO:0007623,GO:0020037,GO:0020037,GO:0070062	NA
chr12	129777315	129777697	383	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 1 of 8)	121256	ENST00000422113.7	126328	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
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chr11	45038085	45038323	239	*	Intron (ENST00000654627.1/105376650, intron 1 of 2)	105376650	ENST00000654627.1	29819	LOC105376650	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	81679546	81679836	291	*	Distal Intergenic	100422823	ENST00000581016.1	211000	MIR4300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	81738513	81738745	233	*	Distal Intergenic	100507201	ENST00000641468.1	-271045	LINC01815	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	3394380	3394716	337	*	Intron (ENST00000420000.6/ENST00000420000.6, intron 2 of 4)	51185	ENST00000639284.1	-214653	CRBN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0016020,GO:0016567,GO:0016567,GO:0016567,GO:0031464,GO:0031464,GO:0043161,GO:0046872	NA
chr6	97519261	97519503	243	*	Intron (ENST00000457513.2/101927314, intron 5 of 5)	101927314	ENST00000668841.1	78408	LOC101927314	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr9	34754679	34754902	224	*	Intron (ENST00000664167.1/ENST00000664167.1, intron 1 of 1)	259308	ENST00000378788.4	-25191	FAM205A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005634,GO:0016021	NA
chrX	83784797	83785065	269	*	Distal Intergenic	1538	ENST00000621735.4	-76061	CYLC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005198,GO:0005200,GO:0005634,GO:0007010,GO:0007275,GO:0007283,GO:0030154,GO:0033150,GO:0043159,GO:0043159	NA
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chr2	149429501	149430094	594	*	Intron (ENST00000409381.5/130574, intron 1 of 4)	130574	ENST00000392854.4	61789	LYPD6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005886,GO:0030548,GO:0030550,GO:0030550,GO:0031225,GO:0043005,GO:0045121,GO:0045202,GO:0090263,GO:0099601,GO:2000272	NA
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chr10	108148552	108148896	345	*	Intron (ENST00000627225.2/103695365, intron 2 of 5)	103695365	ENST00000631100.1	19073	LINC01435	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	111049634	111049857	224	*	Distal Intergenic	150	ENST00000280155.4	-27172	ADRA2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001819,GO:0004930,GO:0004938,GO:0004938,GO:0004938,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006940,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007193,GO:0007265,GO:0007266,GO:0008284,GO:0010700,GO:0010700,GO:0016323,GO:0019229,GO:0019901,GO:0030036,GO:0030168,GO:0030335,GO:0031692,GO:0031696,GO:0031996,GO:0032147,GO:0032148,GO:0032795,GO:0032811,GO:0032870,GO:0035624,GO:0042593,GO:0042596,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043235,GO:0043268,GO:0043406,GO:0043410,GO:0045741,GO:0045955,GO:0046676,GO:0046982,GO:0046982,GO:0050796,GO:0050892,GO:0050995,GO:0051044,GO:0051379,GO:0051379,GO:0051380,GO:0051926,GO:0061179,GO:0071875,GO:0071880,GO:0071880,GO:0071881,GO:0071882,GO:0090303,GO:0098691,GO:1901020,GO:2000300	hsa04022,hsa04080
chr10	115192433	115192671	239	*	Intron (ENST00000355044.8/26033, intron 8 of 28)	26033	ENST00000524503.1	21180	ATRNL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005604,GO:0007186,GO:0009887,GO:0009888,GO:0016021,GO:0016477,GO:0030246,GO:0034446	NA
chr10	119864060	119864346	287	*	Intron (ENST00000360003.7/79892, intron 1 of 15)	79892	ENST00000495407.1	-5823	MCMBP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003682,GO:0003682,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006261,GO:0006261,GO:0007062,GO:0030054,GO:0042555,GO:0051301	NA
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chr10	18375988	18376398	411	*	Intron (ENST00000324631.13/783, intron 2 of 13)	783	ENST00000652391.1	9082	CACNB2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005262,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005891,GO:0005891,GO:0007268,GO:0007528,GO:0007601,GO:0008331,GO:0051015,GO:0051928,GO:0061337,GO:0070509,GO:0070588,GO:0072659,GO:0086007,GO:0086045,GO:0086056,GO:0086091,GO:0098684,GO:0098793,GO:0098912,GO:0099635,GO:0099703,GO:1901385,GO:1901843,GO:1904879,GO:1990454	hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414
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chr10	5199467	5199709	243	*	Promoter (2-3kb)	1109	ENST00000263126.3	2630	AKR1C4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001523,GO:0001758,GO:0004032,GO:0004033,GO:0004303,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006693,GO:0006699,GO:0008202,GO:0008209,GO:0009055,GO:0015125,GO:0015721,GO:0016229,GO:0016655,GO:0022900,GO:0030283,GO:0032052,GO:0035410,GO:0042448,GO:0044597,GO:0044597,GO:0044598,GO:0044598,GO:0047023,GO:0047023,GO:0047024,GO:0047044,GO:0047086,GO:0047743,GO:0070062,GO:0071395	hsa00120,hsa00140,hsa01100
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chr10	797949	798267	319	*	Distal Intergenic	23185	ENST00000469487.2	17448	LARP4B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0003730,GO:0005515,GO:0005730,GO:0005829,GO:0010494,GO:0016020,GO:0042788,GO:0045727,GO:1905870	NA
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chr1	102884555	102884916	362	*	Promoter (<=1kb)	1301	ENST00000639098.1	0	COL11A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001502,GO:0001503,GO:0002063,GO:0005201,GO:0005201,GO:0005576,GO:0005592,GO:0005592,GO:0005592,GO:0005615,GO:0005788,GO:0006029,GO:0007601,GO:0007605,GO:0008201,GO:0030020,GO:0030198,GO:0030198,GO:0030199,GO:0030674,GO:0031012,GO:0035987,GO:0035989,GO:0042472,GO:0046872,GO:0048704,GO:0050840,GO:0050910,GO:0055010,GO:0062023,GO:1904399	hsa04974
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chr1	107214813	107215036	224	*	Intron (ENST00000370073.6/22854, intron 2 of 7)	22854	ENST00000477948.1	-45767	NTNG1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0009887,GO:0009888,GO:0010975,GO:0016477,GO:0034446,GO:0043256,GO:0046658,GO:0050804,GO:0050839,GO:0070831,GO:0098632,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099029,GO:0099560,GO:0150011,GO:2001222	hsa04360,hsa04514
chr11	11052850	11053130	281	*	Intron (ENST00000647635.1/105376550, intron 1 of 6)	105376550	ENST00000647635.1	31967	LINC02752	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	114690628	114690868	241	*	Intron (ENST00000389586.6/120406, intron 2 of 5)	120406	ENST00000389586.6	12101	NXPE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016021	NA
chr11	127699742	127699965	224	*	Distal Intergenic	105369563	ENST00000670942.1	-395793	LINC02725	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	127948000	127948267	268	*	Distal Intergenic	105369563	ENST00000670942.1	-147491	LINC02725	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	131433221	131433496	276	*	Intron (ENST00000374791.7/50863, intron 1 of 7)	50863	ENST00000550167.5	-21967	NTM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0008038,GO:0031225	NA
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chr11	56296648	56296923	276	*	Exon (ENST00000529291.1/ENST00000529291.1, exon 1 of 1)	219469	ENST00000641600.1	-4394	OR8H1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	56825728	56825978	251	*	Distal Intergenic	101927120	ENST00000532274.5	-22500	LINC02735	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	58417952	58418228	277	*	Distal Intergenic	390190	ENST00000641342.2	9893	OR5B2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	158660253	158660782	530	*	Promoter (<=1kb)	6708	ENST00000647256.1	691	SPTA1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0002260,GO:0005200,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005829,GO:0006779,GO:0006888,GO:0007009,GO:0007015,GO:0007411,GO:0008091,GO:0008360,GO:0014731,GO:0015629,GO:0030097,GO:0030424,GO:0031235,GO:0032092,GO:0032437,GO:0042102,GO:0051015,GO:0051693	hsa04210
chr11	5933069	5933774	706	*	Intron (ENST00000412903.1/85363, intron 2 of 4)	85363	ENST00000412903.1	4845	TRIM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000209,GO:0000932,GO:0002218,GO:0003713,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006914,GO:0008270,GO:0010468,GO:0010508,GO:0016032,GO:0016567,GO:0019901,GO:0019901,GO:0030674,GO:0031664,GO:0032880,GO:0032880,GO:0038187,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043123,GO:0043410,GO:0045087,GO:0045087,GO:0045893,GO:0046596,GO:0046597,GO:0051091,GO:0051092,GO:0051092,GO:0051607,GO:0060333,GO:0061630,GO:0070534,GO:1902187,GO:1990462	hsa05170
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chr1	227823348	227823578	231	*	Intron (ENST00000366757.4/339501, intron 3 of 4)	339501	ENST00000366757.4	7673	PRSS38	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508	NA
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chr12	29062411	29062701	291	*	Distal Intergenic	55711	ENST00000686974.1	-86315	FAR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005777,GO:0005779,GO:0005782,GO:0006629,GO:0010025,GO:0016491,GO:0035336,GO:0035336,GO:0043231,GO:0080019,GO:0080019,GO:0102965	hsa04146
chr12	30139249	30139536	288	*	Distal Intergenic	105369717	ENST00000551202.1	157128	LINC02386	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	231663050	231663559	510	*	Intron (ENST00000647072.1/100303453, intron 6 of 7)	27185	ENST00000602600.1	-21193	DISC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000226,GO:0001764,GO:0001764,GO:0001954,GO:0002052,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005783,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0008021,GO:0010975,GO:0010976,GO:0014069,GO:0019894,GO:0021846,GO:0021852,GO:0030177,GO:0030286,GO:0031929,GO:0032091,GO:0036064,GO:0044297,GO:0044877,GO:0045111,GO:0045111,GO:0045773,GO:0048471,GO:0051560,GO:0051602,GO:0051966,GO:0060070,GO:0060090,GO:0060271,GO:0060998,GO:0071539,GO:0090128,GO:0090724,GO:0097546,GO:1905515,GO:2000060	NA
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chr1	233841194	233841513	320	*	Distal Intergenic	148641	ENST00000366618.8	-63163	SLC35F3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0015888,GO:0015888,GO:0016021	NA
chr1	234440248	234441062	815	*	Intron (ENST00000040877.2/6894, intron 12 of 29)	6894	ENST00000463793.1	-19434	TARBP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0005634,GO:0006357,GO:0016423,GO:0030488	NA
chr12	37694428	37694687	260	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-622075	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr12	37868797	37869517	721	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-447245	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
chr1	238824021	238824291	271	*	Distal Intergenic	105373222	ENST00000660627.1	-18476	LOC105373222	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	38941728	38942038	311	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000360449.3	-34298	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr1	239503006	239503289	284	*	Intron (ENST00000468573.5/1131, intron 2 of 8)	1131	ENST00000481779.1	94786	CHRM3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003056,GO:0004435,GO:0004993,GO:0005515,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006464,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007187,GO:0007197,GO:0007213,GO:0007268,GO:0007399,GO:0009925,GO:0016907,GO:0016907,GO:0019722,GO:0030425,GO:0030594,GO:0032412,GO:0038023,GO:0042166,GO:0045202,GO:0045211,GO:0045987,GO:0046541,GO:0095500,GO:0098664	hsa04020,hsa04080,hsa04725,hsa04742,hsa04810,hsa04911,hsa04970,hsa04971,hsa04972,hsa05010,hsa05022
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chr1	241582243	241582758	516	*	Intron (ENST00000366558.7/8564, intron 10 of 14)	8564	ENST00000366555.5	13608	KMO	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004502,GO:0004502,GO:0004502,GO:0005615,GO:0005741,GO:0005741,GO:0005829,GO:0006569,GO:0007568,GO:0009651,GO:0016021,GO:0016174,GO:0016174,GO:0019674,GO:0019674,GO:0019805,GO:0034276,GO:0034354,GO:0043420,GO:0050660,GO:0050660,GO:0070189,GO:0070189,GO:0071222,GO:0071347,GO:0071949,GO:0097052,GO:1901216,GO:1903296	hsa00380,hsa01100,hsa01240
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chr12	43327238	43327461	224	*	Distal Intergenic	80070	ENST00000549670.5	112251	ADAMTS20	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004222,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008270,GO:0009967,GO:0030198,GO:0031012,GO:0043066,GO:0045636,GO:0062023	NA
chr12	44467479	44467741	263	*	Distal Intergenic	4753	ENST00000547636.1	55894	NELL2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005737,GO:0008201,GO:0070050	NA
chr1	244520861	244521385	525	*	Intron (ENST00000473875.5/257044, intron 6 of 15)	257044	ENST00000464170.1	59441	CATSPERE	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0036128,GO:0097228	NA
chr1	245252486	245252877	392	*	Intron (ENST00000407071.7/55083, intron 2 of 14)	111216275	ENST00000446321.1	-17985	KIF26B-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	245523192	245523610	419	*	Intron (ENST00000407071.7/55083, intron 4 of 14)	55083	ENST00000366518.4	12190	KIF26B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005871,GO:0005874,GO:0007018,GO:0008017,GO:0016887,GO:0022409,GO:0030010,GO:0072092	NA
chr12	45527373	45527962	590	*	Intron (ENST00000551229.3/105369743, intron 2 of 5)	105369743	ENST00000551229.3	82628	LOC105369743	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	46793988	46794375	388	*	Intron (ENST00000667191.1/100288798, intron 2 of 2)	55089	ENST00000550670.1	-24684	SLC38A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003333,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006814,GO:0006865,GO:0015171,GO:0015171,GO:0015293	NA
chr12	47051933	47052435	503	*	Distal Intergenic	91523	ENST00000432328.2	-27168	PCED1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
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chr7	37412839	37413201	363	*	Intron (ENST00000310758.9/9844, intron 1 of 21)	9844	ENST00000463390.1	35655	ELMO1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005085,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006911,GO:0006915,GO:0007015,GO:0016020,GO:0016477,GO:0016601,GO:0017124,GO:0030036,GO:0032045,GO:0032045,GO:0038096,GO:0048010,GO:0048870,GO:0048870,GO:0050690,GO:0050790	hsa04062,hsa05100,hsa05131,hsa05132,hsa05135
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chr7	41597900	41598443	544	*	Distal Intergenic	3624	ENST00000464515.1	94121	INHBA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000082,GO:0001541,GO:0001541,GO:0001942,GO:0002244,GO:0005125,GO:0005125,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006357,GO:0006952,GO:0007050,GO:0007166,GO:0007267,GO:0007399,GO:0008083,GO:0008285,GO:0008584,GO:0009611,GO:0010628,GO:0010862,GO:0010862,GO:0017046,GO:0021773,GO:0030154,GO:0030218,GO:0030308,GO:0032270,GO:0032689,GO:0032924,GO:0034711,GO:0035987,GO:0042326,GO:0042476,GO:0042493,GO:0042541,GO:0042701,GO:0042802,GO:0043509,GO:0043512,GO:0044877,GO:0045578,GO:0045648,GO:0045650,GO:0045786,GO:0045893,GO:0045944,GO:0046880,GO:0046881,GO:0046882,GO:0048333,GO:0048471,GO:0060021,GO:0060279,GO:0060395,GO:0061029,GO:0070699,GO:0071372,GO:0071397,GO:0097154,GO:0097191,GO:2001241	hsa04060,hsa04350,hsa04550
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chrX	78718408	78718756	349	*	Distal Intergenic	2846	ENST00000610214.5	-28953	LPAR4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0016604,GO:0035025,GO:0035727,GO:0043231,GO:0051482,GO:0070915	hsa04015,hsa04072,hsa04080,hsa04151,hsa04810,hsa05130,hsa05200
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chrX	80353542	80353765	224	*	Intron (ENST00000538312.5/169966, intron 3 of 4)	169966	ENST00000538312.5	18038	TENT5D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0048255,GO:1990817,GO:1990817	NA
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chr12	57645384	57645607	224	*	Distal Intergenic	2583	ENST00000449184.7	-12145	B4GALNT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0000139,GO:0001574,GO:0001574,GO:0001574,GO:0003947,GO:0003947,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005975,GO:0006687,GO:0007283,GO:0008376,GO:0016020,GO:0019915,GO:0030173,GO:0030259	hsa00604,hsa01100
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chr13	53724916	53725139	224	*	Intron (ENST00000657016.1/ENST00000657016.1, intron 2 of 3)	100861552	ENST00000569422.1	-90280	LINC00558	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	56481300	56481523	224	*	Distal Intergenic	122183	ENST00000377931.1	-659395	PRR20A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	57244089	57244343	255	*	Distal Intergenic	729250	ENST00000434815.1	76892	PRR20E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
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chr13	63964837	63965172	336	*	Intron (ENST00000650541.1/144766, intron 5 of 6)	144766	ENST00000456627.1	110839	LINC00355	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	40116900	40117123	224	*	Intron (ENST00000652126.1/105370462, intron 3 of 7)	105370462	ENST00000553464.2	-99404	LOC105370462	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	58859423	58859673	251	*	Intron (ENST00000648996.1/102723742, intron 5 of 13)	102723742	ENST00000658808.1	-30650	LINC01500	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	87297744	87298024	281	*	Distal Intergenic	105370610	ENST00000557070.1	274998	LINC02296	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	27710533	27710783	251	*	Distal Intergenic	2567	ENST00000451330.2	190561	GABRG3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005237,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0008503,GO:0022851,GO:0030594,GO:0032590,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042493,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0051932,GO:0060078,GO:0098794,GO:0098982,GO:0099699,GO:1902476,GO:1902711,GO:1904315	hsa04080,hsa04723,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr15	54536789	54537120	332	*	Intron (ENST00000647821.1/440279, intron 25 of 31)	440279	ENST00000559093.1	35818	UNC13C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005509,GO:0005516,GO:0005543,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007528,GO:0016081,GO:0016082,GO:0016188,GO:0017075,GO:0019992,GO:0030672,GO:0031594,GO:0031914,GO:0035249,GO:0035556,GO:0042734,GO:0043195,GO:0044305,GO:0048786,GO:0061789,GO:0098688,GO:0098831,GO:0099525	hsa04721
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chr15	99529343	99529620	278	*	Distal Intergenic	4205	ENST00000560493.5	-35797	MEF2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000002,GO:0000122,GO:0000165,GO:0000785,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001085,GO:0001228,GO:0003682,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005829,GO:0006351,GO:0006357,GO:0006915,GO:0007507,GO:0007507,GO:0007517,GO:0010613,GO:0010613,GO:0019901,GO:0030154,GO:0033613,GO:0035035,GO:0042826,GO:0042826,GO:0043565,GO:0045944,GO:0045944,GO:0046326,GO:0046332,GO:0046982,GO:0048311,GO:0048813,GO:0051149,GO:0055005,GO:0061337,GO:0070375,GO:0071277	hsa04022,hsa04371,hsa04928,hsa05418
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chr19	5199550	5199793	244	*	Intron (ENST00000588552.5/5802, intron 29 of 30)	5802	ENST00000589851.1	20223	PTPRS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004721,GO:0004725,GO:0004725,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006470,GO:0006470,GO:0008201,GO:0010977,GO:0021510,GO:0021549,GO:0021766,GO:0021987,GO:0022038,GO:0030285,GO:0030424,GO:0030426,GO:0030517,GO:0032687,GO:0032688,GO:0034164,GO:0035335,GO:0035374,GO:0043204,GO:0043395,GO:0048671,GO:0048681,GO:0050804,GO:0061000,GO:0070062,GO:0090557,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099056,GO:0099061,GO:0099151,GO:0099560,GO:0099560,GO:0099560	NA
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chr20	11527969	11528233	265	*	Distal Intergenic	107985384	ENST00000569833.1	159090	LOC107985384	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	38064076	38064304	229	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-252458	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr15	26706560	26706918	359	*	Intron (ENST00000628124.2/2562, intron 1 of 6)	2562	ENST00000628124.2	9847	GABRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0022851,GO:0022851,GO:0022851,GO:0030594,GO:0030659,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042802,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0060021,GO:0071420,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1904862	hsa04080,hsa04723,hsa04726,hsa04727,hsa05032,hsa05033
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chr15	27406262	27406616	355	*	Intron (ENST00000615808.5/2567, intron 5 of 9)	105370741	ENST00000557025.1	14119	LOC105370741	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr21	44547245	44547660	416	*	Intron (ENST00000323084.9/54084, intron 2 of 11)	386679	ENST00000391621.1	3845	KRTAP10-2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005829,GO:0031424,GO:0045095	NA
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chr2	146830088	146830521	434	*	Intron (ENST00000696349.1/105373669, intron 1 of 4)	105373669	ENST00000656564.1	-7206	LINC01911	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr2	147523336	147523603	268	*	Distal Intergenic	92	ENST00000487959.5	-320914	ACVR2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0001934,GO:0004674,GO:0004674,GO:0004675,GO:0005515,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006468,GO:0007178,GO:0007283,GO:0007368,GO:0007498,GO:0009952,GO:0009986,GO:0010862,GO:0015026,GO:0017002,GO:0019838,GO:0030165,GO:0030501,GO:0030509,GO:0030509,GO:0030509,GO:0032924,GO:0032924,GO:0032927,GO:0034673,GO:0034711,GO:0042713,GO:0043084,GO:0043235,GO:0043235,GO:0043621,GO:0045648,GO:0045669,GO:0045944,GO:0046872,GO:0048179,GO:0048185,GO:0048706,GO:0050999,GO:0060011,GO:0071363,GO:0071773,GO:0098821	hsa04060,hsa04350,hsa04550,hsa05418
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chr2	163522302	163522621	320	*	Distal Intergenic	55137	ENST00000482917.1	213363	FIGN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005815,GO:0005874,GO:0007049,GO:0008022,GO:0008568,GO:0016363,GO:0016887,GO:0031122,GO:0051013,GO:0051301	NA
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chr2	174429397	174429912	516	*	3' UTR	151556	ENST00000459996.1	15510	GPR155	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0016021,GO:0035556,GO:0050890,GO:0055085,GO:0070062	NA
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chr3	161438462	161438703	242	*	Intron (ENST00000473595.1/101243545, intron 2 of 3)	101243545	ENST00000473595.1	12035	LINC02067	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	161613778	161614352	575	*	Intron (ENST00000665274.1/ENST00000665274.1, intron 1 of 1)	131149	ENST00000327928.4	116970	OTOL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005201,GO:0005509,GO:0005576,GO:0005587,GO:0005615,GO:0030198,GO:0031012,GO:0038063,GO:0045299,GO:0051260	NA
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chr3	165111009	165111234	226	*	Distal Intergenic	6476	ENST00000264382.8	-32513	SI	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004553,GO:0004558,GO:0004574,GO:0004575,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005903,GO:0005975,GO:0016021,GO:0016324,GO:0030246,GO:0044245,GO:0070062	hsa00052,hsa00500,hsa01100,hsa04973
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chr3	168773307	168773615	309	*	Intron (ENST00000431685.2/93556, intron 6 of 11)	93556	ENST00000510136.1	-18526	EGFEM1P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr5	121592549	121592772	224	*	Distal Intergenic	94033	ENST00000321339.3	-259110	FTMT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004322,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005759,GO:0006826,GO:0006879,GO:0006879,GO:0006880,GO:0008198,GO:0008199,GO:0008284,GO:0051349,GO:1904231,GO:1904234	hsa04216
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chrX	73709733	73709956	224	*	Distal Intergenic	9383	ENST00000604411.1	-82249	TSIX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chrX	74117032	74117270	239	*	Intron (ENST00000603672.5/100302692, intron 5 of 5)	100302692	ENST00000652609.1	-4698	FTX	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0010628	NA
chrX	74200784	74201087	304	*	Exon (ENST00000603037.2/100302692, exon 7 of 7)	693122	ENST00000365696.4	17374	MIR421	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005615	NA
chrX	75351376	75351775	400	*	Distal Intergenic	139596	ENST00000474175.1	57904	UPRT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005525,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006222,GO:0007565,GO:0007595,GO:0009116,GO:0016310,GO:0032868,GO:0043231	hsa00240,hsa01100
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chr1	13999030	13999391	362	*	Intron (ENST00000636564.1/23254, intron 1 of 2)	23254	ENST00000636203.1	106238	KAZN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001533,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005856,GO:0016607,GO:0030057,GO:0070268	NA
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chr11	40934462	40934749	288	*	Intron (ENST00000528697.6/57689, intron 1 of 6)	57689	ENST00000534577.1	524887	LRRC4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0016020,GO:0016021,GO:0050770,GO:0050804,GO:0050839,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099560	hsa04360,hsa04514
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chr12	73247924	73248210	287	*	Distal Intergenic	101928137	ENST00000550723.1	88734	LINC02444	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	74090403	74090629	227	*	Intron (ENST00000663261.1/100507377, intron 8 of 11)	105369841	ENST00000647598.1	48242	LINC02394	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	112012694	112012918	225	*	Distal Intergenic	100505996	ENST00000663025.1	-43927	SOX1-OT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	112159053	112159388	336	*	Distal Intergenic	101928698	ENST00000561786.1	-37962	LINC01070	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	112410187	112410659	473	*	Intron (ENST00000283550.8/122258, intron 5 of 6)	122258	ENST00000375699.3	27909	SPACA7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001669,GO:0005576,GO:0007338,GO:0043160	NA
chr13	112453776	112454034	259	*	Distal Intergenic	10426	ENST00000469302.1	35789	TUBGCP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000923,GO:0000930,GO:0005198,GO:0005200,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005819,GO:0005827,GO:0005829,GO:0007020,GO:0007020,GO:0007338,GO:0008275,GO:0016020,GO:0031122,GO:0043015,GO:0043015,GO:0051011,GO:0051225,GO:0051321	NA
chr1	31136120	31136656	537	*	Distal Intergenic	79570	ENST00000526106.5	51497	NKAIN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002028,GO:0005886,GO:0016021,GO:0051117	NA
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chr13	19135829	19136098	270	*	Intron (ENST00000425713.1/ENST00000425713.1, intron 6 of 6)	107984132	ENST00000657315.1	-17514	LOC107984132	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	19884555	19884778	224	*	Distal Intergenic	9205	ENST00000337963.9	-20906	ZMYM5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0005515,GO:0005634,GO:0008270	NA
chr13	20010220	20010443	224	*	Intron (ENST00000382881.7/7750, intron 7 of 7)	7750	ENST00000382883.7	-13951	ZMYM2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0008150,GO:0008270,GO:0016605,GO:0031624	NA
chr13	20454249	20454880	632	*	Intron (ENST00000643035.1/51084, intron 5 of 9)	51084	ENST00000645525.1	-14345	CRYL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003857,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006631,GO:0016616,GO:0019640,GO:0042803,GO:0050104,GO:0050104,GO:0070062,GO:0070403	hsa00040,hsa01100
chr13	20565793	20566021	229	*	Promoter (<=1kb)	105370103	ENST00000615483.4	814	LOC105370103	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	21121336	21121673	338	*	Distal Intergenic	10284	ENST00000382533.9	-18446	SAP18	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000118,GO:0000381,GO:0000381,GO:0003714,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006357,GO:0006397,GO:0008134,GO:0008380,GO:0016604,GO:0016607,GO:0035145,GO:0043065,GO:0045892,GO:0048025,GO:0061574	hsa03013,hsa03015
chr13	21427678	21427973	296	*	Intron (ENST00000400590.8/253832, intron 1 of 12)	253832	ENST00000494731.5	-6571	ZDHHC20	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006612,GO:0008270,GO:0016020,GO:0016409,GO:0018215,GO:0018230,GO:0018230,GO:0018345,GO:0019706,GO:0019706,GO:0030173,GO:0043231,GO:0048471	NA
chr13	21471685	21472016	332	*	Distal Intergenic	253832	ENST00000542645.5	-12315	ZDHHC20	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006612,GO:0008270,GO:0016020,GO:0016409,GO:0018215,GO:0018230,GO:0018230,GO:0018345,GO:0019706,GO:0019706,GO:0030173,GO:0043231,GO:0048471	NA
chr13	21644138	21644737	600	*	Intron (ENST00000701135.1/ENST00000701135.1, intron 2 of 2)	2254	ENST00000382353.6	-26336	FGF9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001934,GO:0005104,GO:0005576,GO:0005604,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005737,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008083,GO:0008201,GO:0008284,GO:0008284,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008543,GO:0008584,GO:0009887,GO:0010628,GO:0021762,GO:0030154,GO:0030324,GO:0030334,GO:0043410,GO:0050679,GO:0051781,GO:0051897,GO:1904707,GO:1904707,GO:1904754,GO:1905931	hsa04010,hsa04014,hsa04015,hsa04020,hsa04151,hsa04810,hsa05200,hsa05218,hsa05224,hsa05226
chr13	22618543	22618902	360	*	Distal Intergenic	105370109	ENST00000686188.1	-265261	LOC105370109	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	32305202	32305664	463	*	Intron (ENST00000373548.8/3065, intron 2 of 13)	3065	ENST00000472928.5	13041	HDAC1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000118,GO:0000118,GO:0000122,GO:0000122,GO:0000122,GO:0000122,GO:0000785,GO:0000785,GO:0000792,GO:0000978,GO:0000979,GO:0001046,GO:0001085,GO:0001103,GO:0002039,GO:0003714,GO:0004407,GO:0004407,GO:0004407,GO:0004407,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006325,GO:0006338,GO:0006346,GO:0006357,GO:0006476,GO:0007492,GO:0007596,GO:0008134,GO:0008134,GO:0008284,GO:0009913,GO:0010629,GO:0010832,GO:0016575,GO:0016580,GO:0016581,GO:0019213,GO:0019899,GO:0021766,GO:0030182,GO:0031492,GO:0032041,GO:0032922,GO:0032991,GO:0032991,GO:0033558,GO:0033558,GO:0033613,GO:0035851,GO:0042475,GO:0042733,GO:0042826,GO:0043025,GO:0043044,GO:0043066,GO:0043066,GO:0043124,GO:0043922,GO:0045652,GO:0045892,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045944,GO:0045944,GO:0047485,GO:0048714,GO:0051059,GO:0052548,GO:0060766,GO:0060789,GO:0061029,GO:0061198,GO:0070491,GO:0070888,GO:0070932,GO:0070932,GO:0070933,GO:0070933,GO:0090090,GO:1900221,GO:1901796,GO:1904837,GO:1990841,GO:2000273,GO:2001243	hsa04110,hsa04213,hsa04330,hsa04613,hsa04919,hsa05016,hsa05031,hsa05034,hsa05165,hsa05169,hsa05200,hsa05202,hsa05203,hsa05206,hsa05220
chr13	24555002	24555245	244	*	Intron (ENST00000445572.5/374491, intron 3 of 9)	374491	ENST00000453498.1	-11628	TPTE2P6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	25084668	25084899	232	*	Distal Intergenic	5042	ENST00000281589.5	-11237	PABPC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0003730,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0008143,GO:0008143,GO:0008266,GO:0010494,GO:0016071,GO:0070062,GO:1990904	hsa03013,hsa03015,hsa03018
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chr13	25179689	25180065	377	*	Promoter (<=1kb)	101928922	ENST00000691184.1	0	LINC00463	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	25467140	25467553	414	*	Promoter (1-2kb)	51761	ENST00000682580.1	-1260	ATP8A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0001750,GO:0003011,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0007568,GO:0008285,GO:0010842,GO:0010976,GO:0010996,GO:0016021,GO:0016887,GO:0040018,GO:0042472,GO:0042755,GO:0043588,GO:0045332,GO:0048666,GO:0050884,GO:0050908,GO:0060052,GO:0061092,GO:0090555,GO:0140326,GO:0140331,GO:0140346	NA
chr13	25514442	25514672	231	*	Intron (ENST00000381655.7/51761, intron 2 of 36)	51761	ENST00000683845.1	21494	ATP8A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0001750,GO:0003011,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007409,GO:0007568,GO:0008285,GO:0010842,GO:0010976,GO:0010996,GO:0016021,GO:0016887,GO:0040018,GO:0042472,GO:0042755,GO:0043588,GO:0045332,GO:0048666,GO:0050884,GO:0050908,GO:0060052,GO:0061092,GO:0090555,GO:0140326,GO:0140331,GO:0140346	NA
chr13	26413050	26413291	242	*	Intron (ENST00000700505.1/1024, intron 10 of 10)	1024	ENST00000480323.1	12977	CDK8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004672,GO:0004693,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0006367,GO:0006468,GO:0008353,GO:0016592,GO:0016592,GO:0016592,GO:0032991,GO:0045944,GO:0051726	NA
chr13	26579496	26579719	224	*	Intron (ENST00000335327.6/10810, intron 1 of 9)	10810	ENST00000671038.1	21790	WASF3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003779,GO:0005856,GO:0007010,GO:0008360,GO:0014003,GO:0030027,GO:0030032,GO:0030036,GO:0030041,GO:0031209,GO:0031643,GO:0034237,GO:0065003,GO:0070062,GO:0071933,GO:0098794,GO:0098885,GO:0098978,GO:2000601	hsa04520,hsa04666,hsa05130,hsa05132,hsa05231
chr13	26622379	26622660	282	*	Exon (ENST00000626779.2/ENST00000626779.2, exon 2 of 4)	10810	ENST00000496788.1	-19286	WASF3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003779,GO:0005856,GO:0007010,GO:0008360,GO:0014003,GO:0030027,GO:0030032,GO:0030036,GO:0030041,GO:0031209,GO:0031643,GO:0034237,GO:0065003,GO:0070062,GO:0071933,GO:0098794,GO:0098885,GO:0098978,GO:2000601	hsa04520,hsa04666,hsa05130,hsa05132,hsa05231
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chr13	37269772	37270134	363	*	Distal Intergenic	122011	ENST00000379800.4	-164108	CSNK1A1L	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004674,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0016055,GO:0018105,GO:0090090,GO:0106310,GO:0106311	hsa04310,hsa04340,hsa05010,hsa05022,hsa05165,hsa05224,hsa05225,hsa05226
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chr14	90762140	90762363	224	*	Intron (ENST00000328459.11/145567, intron 3 of 19)	145567	ENST00000557187.1	18433	TTC7B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0046854,GO:0046854,GO:0072659,GO:0072659	NA
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chr14	91596529	91596944	416	*	Intron (ENST00000557036.1/79820, intron 8 of 12)	79820	ENST00000556429.1	-3977	CATSPERB	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005929,GO:0007275,GO:0007283,GO:0030154,GO:0032570,GO:0035036,GO:0036128,GO:0036128	NA
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chr1	5777618	5778039	422	*	Distal Intergenic	100616421	ENST00000582517.1	84702	MIR4689	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	75195645	75195940	296	*	Intron (ENST00000652605.1/139596, intron 4 of 13)	22	ENST00000526404.2	-38913	ABCB7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005524,GO:0005743,GO:0005743,GO:0005743,GO:0006879,GO:0015232,GO:0015886,GO:0016021,GO:0016887,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085	hsa02010
chrX	75257041	75257414	374	*	Intron (ENST00000652605.1/139596, intron 4 of 13)	139596	ENST00000531704.5	-16671	UPRT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005525,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006222,GO:0007565,GO:0007595,GO:0009116,GO:0016310,GO:0032868,GO:0043231	hsa00240,hsa01100
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chrX	75395753	75396104	352	*	Intron (ENST00000373367.8/158866, intron 10 of 11)	139596	ENST00000474175.1	102281	UPRT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005525,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006222,GO:0007565,GO:0007595,GO:0009116,GO:0016310,GO:0032868,GO:0043231	hsa00240,hsa01100
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chr6	63140523	63140782	260	*	Distal Intergenic	51557	ENST00000622415.1	179161	LGSN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004356,GO:0005737,GO:0005886,GO:0006542,GO:0016020,GO:0019740	NA
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chr11	85388567	85388837	271	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	238433	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	85395511	85395805	295	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000650630.1	231465	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr11	87166907	87167153	247	*	Intron (ENST00000340353.11/65084, intron 4 of 13)	65084	ENST00000531800.1	95390	TMEM135	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005778,GO:0005811,GO:0007031,GO:0009409,GO:0016021,GO:0031966,GO:0032094,GO:0090140	NA
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chr11	98701574	98701850	277	*	Distal Intergenic	53942	ENST00000524871.6	-319099	CNTN5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007605,GO:0098982,GO:0099026,GO:0099054	NA
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chr1	210607300	210607600	301	*	Intron (ENST00000413764.6/55733, intron 10 of 11)	55733	ENST00000367009.2	167717	HHAT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005525,GO:0005783,GO:0005789,GO:0007224,GO:0007275,GO:0008374,GO:0016021,GO:0016409,GO:0016746,GO:0018345	hsa04340
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chr12	11372647	11372925	279	*	Distal Intergenic	5542	ENST00000500254.6	-17056	PRB1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005576,GO:0008150	hsa04970
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chr12	126328436	126328873	438	*	Intron (ENST00000642569.1/105370059, intron 2 of 9)	101927531	ENST00000536639.1	-30429	LOC101927531	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	126813792	126814015	224	*	Distal Intergenic	387895	ENST00000671627.2	-41273	LINC00944	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128645006	128645229	224	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 4 of 8)	121260	ENST00000545031.5	156472	SLC15A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005290,GO:0005290,GO:0005515,GO:0005765,GO:0005886,GO:0006811,GO:0015031,GO:0015333,GO:0015647,GO:0015817,GO:0015835,GO:0031303,GO:0031901,GO:0033023,GO:0034157,GO:0034161,GO:0034165,GO:0035579,GO:0036020,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045089,GO:0048302,GO:0070424,GO:0070430,GO:0070434,GO:0071916,GO:0089708,GO:0140206,GO:1902600,GO:1905103	NA
chr12	129445520	129445743	224	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	236919	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	237308535	237308784	250	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 2 of 104)	100616141	ENST00000584884.1	-162335	MIR4428	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	38809945	38810476	532	*	Intron (ENST00000331366.10/144402, intron 6 of 19)	144402	ENST00000551855.1	-42228	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
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chr1	247014063	247014304	242	*	Intron (ENST00000465049.6/100533111, intron 1 of 6)	57116	ENST00000487338.6	-5970	ZNF695	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr1	29608071	29608455	385	*	Distal Intergenic	101928460	ENST00000417651.1	-257957	LINC01756	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	99568710	99568937	228	*	Intron (ENST00000547776.6/56899, intron 9 of 25)	196472	ENST00000324341.2	-78816	FAM71C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr13	107889080	107889434	355	*	Intron (ENST00000663056.1/ENST00000663056.1, intron 1 of 1)	728215	ENST00000375915.4	-21584	FAM155A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0015275,GO:0016021,GO:0098703	NA
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chr13	21808317	21808547	231	*	Distal Intergenic	100874182	ENST00000654346.1	68118	LINC00424	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	29049595	29050073	479	*	Intron (ENST00000612955.6/23281, intron 4 of 15)	23281	ENST00000255289.5	-21911	MTUS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005881,GO:0008017,GO:0008017,GO:0042803	NA
chr13	38033372	38033595	224	*	Intron (ENST00000617568.2/101929077, intron 4 of 4)	101929077	ENST00000664606.1	98608	LINC02334	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	38797057	38797427	371	*	Intron (ENST00000280481.9/341640, intron 6 of 23)	341640	ENST00000482551.1	-24269	FREM2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001654,GO:0001822,GO:0002009,GO:0005515,GO:0005604,GO:0005886,GO:0007154,GO:0007155,GO:0007507,GO:0016021,GO:0042733,GO:0046872,GO:0048839,GO:0070062	hsa04512
chr13	40260537	40260830	294	*	Intron (ENST00000615947.1/ENST00000615947.1, intron 1 of 3)	400123	ENST00000617777.1	-40035	LINC00548	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	56220682	56220963	282	*	Distal Intergenic	122183	ENST00000377931.1	-919955	PRR20A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	64374855	64375172	318	*	Distal Intergenic	144766	ENST00000650541.1	-298811	LINC00355	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	69552096	69552523	428	*	Distal Intergenic	103689913	ENST00000431686.1	240763	LINC00383	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	84168283	84168538	256	*	Intron (ENST00000653443.1/100874128, intron 1 of 4)	100874128	ENST00000654433.1	27709	LINC00333	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr13	96068437	96068668	232	*	Distal Intergenic	55757	ENST00000621375.5	-14955	UGGT2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003980,GO:0003980,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005788,GO:0005788,GO:0005793,GO:0018279,GO:0032991,GO:0044322,GO:0051082,GO:0071712,GO:0097359,GO:1904380	hsa04141
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chr1	180737174	180737572	399	*	Intron (ENST00000367590.9/9213, intron 2 of 14)	9213	ENST00000498177.1	-99080	XPR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000822,GO:0000822,GO:0001618,GO:0004888,GO:0004930,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006817,GO:0007186,GO:0009615,GO:0015114,GO:0015114,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016036,GO:0030643,GO:0031226,GO:0035435,GO:0038023,GO:0046718	NA
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chr1	190040659	190040945	287	*	Distal Intergenic	339479	ENST00000463404.1	185251	BRINP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005739,GO:0005783,GO:0007050,GO:0007399,GO:0030425,GO:0043025,GO:0045666,GO:0045666,GO:0045930,GO:0045930,GO:0071300,GO:0071300	NA
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chr1	210865383	210865719	337	*	Intron (ENST00000367007.5/3756, intron 7 of 11)	3756	ENST00000639385.1	153471	KCNH1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005249,GO:0005251,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005637,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006813,GO:0007520,GO:0008076,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030551,GO:0031901,GO:0034765,GO:0042127,GO:0042391,GO:0042734,GO:0043204,GO:0043231,GO:0048015,GO:0071277,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098839,GO:1902936	NA
chr12	111354536	111354794	259	*	Distal Intergenic	144717	ENST00000548163.1	8918	PHETA1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001881,GO:0001881,GO:0005515,GO:0005769,GO:0005769,GO:0005802,GO:0005802,GO:0005829,GO:0007032,GO:0007032,GO:0030136,GO:0042147,GO:0042147,GO:0042803,GO:0055037,GO:0055037	NA
chr12	11262977	11263201	225	*	Distal Intergenic	5544	ENST00000539835.1	5538	PRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005576,GO:0008150,GO:0050829	NA
chr12	119052853	119053076	224	*	Intron (ENST00000267260.5/84530, intron 1 of 12)	84530	ENST00000545224.5	-61019	SRRM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000381,GO:0000381,GO:0003729,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006397,GO:0006397,GO:0007399,GO:0007605,GO:0008380,GO:0030154,GO:0042551,GO:0042802,GO:0043484,GO:0043484	NA
chr12	126555440	126555663	224	*	Distal Intergenic	100128554	ENST00000663560.1	86431	LINC02347	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	43457324	43458097	774	*	Intron (ENST00000039989.9/55761, intron 21 of 23)	55761	ENST00000418561.2	6144	TTC17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0015629,GO:0015629,GO:0030041,GO:0030041,GO:0044782,GO:0044782	NA
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chr1	177774278	177774998	721	*	Intron (ENST00000664407.1/ENST00000664407.1, intron 1 of 6)	101928778	ENST00000670282.1	73730	LINC01741	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	94903433	94904293	861	*	Intron (ENST00000545958.1/ENST00000545958.1, intron 1 of 1)	154810	ENST00000537191.1	38605	AMOTL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0003365,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005923,GO:0005923,GO:0008180,GO:0016055,GO:0030036,GO:0030334,GO:0031410,GO:0035329,GO:0035329,GO:0042802	hsa04530
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chr12	18448886	18449331	446	*	Intron (ENST00000676171.1/5288, intron 18 of 32)	5288	ENST00000538458.1	77705	PIK3C2G	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005942,GO:0006661,GO:0006935,GO:0014065,GO:0016020,GO:0016303,GO:0016303,GO:0016307,GO:0016477,GO:0035005,GO:0035091,GO:0036092,GO:0039694,GO:0046854,GO:0048015,GO:0052742	hsa00562,hsa01100,hsa04070,hsa05132
chr12	18706345	18707166	822	*	Intron (ENST00000648272.1/89869, intron 6 of 13)	89869	ENST00000540515.1	-4755	PLCZ1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004435,GO:0004435,GO:0004435,GO:0005509,GO:0005546,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006816,GO:0007204,GO:0007275,GO:0007343,GO:0010314,GO:0016042,GO:0032266,GO:0043647,GO:0048015,GO:0048471,GO:0060470,GO:0060470,GO:0061827	hsa00562,hsa01100,hsa04020,hsa04070,hsa04114,hsa04919,hsa05131
chr1	218940579	218940992	414	*	Distal Intergenic	105372925	ENST00000655362.1	-21865	LINC01710	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	21095197	21095421	225	*	Intron (ENST00000543498.5/10599, intron 4 of 5)	115072896	ENST00000541784.1	27846	SLCO1B3-SLCO1B7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	25868917	25869172	256	*	Distal Intergenic	100422897	ENST00000638058.1	4907	MIR4302	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	23996555	23997175	621	*	Intron (ENST00000652183.1/105370731, intron 7 of 10)	105370731	ENST00000563016.1	21383	PWRN4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr15	36008671	36009439	769	*	Intron (ENST00000668741.1/100507480, intron 4 of 4)	100507480	ENST00000560056.1	-36643	LINC02853	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	44533677	44534003	327	*	Intron (ENST00000378494.8/79823, intron 3 of 10)	79823	ENST00000477830.1	-142591	CAMKMT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005654,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0006479,GO:0007005,GO:0018022,GO:0018025,GO:0018025,GO:0022400,GO:0031072,GO:0032991	hsa00310,hsa01100
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chr17	22182765	22183053	289	*	Intron (ENST00000648259.1/23666, intron 2 of 3)	23666	ENST00000584755.2	-19942	UBBP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr17	22684638	22684987	350	*	Intron (ENST00000650069.1/ENST00000650069.1, intron 1 of 1)	284124	ENST00000612344.1	278619	FLJ36000	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr18	11246543	11247114	572	*	Distal Intergenic	63895	ENST00000674853.1	-96974	PIEZO2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005261,GO:0005886,GO:0006812,GO:0008381,GO:0009612,GO:0016020,GO:0016021,GO:0042391,GO:0050974,GO:0050982,GO:0071260,GO:0098655	NA
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chr1	239781032	239781319	288	*	Intron (ENST00000468573.5/1131, intron 6 of 8)	100506915	ENST00000650922.1	-10902	CHRM3-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chrX	74848693	74849113	421	*	Intron (ENST00000055682.12/340533, intron 1 of 3)	340533	ENST00000055682.12	76339	NEXMIF	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001953,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0007399,GO:0030496,GO:0033629,GO:0072686,GO:2000048,GO:2001223	NA
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chr11	48765849	48766110	262	*	Distal Intergenic	120824	ENST00000534741.3	217775	TRIM51GP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	49907017	49907246	230	*	Distal Intergenic	283092	ENST00000555099.1	-45145	OR4C13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	49919171	49919690	520	*	Distal Intergenic	283092	ENST00000555099.1	-32701	OR4C13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	152705043	152705266	224	*	Promoter (2-3kb)	199834	ENST00000368777.2	-2894	LCE4A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0031424,GO:0042802	NA
chr1	154086112	154086396	285	*	Intron (ENST00000368559.7/91181, intron 16 of 39)	100847024	ENST00000577643.1	18196	MIR5698	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	54541283	54541525	243	*	Distal Intergenic	119749	ENST00000328188.1	62473	OR4C46	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr11	55566131	55566480	350	*	Distal Intergenic	219428	ENST00000623907.1	-5648	OR4C16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	55695373	55695667	295	*	Distal Intergenic	8594	ENST00000641440.1	-28109	OR5D3P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	56043200	56043656	457	*	Distal Intergenic	219447	ENST00000641320.1	15546	OR5AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005515,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	56262633	56262870	238	*	Distal Intergenic	390154	ENST00000313033.4	10379	OR5T3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004984,GO:0004993,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007187,GO:0007268,GO:0030425,GO:0030594,GO:0045202,GO:0050911,GO:0098664	hsa04740
chr11	56339979	56340208	230	*	Distal Intergenic	390157	ENST00000279783.5	-5831	OR8K1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr11	58438101	58438482	382	*	Distal Intergenic	390191	ENST00000641921.2	3754	OR5B12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	159257065	159257354	290	*	Distal Intergenic	2205	ENST00000368115.5	-32360	FCER1A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004888,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007166,GO:0009986,GO:0019863,GO:0038095,GO:0050776	hsa04071,hsa04072,hsa04664,hsa05310
chr11	60596974	60597340	367	*	Intron (ENST00000637534.1/ENST00000637534.1, intron 2 of 3)	283197	ENST00000646374.1	-18389	LINC00301	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021	NA
chr11	61937738	61938271	534	*	Exon (ENST00000364028.1/ENST00000364028.1, exon 1 of 1)	7439	ENST00000534553.5	-11792	BEST1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005254,GO:0005254,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006821,GO:0007601,GO:0009925,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016323,GO:0030321,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042802,GO:0050908,GO:0051924,GO:1902476	NA
chr11	63476036	63476372	337	*	Intron (ENST00000536887.5/117245, intron 2 of 3)	117245	ENST00000538712.1	14160	PLAAT5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004623,GO:0004623,GO:0005737,GO:0005829,GO:0008970,GO:0008970,GO:0016410,GO:0016410,GO:0052739,GO:0052740,GO:0070292,GO:0070292,GO:0102567,GO:0102568	NA
chr1	163711285	163711655	371	*	Distal Intergenic	83540	ENST00000531529.1	371030	NUF2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000775,GO:0000776,GO:0000778,GO:0003674,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0007052,GO:0007059,GO:0016020,GO:0031262,GO:0031262,GO:0044877,GO:0045132,GO:0051301,GO:0051315,GO:0051383	NA
chr1	164185128	164185351	224	*	Distal Intergenic	5087	ENST00000467023.5	-370233	PBX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001654,GO:0001658,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006357,GO:0006694,GO:0007221,GO:0007420,GO:0007548,GO:0008284,GO:0009887,GO:0009952,GO:0009954,GO:0010971,GO:0030278,GO:0030325,GO:0030326,GO:0035019,GO:0035162,GO:0045665,GO:0048536,GO:0048538,GO:0048568,GO:0048666,GO:0048706,GO:0090575,GO:1990837	hsa04927,hsa04934,hsa05202
chr1	169430098	169430350	253	*	Promoter (2-3kb)	57821	ENST00000491570.2	-2624	CCDC181	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002177,GO:0005737,GO:0005874,GO:0008017,GO:0008017,GO:0036126	NA
chr1	171001647	171001900	254	*	Intron (ENST00000367759.9/80133, intron 15 of 21)	80133	ENST00000426136.1	9330	MROH9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	175109860	175110227	368	*	Intron (ENST00000239462.9/63923, intron 9 of 18)	63923	ENST00000621086.1	32441	TNN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002076,GO:0003674,GO:0005178,GO:0005575,GO:0005615,GO:0007160,GO:0007409,GO:0009986,GO:0033689,GO:0042802,GO:0043025,GO:0045668,GO:0062023,GO:0070593,GO:0097442,GO:1905240,GO:1990026,GO:1990138,GO:2001223	hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa05165,hsa05206
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chr11	76046747	76047126	380	*	Intron (ENST00000356136.8/7405, intron 12 of 14)	7405	ENST00000532130.1	66687	UVRAG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0000323,GO:0000421,GO:0000775,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005770,GO:0005783,GO:0005813,GO:0006281,GO:0006890,GO:0006914,GO:0007051,GO:0007059,GO:0007098,GO:0017124,GO:0030496,GO:0032465,GO:0032801,GO:0035493,GO:0045335,GO:0046718,GO:0051684,GO:0070418,GO:0071900,GO:0071985,GO:0097352,GO:0097680,GO:1901098	hsa04140
chr1	177692699	177692981	283	*	Intron (ENST00000663166.1/ENST00000663166.1, intron 1 of 4)	101928778	ENST00000427173.1	-7543	LINC01741	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	80427429	80427652	224	*	Distal Intergenic	101928944	ENST00000526840.1	335174	LINC02720	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	180672156	180672709	554	*	Intron (ENST00000367590.9/9213, intron 1 of 14)	9213	ENST00000367589.3	40124	XPR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000822,GO:0000822,GO:0001618,GO:0004888,GO:0004930,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006817,GO:0007186,GO:0009615,GO:0015114,GO:0015114,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016036,GO:0030643,GO:0031226,GO:0035435,GO:0038023,GO:0046718	NA
chr1	180742088	180742712	625	*	Intron (ENST00000367590.9/9213, intron 2 of 14)	9213	ENST00000498177.1	-93940	XPR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000822,GO:0000822,GO:0001618,GO:0004888,GO:0004930,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006817,GO:0007186,GO:0009615,GO:0015114,GO:0015114,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016036,GO:0030643,GO:0031226,GO:0035435,GO:0038023,GO:0046718	NA
chr1	181283838	181284422	585	*	Distal Intergenic	777	ENST00000524607.6	-33268	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr11	81800380	81800685	306	*	Distal Intergenic	100422823	ENST00000581016.1	90151	MIR4300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	181859564	181859898	335	*	Distal Intergenic	777	ENST00000700190.1	65896	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr1	181880737	181880992	256	*	Distal Intergenic	777	ENST00000700190.1	87069	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr11	82178082	82178408	327	*	Intron (ENST00000659248.1/101928989, intron 3 of 5)	101928989	ENST00000530896.6	-39853	MIR4300HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	82418878	82419115	238	*	Intron (ENST00000668951.1/101928989, intron 1 of 3)	101928989	ENST00000661273.1	-14946	MIR4300HG	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	85353763	85354094	332	*	Intron (ENST00000376104.7/1740, intron 3 of 27)	1740	ENST00000527088.1	-220640	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
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chr11	9735823	9736068	246	*	Intron (ENST00000447399.6/23075, intron 6 of 10)	23075	ENST00000534562.1	8928	SWAP70	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005886,GO:0007204,GO:0015629,GO:0030027,GO:0030835,GO:0032233,GO:0032880,GO:0033633,GO:0045190,GO:0045296,GO:0051017,GO:0060754,GO:1902309	NA
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chr12	132866210	132866737	528	*	Exon (ENST00000623177.1/ENST00000623177.1, exon 1 of 1)	55743	ENST00000535897.1	-4306	CHFR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000209,GO:0004842,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006511,GO:0007093,GO:0007093,GO:0016567,GO:0016605,GO:0019941,GO:0031398,GO:0031648,GO:0032436,GO:0044779,GO:0046872,GO:0051301,GO:0061630	NA
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chr12	17125964	17126217	254	*	Intron (ENST00000649143.1/ENST00000649143.1, intron 6 of 6)	105369678	ENST00000657845.1	462859	LINC02378	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	19338724	19338950	227	*	Intron (ENST00000429027.7/54477, intron 21 of 31)	54477	ENST00000700693.1	3099	PLEKHA5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0008150,GO:0010314,GO:0014069,GO:0016020,GO:0032266,GO:0061458,GO:0070273,GO:0080025,GO:0098978	NA
chr12	19813870	19814211	342	*	Intron (ENST00000535764.1/ENST00000535764.1, intron 1 of 4)	100506393	ENST00000536666.1	-200569	LINC02398	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	21186995	21187232	238	*	Intron (ENST00000256958.3/10599, intron 7 of 14)	10599	ENST00000256958.3	55801	SLCO1B1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005887,GO:0015125,GO:0015125,GO:0015347,GO:0015711,GO:0015721,GO:0015721,GO:0016020,GO:0016323,GO:0043252,GO:0043252,GO:0055085	hsa04976
chr12	21317731	21318335	605	*	Intron (ENST00000683939.1/6579, intron 3 of 14)	6579	ENST00000480394.5	6346	SLCO1A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0008514,GO:0015125,GO:0015125,GO:0015347,GO:0015711,GO:0015721,GO:0015721,GO:0043252,GO:0043252,GO:0055085	hsa04976
chr12	21949363	21949591	229	*	Distal Intergenic	10060	ENST00000684543.1	-6820	ABCC9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005261,GO:0005267,GO:0005524,GO:0005886,GO:0008281,GO:0008282,GO:0008282,GO:0015272,GO:0015459,GO:0016020,GO:0016887,GO:0019829,GO:0022857,GO:0030017,GO:0031004,GO:0033198,GO:0033198,GO:0042626,GO:0044325,GO:0051607,GO:0055085,GO:0055085,GO:0061337,GO:0071805,GO:0071805,GO:0098655,GO:0098662,GO:0150104,GO:1903779,GO:1990573	hsa02010
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chr12	22368450	22368726	277	*	Intron (ENST00000536558.5/ENST00000536558.5, intron 1 of 3)	6489	ENST00000540824.5	-32250	ST8SIA1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0003828,GO:0003828,GO:0005515,GO:0005975,GO:0006486,GO:0006486,GO:0006491,GO:0006688,GO:0008284,GO:0008373,GO:0009311,GO:0016021,GO:0034605,GO:0097503	hsa00601,hsa00603,hsa00604,hsa01100
chr12	23012755	23012998	244	*	Intron (ENST00000538317.6/ENST00000538317.6, intron 6 of 11)	101928441	ENST00000651851.1	48178	LOC101928441	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	29126693	29127063	371	*	Distal Intergenic	55711	ENST00000686974.1	-21953	FAR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005777,GO:0005777,GO:0005779,GO:0005782,GO:0006629,GO:0010025,GO:0016491,GO:0035336,GO:0035336,GO:0043231,GO:0080019,GO:0080019,GO:0102965	hsa04146
chr1	229789710	229790092	383	*	Distal Intergenic	101927504	ENST00000669450.1	101910	LINC01682	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	238170347	238170922	576	*	Distal Intergenic	105373220	ENST00000665394.1	-68021	LOC105373220	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	241015775	241016269	495	*	Intron (ENST00000690539.1/6000, intron 3 of 16)	6000	ENST00000686645.1	4942	RGS7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003924,GO:0005096,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006457,GO:0007186,GO:0009968,GO:0031681,GO:0035556,GO:0043547	NA
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chr1	242515893	242516594	702	*	Intron (ENST00000536534.7/200150, intron 1 of 9)	200150	ENST00000467561.5	8077	PLD5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003824,GO:0016021	NA
chr1	243232683	243232915	233	*	Intron (ENST00000366542.6/9859, intron 1 of 19)	9859	ENST00000523424.5	20405	CEP170	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005829,GO:0005874,GO:0072686,GO:0120103	NA
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chr11	40887549	40887857	309	*	Intron (ENST00000528697.6/57689, intron 2 of 6)	57689	ENST00000619527.4	-567819	LRRC4C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005615,GO:0016020,GO:0016021,GO:0050770,GO:0050804,GO:0050839,GO:0098632,GO:0098685,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099560	hsa04360,hsa04514
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chr1	148311443	148311666	224	*	Intron (ENST00000648583.1/ENST00000648583.1, intron 1 of 3)	105371225	ENST00000434245.3	-14172	LOC105371225	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	8116052	8116300	249	*	Intron (ENST00000309737.11/79608, intron 5 of 5)	79608	ENST00000699457.1	12172	RIC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005789,GO:0006457,GO:0007204,GO:0007271,GO:0016021,GO:0033130,GO:0034394,GO:0034622,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043231,GO:0044183,GO:0045202	NA
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chr11	88225823	88226092	270	*	Distal Intergenic	100423040	ENST00000577344.1	49321	MIR3166	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	20692130	20692397	268	*	Intron (ENST00000490034.5/57576, intron 1 of 8)	57576	ENST00000498225.1	-5755	KIF17	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003777,GO:0005524,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005871,GO:0005874,GO:0005929,GO:0005929,GO:0005929,GO:0005930,GO:0007018,GO:0008017,GO:0008574,GO:0016192,GO:0016887,GO:0030030,GO:0032391,GO:0032839,GO:0035735,GO:0036064,GO:0043005,GO:0098971,GO:1990075	NA
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chr12	2989055	2989361	307	*	Intron (ENST00000358409.7/7004, intron 2 of 11)	7004	ENST00000544666.1	-21683	TEAD4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001501,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0006357,GO:0006367,GO:0007517,GO:0035329,GO:0035329,GO:0048568	hsa04390,hsa04392
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chr12	34700691	34700983	293	*	Distal Intergenic	84920	ENST00000266483.7	678195	ALG10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0106073	hsa00510,hsa01100
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chr1	248129202	248129435	234	*	Distal Intergenic	388762	ENST00000318104.2	7270	OR2M1P	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	65223715	65223989	275	*	Intron (ENST00000308330.3/23592, intron 4 of 12)	23592	ENST00000542032.1	-16577	LEMD3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005637,GO:0005639,GO:0006998,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030512,GO:0030514,GO:0030514,GO:0031490,GO:0031965,GO:0032926,GO:1902531	NA
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chr14	28363450	28363732	283	*	Intron (ENST00000548280.1/ENST00000548280.1, intron 1 of 2)	105370422	ENST00000549742.1	249891	LINC02300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	63924229	63924580	352	*	Intron (ENST00000674003.1/23224, intron 3 of 23)	23224	ENST00000554584.5	15131	SYNE2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003779,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005640,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005925,GO:0007097,GO:0016021,GO:0016529,GO:0021817,GO:0030018,GO:0030335,GO:0031022,GO:0031258,GO:0031527,GO:0031965,GO:0031981,GO:0033017,GO:0034993,GO:0045111,GO:0051015,GO:0051642,GO:0070062,GO:0140444,GO:1902017	NA
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chr15	26531083	26531453	371	*	Distal Intergenic	2562	ENST00000637293.1	18661	GABRB3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004890,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007165,GO:0007214,GO:0007268,GO:0022851,GO:0022851,GO:0022851,GO:0030594,GO:0030659,GO:0034220,GO:0034707,GO:0042391,GO:0042802,GO:0043005,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050877,GO:0060021,GO:0071420,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902476,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1902711,GO:1904862	hsa04080,hsa04723,hsa04726,hsa04727,hsa05032,hsa05033
chr15	31321505	31321765	261	*	Distal Intergenic	51621	ENST00000307145.4	-5070	KLF13	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0006366,GO:0008285,GO:0045647,GO:0045944,GO:0046872,GO:1990837	NA
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chr11	23215782	23216269	488	*	Distal Intergenic	105376592	ENST00000533591.1	50595	LINC02718	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	37638969	37639422	454	*	Distal Intergenic	105376633	ENST00000532562.1	-299179	LINC02760	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	42738217	42738440	224	*	Distal Intergenic	100507205	ENST00000662615.1	-484496	LINC02740	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	50804053	50804351	299	*	Distal Intergenic	646813	ENST00000532521.2	395011	LOC646813	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	55282187	55282410	224	*	Intron (ENST00000532369.1/ENST00000532369.1, intron 2 of 3)	440041	ENST00000526016.1	15822	TRIM51HP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	176654827	176655145	319	*	Intron (ENST00000367661.7/60676, intron 3 of 4)	60676	ENST00000486075.1	101339	PAPPA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001558,GO:0005576,GO:0005829,GO:0006508,GO:0008237,GO:0008270,GO:0009651,GO:0016324,GO:0044267,GO:0060349,GO:0070062	NA
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chr11	78483821	78484051	231	*	Intron (ENST00000695341.1/79731, intron 7 of 12)	79731	ENST00000695363.1	-40100	NARS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003676,GO:0004816,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005829,GO:0006421	hsa00970
chr1	179421733	179421977	245	*	Intron (ENST00000617277.4/126859, intron 12 of 24)	126859	ENST00000434088.1	52832	AXDND1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	180006898	180007193	296	*	Intron (ENST00000367607.8/9857, intron 8 of 37)	9857	ENST00000357434.2	20716	CEP350	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005819,GO:0008017,GO:0016020,GO:0034453,GO:0042995,GO:0071539,GO:1905515	NA
chr11	80007160	80007427	268	*	Distal Intergenic	26011	ENST00000278550.12	-566130	TENM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001702,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007165,GO:0031641,GO:0031643,GO:0032289,GO:0032289,GO:0042803,GO:0042803,GO:0043005,GO:0043005,GO:0046982,GO:0048666,GO:0048666,GO:0048714,GO:0050839,GO:0060038,GO:0060912,GO:2000543	NA
chr11	8120417	8120847	431	*	Intron (ENST00000309737.11/79608, intron 5 of 5)	79608	ENST00000699457.1	7625	RIC3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000139,GO:0005789,GO:0006457,GO:0007204,GO:0007271,GO:0016021,GO:0033130,GO:0034394,GO:0034622,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043231,GO:0044183,GO:0045202	NA
chr11	81456031	81456331	301	*	Distal Intergenic	100422823	ENST00000581016.1	434505	MIR4300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	181619189	181619489	301	*	Intron (ENST00000524607.6/777, intron 8 of 11)	777	ENST00000700188.1	-112977	CACNA1E	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005245,GO:0005245,GO:0005509,GO:0005886,GO:0005891,GO:0006816,GO:0007268,GO:0022843,GO:0034765,GO:0045202,GO:0050796,GO:0051899,GO:0070509,GO:0070588	hsa04010,hsa04020,hsa04930
chr11	84245389	84245612	224	*	Intron (ENST00000280241.12/1740, intron 2 of 21)	1740	ENST00000330014.11	27576	DLG2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0004385,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0007268,GO:0008076,GO:0008328,GO:0009790,GO:0010923,GO:0014069,GO:0016020,GO:0016323,GO:0019900,GO:0030054,GO:0031594,GO:0035865,GO:0043005,GO:0043113,GO:0043204,GO:0044224,GO:0045197,GO:0046037,GO:0046710,GO:0097120,GO:0098609,GO:0098839,GO:0099641,GO:0099642,GO:1904115,GO:2000310	hsa04390,hsa04530,hsa05165
chr1	185428937	185429256	320	*	Distal Intergenic	100288079	ENST00000565520.1	-93898	GS1-279B7.1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	86336410	86336633	224	*	Intron (ENST00000533986.5/51501, intron 2 of 3)	51501	ENST00000529405.1	-6875	HIKESHI	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006606,GO:0006606,GO:0007030,GO:0015031,GO:0016604,GO:0016607,GO:0030324,GO:0030544,GO:0030544,GO:0030544,GO:0034605,GO:0061608,GO:0061608,GO:1900034	NA
chr1	188840142	188840622	481	*	Distal Intergenic	107985456	ENST00000419614.1	-934843	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	89549563	89549941	379	*	Intron (ENST00000528319.1/50507, intron 1 of 1)	50507	ENST00000528319.1	39670	NOX4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000902,GO:0001666,GO:0001725,GO:0003015,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005739,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005925,GO:0006801,GO:0006952,GO:0006954,GO:0007569,GO:0008285,GO:0009055,GO:0010467,GO:0014911,GO:0016021,GO:0016174,GO:0016175,GO:0016324,GO:0019826,GO:0020037,GO:0022900,GO:0034599,GO:0042554,GO:0042554,GO:0043020,GO:0043065,GO:0048471,GO:0050660,GO:0050667,GO:0051496,GO:0061098,GO:0071320,GO:0071480,GO:0071560,GO:0072341,GO:0072593,GO:0097038,GO:1903409,GO:1990782,GO:2000379	hsa04933,hsa05010,hsa05022
chr1	190629831	190630062	232	*	Intron (ENST00000413356.1/440704, intron 1 of 4)	440704	ENST00000413356.1	4941	LINC01720	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	90654936	90655564	629	*	Intron (ENST00000649150.1/101929222, intron 3 of 7)	100616186	ENST00000582647.1	-99079	MIR4490	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	93057121	93057456	336	*	Distal Intergenic	4544	ENST00000528076.1	87337	MTNR1B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007187,GO:0007268,GO:0008502,GO:0010754,GO:0042593,GO:0043010,GO:0043524,GO:0045202,GO:0046010,GO:0046676,GO:0050796,GO:0051481,GO:0051970,GO:0051971,GO:0098908,GO:1902260	hsa04080,hsa04713
chr11	93307956	93308225	270	*	Distal Intergenic	159989	ENST00000618031.4	-21746	DEUP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005814,GO:0007099,GO:0030030,GO:0042802,GO:0098535,GO:0098535,GO:0098536,GO:0098536,GO:1903251	NA
chr11	97246075	97246298	224	*	Intron (ENST00000529088.1/ENST00000529088.1, intron 2 of 2)	105369454	ENST00000526385.5	696464	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	98017875	98018231	357	*	Distal Intergenic	105369454	ENST00000667244.1	-58317	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	99900468	99900700	233	*	Intron (ENST00000524871.6/53942, intron 6 of 24)	53942	ENST00000525236.1	-56106	CNTN5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007605,GO:0098982,GO:0099026,GO:0099054	NA
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chr12	107256433	107256656	224	*	Distal Intergenic	121551	ENST00000420571.6	-61765	BTBD11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016021,GO:0046982,GO:0060395	NA
chr12	110994117	110994410	294	*	Distal Intergenic	105369980	ENST00000666565.1	-36297	LOC105369980	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	111290070	111290305	236	*	Intron (ENST00000261726.11/23316, intron 4 of 21)	102465455	ENST00000617342.1	-13837	MIR6760	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	117616831	117617309	479	*	Intron (ENST00000425217.5/283455, intron 5 of 19)	283455	ENST00000545002.1	59942	KSR2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004672,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006468,GO:0007165,GO:0007265,GO:0019722,GO:0046872,GO:0106310,GO:0106311,GO:0120162	hsa04014
chr12	119112279	119112502	224	*	Promoter (1-2kb)	84530	ENST00000545224.5	-1593	SRRM4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000381,GO:0000381,GO:0003729,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006397,GO:0006397,GO:0007399,GO:0007605,GO:0008380,GO:0030154,GO:0042551,GO:0042802,GO:0043484,GO:0043484	NA
chr12	119536980	119537322	343	*	Intron (ENST00000327554.3/160777, intron 13 of 13)	387890	ENST00000426426.3	-56452	TMEM233	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0016020,GO:0016021	NA
chr12	127441487	127441725	239	*	Distal Intergenic	105370067	ENST00000653590.1	-45213	LOC105370067	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128388439	128388685	247	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 1 of 8)	100500817	ENST00000579753.1	94347	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128414678	128414972	295	*	Exon (ENST00000435159.3/92293, exon 2 of 9)	100500817	ENST00000579753.1	120586	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128415744	128416124	381	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 2 of 8)	100500817	ENST00000579753.1	121652	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128490885	128491126	242	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 2 of 8)	100500817	ENST00000579753.1	196793	MIR3612	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	128838133	128838610	478	*	Distal Intergenic	121260	ENST00000266771.10	-14175	SLC15A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005290,GO:0005290,GO:0005515,GO:0005765,GO:0005886,GO:0006811,GO:0015031,GO:0015333,GO:0015647,GO:0015817,GO:0015835,GO:0031303,GO:0031901,GO:0033023,GO:0034157,GO:0034161,GO:0034165,GO:0035579,GO:0036020,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045089,GO:0048302,GO:0070424,GO:0070430,GO:0070434,GO:0071916,GO:0089708,GO:0140206,GO:1902600,GO:1905103	NA
chr12	129182732	129183405	674	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 5 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	-25196	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129410370	129410598	229	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	201769	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129722980	129723239	260	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 1 of 8)	121256	ENST00000422113.7	180786	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	130491192	130491450	259	*	Intron (ENST00000690449.1/23504, intron 4 of 22)	23504	ENST00000644209.1	-12176	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	130544863	130545086	224	*	Intron (ENST00000690449.1/23504, intron 2 of 22)	23504	ENST00000535703.6	-26946	RIMBP2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0007274,GO:0010923,GO:0045202	NA
chr12	132516283	132516589	307	*	Intron (ENST00000434748.2/57666, intron 2 of 16)	57666	ENST00000542061.2	9253	FBRSL1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723	NA
chr12	133034929	133035372	444	*	Promoter (1-2kb)	101928597	ENST00000592296.5	1539	ZNF84-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	14099264	14099542	279	*	Distal Intergenic	2904	ENST00000630791.2	-117262	GRIN2B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000165,GO:0001540,GO:0004972,GO:0004972,GO:0004972,GO:0004972,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005770,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007215,GO:0007268,GO:0007275,GO:0007420,GO:0007611,GO:0008270,GO:0009986,GO:0014069,GO:0015276,GO:0016594,GO:0016595,GO:0017146,GO:0017146,GO:0017146,GO:0019722,GO:0022849,GO:0022849,GO:0035235,GO:0038023,GO:0043005,GO:0045211,GO:0045471,GO:0048013,GO:0048167,GO:0051290,GO:0060079,GO:0060291,GO:0097060,GO:0097553,GO:0097553,GO:0098839,GO:0098976,GO:1901216,GO:1902951,GO:2000310,GO:2001056	hsa04014,hsa04015,hsa04024,hsa04080,hsa04713,hsa04720,hsa04724,hsa04728,hsa05010,hsa05014,hsa05016,hsa05017,hsa05020,hsa05022,hsa05030,hsa05031,hsa05033,hsa05034,hsa05322
chr12	14245835	14246348	514	*	Distal Intergenic	55729	ENST00000539659.5	-119328	ATF7IP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0003714,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005829,GO:0006306,GO:0016032,GO:0016604,GO:0016887,GO:0031647,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045898,GO:0050821,GO:0090309	NA
chr12	16048946	16049349	404	*	Distal Intergenic	51071	ENST00000532573.1	63774	DERA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004139,GO:0004139,GO:0004139,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005654,GO:0005829,GO:0006098,GO:0009264,GO:0016052,GO:0034774,GO:0043312,GO:0046121,GO:0046386,GO:1904813	hsa00030,hsa01100
chr1	216102539	216102885	347	*	Intron (ENST00000307340.8/7399, intron 21 of 71)	7399	ENST00000481786.1	-13400	USH2A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001917,GO:0002141,GO:0002142,GO:0005515,GO:0005518,GO:0005604,GO:0005604,GO:0005737,GO:0007601,GO:0007605,GO:0009887,GO:0009888,GO:0016021,GO:0016324,GO:0016477,GO:0017022,GO:0032391,GO:0032421,GO:0034446,GO:0035315,GO:0036064,GO:0042802,GO:0043025,GO:0043195,GO:0045184,GO:0045494,GO:0048496,GO:0050896,GO:0050953,GO:0060113,GO:0060171,GO:1990075,GO:1990696	NA
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chr12	46290854	46291160	307	*	Distal Intergenic	81539	ENST00000550173.1	-20903	SLC38A1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001504,GO:0003333,GO:0005283,GO:0005295,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006814,GO:0006865,GO:0006868,GO:0015171,GO:0015171,GO:0015175,GO:0015179,GO:0015179,GO:0015186,GO:0015804,GO:0015804,GO:0015807,GO:0016021,GO:0016323,GO:0043025,GO:0070062,GO:0098591,GO:0150104,GO:1902475	hsa04724,hsa04727
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chr10	15054661	15054980	320	*	Intron (ENST00000428897.5/55301, intron 3 of 5)	55301	ENST00000493912.1	4938	OLAH	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004320,GO:0005829,GO:0008610,GO:0016295,GO:0016296,GO:0047381,GO:0051792	hsa00061,hsa01100
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chr10	1621397	1621620	224	*	Intron (ENST00000381312.6/105, intron 1 of 9)	642394	ENST00000692429.1	68649	ADARB2-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	38062877	38063199	323	*	Distal Intergenic	144245	ENST00000551464.1	-253563	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr1	248317382	248317752	371	*	Distal Intergenic	391196	ENST00000317965.3	6816	OR2M7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
chr1	248520548	248520771	224	*	Intron (ENST00000641804.1/391211, intron 1 of 1)	391211	ENST00000641501.1	11012	OR2G6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	50834721	50834967	247	*	Distal Intergenic	283471	ENST00000551456.5	-7953	TMPRSS12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001669,GO:0004252,GO:0007339,GO:0016021,GO:0016485	NA
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chr12	55361977	55362200	224	*	Promoter (<=1kb)	390323	ENST00000641576.1	-775	OR6C75	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr12	58707533	58707756	224	*	Intron (ENST00000546977.5/100506869, intron 1 of 7)	101927653	ENST00000668012.1	73953	LINC02388	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	94831963	94832186	224	*	Distal Intergenic	255025	ENST00000665896.1	-105794	LINC00879	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	95741826	95742470	645	*	Distal Intergenic	100287639	ENST00000494840.1	-58633	MTHFD2P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	96004634	96004857	224	*	Distal Intergenic	100287639	ENST00000494840.1	-321441	MTHFD2P1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	96568916	96569139	224	*	Distal Intergenic	102465864	ENST00000615894.1	208952	MIR8060	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	96676157	96676419	263	*	Distal Intergenic	285220	ENST00000470610.6	-138162	EPHA6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004714,GO:0005005,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007411,GO:0008150,GO:0018108,GO:0033674,GO:0043005,GO:0043235,GO:0048013	hsa04360
chr3	96781421	96781683	263	*	Distal Intergenic	285220	ENST00000470610.6	-32898	EPHA6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004714,GO:0005005,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007411,GO:0008150,GO:0018108,GO:0033674,GO:0043005,GO:0043235,GO:0048013	hsa04360
chr3	97191877	97192141	265	*	Intron (ENST00000470610.6/285220, intron 3 of 4)	285220	ENST00000503760.5	-247469	EPHA6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0004714,GO:0005005,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007169,GO:0007275,GO:0007411,GO:0008150,GO:0018108,GO:0033674,GO:0043005,GO:0043235,GO:0048013	hsa04360
chr3	98296629	98297156	528	*	Intron (ENST00000508616.1/ENST00000508616.1, intron 1 of 3)	79310	ENST00000355273.3	14124	OR5H2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911	hsa04740
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chr4	101385343	101385612	270	*	Distal Intergenic	55024	ENST00000504592.5	-34349	BANK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005102,GO:0005102,GO:0009617,GO:0032715,GO:0042113,GO:0042113,GO:0043410,GO:0045947,GO:0050731,GO:0050869,GO:0051898,GO:1990782,GO:1990782	NA
chr4	101459219	101459463	245	*	Intron (ENST00000504592.5/55024, intron 2 of 20)	55024	ENST00000504592.5	39258	BANK1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005102,GO:0005102,GO:0009617,GO:0032715,GO:0042113,GO:0042113,GO:0043410,GO:0045947,GO:0050731,GO:0050869,GO:0051898,GO:1990782,GO:1990782	NA
chr4	10213499	10213722	224	*	Distal Intergenic	9948	ENST00000699798.1	-96527	WDR1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002102,GO:0002446,GO:0002576,GO:0005576,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005911,GO:0007605,GO:0008360,GO:0030042,GO:0030043,GO:0030054,GO:0030220,GO:0030834,GO:0030836,GO:0030864,GO:0030865,GO:0040011,GO:0042247,GO:0042995,GO:0043297,GO:0045199,GO:0045214,GO:0048713,GO:0051015,GO:0051015,GO:0060307,GO:0070062,GO:1990266	NA
chr4	102970982	102971214	233	*	Intron (ENST00000394789.7/150159, intron 3 of 11)	150159	ENST00000510243.5	20498	SLC9B1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0006814,GO:0007338,GO:0015299,GO:0016021,GO:0030317,GO:0034220,GO:0051453,GO:0097228,GO:1902600	NA
chr4	10421056	10421420	365	*	Distal Intergenic	85460	ENST00000500268.6	35756	ZNF518B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000977,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr4	105488172	105488395	224	*	Distal Intergenic	27068	ENST00000351450.10	-14105	PPA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000287,GO:0004427,GO:0004427,GO:0004722,GO:0005759,GO:0005829,GO:0006418,GO:0006470,GO:0006796,GO:0051881,GO:0071344	hsa00190
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chr4	110429880	110430306	427	*	Intron (ENST00000510961.1/2028, intron 1 of 4)	2028	ENST00000265162.10	-45849	ENPEP	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0002003,GO:0002003,GO:0003081,GO:0003081,GO:0004177,GO:0005737,GO:0005765,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005903,GO:0006508,GO:0007165,GO:0007267,GO:0008217,GO:0008270,GO:0008283,GO:0009897,GO:0016324,GO:0016477,GO:0031410,GO:0032835,GO:0042277,GO:0043171,GO:0045177,GO:0070006,GO:0070006,GO:0070006,GO:0070062	hsa04614
chr4	111766911	111767134	224	*	Distal Intergenic	105377369	ENST00000679726.1	-80431	LOC105377369	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	120141128	120141458	331	*	Intron (ENST00000693300.2/121009649, intron 2 of 2)	121009649	ENST00000508362.1	73617	MAD2L1-DT	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	20835842	20836089	248	*	Intron (ENST00000540853.5/28234, intron 2 of 7)	28234	ENST00000545880.1	-19003	SLCO1B3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0008514,GO:0015125,GO:0015125,GO:0015347,GO:0015711,GO:0015721,GO:0015721,GO:0016323,GO:0043252,GO:0043252,GO:0055085	hsa04976
chr1	228925987	228926230	244	*	Distal Intergenic	105373158	ENST00000632635.1	112044	LINC02815	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	230419953	230420201	249	*	Intron (ENST00000391860.7/79605, intron 1 of 6)	79605	ENST00000391860.7	6131	PGBD5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004519,GO:0004803,GO:0004803,GO:0004803,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0090305,GO:0098038,GO:0098038	NA
chr13	108544741	108544964	224	*	Distal Intergenic	23026	ENST00000356711.7	-51188	MYO16	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003774,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005886,GO:0008285,GO:0014065,GO:0016459,GO:0019903,GO:0021549,GO:0048471,GO:0048471,GO:0048812,GO:0051015,GO:0051015,GO:2000134,GO:2000134	NA
chr1	33566663	33567082	420	*	Intron (ENST00000373381.9/114784, intron 53 of 70)	114784	ENST00000465819.1	5508	CSMD2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0016021	NA
chr13	86055428	86055668	241	*	Distal Intergenic	84189	ENST00000643778.1	-248745	SLITRK6	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001964,GO:0002088,GO:0002093,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0007409,GO:0007416,GO:0007601,GO:0007605,GO:0008344,GO:0009986,GO:0021562,GO:0031223,GO:0035264,GO:0051965,GO:0060007,GO:0060384,GO:0090102,GO:1905606	NA
chr14	36543641	36543864	224	*	Intron (ENST00000634305.1/ENST00000634305.1, intron 3 of 3)	7080	ENST00000518149.5	-22492	NKX2-1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000976,GO:0000976,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001161,GO:0001161,GO:0001764,GO:0003677,GO:0003700,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005667,GO:0006357,GO:0006644,GO:0007411,GO:0007420,GO:0007492,GO:0007626,GO:0008134,GO:0009725,GO:0010628,GO:0010719,GO:0019899,GO:0021759,GO:0021766,GO:0021795,GO:0021798,GO:0021877,GO:0021892,GO:0021983,GO:0030154,GO:0030324,GO:0030336,GO:0030512,GO:0030878,GO:0030878,GO:0030900,GO:0031128,GO:0033327,GO:0042753,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045893,GO:0045893,GO:0045944,GO:0048511,GO:0048646,GO:0048709,GO:0060430,GO:0060441,GO:0060486,GO:0060510	NA
chr14	39414501	39414790	290	*	Intron (ENST00000298097.8/254170, intron 1 of 3)	254170	ENST00000554190.1	17085	FBXO33	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0016567,GO:0019005,GO:0031146	NA
chr14	42270798	42271305	508	*	Distal Intergenic	145581	ENST00000554171.1	571371	LRFN5	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0009986,GO:0043031,GO:0050728,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099061,GO:0099560,GO:1905606	NA
chr15	24769067	24769336	270	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	6638	ENST00000400098.6	-54301	SNRPN	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000398,GO:0000398,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005681,GO:0005682,GO:0005685,GO:0005686,GO:0005687,GO:0005737,GO:0008380,GO:0009725,GO:0030532,GO:0046540,GO:0071004,GO:0071013	NA
chr15	37214727	37215015	289	*	Distal Intergenic	4212	ENST00000340545.9	-113428	MEIS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0001228,GO:0001228,GO:0001654,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007420,GO:0008134,GO:0008284,GO:0008542,GO:0009612,GO:0009880,GO:0009887,GO:0031016,GO:0045638,GO:0045931,GO:0045944,GO:0045944,GO:0048471,GO:0070848,GO:0110024,GO:1990837	NA
chr15	86179649	86179888	240	*	Intron (ENST00000614907.3/123624, intron 5 of 22)	101929701	ENST00000656269.1	-62902	LINC01584	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	97710060	97710320	261	*	Intron (ENST00000647870.1/91948, intron 7 of 9)	91948	ENST00000647870.1	125619	LINC00923	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	6376542	6376835	294	*	Intron (ENST00000569895.3/54715, intron 5 of 6)	54715	ENST00000675842.1	-105893	RBFOX1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000381,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005802,GO:0006397,GO:0007399,GO:0008022,GO:0008380,GO:0010494,GO:0050658,GO:0097165	NA
chr17	57594900	57595147	248	*	Promoter (1-2kb)	124540	ENST00000577241.1	-1756	MSI2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005844,GO:0042802,GO:0043231	hsa03015
chr18	25009872	25010161	290	*	Distal Intergenic	105372030	ENST00000670277.1	-21953	LINC01894	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr18	42224431	42224681	251	*	Promoter (1-2kb)	284260	ENST00000586447.1	-1283	LINC00907	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr18	74760739	74761141	403	*	Intron (ENST00000582337.5/55628, intron 3 of 4)	55628	ENST00000584235.5	-116057	ZNF407	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0005634,GO:0008270,GO:0010468,GO:0045944	NA
chr19	20648504	20648727	224	*	Intron (ENST00000595094.1/199777, intron 1 of 4)	199777	ENST00000595405.1	12810	ZNF626	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872	NA
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chr2	104602039	104602399	361	*	Intron (ENST00000659877.1/105373525, intron 2 of 2)	105373525	ENST00000438566.1	18887	LOC105373525	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	193524093	193524362	270	*	Distal Intergenic	64002	ENST00000606314.1	774126	PCGEM1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0042981	NA
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chr2	26217541	26217764	224	*	Intron (ENST00000380649.8/3030, intron 7 of 19)	3030	ENST00000646031.1	-3092	HADHA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003857,GO:0003985,GO:0004300,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005743,GO:0006635,GO:0006635,GO:0006635,GO:0016507,GO:0016509,GO:0035965,GO:0035965,GO:0042645	hsa00062,hsa00071,hsa00280,hsa00310,hsa00380,hsa00410,hsa00640,hsa00650,hsa01100,hsa01212
chr2	77183885	77184158	274	*	Intron (ENST00000409884.6/80059, intron 3 of 3)	101927907	ENST00000445178.1	197920	LRRTM4-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr2	80675982	80676350	369	*	Distal Intergenic	1496	ENST00000467892.1	86643	CTNNA2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005200,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005912,GO:0005912,GO:0007010,GO:0007409,GO:0008013,GO:0010975,GO:0015629,GO:0016342,GO:0016477,GO:0021942,GO:0030424,GO:0034316,GO:0045296,GO:0048813,GO:0048854,GO:0051015,GO:0051015,GO:0051149,GO:0051823,GO:0060134,GO:0098609,GO:0098609,GO:2001222	hsa04390,hsa04520,hsa04670,hsa05100,hsa05200,hsa05213,hsa05226,hsa05412
chr3	116381526	116381786	261	*	Intron (ENST00000490035.7/4045, intron 1 of 6)	101926903	ENST00000490351.1	21502	LSAMP-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr3	27198486	27198833	348	*	Intron (ENST00000691995.1/152110, intron 25 of 35)	152110	ENST00000383770.4	3723	NEK10	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004672,GO:0004674,GO:0005524,GO:0005576,GO:0006468,GO:0031954,GO:0043406,GO:0043406,GO:0046872,GO:0070372,GO:0106310,GO:0106311,GO:0120197,GO:1902749,GO:1902749,GO:1902911	NA
chr4	174470080	174470402	323	*	Distal Intergenic	3248	ENST00000509512.1	23059	HPGD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001822,GO:0004957,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006693,GO:0006693,GO:0007179,GO:0007565,GO:0007565,GO:0007567,GO:0016323,GO:0016404,GO:0016404,GO:0016404,GO:0016404,GO:0016616,GO:0019372,GO:0030728,GO:0032355,GO:0032496,GO:0042759,GO:0042802,GO:0043065,GO:0045471,GO:0045786,GO:0051287,GO:0070062,GO:0070403,GO:0070493,GO:0097070,GO:1904707,GO:1905828,GO:2001301	hsa05202
chr4	64622491	64622741	251	*	Distal Intergenic	253017	ENST00000507440.5	-213023	TECRL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005783,GO:0016021,GO:0016491,GO:0016627,GO:0042761	NA
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chr4	92956027	92956400	374	*	Intron (ENST00000282020.9/2895, intron 2 of 15)	2895	ENST00000611049.4	-128586	GRID2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004970,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007157,GO:0007215,GO:0008066,GO:0008328,GO:0010975,GO:0015276,GO:0021707,GO:0030165,GO:0034220,GO:0034613,GO:0035235,GO:0035249,GO:0035249,GO:0038023,GO:0043197,GO:0043523,GO:0045202,GO:0045211,GO:0050804,GO:0051965,GO:0060079,GO:0060134,GO:0097110,GO:0098688,GO:0098978,GO:0099061,GO:0099151,GO:1900454,GO:1904315,GO:1904861	hsa04080,hsa04730
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chr5	15879359	15879648	290	*	Intron (ENST00000504595.2/23194, intron 2 of 3)	23194	ENST00000329673.8	-48240	FBXL7	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000086,GO:0000151,GO:0000209,GO:0000209,GO:0000209,GO:0000278,GO:0005515,GO:0005813,GO:0005829,GO:0006511,GO:0010265,GO:0010972,GO:0016567,GO:0019005,GO:0019005,GO:0019005,GO:0031146,GO:0031146,GO:0031146,GO:0031146,GO:0043687,GO:0051301	NA
chr5	175758997	175759254	258	*	Distal Intergenic	10814	ENST00000359546.8	-37056	CPLX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000149,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006904,GO:0007399,GO:0016079,GO:0017075,GO:0017157,GO:0030154,GO:0030425,GO:0031201,GO:0031630,GO:0031915,GO:0043195,GO:0043204,GO:0043303,GO:0044305,GO:0046928,GO:0048306,GO:0070033,GO:0070554,GO:0098794,GO:0098978	hsa04721
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chr6	101648740	101649244	505	*	Intron (ENST00000683774.1/2898, intron 8 of 16)	2898	ENST00000455610.5	-27525	GRIK2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001662,GO:0005234,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006874,GO:0007215,GO:0007268,GO:0008066,GO:0014069,GO:0015276,GO:0015277,GO:0015277,GO:0019228,GO:0030165,GO:0031624,GO:0031625,GO:0032839,GO:0032983,GO:0034220,GO:0035235,GO:0035249,GO:0038023,GO:0042734,GO:0042802,GO:0043113,GO:0043195,GO:0043204,GO:0043524,GO:0043525,GO:0045211,GO:0046328,GO:0048169,GO:0048172,GO:0050804,GO:0050804,GO:0050806,GO:0051402,GO:0051967,GO:0060079,GO:0060080,GO:0098686,GO:0098978,GO:0099505,GO:0099507,GO:0120169,GO:1904315	hsa04080,hsa04724
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chr7	138913414	138913831	418	*	Intron (ENST00000440172.5/57670, intron 2 of 19)	57670	ENST00000440172.5	67487	KIAA1549	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0016021,GO:0032391	NA
chr7	54632823	54633069	247	*	Distal Intergenic	285878	ENST00000456049.1	75853	VSTM2A-OT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr7	64591015	64591238	224	*	Exon (ENST00000616893.1/ENST00000616893.1, exon 1 of 1)	641746	ENST00000414815.1	8282	LOC641746	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr8	83797983	83798437	455	*	Distal Intergenic	138046	ENST00000522613.5	-384350	RALYL	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003723,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0042802	NA
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chr9	5780741	5780964	224	*	Intron (ENST00000688202.1/79956, intron 15 of 15)	79956	ENST00000688283.1	7757	ERMP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0006508,GO:0008237,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030968,GO:0034599,GO:0046872	NA
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chrX	11047917	11048475	559	*	Intron (ENST00000669054.1/ENST00000669054.1, intron 3 of 5)	3052	ENST00000321143.8	-62826	HCCS	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004408,GO:0004408,GO:0005515,GO:0005739,GO:0005739,GO:0005743,GO:0009887,GO:0016020,GO:0018063,GO:0018063,GO:0018215,GO:0020037,GO:0046872	hsa00860
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chr10	48615390	48615976	587	*	Intron (ENST00000435790.6/58504, intron 1 of 9)	58504	ENST00000471013.5	-10302	ARHGAP22	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001525,GO:0005096,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005829,GO:0005925,GO:0007165,GO:0030154,GO:0051056,GO:0090630,GO:0098978,GO:0098978,GO:0099175,GO:0099175	NA
chr10	81234413	81234878	466	*	Distal Intergenic	105378386	ENST00000436500.1	584616	LINC02655	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	86272724	86272947	224	*	Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 2 of 15)	442911	ENST00000362234.2	-7936	MIR346	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0035195,GO:0042986,GO:0045975,GO:0048027,GO:1902004	NA
chr1	110921938	110922314	377	*	Distal Intergenic	963	ENST00000464329.1	24268	CD53	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001772,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0007165,GO:0009986,GO:0035579,GO:0042802,GO:0043312,GO:0070062,GO:0070821,GO:1901741	NA
chr11	50632738	50633148	411	*	Distal Intergenic	646813	ENST00000532521.2	223696	LOC646813	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	153331312	153332668	1357	*	Exon (ENST00000384591.1/ENST00000384591.1, exon 1 of 1)	57115	ENST00000490266.1	15310	PGLYRP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005576,GO:0008270,GO:0008745,GO:0009253,GO:0016019,GO:0016020,GO:0016045,GO:0031640,GO:0032991,GO:0042834,GO:0045087,GO:0046982,GO:0050830,GO:0061844	NA
chr1	167338372	167339435	1064	*	Intron (ENST00000559038.5/5451, intron 4 of 4)	5451	ENST00000420254.7	9206	POU2F1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000979,GO:0000981,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003677,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005783,GO:0006357,GO:0019221,GO:0042795,GO:0043231,GO:0043565,GO:0045892,GO:0045944,GO:0045944,GO:0045944,GO:0090575	hsa05168,hsa05417
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chr12	118803476	118804163	688	*	Intron (ENST00000664005.1/105370016, intron 3 of 3)	105370015	ENST00000545276.1	-28339	LINC02440	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	22198491	22198749	259	*	Exon (ENST00000656379.1/105370401, exon 4 of 4)	105370401	ENST00000545498.5	184420	LOC105370401	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr3	141132685	141132908	224	*	Intron (ENST00000310546.3/92369, intron 2 of 2)	92369	ENST00000507895.1	55239	SPSB4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006511,GO:0006511,GO:0016567,GO:0016567,GO:0019005,GO:0035556,GO:0042752,GO:0043161,GO:0043687,GO:0048511,GO:1902916,GO:1990756	NA
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chr11	50267144	50267381	238	*	Intron (ENST00000688204.1/441601, intron 6 of 6)	441601	ENST00000531666.4	27953	SEPTIN7P11	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	112198056	112198279	224	*	Intron (ENST00000427290.2/105378909, intron 1 of 1)	105378909	ENST00000687286.1	53855	LINC02884	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	12106037	12106279	243	*	Intron (ENST00000298566.2/79370, intron 3 of 6)	103504734	ENST00000636813.1	-5673	MIR1244-4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129633295	129633520	226	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 2 of 8)	121256	ENST00000422113.7	270505	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	131176148	131176432	285	*	Intron (ENST00000376678.6/116437, intron 1 of 4)	116437	ENST00000376678.6	11137	LINC01257	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	132910162	132910434	273	*	Promoter (<=1kb)	55743	ENST00000499045.2	-976	CHFR	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000166,GO:0000209,GO:0004842,GO:0004842,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006511,GO:0007093,GO:0007093,GO:0016567,GO:0016605,GO:0019941,GO:0031398,GO:0031648,GO:0032436,GO:0044779,GO:0046872,GO:0051301,GO:0061630	NA
chr12	17600519	17600742	224	*	Intron (ENST00000669683.1/ENST00000669683.1, intron 2 of 2)	105369678	ENST00000664390.1	-10470	LINC02378	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	222205543	222205769	227	*	Intron (ENST00000652067.1/ENST00000652067.1, intron 3 of 6)	107985307	ENST00000668844.1	-140770	LINC01705	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	239829903	239830126	224	*	Intron (ENST00000468573.5/1131, intron 8 of 8)	1131	ENST00000675709.1	3829	CHRM3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003056,GO:0004435,GO:0004993,GO:0005515,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006464,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007187,GO:0007197,GO:0007213,GO:0007268,GO:0007399,GO:0009925,GO:0016907,GO:0016907,GO:0019722,GO:0030425,GO:0030594,GO:0032412,GO:0038023,GO:0042166,GO:0045202,GO:0045211,GO:0045987,GO:0046541,GO:0095500,GO:0098664	hsa04020,hsa04080,hsa04725,hsa04742,hsa04810,hsa04911,hsa04970,hsa04971,hsa04972,hsa05010,hsa05022
chr12	43964146	43964373	228	*	Intron (ENST00000266534.8/84216, intron 3 of 7)	84216	ENST00000553253.5	-109139	TMEM117	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005783,GO:0005886,GO:0016021,GO:0070059,GO:0070059	NA
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chr18	8099916	8100166	251	*	Intron (ENST00000332175.12/5797, intron 11 of 30)	5797	ENST00000577468.2	-13405	PTPRM	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001937,GO:0004725,GO:0004725,GO:0005001,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0005912,GO:0006470,GO:0006470,GO:0007156,GO:0007165,GO:0010596,GO:0010842,GO:0016525,GO:0030027,GO:0031175,GO:0031175,GO:0031290,GO:0035335,GO:0042493,GO:0042802,GO:0045296,GO:0048471	hsa04514,hsa04520
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chr19	6932953	6933176	224	*	Intron (ENST00000250572.12/2015, intron 16 of 19)	2015	ENST00000595026.1	36547	ADGRE1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002250,GO:0004930,GO:0005509,GO:0005887,GO:0007155,GO:0007166,GO:0007186,GO:0007189	NA
chr1	97644278	97644591	314	*	Intron (ENST00000370192.8/1806, intron 8 of 22)	1806	ENST00000474241.1	77063	DPYD	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002058,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006145,GO:0006208,GO:0006208,GO:0006210,GO:0006210,GO:0006212,GO:0006212,GO:0006214,GO:0017113,GO:0017113,GO:0017113,GO:0017113,GO:0019483,GO:0042803,GO:0042803,GO:0046050,GO:0046079,GO:0046135,GO:0046872,GO:0050660,GO:0050661,GO:0050661,GO:0051536,GO:0051539	hsa00240,hsa00410,hsa00770,hsa00983,hsa01100
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chr8	39194785	39195081	297	*	Intron (ENST00000437682.6/203102, intron 9 of 21)	203102	ENST00000520691.5	-25854	ADAM32	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0004222,GO:0005515,GO:0006508,GO:0007155,GO:0007339,GO:0016021	NA
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chr8	63808296	63808519	224	*	Intron (ENST00000657029.1/286184, intron 3 of 3)	286184	ENST00000519550.1	38866	LINC01289	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	23858511	23858788	278	*	Distal Intergenic	105376593	ENST00000534068.1	127923	LINC02726	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr11	26430191	26430414	224	*	Intron (ENST00000672621.1/63982, intron 2 of 27)	63982	ENST00000531568.1	-43488	ANO3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005229,GO:0005254,GO:0005886,GO:0005886,GO:0016021,GO:0034220,GO:0046983,GO:0055085,GO:0061588,GO:1902476	NA
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chr11	39008260	39008483	224	*	Distal Intergenic	101928536	ENST00000534756.1	359402	LINC01493	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	111010507	111010805	299	*	Distal Intergenic	23316	ENST00000261726.11	-23360	CUX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000122,GO:0000785,GO:0000977,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001227,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007614,GO:0010628,GO:0043565,GO:0050775,GO:0050890,GO:0051965,GO:0061003,GO:0070062,GO:0071310,GO:1990837,GO:2000463	NA
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chr1	214807942	214808200	259	*	Distal Intergenic	1063	ENST00000469862.1	152794	CENPF	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000278,GO:0000278,GO:0000775,GO:0000775,GO:0000776,GO:0000785,GO:0000922,GO:0000922,GO:0000940,GO:0000940,GO:0001822,GO:0003682,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005930,GO:0007059,GO:0007059,GO:0007094,GO:0007517,GO:0008017,GO:0008022,GO:0008134,GO:0010389,GO:0010389,GO:0015031,GO:0015031,GO:0016202,GO:0016363,GO:0021591,GO:0030154,GO:0030496,GO:0036064,GO:0042493,GO:0042803,GO:0045120,GO:0045892,GO:0048471,GO:0051301,GO:0051310,GO:0051310,GO:0051382,GO:0051726,GO:0070840,GO:0070840,GO:0071897,GO:0097539	NA
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chr12	38164912	38165135	224	*	Intron (ENST00000671057.1/ENST00000671057.1, intron 1 of 2)	144245	ENST00000551464.1	-151627	ALG10B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005886,GO:0006486,GO:0006487,GO:0006488,GO:0016021,GO:0016740,GO:0060050,GO:0106073,GO:1901980	hsa00510,hsa01100
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chr12	43204319	43204542	224	*	Distal Intergenic	105369740	ENST00000553211.1	49004	LINC02461	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	56917851	56918138	288	*	Intron (ENST00000534909.2/100309464, intron 3 of 3)	5015	ENST00000673035.1	-101158	OTX2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000785,GO:0000978,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0001228,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0006357,GO:0007411,GO:0008190,GO:0008589,GO:0030426,GO:0030900,GO:0030901,GO:0032991,GO:0040019,GO:0040036,GO:0045893,GO:0045944,GO:0065003,GO:0071542,GO:0071542,GO:0090009,GO:1990837,GO:2000543	NA
chr14	57514032	57514318	287	*	Distal Intergenic	55195	ENST00000530417.6	-20165	CCDC198	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515	NA
chr14	59956010	59956280	271	*	Intron (ENST00000254271.8/341883, intron 8 of 32)	341883	ENST00000570145.1	35861	LRRC9	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr14	76004303	76004558	256	*	Intron (ENST00000555677.5/112752, intron 2 of 2)	112752	ENST00000553438.1	-17767	IFT43	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005737,GO:0005929,GO:0005929,GO:0005929,GO:0015630,GO:0030991,GO:0034451,GO:0035721,GO:0035735,GO:0060271,GO:0097542	NA
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chr15	48052229	48052489	261	*	Distal Intergenic	102724553	ENST00000657831.1	-64185	LOC102724553	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr15	49501159	49501382	224	*	Intron (ENST00000299338.11/196951, intron 11 of 15)	196951	ENST00000559351.1	6912	FAM227B	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	179437095	179437462	368	*	Intron (ENST00000617277.4/126859, intron 15 of 24)	126859	ENST00000484883.1	-54241	AXDND1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	81385308	81385791	484	*	Intron (ENST00000671134.1/ENST00000671134.1, intron 3 of 4)	100422823	ENST00000581016.1	505045	MIR4300	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr11	86339442	86339665	224	*	Intron (ENST00000533986.5/51501, intron 3 of 3)	51501	ENST00000529405.1	-3843	HIKESHI	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006606,GO:0006606,GO:0007030,GO:0015031,GO:0016604,GO:0016607,GO:0030324,GO:0030544,GO:0030544,GO:0030544,GO:0034605,GO:0061608,GO:0061608,GO:1900034	NA
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chr1	189976501	189977010	510	*	Distal Intergenic	107985456	ENST00000419614.1	201036	LINC01701	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	11321453	11321725	273	*	Distal Intergenic	5545	ENST00000279575.7	-11017	PRB4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005576,GO:0008150	NA
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chr12	125821082	125821552	471	*	Distal Intergenic	400084	ENST00000502479.1	158896	LINC00939	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	128208104	128208542	439	*	Distal Intergenic	92293	ENST00000435159.3	-58628	TMEM132C	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005575,GO:0008150,GO:0016021	NA
chr12	128574816	128575049	234	*	Intron (ENST00000435159.3/92293, intron 3 of 8)	121260	ENST00000545031.5	226652	SLC15A4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005290,GO:0005290,GO:0005515,GO:0005765,GO:0005886,GO:0006811,GO:0015031,GO:0015333,GO:0015647,GO:0015817,GO:0015835,GO:0031303,GO:0031901,GO:0033023,GO:0034157,GO:0034161,GO:0034165,GO:0035579,GO:0036020,GO:0043312,GO:0045087,GO:0045089,GO:0048302,GO:0070424,GO:0070430,GO:0070434,GO:0071916,GO:0089708,GO:0140206,GO:1902600,GO:1905103	NA
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chr12	129510916	129511144	229	*	Intron (ENST00000422113.7/121256, intron 3 of 8)	101927735	ENST00000542578.1	302315	TMEM132D-AS2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr12	129926969	129927245	277	*	Distal Intergenic	121256	ENST00000422113.7	-22944	TMEM132D	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr12	132970155	132970632	478	*	Intron (ENST00000691411.1/ENST00000691411.1, intron 1 of 1)	100289635	ENST00000392321.3	-13849	ZNF605	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0046872	hsa05168
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chr12	21328625	21329076	452	*	Intron (ENST00000683939.1/6579, intron 2 of 14)	6579	ENST00000463718.5	-3889	SLCO1A2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0008514,GO:0015125,GO:0015125,GO:0015347,GO:0015711,GO:0015721,GO:0015721,GO:0043252,GO:0043252,GO:0055085	hsa04976
chr12	21693470	21693903	434	*	Intron (ENST00000541860.1/105369689, intron 1 of 1)	105369689	ENST00000541860.1	31157	LOC105369689	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr1	237415909	237416231	323	*	Intron (ENST00000366574.7/6262, intron 10 of 104)	100616141	ENST00000584884.1	-54888	MIR4428	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	237911368	237911639	272	*	Intron (ENST00000450451.1/100130331, intron 8 of 11)	57829	ENST00000366570.5	-20446	ZP4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002922,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005886,GO:0007339,GO:0016021,GO:0032190,GO:0035805,GO:0042102,GO:0042802,GO:0060478,GO:2000344,GO:2000360	NA
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chr12	38641765	38642099	335	*	Distal Intergenic	144402	ENST00000547417.1	28896	CPNE8	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005515,GO:0005544,GO:0005886,GO:0008150,GO:0046872,GO:0070062,GO:0071277	NA
chr1	239332367	239332893	527	*	Distal Intergenic	1131	ENST00000468573.5	-53672	CHRM3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003056,GO:0004435,GO:0004993,GO:0005515,GO:0005789,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006464,GO:0007165,GO:0007186,GO:0007187,GO:0007197,GO:0007213,GO:0007268,GO:0007399,GO:0009925,GO:0016907,GO:0016907,GO:0019722,GO:0030425,GO:0030594,GO:0032412,GO:0038023,GO:0042166,GO:0045202,GO:0045211,GO:0045987,GO:0046541,GO:0095500,GO:0098664	hsa04020,hsa04080,hsa04725,hsa04742,hsa04810,hsa04911,hsa04970,hsa04971,hsa04972,hsa05010,hsa05022
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chr1	240204707	240204954	248	*	Promoter (1-2kb)	56776	ENST00000679980.1	-1850	FMN2	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0003779,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005938,GO:0006974,GO:0006974,GO:0007275,GO:0015031,GO:0015629,GO:0016192,GO:0030659,GO:0035556,GO:0040038,GO:0042177,GO:0043066,GO:0046907,GO:0046907,GO:0048471,GO:0048477,GO:0051295,GO:0051758,GO:0070649,GO:0071456,GO:2000781	NA
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chr12	46528787	46529141	355	*	Intron (ENST00000667191.1/100288798, intron 2 of 2)	100288798	ENST00000607353.1	-8361	LOC100288798	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr12	58265828	58266109	282	*	Distal Intergenic	105369785	ENST00000548215.1	177936	LINC02403	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr10	76056939	76057222	284	*	Intron (ENST00000611255.5/83938, intron 4 of 6)	83938	ENST00000611306.1	20933	LRMDA	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0030318,GO:0030318	NA
chr11	123878043	123878313	271	*	Distal Intergenic	338661	ENST00000528595.1	7320	TMEM225	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0002080,GO:0010923,GO:0010923,GO:0016021	NA
chr11	14123080	14123304	225	*	Intron (ENST00000576479.4/10418, intron 5 of 15)	10418	ENST00000591785.1	-139143	SPON1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005201,GO:0005201,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005788,GO:0007155,GO:0010954,GO:0031012,GO:0032092,GO:0046872,GO:0050693,GO:0062023,GO:0062023,GO:1902430,GO:1902993	NA
chr11	43062601	43062824	224	*	Distal Intergenic	399881	ENST00000533565.1	206569	HNRNPKP3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr13	29759503	29759737	235	*	Distal Intergenic	5412	ENST00000380680.5	90880	UBL3	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005515,GO:0005886,GO:0070062	NA
chr13	47766442	47766751	310	*	Exon (ENST00000424277.2/ENST00000424277.2, exon 1 of 1)	107984570	ENST00000435617.1	140606	LINC00444	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	45673092	45673353	262	*	Distal Intergenic	105370479	ENST00000554431.5	41067	LINC02303	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr14	91546456	91546748	293	*	Distal Intergenic	55671	ENST00000557018.5	-35902	PPP4R3A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005654,GO:0005815,GO:0005829,GO:0016607	hsa04922
chr15	24720786	24721228	443	*	Intron (ENST00000651136.1/791114, intron 9 of 14)	23742	ENST00000329468.5	45011	NPAP1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003674,GO:0005637,GO:0005643,GO:0005654,GO:0006405,GO:0006606,GO:0007275,GO:0007283,GO:0008139,GO:0017056,GO:0030154	NA
chr15	31745147	31745370	224	*	Intron (ENST00000307050.6/161725, intron 1 of 12)	161725	ENST00000678495.1	-89808	OTUD7A	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003677,GO:0004843,GO:0004843,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005829,GO:0008234,GO:0008270,GO:0016579,GO:0018215,GO:0035871,GO:0035871,GO:0043124,GO:0070530,GO:0070536,GO:0071108,GO:0071947	NA
chr1	57685773	57686059	287	*	Intron (ENST00000485760.5/1600, intron 6 of 20)	101926890	ENST00000585589.5	-174473	DAB1-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr16	25997865	25998152	288	*	Intron (ENST00000331351.6/9951, intron 1 of 1)	100422923	ENST00000581970.1	-27085	MIR548W	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr2	51530667	51531287	621	*	Intron (ENST00000440698.1/730100, intron 5 of 10)	9378	ENST00000635310.1	-447803	NRXN1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005246,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005730,GO:0005783,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007158,GO:0007268,GO:0007269,GO:0007411,GO:0007416,GO:0007612,GO:0009986,GO:0030534,GO:0031965,GO:0031982,GO:0033130,GO:0035176,GO:0038023,GO:0042297,GO:0042734,GO:0042995,GO:0043025,GO:0050839,GO:0050885,GO:0050885,GO:0051965,GO:0051968,GO:0071625,GO:0090129,GO:0097104,GO:0097109,GO:0097116,GO:0097118,GO:0097119,GO:2000463	hsa04514
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chr11	97951281	97951576	296	*	Intron (ENST00000667368.1/105369454, intron 1 of 5)	105369454	ENST00000653025.1	5493	LINC02713	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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chr4	125191850	125192073	224	*	Distal Intergenic	79633	ENST00000674496.2	-122845	FAT4	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0001658,GO:0003007,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005886,GO:0007009,GO:0007156,GO:0007157,GO:0007219,GO:0008543,GO:0016021,GO:0021987,GO:0022008,GO:0035329,GO:0043931,GO:0045177,GO:0048565,GO:0060122,GO:0070062,GO:0072137,GO:0072307,GO:0098609	hsa04392
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chrX	127866112	127866356	245	*	Distal Intergenic	139741	ENST00000371124.5	186047	ACTRT1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0003682,GO:0003682,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005856,GO:0006355,GO:0008589,GO:0045892	NA
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chr10	16200609	16200915	307	*	Distal Intergenic	102724039	ENST00000656914.1	-75956	LINC02654	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	17973380	17973711	332	*	Intron (ENST00000539911.5/221074, intron 3 of 11)	221074	ENST00000377369.7	21462	SLC39A12	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005385,GO:0005887,GO:0006882,GO:0007165,GO:0010975,GO:0031113,GO:0036293,GO:0048471,GO:0071578,GO:1903561,GO:1903672	NA
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chr10	28702794	28703017	224	*	Distal Intergenic	25805	ENST00000375533.6	25273	BAMBI	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005109,GO:0005109,GO:0005114,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007179,GO:0008284,GO:0008360,GO:0010718,GO:0016021,GO:0016477,GO:0030512,GO:0030512,GO:0030512,GO:0030514,GO:0032092,GO:0045668,GO:0045893,GO:0090263,GO:0090263	hsa04310,hsa04350
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chr8	14203170	14203420	251	*	Intron (ENST00000382080.6/137868, intron 4 of 7)	137868	ENST00000421524.6	351506	SGCZ	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005737,GO:0005856,GO:0016012,GO:0016012,GO:0016021,GO:0042383,GO:0046716,GO:0048738,GO:0055001,GO:0060047,GO:0061024	NA
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chr10	125955605	125955858	254	*	Intron (ENST00000368693.6/92565, intron 1 of 10)	101410540	ENST00000445458.1	17268	FANK1-AS1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr10	19232746	19233154	409	*	Intron (ENST00000454679.7/340895, intron 18 of 39)	340895	ENST00000377266.7	28896	MALRD1	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	GO:0005794,GO:0016021,GO:0030659,GO:0042632,GO:0070858	NA
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chr11	90788174	90788463	290	*	Intron (ENST00000649150.1/101929222, intron 3 of 7)	100302228	ENST00000408659.1	80739	MIR1261	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
chr1	191929764	191930146	383	*	Intron (ENST00000664489.1/107985457, intron 1 of 4)	107985457	ENST00000430776.2	54269	LINC02770	breast epithelium	h3k9me3	GSE139773	NA	NA
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